SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...

A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors.

Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174

SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

A espessura de gordura subcutânea independe do genótipo de leptina em bovinos da raça Canchim criados a pasto.

Palavras-chave: DNA bovine; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101203

SANTIAGO, A. C.; VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..

A criação de bovinos da raça Canchim para a produção de carne tem crescido no Brasil, porém, a carcaça de animais desta raça não apresenta boa cobertura de gordura, fator importante para a palatabilidade e para a conservação da carne após o abate. Por esse motivo, pesquisas que visam ao melhoramento dessa característica têm sido conduzidas. Uma abordagem muito utilizada para encontrar marcadores para uma característica desejada é a busca por associação com polimorfismos em genes candidatos. Entre os genes candidatos relacionados à deposição de gordura, o gene da leptina tem se destacado. Nos bovinos, o gene da leptina foi mapeado no cromossomo 4. Um polimorfismo existente no íntron 2 desse gene foi associado à deposição de gordura. O presente trabalho...

A genômica na bovinocultura de corte.

Palavras-chave: Leptina; Espessura de gordura; Canchim; Polimorfismo.

Ano: 2008

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46207

COUTINHO, L. L.; JORGE, E. C.; ROSÁRIO, M. F. do; REGITANO, L. C. de A..

Genômica: definição e conceito; Aplicações da genômica; Perspectivas das aplicações da genômica.

Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE)

Palavras-chave: Genômica; Melhoramento genético; DNA.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/862890

A single nucleotide polymorphism in NEUROD1 is associated with production traits in nelore beef cattle.

OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on...

A SNP in NEUROD1 is associated with production traits in Nelore beef cattle.

Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741

OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; NORONHA, C. T.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A..

2014

Accuracy of genotype imputation in a Nellore Cattle population in Brazil.

Palavras-chave: Bos indicus; Candidate gene; Feed consuption.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/992509

SILVA, F. de L.; ROSA, A. do N.; SIQUEIRA, F.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; MOURÃO, G. B.; ROSA, G. J. M..

Genome wide-association studies (GWAS) generally require large numbers of individuals that are both phenotyped and desenly genotyped for markers across the genome.

Accuracy of genotype imputation in Canchim cattle using FImpute and Beagle software.,

Palavras-chave: Nelore; Gado Nelore; Gado de corte; Cattle; Beef cattle.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1028849

CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL. F. S.; URBINATI, I.; CARVALHEIRO, R.; REGITANO, L. C. de A.; MARCONDES, C. R.; MINARI, D. P..

2013

Ações de gestão ambiental: o caso da Embrapa Pecuária Sudeste.

Palavras-chave: Genotype imputation; Canchim; FImpute; Beagle software.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/988841

PRIMAVESI, O.; VINHOLIS, M. de M. B.; NICODEMO, M. L. F.; CORDEIRO, C. A.; ESCRIVANI, L. P.; ANTONIO, F. de J. A.; SOUZA, G. B. de; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A.; BERNARDI, A. C. de C..

Fatores de degradação ambiental como desmatamentos, queimadas, eliminação de áreas verdes permanentes que atuam como umidificadores do ar e estabilizadores térmicos, práticas agrícolas não conservacionistas com perda da capacidade produtiva dos solos e impedimento na recarga adequada de lençóis freáticos, aumento da produção de dejetos e rejeitos, consumismo e ruptura no conhecimento da sociedade urbana sobre sua dependência do meio natural resultam na redução da biodiversidade, no aumento de pragas e patógenos e nas mudanças climáticas regionais e global. Várias são as ações de gestão ambiental que podem minimizar estes efeitos. O presente trabalho tem por objetivo relatar e descrever as experiências relacionadas à gestão ambiental realizadas pela Embrapa...

Acurácia de imputação de genótipos para estudos de associação genômica em bovinos da raça Canchim.

Palavras-chave: Meio ambiente; Conservação; Educação ambiental; Sistema de produção integrado.

Ano: 2008

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/40204

SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; BOISON, S. A.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A.; TORRES JUNIOR, R. A. de A..

2014

Ajuste de modelos não lineares no estudo de associação entre polimorfismos genéticos e o crescimento em bovinos de corte.

Palavras-chave: Marcadores; Single Nucleotide Polimorphism.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1016060

PAZ, C. C. P. de; FREITAS, A. R.; PACKER, I. U.; TAMBASCO TALHARI, D.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de.

Foram utilizados dados de peso ao nascimento, ao desmame e mensais dos 8 aos 19 meses de idade de 11 classes de genótipos formadas pela concatenação dos polimorfismos genéticos da kappa-caseína-HinfI (CSN3): AA e AB, do hormônio do crescimento-AluI (GH): LL e LV e da b-lactoglobulina-HaeIII (LGB): AA, AB e BB. As informações foram obtidas de animais de três grupos genéticos: ½Canchim-Nelore (CN), ½Angus-Nelore (AN) e ½Simental-Nelore (SN), nascidos em 1998 e 1999 e pertencentes à Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. Dos cinco modelos estudados: Brody, Von Bertalanffy, Richards, Gompertz e Logístico, o último apresentou melhor qualidade do ajuste. As estimativas dos parâmetros A (valor assintótico), k (taxa de maturação) e m (ponto de inflexão) obtidas...

Ajuste de modelos não lineares para dados de associação de genes candidatos com peso corporal de bovinos de corte.

Palavras-chave: Bos taurus; Bos indicus; Curva de crescimento; Desenvolvimento ponderal; Modelo logístico; Marcadores genéticos.

Ano: 2003

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46471

PAZ, C. C. P. de; FREITAS, A. R. de; PACKER, I. U.; TAMBASCO, D. D.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de.

2002

Ajuste de modelos não-lineares em estudos de associação entre polimorfismos genéticos e crescimento em bovino de corte.

Palavras-chave: Gado de corte; Genes; Peso corporal.

Ano: 2002

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46108

PAZ, C. C. P. de; PACKER, I. U; FREITAS, A. R. de; TAMBASCO-TALHARI, D.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; CRUZ, G. M. da..

2004

Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle.

Palavras-chave: Bos taurus; Bos indicus; Curvas de crescimento; Desenvolvimento ponderal; Marcadores genéticos; Modelo logistico.

Ano: 2004

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46994

SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

bitstream/item/147026/1/Souza-et-al-2016.pdf

Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes.

Palavras-chave: Nelore; Expressão alélica diferencial; Maciez da carne; Gado Nelore; Alleles.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052240

SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp)....

Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency.

Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395

ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..

An insight into the linkage disequilibrium map of the Canchim beef cattle breed.

Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation; Genetic improvement.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073455

MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..

The development of linkage disequilibrium (LD) maps is very important for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes, as LD can be defined as the non-random segregation of a pair of alleles at polymorphic sites. Canchim is a composite beef cattle breed which was developed in the 1960's by the crossing of Bos indicus (3/8) x Charolais (5/8) animals. The objective in this study was to analyze the extension of LD maps from a Canchim beef cattle population.

An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle.

Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Linkage disequilibrium; Cattle; Zebu; Haplotypes.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946432

OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..

Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...

An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle.

Palavras-chave: RFI; MiRNA; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099755