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	Provedor de dados Repositório Alice (6) Infoteca-e (1) Autor SALIM, J. A. (7) MAZONI, I. (5) NESHICH, G. (5) JARDINE, J. G. (4) MORAES, F. R. de (3) YANO, I. H. (3) BORRO, L. (2) BORRO, L. C. (2) DRUCKER, D. P. (2) NESHICH, I. A. P. (2) SARAIVA, A. M. (2) SOARES, F. M. (2) ACOSTA, A. L. (1) AGOSTINI, K. (1) ALBERTINI, B. (1) ALBERTINI, B. C. (1) ALEIXO, K. P. (1) ALVES-DOS-SANTOS, I. (1) AMORIM, F. W. (1) ARAUJO, A. C. (1) Mais... Palavra-chave Polinização (2) Proteins (2) Agricultura (1) Agriculture (1) Amino acid residues (1) Amino acids (1) Aminoácido (1) Análise multivariada da variância (1) Aprendizado de máquina (1) Artificial intelligence (1) Biodiversidade (1) Biodiversity informatics (1) Biodiversity information (1) Bioinformatics (1) Bioinformática (1) Biologia computacional (1) Biologia. (1) Biological sciences (1) Blue Star STING (1) Ciência Cidadã (1) Mais... Tipo do documento Artigo de periódico (4) Anais e Proceedings de eventos (1) Livros (1) Parte de livro (1) Ano 2022 (2) 2020 (1) 2018 (1) 2015 (1) 2014 (2) País Brazil (7) Idioma Inglês (5) Português (2)		Ordenar por:  Relevância Autor Título Ano Registros recuperados: 7 Primeira ... 1 ... Última A comparison between internal protein nanoenvironments of alfa-helices and beta-sheets. Repositório Alice MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; BORRO, L.; NESHICH, G.. In this paper we would first like to address a full characterization of the nanoenvironment found at beta sheet locations and then compare those characteristics with the ones we already published for alpha helical secondary structure elements. For such characterization, we use here, as in our previous work about alpha helical nanoenvironments, set of STING protein structure descriptors. Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Estrutura proteica; Nanoambiente; Análise multivariada da variância; Multivariate analysis of variance; Protein structure. Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1128873 Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. Repositório Alice JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G.. Biologia computacional, uma nova ciência aplicada. Desenho racional de drogas, fármacos e agroquímicos. Biologia computacional na Embrapa. Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bioinformática; Biologia computacional; Agricultura; Bioinformatics; Agriculture. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1010715 Data standardization of plant-pollinator interactions. Repositório Alice SALIM, J. A.; SARAIVA, A. M.; ZERMOGLIO, P. F.; AGOSTINI, K.; WOLOWSKI, M.; DRUCKER, D. P.; SOARES, F. M.; BERGAMO, P. J.; VARASSIN, I. G.; FREITAS, L.; MAUES, M. M.; RECH, A. R.; VEIGA, A. K.; ACOSTA, A. L.; ARAUJO, A. C.; NOGUEIRA, A.; BLOCHTEIN, B.; FREITAS, B. M.; ALBERTINI, B. C.; MAIA-SILVA, C.; NUNES, C. E. P.; PIRES, C. S. S.; SANTOS, C. F. dos; QUEIROZ, E. P.; CARTOLANO, E. A.; OLIVEIRA, F. F. de; AMORIM, F. W.; FONTÚRBEL, F. E.; SILVA, G. V. da; CONSOLARO, H.; ALVES-DOS-SANTOS, I.; MACHADO, I. C.; SILVA, J. S.; ALEIXO, K. P.; CARVALHEIRO, L. G.; ROCCA, M. A.; PINHEIRO, M.. Abstract. Background: Animal pollination is an important ecosystem function and service, ensuring both the integrity of natural systems and human well-being. Although many knowledge shortfalls remain, some high-quality data sets on biological interactions are now available. The development and adoption of standards for biodiversity data and metadata has promoted great advances in biological data sharing and aggregation, supporting large-scale studies and science-based public policies. However, these standards are currently not suitable to fully support interaction data sharing. Results: Here we present a vocabulary of terms and a data model for sharing plant-pollinator interactions data based on the Darwin Core standard. The vocabulary introduces 48 new... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Padronização de dados; Informação sobre biodiversidade; Termos de vocabulário; Polinizador; Informática para biodiversidade; Interação planta-polinizador; Biodiversity information; Darwin Core; Vocabulary of terms; Pollinator; Biodiversity informatics; Polinização; Biodiversidade; Pollination. Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1143956 FIT Count Brasil: monitoramento de visitantes florais por contagem. Infoteca-e KOFFLER, S.; SOARES, F. M.; GHILARDI-LOPES, N. P.; ALBERTINI, B.; DRUCKER, D. P.; SALIM, J. A.; NUNES-SILVA, P.; FRANCOY, T. M.; SARAIVA, A. M.; CARVELL, C.. A Série de livros "Ciência Cidadã" tem como objetivo apresentar ao público diferentes questões científicas que podem ser trabalhadas com o auxílio de cientistas cidadãos e motivar diferentes pessoas (como você, por exemplo) a atuarem como cientistas cidadãos. No presente livro, apresentamos o protocolo intitulado "FIT COUNT: contagem cronometrada de visitantes florais". Tipo: Livros Palavras-chave: Ciência Cidadã; Conservação biológica; Polinização. Ano: 2022 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1150247 Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. Repositório Alice BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.. In order to improve binding affinity prediction, we developed a new scoring function, named STINGSF, derived from physical-chemical and structural features that describe the protein-ligand interaction nano-environment of experimentally determined structures. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Interação proteína-ligante; Aprendizado de máquina; Inteligência artificial; Protein-ligand interaction; Scoring functions; Machine learning; Artificial intelligence. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1032260 Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Repositório Alice MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.. Protein-protein interactions are involved in nearly all regulatory processes in the cell and are considered one of the most important issues in molecular biology and pharmaceutical sciences but are still not fully understood. Structural and computational biology contributed greatly to the elucidation of the mechanism of protein interactions. In this paper, we present a collection of the physicochemical and structural characteristics that distinguish interface-forming residues (IFR) from free surface residues (FSR). We formulated a linear discriminative analysis (LDA) classifier to assess whether chosen descriptors from the BlueStar STING database (http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/) are suitable for such a task. Receiver operating characteristic (ROC)... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Interações proteína-proteína.; Biologia.; Proteins; Biological sciences. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/981215 Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. Repositório Alice MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G.. Protein secondary structure elements (PSSEs) such as [alfa]-helices, [beta]-strands, and turns are the primary building blocks of the tertiary protein structure. Our primary interest here is to reveal the characteristics of the nanoenvironment formed by both PSSEs and their surrounding amino acid residues (AARs), which might contribute to the general understanding of how proteins fold. Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Teste estatístico; Estrutura secundária de proteína; MANOVA; Student's t-test; Kolmogorov-Smirnov test; Blue Star STING; Protein secondary structure elements; Amino acid residues; Proteína; Aminoácido; Proteins; Statistical analysis; Amino acids. Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093429 Registros recuperados: 7 Primeira ... 1 ... Última

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