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Abordagem Bayesiana da curva de lactação de cabras Saanen de primeira e segunda ordem de parto PAB
Silva,Fabyano Fonseca e; Muniz,Joel Augusto; Aquino,Luiz Henrique de; Sáfadi,Thelma.
O objetivo deste trabalho foi utilizar o método Bayesiano no ajuste do modelo de Wood a dados de produção de leite de cabras da raça Saanen. Dois grupos de animais da primeira e segunda lactação foram considerados. Amostras das distribuições marginais a posteriori dos parâmetros do modelo de Wood e das funções de produção derivadas desses parâmetros - pico de produção, tempo do pico de produção, persistência e produção total de leite - foram obtidas pelo algoritmo Gibbs Sampler. As inferências foram feitas em cada população e os resultados mostraram diferenças na taxa de decréscimo da produção após o pico e na persistência, indicando maior produção nos animais de segunda lactação. Realizou-se um estudo de simulação de dados para avaliar o método Bayesiano...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Gibbs Sampler; Matriz de covariância; Produção de leite.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2005000100004
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Abordagem bayesiana da sensitividade de modelos para o coeficiente de endogamia Ciência Rural
Reis,Ricardo Luis dos; Muniz,Joel Augusto; Silva,Fabyano Fonseca e; Sáfadi,Thelma; Aquino,Luiz Henrique de.
Este trabalho tem como objetivo realizar uma análise bayesiana de modelos, por meio do fator de Bayes, para o desequilíbrio de Hardy-Weinberg. Pretende-se também testar a metodologia por meio da simulação de dados e aplicá-la a um conjunto de dados reais. Na definição dos modelos, utilizaram-se as prioris Dirichlet (modelo 1), Beta - função degrau Uniforme (modelo 2), Uniforme - função degrau Uniforme (modelo 3) e as prioris independentes Uniformes (modelo 4) relacionadas aos parâmetros coeficiente de endogamia e proporção alélica. Foi implementado um algoritmo no software livre R para realizar a amostragem pelo Metropolis-Hastings das distribuições condicionais a posteriori dos parâmetros dos modelos. A convergência das cadeias foram monitoradas por meio...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Fator de Bayes; Desequilíbrio de Hardy-Weinberg; Simulação de dados.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782009000600018
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Abordagem bayesiana para avaliação da adaptabilidade e estabilidade de genótipos de alfafa PAB
Nascimento,Moysés; Silva,Fabyano Fonseca e; Sáfadi,Thelma; Nascimento,Ana Carolina Campana; Ferreira,Reinaldo de Paula; Cruz,Cosme Damião.
O objetivo deste trabalho foi propor uma abordagem bayesiana do método de Eberhart & Russell para avaliar a adaptabilidade e da estabilidade fenotípica de genótipos de alfafa (Medicago sativa), bem como avaliar a eficiência da utilização de distribuições a priori informativas e pouco informativas. Foram utilizados dados de um experimento em blocos ao acaso, no qual se avaliou a produção de massa de matéria seca de 92 genótipos. A metodologia bayesiana proposta foi implementada no programa livre R por meio da função MCMCregress do pacote MCMCpack. Para representar as distribuições a priori pouco informativas, utilizaram-se distribuições de probabilidade com grande variância; e, para representar distribuições a priori informativas, adotou-se o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Medicago sativa; Fator de Bayes; Priori informativa; Interação genótipo x ambiente; MCMC.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000100004
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Ajuste de modelos autorregressivos, na forma de modelos lineares dinâmicos, via inferência Bayesiana Ciência e Agrotecnologia
Souza,Marcelo Costa; Sáfadi,Thelma.
Os modelos autorregressivos têm sido utilizados para as mais diversas aplicações, a maioria pela análise clássica, na qual os parâmetros são quantidades fixas, não podendo assumir variações ao longo do tempo. Com este trabalho objetivou-se a compreensão de modelos autorregressivos de ordem 2, AR(2), representados na forma de modelos lineares dinâmicos, utilizando como processo de estimação a inferência Bayesiana. O método de Cadeias de Markov Monte Carlo (MCMC) foi utilizado para o cálculo das estimativas a partir da implementação dos algoritmos amostrador de Gibbs e "Forward Filtering, Backward Sampling - FFBS". Com base nos modelos AR(2), apresentaram-se o cálculo e a obtenção das distribuições condicionais completas para todos os parâmetros do modelo....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: FFBS; Inferência bayesiana; Modelos lineares dinâmicos; Séries temporais.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542004000500022
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Análise bayesiana para modelos de degradabilidade ruminal Ciência Rural
Savian,Taciana Villela; Muniz,Joel Augusto; Sáfadi,Thelma; Silva,Fabyano Fonseca e.
Neste estudo, utilizou-se a metodologia bayesiana para ajustar os modelos de ORSKOV & MCDONALD (1979) e MCDONALD (1981) a conjuntos de dados simulados e a um conjunto de dados de porcentagem de degradação da fibra em detergente neutro da gramínea coastcross (Cynodon dactylon x Cynodon nlemfuensis), ao longo do tempo. As amostras das distribuições marginais a posteriori dos parâmetros foram obtidas por meio dos métodos de Monte Carlo com cadeias de Markov (MCMC), especificamente, os algoritmos Amostrador de Gibbs e Metropolis-Hastings. A metodologia bayesiana mostrou-se eficiente, sendo avaliada e comprovada pelo estudo de simulação, que apresentou estimativas bem próximas ao valor paramétrico. As estimativas obtidas para os parâmetros dos modelos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Modelo não linear; Degradabilidade in situ; Métodos MCMC; Inferência bayesiana.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782009000700033
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Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel PAB
Nascimento,Moysés; Sáfadi,Thelma; Silva,Fabyano Fonseca e.
O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011001100010
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Bayesian analysis of autoregressive panel data model: application in genetic evaluation of beef cattle Scientia Agricola
Silva,Fabyano Fonseca e; Sáfadi,Thelma; Muniz,Joel Augusto; Rosa,Guilherme Jordão Magalhães; Aquino,Luiz Henrique de; Mourão,Gerson Barreto; Silva,Carlos Henrique Osório.
The animal breeding values forecasting at futures times is a relevant technological innovation in the field of Animal Science, since its enables a previous indication of animals that will be either kept by the producer for breeding purposes or discarded. This study discusses an MCMC Bayesian methodology applied to panel data in a time series context. We consider Bayesian analysis of an autoregressive, AR(p), panel data model of order p, using an exact likelihood function, comparative analysis of prior distributions and predictive distributions of future observations. The methodology was tested by a simulation study using three priors: hierarchical Multivariate Normal-Inverse Gamma (model 1), independent Multivariate Student's t Inverse Gamma (model 2) and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: MCMC; Time series forecasting; Prior comparison; Predictive distribution.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162011000200015
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Comparação bayesiana de modelos com uma aplicação para o equilíbrio de Hardy-Weinberg usando o coeficiente de desequilíbrio Ciência Rural
Reis,Ricardo Luis dos; Muniz,Joel Augusto; Silva,Fabyano Fonseca e; Sáfadi,Thelma; Aquino,Luiz Henrique de.
O equilíbrio de Hardy-Weinberg é um dos principais assuntos estudados pela Genética de populações. Neste contexto, o presente trabalho aborda a análise e a comparação bayesiana de modelos utilizando o coeficiente de desequilíbrio (D A). Para isso, realizou-se um estudo de simulação no qual as seguintes distribuições a priori foram consideradas: Dirichlet (modelo 1); beta - função degrau uniforme (modelo 2); uniforme - função degrau uniforme (modelo 3); e as prioris independentes uniformes (modelo 4). Exemplos de aplicação a dados reais de grupos raciais também são apresentados e discutidos. As amostras das distribuições marginais a posteriori para os parâmetros de interesse foram obtidas mediante o algoritmo Metropolis-Hastings, o qual foi implementado no...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Fator de Bayes; Genética de populações; Simulação de dados.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782011000500016
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Comparação bayesiana de modelos de previsão de diferenças esperadas nas progênies no melhoramento genético de gado Nelore PAB
Silva,Fabyano Fonseca e; Sáfadi,Thelma; Muniz,Joel Augusto; Aquino,Luiz Henrique de; Mourão,Gerson Barreto.
O objetivo deste trabalho foi realizar uma análise bayesiana de modelos auto-regressivos de ordem p, AR(p), para dados em painel referentes às diferenças esperadas nas progênies (DEP) de touros da raça Nelore publicados de 2000 a 2006. Neste trabalho, adotou-se o modelo AR(2), indicado pela análise prévia da função de autocorrelação parcial. As comparações entre as prioris, realizadas por meio do Fator de Bayes e do Pseudo-Fator de Bayes, indicaram superioridade da priori independente t-Student multivariada - Gama inversa em relação à priori hierárquica Normal multivariada - Gama inversa e a priori de Jeffreys. Os resultados indicam a importância de se dividir os animais em grupos homogêneos de acordo com a acurácia. Constatou-se também que, em média, a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Algoritmos MCMC; Dados em painel; Modelo auto-regressivo.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000100006
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Comparação de matrizes de covariâncias de populações normais dependentes: um estudo de caso Ciência e Agrotecnologia
Cirillo,Marcelo Angelo; Ferreira,Daniel Furtado; Sáfadi,Thelma.
Inferências sobre comparações de matrizes de covariâncias em populações normais dependentes são usualmente obtidas considerando testes assintóticos baseados na maximização de funções de verossimilhanças. Entretanto, se o número de populações e/ou de variáveis consideradas é excessivo pode-se ter problemas na convergência dos métodos numéricos utilizados para obtenção dos estimadores de máxima verossimilhança. Face a esse problema, objetivou-se, neste trabalho, ilustrar por meio de um conjunto de dados reais, a aplicação de um teste para comparar matrizes de covariâncias de populações correlacionadas, usando uma estatística baseada na razão de variâncias generalizadas, cuja distribuição empírica foi obtida por meio da técnica bootstrap.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bootstrap; Covariâncias; Variâncias generalizadas.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542009000700015
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Comparação entre modelos para predição do nitrogênio mineralizado: uma abordagem bayesiana Ciência e Agrotecnologia
Pereira,Janser Moura; Muniz,Joel Augusto; Sáfadi,Thelma; Silva,Carlos Alberto.
Neste trabalho, desenvolveu-se uma abordagem bayesiana para predizer as quantidades de nitrogênio mineralizados por intermédio de modelos não lineares. Os modelos não lineares considerados para avaliar a dinâmica da mineralização do nitrogênio e para ilustrar o procedimento bayesiano foram: modelo de Cabrera, Marion, Stanford e Smith. A comparação dos modelos foi feita por meio do Fator de Bayes (FB) e do Critério de Informação Bayesiano (BIC). A inferência sobre os parâmetros realizou-se por intermédio do Amostrador de Gibbs e do Metropolis Hastings. O modelo de Cabrera (1993) foi o que proporcionou melhor qualidade de ajuste ao conjunto de dados de mineralização de nitrogênio, sendo seguido pelo modelo de Stanford & Smith (1972) e, por último, o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Amostrador de Gibbs; Metropolis Hastings; Fator de Bayes; Critério de Informação Bayesiano.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542009000700016
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Inferência Bayesiana na análise genética de populações diplóides: estimação do coeficiente de endogamia e da taxa de fecundação cruzada Ciência Rural
Reis,Ricardo Luis dos; Muniz,Joel Augusto; Silva,Fabyano Fonseca e; Sáfadi,Thelma; Aquino,Luiz Henrique de.
Neste estudo, utilizou-se a metodologia Bayesiana para estimar o coeficiente de endogamia e a taxa de fecundação cruzada de uma população diplóide por meio do modelo aleatório de COCKERHAM para freqüências alélicas. Um sistema de simulação de dados foi estruturado para validar a metodologia utilizada. O algoritmo Gibbs Sampler foi implementado no software R para obter amostras das distribuições marginais a posteriori para o coeficiente de endogamia e para a taxa de fecundação. O método Bayesiano mostrou-se eficiente na estimação dos parâmetros, pois os valores paramétricos utilizados na simulação encontravam-se dentro do intervalo de credibilidade de 95% em todos os cenários considerados. A convergência do algoritmo Gibbs Sampler foi verificada, validando...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Parâmetros genéticos; Gibbs Sampler; Simulação de dados.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782008000500009
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Modelos de crescimento animal para tempos irregulares PAB
Cassiano,Fernando Ribeiro; Sáfadi,Thelma.
Resumo: O objetivo deste trabalho foi propor modelos que considerem estrutura irregular dos dados e avaliá-los em relação a modelos utilizados com tempos regulares. Foram considerados os modelos de crescimento Gompertz, Logístico e Von Bertalanffy com estruturas regular e irregular para os erros. A metodologia foi exemplificada com o uso de dados reais e simulados. Foram utilizados 16 pesos médios de 160 animais da raça Hereford, com pesagens do nascimento até aproximadamente 2 anos de idade. Para cada modelo, os parâmetros do melhor ajuste foram utilizados para simulação. O ajuste dos modelos melhora quando a estrutura original dos dados é levada em consideração, com redução na soma de quadrados dos resíduos e no valor do critério de Akaike.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Autocorrelação; Ganho de peso; Hereford; Modelos não lineares..
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2015001101114
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Uma análise empírica da volatilidade do retorno de commodities agrícolas utilizando modelos ARCH: os casos do café e da soja Rev. Econ. Sociol. Rural
Silva,Washington Santos da; Sáfadi,Thelma; Castro Júnior,Luiz Gonzaga de.
Examinou-se o processo da volatilidade dos retornos de duas importantes commodities agrícolas brasileiras, o café e a soja, por meio de modelos da classe ARCH. Os resultados empíricos sugerem fortes sinais de persistência e assimetria na volatilidade de ambas as séries. Além disso, os resultados sugerem que a implementação de políticas que criem, facilitem o acesso e estimulem a utilização de instrumentos de hedging baseados no mercado podem ser estratégias adequadas para tais setores diante da persistência de choques e volatilidade pronunciadas constatadas para os retornos destas commodities
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Commodities agrícolas brasileiras; Modelos ARCH; Volatilidade.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-20032005000100007
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Uso de séries temporais na análise de vazão de água na represa de furnas Ciência e Agrotecnologia
Sáfadi,Thelma.
Com este trabalho teve-se como principal objetivo analisar o comportamento da série de vazão de água na barragem de Furnas, empregando análise de séries temporais e estudando o efeito de sazonalidade, tendência e intervenção. Para a análise, foram considerados modelos de séries temporais com e sem a presença de intervenção. Os dados referem-se à vazão (m³/s) da Barragem de Furnas - MG, coletada diariamente no período de janeiro de 1963 a dezembro de 1994. Foi realizada uma média mensal dos dados, em que cada média representa uma observação, num total de 372. Observou-se que a série de vazão fica bem ajustada utilizando modelos sazonais e a incorporação do parâmetro de intervenção forneceu informações complementares na análise.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Análise de intervenção; Modelo SARIMA; Vazão de água.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542004000100019
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Variâncias do ponto crítico de equações de regressão quadrática Ciência e Agrotecnologia
Nunes,Ceile Cristina Ferreira; Morais,Augusto Ramalho de; Muniz,Joel Augusto; Sáfadi,Thelma.
Com o presente trabalho teve-se por objetivo a determinação de variâncias para o estudo do ponto crítico de uma equação de regressão de segundo grau, em situações experimentais com diferentes variâncias, por meio de simulação Monte Carlo. Em muitos estudos, teóricos ou aplicados, o pesquisador depara-se com o problema que envolve quociente entre variáveis aleatórias e, principalmente, entre variáveis normais. Como exemplo, aquelas que surgem em pesquisas de dose econômica de nutrientes em experimentos de adubação, de compactação de solos e em outros problemas em que há interesse na variável aleatória <img src="/img/revistas/cagro/v28n2/a20img01.gif">, estimador do ponto crítico na regressão <img src="/img/revistas/cagro/v28n2/a20img02.gif">....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Regressão quadrática; Quociente de variáveis aleatórias; Variância do ponto crítico; Intervalo de confiança.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542004000200020
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Volatilidade dos Retornos de Commodities Agropecuárias Brasileiras: um teste utilizando o modelo APARCH Rev. Econ. Sociol. Rural
Freitas,Clailton Ataídes de; Sáfadi,Thelma.
Resumo:Este estudo analisou (2005-2013) a persistência, a alavancagem e a variância incondicional dos retornos de commodities agropecuárias3. Assim, recorreu-se ao modelo denominado APARCH. As estimativas apontaram que a alavancagem não foi confirmada nessas séries; a variância condicional foi assimétrica nos retornos do etanol, do café, do algodão, do boi gordo e do bezerro; as volatilidades mais intensas, embora com convergência às suas médias históricas, ocorreram nos retornos do açúcar, da soja, do café, do trigo, do frango e do boi gordo; as maiores volatilidades incondicionais foram dos retornos do etanol, do frango, do algodão, da soja e do açúcar.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Efeito alavancagem; Modelo da família ARCH; Séries agropecuárias; Potência assimétrica..
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-20032015000200211
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Wavelet-domain elastic net for clustering on genomes strains Genet. Mol. Biol.
Ferreira,Leila Maria; Sáfadi,Thelma; Ferreira,Juliano Lino.
Abstract We propose to evaluate genome similarity by combining discrete non-decimated wavelet transform (NDWT) and elastic net. The wavelets represent a signal with levels of detail, that is, hidden components are detected by means of the decomposition of this signal, where each level provides a different characteristic. The main feature of the elastic net is the grouping of correlated variables where the number of predictors is greater than the number of observations. The combination of these two methodologies applied in the clustering analysis of the Mycobacterium tuberculosis genome strains proved very effective, being able to identify clusters at each level of decomposition.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Elastic net; Genome; GC-content; Cluster analysis; Wavelet transform.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572018000500884
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