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Characterization of the response of Gliricidia Sepium (JACQ.) Steud. To saline stress through the use of proteomic and metabolomic. Repositório Alice
BRAGA, I. de O.; SILVA, T. L. C. da; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T..
Gliricidia sepium (Jacq.) Walp., a legume, is a medium-sized multipurpose plant originaly from Central America. At an economic level, gliricidia can improve water infiltration, increase the soil?s water retention capacity, reduce erosion, and restore the soil?s quality. This species can adapt to very high levels of salt stress (?20 dS m-1). Soil salinity is an environmental limiting factor for plant biomass production worldwide, and one-quarter of the irrigated area in agriculture has a problem with salinity stress.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Gliricidia sepium; Metabolomics; Proteomics; Salt stress.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1149412
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Deep untargeted metabolomics analysis to further characterize the adaptation response of Gliricidia sepium (Jacq.) Walp. to very high salinity stress. Repositório Alice
BRAGA, Í. de O.; SILVA, T. L. C. da; SILVA, V. N. B.; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T..
The multipurpose tree Gliricidia sepium (Jacq.) Walp. adapts to a very high level of salt stress (≥20 dS m-1) and resumes the production of new leaves around 2 weeks after losing all leaves due to abrupt salinity stress. The integration of metabolome and transcriptome profiles from gliricidia leaves points to a central role of the phenylpropanoid biosynthesis pathway in the short-term response to salinity stress. In this study, a deeper untargeted metabolomics analysis of the leaves and roots of young gliricidia plants was conducted to characterize the mechanism(s) behind this adaptation response. The polar and lipidic fractions from leaf and root samples were extracted and analyzed on a UHPLC.ESI.Q-TOF.HRMS system.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Estresse abiótico; Tolerância ao sal; Quimiometria; Espectrometria de massa de alta resolução; Phytosterols; Phenylpropanoids; Chemometrics.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1145202
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Desenvolvimento de protocolo de aplicação de matriz em folha de dendê para imagem química por MALDI-MS. Repositório Alice
RODRIGUES NETO, J. C.; TEIXEIRA, T. S.; COSTA, P. P. K. G.; ABDELNUR, P. V..
Tipo: Separatas Palavras-chave: MALDI imaging; Sublimação; Elaeis Guineensis.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1097782
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Desenvolvimento de protocolo para imagem química por espectrometria de massas de metabólitos-microrganismos. Repositório Alice
TEIXEIRA, T. S.; RODRIGUES NETO, J. C.; MARTINS, P. A.; SILVA, E. A. da; COSTA, P. P. K. G.; SALUM, T. F. C.; SIQUEIRA, F. G. de; ABDELNUR, P. V..
Tipo: Separatas Palavras-chave: MALDI-IMS; Metabolômica; Microrganismos.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1097645
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Impressão digital metabólica de folhas de Elaeis guineensis em diferentes condições de preparo de amostra utilizando UHPLC-MS. Repositório Alice
RODRIGUES NETO, J. C.; VARGAS, L. H. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; SILVA, M. E. R. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; RODRIGUES, C. M.; OLIVEIRA, A. E. de; ABDELNUR, P. V..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Plantações de dendê; Impressão digital metabólica; Métodos de coleta; Método de extração; Coleta em locais remotos; Metabólitos presentes nas folhas.; Simulação..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1057996
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Insights from a Multi-Omics Integration (MOI) Study in Oil Palm (Elaeis gineensis Jacq.) Response to Abiotic Stresses: Part One?Salinity. Repositório Alice
BITTENCOURT, C. B.; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; VIEIRA, L. R.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T..
Oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) is the number one source of consumed vegetable oil nowadays. It is cultivated in areas of tropical rainforest, where it meets its natural condition of high rainfall throughout the year. The palm oil industry faces criticism due to a series of practices that was considered not environmentally sustainable, and it finds itself under pressure to adopt new and innovative procedures to reverse this negative public perception. Cultivating this oilseed crop outside the rainforest zone is only possible using artificial irrigation. Close to 30% of the world?s irrigated agricultural lands also face problems due to salinity stress. Consequently, the research community must consider drought and salinity together when studying to...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: African oil palm; Integratomics; Transcriptomics; Proteomics; Metabolomics; Abiotic stress.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1144868
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Insights from a Multi-Omics Integration (MOI) Study in Oil Palm (Elaeis gineensis Jacq.) Response to Abiotic Stresses: Part Two - Drought. Repositório Alice
LEAO, A. P.; BITTENCOURT, C. B.; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; BRAGA, I. de O.; VIEIRA, L. R.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, C. A. F. de; ABDELNUR, P. V.; SOUZA JUNIOR, M. T..
Drought and salinity are two of the most severe abiotic stresses affecting agriculture worldwide and bear some similarities regarding the responses of plants to them. The first is also known as osmotic stress and shows similarities mainly with the osmotic effect, the first phase of salinity stress. Multi-Omics Integration (MOI) offers a new opportunity for the non-trivial challenge of unraveling the mechanisms behind multigenic traits, such as drought and salinity resistance. The current study carried out a comprehensive, large-scale, single-omics analysis (SOA) and MOI studies on the leaves of young oil palm plants submitted to water deprivation. After performing SOA, 1955 DE enzymes from transcriptomics analysis, 131 DE enzymes from proteomics analysis,...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: African oil palm; Integratomics; Transcriptomics; Proteomics; Metabolomics; Abiotic stress.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1148001
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Insights from a Multi-Omics Integration (MOI) study in oil palm (ELAEIS GUINEENSIS JACQ.) response to salinity and drought stresses. Repositório Alice
BITTENCOURT, C. B.; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; VIEIRA, L. R.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T..
Oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) is one of the World?s most important oilseed crops. Together, palm oil and palm kernel oil, respond to about 35% of the global vegetable oil consumption. In Brazil, there are extensive areas suitable for oil palm cultivation outside the Amazon rainforest.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Abiotic stress; Metabolome; Proteome; Transcriptome; Salt stress.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1149416
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Integration of metabolomics and transcriptomics data to further characterize Gliricidia sepium (Jacq.) Kunth under high salinity stress. Repositório Alice
SILVA, T. L. C. da; SILVA, V. N. B.; BRAGA, I. de O.; RODRIGUES NETO, J. C.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; VALADARES, L. F.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T..
Soil salinity is one abiotic stress that threatens agriculture in more than 100 countries. Gliricidia [Gliricidia sepium (Jacq.) Kunth] is a multipurpose tree known for its ability to adapt to a wide range of soils; however, its tolerance limits and responses to salt stress are not yet well understood. In this study, after characterizing the morphophysiological responses of young gliricidia plants to salinity stress, leaf metabolic and transcription profiles were generated and submitted to single and integrated analyses. RNA from leaf samples were subjected to RNA sequencing using an Illumina HiSeq platform and the paired-end strategy. Polar and lipidic fractions from leaf samples were extracted and analyzed on an ultra-high-performance liquid...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Adaptation; Salinization protocol.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1139329
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Interações fúngicas observadas através de imagem química por espectrometria de massas. Repositório Alice
TEIXEIRA, T. S.; RODRIGUES NETO, J. C.; CONCEIÇÃO, A. A.; SIQUEIRA, F. G. de; ABDELNUR, P. V..
Os fungos filamentosos são responsáveis pela produção de vários metabólitos, principalmente em cocultivo, devido às interações microbianas simularem um ambiente complexo de competição ou simbiose, que por sua vez estimula a produção de novos compostos químicos com grande aplicação industrial. Essas interações são facilmente classificadas conforme os efeitos ou ainda as alterações na macromorfologia estrutural do crescimento micelial, mas podem ainda ser complementadas através de ferramentas analíticas robustas. Uma das técnicas que pode ser empregada para esses estudos é a imagem química por espectrometria de massas (do inglês, Imaging Mass Spectrometry, IMS), pois permite informações complementares através da localização química espacial. Desta forma,...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Metabolômica; Biotecnologia; Fungo; Aspergillus terreus; Pleurotus pulmonarius.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127415
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Mass spectrometry imaging for fungal interaction analysis: Classic versus imprinting methods. Repositório Alice
TEIXEIRA, T. S.; RODRIGUES NETO, J. C.; SILVA, E. A.; CONCEIÇÃO, A. A.; SIQUEIRA, F. G. de; ABDELNUR, P. V..
Fungi can produce many bioactive metabolites, which are enhanced when challenged in co-culture competition. For a better evaluation of these metabolites, Mass Spectrometry Imaging (MSI) can be used to provide complementary information about the metabolite spatial localization. However, some adaptations are required on available methodologies in MSI for applications in microorganisms, particularly on sample preparation, due to the characteristics of each type of cell that has to be analyzed. The imprinting method has been shown to be a robust method when applied to sample preparation, but to our knowledge it has never been tested for microbial MALDI-MSI. Herein we applied both Classic and Imprinting MALDIMSI to compare and analyze metabolites produced by...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: MALDI-MSI; Biotecnologia; Aspergillus terreus; Pleurotus pulmonarius; Metabolomics; Biotechnology.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1148633
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Metabolic effect of drought stress on the leaves of young oil palm (Elaeis guineensis) plants using UHPLC-MS and multivariate analysis. Repositório Alice
RODRIGUES NETO, J. C.; VIEIRA, L. R.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T.; ABDELNUR, P. V..
Abstract: The expansion of the oil palm in marginal areas can face challenges, such as water deficit, leading to an impact on palm oil production. A better understanding of the biological consequences of abiotic stresses on this crop can result from joint metabolic profiling and multivariate analysis. Metabolic profiling of leaves was performed from control and stressed plants (7 and 14 days of stress). Samples were extracted and analyzed on a UHPLC-ESI-Q-TOF-HRMS system. Acquired data were processed using XCMS Online and MetaboAnalyst for multivariate and pathway activity analysis. Metabolism was affected by drought stress through clear segregation between control and stressed groups. More importantly, metabolism changed through time, gradually from 7 to...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Metabolic profile; Análise multivariada; Estresse abiótico; Dendê; Elaeis Guineensis; Oil palm products; Abiotic stress; Multivariate analysis; Drought tolerance.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134385
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Metabolômica de Schizophyllum commune cultivados em torta do caroço de algodão por espectrometria de massas. Repositório Alice
SOUZA, M. de A.; GUIMARÃES, M. B.; RODRIGUES NETO, J. C.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de; ABDELNUR, P. V..
A grande demanda de fonte energética despertou o uso de biodiesel derivados de óleos vegetais, tendo destaque para a cultura do algodão. A torta/farelo do caroço de algodão (TCA), oriundo da etapa de extração do óleo, é rica em proteína, lipídeos e carboidratos. No entanto, a TCA possui compostos, como o gossipol e a lignina, os quais necessitam de tratamento adequado para degradá‑los. A degradação destes compostos utilizando macrofungos tem se destacado, viabilizando assim a sua utilização na nutrição de animais. Portanto, é necessário prospectar os compostos químicos degradados e/ou produzidos após a fermentação com macrofungos. Esse trabalho teve como objetivo a caracterização de metabólitos presentes em TCA após a fermentação estado sólido de...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Metabólitos bioativos; Biocombustível; Algodão; Basidiomicetos; Fermentação; Insumo; Biomassa; Schizophyllum commune.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127075
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Metabolômica untargeted por UHPLC-MS em processos pré-tratamento biológico de torta de pinhão manso por macrobasidiomicetos. Repositório Alice
SOUZA, M. A.; GUIMARÃES, M. B.; RIBEIRO, J. A. de A.; RODRIGUES NETO, J. C.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de; ABDELNUR, P. V..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Macrofungos; Perfil químico; UHPLC-MS; Jatropha Curcas.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1097261
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Multi-omics analysis of young Portulaca Oleracea L. plants' responses to High NaCl doses reveals insights into pathways and genes responsive to salinity stress in this halophyte species. Repositório Alice
SILVA, V. N. B.; SILVA, T. L. C. da; FERREIRA, T. M. M.; RODRIGUES NETO, J. C.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; VALADARES, L. F.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T..
Soil salinity is among the abiotic stressors that threaten agriculture the most, and purslane (Portulaca oleracea L.) is a dicot species adapted to inland salt desert and saline habitats that hyper accumulates salt and has high phytoremediation potential. Many researchers consider purslane a suitable model species to study the mechanisms of plant tolerance to drought and salt stresses. Here, a robust salinity stress protocol was developed and used to characterize the morphophysiological responses of young purslane plants to salinity stress; then, leaf tissue underwent characterization by distinct omics platforms to gain further insights into its response to very high salinity stress.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: RNA-Seq; Quimiometria; Espectrometria de massa de alta resolução; Estresse abiótico.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1145245
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Multi-omics analysis of young Portulaca Oleracea L. plants' responses to High NaCl doses reveals insights into pathways and genes responsive to salinity stress in this halophyte species. Repositório Alice
SILVA, V. N. B.; SILVA, T. L. C. da; FERREIRA, T. M. M.; RODRIGUES NETO, J. C.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; VALADARES, L. F.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T..
Soil salinity is among the abiotic stressors that threaten agriculture the most, and purslane (Portulaca oleracea L.) is a dicot species adapted to inland salt desert and saline habitats that hyper accumulates salt and has high phytoremediation potential. Many researchers consider purslane a suitable model species to study the mechanisms of plant tolerance to drought and salt stresses. Here, a robust salinity stress protocol was developed and used to characterize the morphophysiological responses of young purslane plants to salinity stress; then, leaf tissue underwent characterization by distinct omics platforms to gain further insights into its response to very high salinity stress.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: RNA-Seq; Quimiometria; Espectrometria de massa de alta resolução; Estresse abiótico.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1145186
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Prospecção de marcadores químicos relacionados ao Amarelecimento Fatal em folhas de Elaeis guineensis utilizando abordagem metabolômica. Repositório Alice
RODRIGUES NETO, J. C..
Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto de Química, Universidade Federal de Goiás, Goiânia, GO. Orientadora CNPAE: Patrícia Verardi Abdelnur.
Tipo: Teses Palavras-chave: Espectometria de massas; Metabolômica; Quimiometria; Imagem química.; Elaeis Guineensis..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1071807
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Validation of a PLS-DA Model for biomarker discovery in Elaeis guineensis leaves related to fatal yellowing using UHPLC-MS/MS analysis. Repositório Alice
RODRIGUES NETO, J. C.; CORREIA, M. V.; SOUTO, A. L.; RIBEIRO, J. A. de A.; RODRIGUES, C. M.; ABDELNUR, P. V..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Amarelamento Fatal; Modelo PLS-DA; Análise UHPLC-MS / MS.; Elaeis Guineensis..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1077963
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