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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885652
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920185
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Associação de marcadores moleculares do BTA14 com espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. Infoteca-e
VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; OLIVEIRA, H. M.; ALENCAR, M. M. de; GASPARIN, G.; GOVEIA, J. J. S.; MIYATA, M.; REGITANO, L. C. de A..
bitstream/CPPSE/16677/1/PROCIMMA2006.00247.PDF
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Raça Canchim; Espessura de gordura; Marcadores genéticos.; Gado de Corte..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/47771
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Avaliação da resistência de bovinos de diferentes grupos genéticos ao carrapato e à babesiose. Infoteca-e
REGITANO, L. C. de A.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ALENCAR, M. M. de; CARVALHO, M. E.; ANDRÉO, R.; MOREIRA, I. C.; NÉO, T. A.; BARIONI JUNIOR, W..
Um subconjunto de animais foi também avaliado em quatro infestações artificiais. Os efeitos de grupo genético nas taxas de infecção por Babesia bigemina foram investigados no animal e no carrapato. Quando se consideraram as quatro infestações artificiais em conjunto, verificou-se que os animais dos grupos genéticos TA e TS apresentaram maior percentagem de recuperação, em comparação aos animais NI, enquanto os animais RC apresentaram taxa de recuperação intermediária, o que sugere maior resistência ao carrapato dos animais NI, resistência intermediária dos animais RC, e menor resistência dos bovinos dos grupos TA e TS. A estimativa de herdabilidade do número de carrapatos (0,15), apesar de baixa, indica que essa característica apresenta alguma variação...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Grupos genéticos; Carrapatos; Babesiose; Gado de Corte; Resistência.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/47959
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Estudo da infecção por Babesia bigemina em bovinos de corte e em carrapatos. Infoteca-e
OLIVEIRA, M. C. de S.; OLIVEIRA, H. N. de; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; NÉO, T. A.; SILVA, A. M. da.
bitstream/CPPSE/17523/1/Boletim12.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Carrapatos.; Babesia Bigemina; Gado de Corte; Infecção..
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/44885
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Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo. Infoteca-e
HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; IBELLI, A. M. G.; SANTOS, I. L. N. dos.
A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Análise biclustering; Expressão gênica; Algoritmos; Algorithms..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885589
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Genética molecular aplicada à qualidade da carne bovina. Infoteca-e
SIQUEIRA, F.; TORRES JÚNIOR, R. A. de A.; REGITANO, L. C. de A.; FEIJÓ, G. L. D..
A manutenção da competitividade da bovinocultura de corte nacional nos mercados interno e externo implica a produção de carne com máxima eficiência e com um padrão de qualidade que atenda aos mercados mais exigentes. Dentre os fatores que determinam a qualidade da carne estão os atributos organolépticos e, dentre esses, a maciez é o principal quesito de avaliação ou apreciação por parte do consumidor. Sabe-se que há inúmeros fatores que afetam a maciez da carne bovina, como a raça do animal e os manejos pré e pós-abate. No entanto, mesmo existindo diferentes padrões de maciez entre as raças, a variação mais importante é aquela que ocorre em uma mesma raça. Por isso, a identificação precoce de animais que apresentam potencial para produção de carne mais...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bovino de corte; Maciez; Marmoreio.; Carne; Genética Molecular; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Animal; Qualidade..
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/326876
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Gerenciamento de resíduos de laboratórios e de campos experimentais da Embrapa Pecuária Sudeste. relatório de melhoria de processo. Infoteca-e
NOGUEIRA, A. R. de A.; SOUZA, G. B. de; ESCRIVANI, L. P.; REGITANO, L. C. de A.; GONZALES, M. H.; PRIMAVESI, O..
bitstream/CPPSE/16506/1/PROCIDoc48ARAN2006.00128.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Resíduos de laboratórios; Campos experimentais; Relatório de melhoria; Campo experimental; Resíduo; Laboratorio; Melhoramento; Campo.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/47637
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Investigação do polimorfismo K232a do gene DGAT1 em raças de Bos indicus e seus cruzamentos. Infoteca-e
PAPPAS, M. C. R.; LOURENÇO, I. T.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; MACHADO, M. A.; CAMPOS, A. L.; MARTINEZ, M. L.; GRATTAPAGLIA, D..
bitstream/CENARGEN/25845/1/ct035.pdf
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E)
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/186337
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Investigação do polimorfismo K232A do gene DGAT1 em raças de Bos indicus e seus cruzamentos. Infoteca-e
PAPPAS, M. de C. R.; LOURENCO, I. T.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; MACHADO, M. A.; CAMPOS, A. L.; MARTINEZ, M. L.; GRATTAPAGLIA, D..
bitstream/item/42958/1/PROCILCAR2004.00221.pdf
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Cruzamento; Polimorfismo..
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/47258
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Marcadores genéticos Infoteca-e
REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/116301/1/Binder1.pdf
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Marcadores genéticos.; Gado de corte..
Ano: 2009 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/662058
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PATERNITYHD versão 1.0 - um software para cálculo da probabilidade de exclusão de paternidade com dados de genotipagem em painel de alta densidade de SNPs em bovinos. Infoteca-e
MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; TIZIOTO, P. C..
bitstream/item/49701/1/Documentos103.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Software; Paternidade.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/908998
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Predição da resistência genética ao carrapato de bovinos Braford e Hereford a partir de um painel denso de marcadores moleculares. Infoteca-e
CARDOSO, F. F.; GULIAS GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M. de; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I..
O problema do carrapato bovino; A alternativa da seleção genômica; Resultados experimentais; Procedimentos para aplicação prática; Considerações finais.
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Boophilus microplus; Gado de corte.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/950709
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Predição da resistência genética ao carrapato de bovinos Braford e Hereford a partir de um painel denso de marcadores moleculares. Infoteca-e
CARDOSO, F. F.; GOMES, C. C. G.; OLIVEIRA, M. M. de; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B. da; REGITANO, L. C. de A.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I..
O problema do carrapato bovino. A alternativa da seleção genômica. Resultados experimentais. Procedimentos para aplicação prática. Considerações finais.
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Carrapato bovino; Rhipicephalus; Boophilus microplus.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/945515
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Regras de segurança em laboratórios. Infoteca-e
REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/110209/1/Apostila-CursoEmbrapa-2009.pdf
Tipo: Recomendação Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Síntese complementar.; DNA..
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/48301
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Utilização de ferramentas genômicas na caracterização e seleção genética para maciez da carne em bovinos nelore mocho. Infoteca-e
MAGNABOSCO, C. de U.; CASTRO, L. M. de; LOPES, F. B.; EIFERT, E. da C.; OLIVEIRA COSTA, M. F. DE; MAMEDE, M. M. S.; REGITANO, L. C. de A.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; PRADO, C. S.; ROSA, G. J. de M.; SAINZ, R. D..
bitstream/item/147911/1/bolpd-331.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genotipagem; Shear force; Genotypes; Bovines.; Bovino; Gado; Carne; Qualidade.; Cattle; Meat; Quantitative trait loci..
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1052500
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