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A 3K Axiom SNP array from a transcriptomewide SNP resource sheds new light on the genetic diversity and structure of the iconic subtropical conifer tree Araucaria angustifolia (Bert.) Kuntze. Repositório Alice
SILVA, P. I. T.; SILVA JUNIOR, O. B.; RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A.; AGUIAR, A. V.; GRATTAPAGLIA, D..
High-throughput SNP genotyping has become a precondition to move to higher precision and wider genome coverage genetic analysis of natural and breeding populations of non-model species. We developed a 44,318 annotated SNP catalog for Araucaria angustifolia, a grandiose subtropical conifer tree, one of the only two native Brazilian gymnosperms, critically endangered due to its valuable wood and seeds. Following transcriptome assembly and annotation, SNPs were discovered from RNA-seq and pooled RAD-seq data. From the SNP catalog, an Axiom® SNP array with 3,038 validated SNPs was developed and used to provide a comprehensive look at the genetic diversity and structure of 15 populations across the natural range of the species. RNA-seq was a far superior source...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Araucária Angustifólia.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124676
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A genotyping array of 3,400 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) advances the genetic analysis of the iconic tree Araucaria angustifolia, showing that the natural populations ar e more differentiated than previously reported. Repositório Alice
TANNO, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A. de; GRATTAPAGLIA, D..
Edição especial dos resumos do IUFRO World Congress, 25., 2019, Curitiba.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Araucária Angustifólia.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113652
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A study of the diversity of whitefly-trnasmitted geminivirus in the Submedio of San Francisco Valley- Brazil using PCR. Repositório Alice
SILVEIRA, F. Q. de P.; ROCHA, H. G. C.; LIMA, M. F.; RESENDE, L. V.; AVILA, A. C. de; BEZERRA, I. C..
Suplemento. Edição dos Resumos do 31 Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Fortaleza, 1998.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Geminiviruws; Diversidade; Variabilidade genetica; Submedio Sao Francisco; White flies; Diversity; Genetic variability; Mosca Branca; Inseto Para Controle Biológico; Praga de Planta.
Ano: 1998 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/133384
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Abscisic acid on the quality of tomato fruits. Repositório Alice
BALATE, C. A.; SOUZA, D. C. de; SILVA, L. F. L. e; RESENDE, L. V.; FREITAS, S. T. de; GUERRA, T. S..
The use of abscisic acid (ABA) in agriculture has increased in the last few years due to the increase in ABA commercial availability at lower costs. The objective of this study was to determine the effect of exogenous ABA on tomato fruit quality parameters such as soluble solids (SS), total and soluble pectins, titratable acidity (TA) and flesh firmness. Tomatoes from the cultivar ?Santa Clara? were the study followed a complete randomized block desig, with four treatments in five repetitions. The treatments were plants not treated with ABA (control), foliar sprayed with ABA at 500 mg L -1, 150 mLdrench with ABA at 500 mg L-1, or foliar plus drench treated with ABA. After harvesting, the physicochemical characteristics of the fruits were evaluated in the...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Sólidos solúveis; Tomate; Ácido Abscisico; Hormônio; Pectina; Solanum lycopersicum; Plant hormones; Total soluble solids; Tomatoes.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1122956
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Application of the Axiom 3K SNP genotyping array in cassava breeding and genetics. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SILVA, P. I. T.; RESENDE, L. V.; VIEIRA, E. A.; FALEIRO, F. G.; GRATTAPAGLIA, D.; SILVA JUNIOR, O. B. da.
PAG XXVI
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único.; Mandioca; Melhoramento genético vegetal; Germoplasma; Single nucleotide polymorphism..
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086247
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Desenvolvimento de linhagens e cultivares de tomateiro para o Nordeste do Brasil com resistencia a Tospovirose e Geminiviroses. Repositório Alice
GIORDANO, L. de B.; BEZERRA, I. C.; FERRAZ, E.; AVILA, A. C. de; LIMA, M. F.; RESENDE, L. V.; SOUZA, A. J. de.
A região Nordeste produz anualmente cerca de 240 mil toneladas de tomate para processamento industrial, sendo esta atividade responsável pela absorção de grande contingente de mão-de-obra envolvido direta e indiretamente no cultivo e no processamento de tomate. As tospoviroses, transmitidas por tripes, e as geminiviroses, transmitidas por mosca-branca, vêm causando grandes reduções na produtividade do tomateiro no Nordeste do Brasil. O controle químico dos insetos vetores muitas vezes não diminui a incidência destas viroses no tomateiro, sendo comum a ocorrência de campos com 100% de plantas mostrando sintomas destas doenças. O uso da resistência genética, como um dos componentes do manejo integrado de pragas (MIP), parece ser a medida mais eficaz para o...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Tospovirose; Geminivirose; Lycopersicum esculentum; Nordeste; Diseases; Tospoviruses; Geminiviruses; Resistance; Northeast; Insect; Tomato.; Tomate; Doença; Inseto; Mosca Branca; Progênie; Variedade.; Progeny; Varieties.; Tomatoes.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/133699
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Desenvolvimento de novos microssatélites em Araucaria angustifolia via redução de complexidade genômica e sequenciamento. Repositório Alice
RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A. de; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Teste de procedências e progênies; Locos SSR; RAD sequencing.; Araucária Angustifólia; Espécie Nativa..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002110
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Desenvolvimento de novos microssatélites em Araucaria angustifolia via redução de complexidade genômica e sequenciamento. Repositório Alice
RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A. de; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D..
Resumo.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Teste de procedências e progênies; Locos SSR; RAD sequencing.; Araucária Angustifólia; Espécie Nativa..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1001258
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Development and characterization of new microsatellites for Eugenia dysenterica DC (Myrtaceae). Repositório Alice
TELLES, M. P. C.; SILVA, J. B.; RESENDE, L. V.; VIANELLO, R. P.; CHAVES, L. J.; SOARES, T. N.; COLLEVATTI, R. G..
Microsatellite markers were developed for population genetic analyses of the Neotropical tree Eugenia dysenterica DC (Myrtaceae), after construction of a shotgun genomic library for microsatellite discovery. Nine primers were designed, of which 5 yielded amplified product. These primers were polymorphic for 97 individuals collected in 3 distinct localities. The number of alleles per locus (primer) ranged from 3 to 11 and expected heterozygosities varied from 0.309 to 0.884. The probability of locus identity was ~1.88 x 10-4 and the probability of paternity exclusion was ~0.9367. The 5 microsatellite primer pairs may be suitable for population genetic studies such as parentage and fine-scale genetic analyses of this species.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Fruta tropical; Cerrado; Cagaita; Marcador molecular; Variação genética; Genetic variation; Microsatellite repeats.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/978390
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Development of microsatellite markers for Hoplias malabaricus (Erythrinidae). Repositório Alice
GONDIM, S. G. C. A.; RESENDE, L. V.; BRONDANI, R. P. V.; COLLEVATTI, R. G.; SILVA-JÚNIOR, N. J.; PEREIRA, R. R.; TELLES, M. P. C..
We identified 14 microsatellite loci for the wolf fish, Hoplias malabaricus (Erythrinidae), from a genomic shotgun library. Twenty-five primers were designed, and 48 individuals of H. malabaricus from four localities of northwest Goiás, in central Brazil, were genotyped to characterize the polymorphism at each locus. Fourteen primers amplified clearly interpretable products using a single PCR protocol; six loci were polymorphic, but with a low number of alleles per locus (2 or 3). Expected heterozygosities for polymorphic loci ranged from 0.136 to 0.505. Combined paternity exclusion probability (0.638) was low and combined genetic identity (0.056) was high in studies of parentage. The low polymorphism may be due to the small microsatellite size and the...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Microssatélite; Cerrado; Traira; Hoplias malabaricus; Marcador molecular.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/862333
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Development of microsatellite markers for the endangered neotropical tree species Tibouchina papyrus (Melastomataceae). Repositório Alice
TELLES, M. P. C.; PEIXOTO, F. P.; LIMA, J. S.; RESENDE, L. V.; VIANELLO, R. P.; WALTER, M. E. M. T.; COLLEVATTI, R. G..
We isolated and characterized 12 microsatellite loci for Tibouchina papyrus (Melastomataceae), an endangered species with narrow and disjunct range, endemics to a few localities in ?cerrado rupestre? from Central Brazil. These microsatellites were obtained by sequencing of a genomic shotgun library for primer design. Leaves from 96 individuals collected in the three known local populations were genotyped using the 12 primers designed to analyze the polymorphisms at each locus. The number of alleles per locus ranged from one to six; two loci were monomorphic. Among the polymorphic loci, expected heterozygosities ranged from 0.161 to 0.714. Combined paternity exclusion probability was 0.957 and combined genetic identity (0.051) was high for studies on...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Tibouchina papyrus; Pau-papel; Cerrado; Árvore.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/882313
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Divergência genética entre acessos de feijão-caupi através de marcadores SSR. Repositório Alice
COSTA, E. M. R.; ANUNCIAÇÃO FILHO, C. J.; RESENDE, L. V.; DAMASCENO-SILVA, K. J.; ANDRADE, M. C..
Autoria: DAMASCENO-SILVA, K. J. [i.e. SILVA, K. J. D. e]
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Banco de Germoplasma; Feijão de Corda..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/663964
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Effect of abscisic acid on the calcium content for controlling blossom-end rot in tomato under water stress. Repositório Alice
BALATE, C. A; SOUZA, D. C. de; RESENDE, L. V.; FREITAS, S. T. de.
Water stress in tomato plants may cause the incidence of blossom-end rot. This study aimed to analyze the effect of abscisic acid leaf application for increasing the calcium uptake in irrigated tomato (?Santa Clara? cultivar) in the field, as a possible mechanism of blossom-end rot inhibition. The treatments consisted of four irrigation levels (25 %, 50 %, 75 % and 100 % of the crop water requirements to fulfil the crop evapotranspiration) and two abscisic acid doses (0 mg L-1 and 500 mg L-1). The fruits were harvested at 15 and 30 days after the anthesis and evaluated for calcium content and percentage of blossom-end rot. The application of abscisic acid increased the calcium partition to the distal region of the fruits at 30 days after the beginning of...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Fito-hormônios; Mecanismo de defesa vegetal; Tomate; Ácido Abscisico; Cálcio; Tomatoes; Solanum lycopersicum.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100690
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Eficiência de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) em colonizar e beneficiar o crescimento de mudas micropropagadas de cará-da-costa. Repositório Alice
OLIVEIRA, J. R. de; SAGGIN JÚNIOR, O. J.; RESENDE, L. V.; SILVA, E. M. R.; RESENDE, G. M. de; RESENDE, J. M..
Este trabalho foi conduzido na Embrapa Agrobiologia com o objetivo de avaliar a eficiência de espécies de FMAs quanto à capacidade de colonizar e promover o crescimento de mudas micropropagadas de catá-da-costa (Dioscorea cayenensis Lam). Estudaram
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Fungo micorrízico arbuscular; Simbiose radicular; Discorea cayenensis; Cara da costa; Aclimatação; Micorriza.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/152174
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Eficiência de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) em colonizar e beneficiar o crescimento de mudas micropropagadas de cará-da-costa. Repositório Alice
OLIVEIRA, J. R. de; SAGGIN JÚNIOR, O. J.; RESENDE, L. V.; SILVA, E. M. R.; RESENDE, G. M. de; RESENDE, J. M..
Este trabalho foi conduzido na Embrapa Agrobiologia com o objetivo de avaliar a eficiência de espécies de FMAs quanto à capacidade de colonizar e promover o crescimento de mudas micropropagadas de cará-da-costa (Dioscorea cayenensis Lam). Estudaram-se quatro tratamentos: inoculação com três espécies de FMAs (Glomus clarum, Glomus etunicatum e Gigaspora margarita), e uma testemunha não inoculada (Ni). As plântulas inoculadas apresentaram maior colonização micorrízica que as Ni. G. etunicatum apresentou maior esporulação que as outras espécies e maior colonização que G. margarita. As partes aéreas apresentaram amarelecimento e secagem provavelmente pelo amadurecimento dos microtubérculos e término do ciclo da cultura. A maior secagem ocorreu em G. margarita...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Simbiose radicular; Fungo micorrízico arbuscular.; Aclimatação; Dioscorea Cayenensis; Inhame; Micropropagação.; Micorriza; Yams..
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/153924
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Fast and inexpensive protocols for consistent extraction of high quality DNA and RNA from challenging plant and fungal samples for highthroughput SNP genotyping and sequencing applications. Repositório Alice
INGLIS, P. W.; PAPPAS, M. de C. R.; RESENDE, L. V.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Separatas Palavras-chave: DNA Sequencing; Extraction (Chemistry); Sorbitol.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099016
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Isolation and characterization of microsatellite markers in the armored catfish Hypostomus gymnorhynchus (Loricariidae). Repositório Alice
TELLES, M. P. C.; RESENDE, L. V.; BRONDANI, R. P. V.; COLLEVATTI, R. G.; COSTA, M. C.; SILVA JÚNIOR, N. J..
We isolated and characterized 10 microsatellite loci in the armored catfish (Hypostomus gymnorhynchus, Loricariidae), using a genomic shotgun library to obtain the repetitive sequences. Twenty-four primers were designed and 14 individuals of H. gymnorhynchus from the Caiapó River, in central Brazil, were genotyped using these primers to analyze the polymorphism at each locus. All loci showed low polymorphism, with a low number of alleles per locus (1 or 2), except locus Hg_E19, which had 11 alleles. Expected heterozygosities for polymorphic loci ranged from 0.182 to 0.901. Combined paternity exclusion probability (0.857) was low and combined genetic identity (0.0026) was high, when we examined parentage. The low degree of polymorphism that we detected may...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Hypostomus gymnorhynchus; Microsatélite; Cerrado; Catfish.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/862340
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Paternity testing and behavioral ecology: a case study of jaguars (Panthera onca) in Emas National Park, Central Brazil. Repositório Alice
SOARES, T. N.; TELLES, M. P. C.; RESENDE, L. V.; SILVEIRA, L.; JÁCOMO, A. T. A.; MORATO, R. G.; DINIZ-FILHO, J. A. F.; EIZIRIK, E.; BRONDANI, R. P. V.; BRONDANI, C..
We used microsatellite loci to test the paternity of two male jaguars involved in an infanticide event recorded during a long-term monitoring program of this species. Seven microsatellite primers originally developed for domestic cats and previously selected for Panthera oncawere used. In order to deal with uncertainty in the mother?s genotypes for some of the loci, 10000 values of Wwere derived by simulation procedures. The male that killed the two cubs was assigned as the true sire. Although the reasons for this behavior remain obscure, it shows, in principle, a low recognition of paternity and kinship in the species. Since the two cubs were not very young, one possibility is that the adult male did not recognize the cubs and killed them for simple...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Ecological stress; Infanticide; Jaguar; Microsatellites.; Paternity..
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/214576
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Qualidade fisiológica de sementes de Coffea arabica L. com diferentes graus de umidade e submetidas à diferentes métodos de secagem. Repositório Alice
SANTOS, G. C.; VON PINHO, E. V. R.; ROSA, S. D. V. F. da; RESENDE, L. V.; FARRAPO, C. L..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Café arábica; Qualidade da semente.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/924164
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Selection of experimental strawberry clones for fruit appearance attributes. Repositório Alice
SOUZA, D. C. de; OSSANI, P. C.; COSTA, A. S.; GUERRA, T. S.; ARAÚJO, A. L.; RESENDE, F. V.; RESENDE, L. V..
Abstract – The objective of this work was to carry out the morphological characterization of strawberry fruit of different genotypes, as well as to verify their postharvest conservation. Six commercial cultivars (Albion, Aromas, Dover, Festival, Pircinque, and San Andreas) and nine experimental clones (MDA01, MDA19, MDA22, MDA23, MCA89, MCA94, MFA443, MOGSC468, and MFA443PR) were evaluated. Fruit were produced on semihydroponic gutters in protected cultivation and classified according to size, shape, color, brightness, achene position, pulp color, ?heart? color, fruit cavity, and sepal position. For the postharvest analysis of fruit, the loss of mass and the appearance of fruit during ten days of storage were determined. The evaluated genotypes show a high...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Morango; Pós-Colheita; Conservação; Melhoramento Genético Vegetal; Plant breeding; Postharvest losses.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1139085
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