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Breeding by genomic selection: capturing the missing heritability of complex traits in forest trees. Repositório Alice
GRATTAPAGLIA, D.; RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; MISSIAGGIA, A. A.; TAKAHASHI, E. K.; ZAMPROGNO, K. C.; KILIAN, A..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramente genético; Seleção genômica; Árvore.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/910742
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Computação da Seleção Genômica Ampla (GWS). Infoteca-e
RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; AGUIAR, A. M.; ABAD, J. I. M.; MISSIAGGIA, A. A.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D..
Métodos para GWS; Teoria dos métodos de regressão; Computação do método Random (Ridge) Regression BLUP (RR-BLUP/GWS); Fenótipos corrigidos; Frequências alélicas, variância dos marcadores e herdabilidade; Marcadores codominantes (SNP) ? Modelo genotípico; Marcadores dominantes (DArT) - Modelo genotípico; Marcadores codominantes (SNP) ? Modelo gamético ou alélico; Número de marcadores com efeitos significativos; Populações de estimação, validação e seleção; População de validação e Jacknife; Correlação e regressão entre valores genéticos preditos e fenótipos na população de validação; Análise de associação na GWAS; Software Selegen Genômica: Random (Ridge) Regression BLUP: RR-BLUP/GWS; Exemplo aplicado ao melhoramento do eucalipto.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software; Melhoramento vegetal; Melhoramento animal; Seleção genotípica; Seleção fenotípica; Genética; Melhoramento genético.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883425
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Genomic prediction in contrast to a genome-wide association study in explaining heritable variation of complex growth traits in breeding populations of Eucalyptus. Repositório Alice
MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D..
Background: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic selection; GWAS; Seleção genômica; SNP genotyping; Espécie exótica; Eucalipto; Melhoramento genético vegetal; Eucalyptus benthamii; Eucalyptus pellita; Genetic relationships; Marker-assisted selection; Plant breeding.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080149
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Genomic prediction in contrast to a genome-wide association study in explaining heritable variation of complex growth traits in breeding populations of Eucalyptus. Repositório Alice
MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D..
Background: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic selection; GWAS; SNP genotyping; Genetic relationships; Seleção genômica; Eucalipto; Espécie exótica; Melhoramento genético vegetal; Eucalyptus benthamii; Eucalyptus pellita; Marker-assisted selection; Genetic relationships; Plant breeding.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080081
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Genomic relationship matrix for correcting pedigree errors in breeding populations: impact on genetic parameters and genomic selection accuracy. Repositório Alice
MUNOZ, P. R.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; HUBER, D. A.; QUESADA, T.; RESENDE, M. D. V. de; NEALE, D. B.; WEGRZYN, J. L.; KIRST, M.; PETER, G. F..
Quantitative genetic analyses aim to estimate genetic parameters and breeding values to select superior parents, families, and individuals. For these estimates a relationship matrix derived from the pedigree typically is used in a mixed model framework. However, breeding is a complex, multistep process and errors in the pedigree are common. Because errors reduce the accuracy of genetic parameter estimates and affect genetic gain, it is important to correct these errors. Here we show that a realized relationship matrix (RRM) derived from single nucleotide polymorphism markers based on the normality of the relationship coefficients can be used to correct pedigree errors. For a loblolly pine (Pinus taeda L.) breeding population, errors in the pedigree were...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genética quantitativa; Parâmetro genético; Melhoramento genético.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003359
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Genomic selection in Eucalyptus: marker assisted selection coming to reality in forest trees. Repositório Alice
GRATTAPAGLIA, D.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; FARIA, D. A.; MISSIAGGIA, A. A.; TAKAHASHI, E. K.; ZAMPROGNO, K. C.; KILIAN, A.; RESENDE, M. D. V. de.
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Eucalyptus; Genoma.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/867831
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New accuracy estimators for genomic selection with application in a cassava (Manihot esculenta) breeding program. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; OLIVEIRA, E. J. de.
ABSTRACT. Genomic selection is the main force driving applied breeding programs and accuracy is the main measure for evaluating its efficiency. The traditional estimator (TE) of experimental accuracy is not fully adequate. This study proposes and evaluates the performance and efficiency of two new accuracy estimators, called regularized estimator (RE) and hybrid estimator (HE), which were applied to a practical cassava breeding program and also to simulated data. The simulation study considered two individual narrow sense heritability levels and two genetic architectures for traits. TE, RE, and HE were compared under four validation procedures: without validation (WV), independent validation, ten-fold validation through jacknife allowing different markers,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Genomic prediction; Accuracy estimator; Cross-validation; Manihot esculenta; Mandioca; Melhoramento vegetal; Cassava; Plant breeding.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072711
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Ridge, Lasso and Bayesian additive dominance genomic models. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P..
Background: A complete approach for genome-wide selection (GWS) involves reliable statistical genetics models and methods. Reports on this topic are common for additive genetic models but not for additive-dominance models. The objective of this paper was (i) to compare the performance of 10 additive-dominance predictive models (including current models and proposed modifications), fitted using Bayesian, Lasso and Ridge regression approaches; and (ii) to decompose genomic heritability and accuracy in terms of three quantitative genetic information sources, namely, linkage disequilibrium (LD), co-segregation (CS) and pedigree relationships or family structure (PR). The simulation study considered two broad sense heritability levels (0.30 and 0.50, associated...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Modelo Bayesiano; Genética quantitativa; Melhoramento genético; Parâmetro genético; Dominance genomic models; Bayesian methods; Lasso methods; Selection accuracy.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022575
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Seleção genômica ampla. Repositório Alice
RESENDE JUNIOR, M. F. R.; ALVES, A. A.; BARRERA SÁNCHES, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; CRUZ, C. D..
Introdução; Genética de associação; Seleção genômica ampla; Definição; Tipos de população; Validação cruzada; Fatores que afetam a seleção genômica ampla; Métodos estatísticos na seleção genômica ampla; RR-BLUP; Bayes A; Bayes B; LASSO Bayesiano; Estimação dos efeitos genéticos genômicos na população de seleção; Exemplos; Aplicação da seleção genômica ampla em diferentes organismos; Aplicações da seleção genômica no melhoramento animal; Aplicações da seleção genômica no melhoramento de plantas; Perspectivas; Referências.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/961507
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The contribution of dominance to phenotype prediction in a pine breeding and simulated population. Repositório Alice
ALMEIDA FILHO, J. E. de; GUIMARÃES, J. F. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; MUÑOZ, P.; KIRST, M.; RESENDE JUNIOR, M. F. R..
Pedigrees and dense marker panels have been used to predict the genetic merit of individuals in plant and animal breeding, accounting primarily for the contribution of additive effects. However, nonadditive effects may also affect trait variation in many breeding systems, particularly when specific combining ability is explored. Here we used models with different priors, and including additive-only and additive plus dominance effects, to predict polygenic (height) and oligogenic (fusiform rust resistance) traits in a structured breeding population of loblolly pine (Pinus taeda L.). Models were largely similar in predictive ability, and the inclusion of dominance only improved modestly the predictions for tree height. Next, we simulated a genetically...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Árvore conífera.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1061094
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