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Agricultura digital: definições e tecnologias. Repositório Alice
SOUZA, K. X. S. de; OLIVEIRA, S. R. de M.; MACÁRIO, C. G. do N.; ESQUERDO, J. C. D. M.; MOURA, M. F.; LEITE, M. A. de A.; LIMA, H. P. de; CASTRO, A. de; TERNES, S.; YANO, I. H.; SANTOS, E. H. dos.
Introdução. Tecnologias digitais. Organização, representação e acesso à informação. Modelagem matemática e estatística. Inteligência artificial. Sensores e estudo da terra. Tecnologias convergentes. Considerações finais.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Agricultura digital; Tecnologias digitais; Inteligência artificial; Digital agriculture; Agricultura; Agriculture; Artificial intelligence.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1126215
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Agroclima - Sistema de Monitoramento Agroclimatológico. Repositório Alice
EVANGELISTA, S. R. M.; TERNES, S.; SANTOS, E. H. dos; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..
O objetivo geral deste trabalho é apresentar o Sistema de Monitoramento Agroclimatológico (Agroclima) desenvolvido no âmbito de uma parceria entre a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA), o Centro de Pesquisa e Ensino em Agrícola (CEPAGRI) da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) e o Instituto Agronômico de Campinas (IAC).
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Agroclima; Sistema de Monitoramento Agroclimatológico; Agrometeorologia; Meteorologia.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/3880
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Análise automática de Outorga de recursos hídricos para irrigação. Infoteca-e
SANTOS, E. H. dos; PEREIRA, A. S.; ASSAD, E. D.; EVANGELISTA, S. R. M..
Este trabalho apresenta este módulo, cujo objetivo é auxiliar a ANA na tomada de decisões de forma prática por meio da Web e reduzir o tempo para análise de outorga para irrigação.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: ANA; Agência Nacional de Águas; Tomada de decisões; Outorga de recursos hídricos.; Irrigação..
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8833
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Arcabouço para desenvolvimento de simuladores de sistemas dinâmicos contínuos e hierárquicos. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; BARIONI, L. G.; SANTOS, E. H. dos; DIAS, F. R. T.; SANTOS, J. W. dos; ABREU, L. L. B. de; TININI, L. V. S..
Resumo. Um arcabouço (framework) orientado a objetos para o desenvolvimento de simuladores de sistemas dinâmicos contínuos com suporte à hierarquia é descrito. O arcabouço surgiu da necessidade de uma ferramenta para facilitar e padronizar o desenvolvimento de modelos de simulação baseados em processo em projetos de pesquisa na Embrapa. Um dos requisitos do desenvolvimento foi modularidade e simplicidade de código para facilitar o desenvolvimento de modelos por equipes multidisciplinares de pesquisa e implementação por grupos de estagiários/bolsistas com alta rotatividade. Também provê desempenho superior a ferramentas de modelagem típicas, que geralmente tem código interpretado. Modelos componentes, geralmente desenvolvidos por equipes de especialistas em...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software de simulação; Modelagem matemática.; Simulação..
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/981039
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Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3005
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Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Repositório Alice
HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two alignments is also presented.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura secundária de proteínas; Sting; Multiple sequence alignment; Residue conservation; Relative entropy; Bioinformatics; Protein structure; Protein secondary structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/8262
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Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. Infoteca-e
BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K..
bitstream/CNPTIA/11660/1/bp17.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1327
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CodeCharge: gerador de códigos para aplicações Web. Infoteca-e
SANTOS, E. H. dos.
Características do CodeCharge.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: CodeCharge; Gerador de códigos; Web.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/2156
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Compilação de coeficientes de cultura (Kc) determinados em condições brasileiras. Repositório Alice
PEREIRA, A. S.; SANTOS, E. H. dos; EVANGELISTA, S. R. M.; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..
This study is a bibliographical research about crop coefficients (Kc) obtained in Brazilian conditions. The results showed that Kc values must be standardized, mainly in relation to its determination and presentation. Kc determinations needs to include a larger number of crops and with larger representation of the environmental conditions.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Colheita; Crop coefficient.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1020796
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Compilação de coeficientes de cultura (Kc) determinados em condições brasileiras. Repositório Alice
PEREIRA, A. S.; SANTOS, E. H. dos; EVANGELISTA, S. R. M.; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Coeficientes de cultura.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1021416
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Degradação florestal e mudanças de uso e cobertura da terra no território Sul de Roraima. Repositório Alice
SAMPAIO, T. S.; XAUD, M. R.; LIMA, L. M.; SANTOS, E. H. dos; XAUD, H. A. M..
Com o intuito de contribuir para análise e compartilhamento local de dados sobre degradação florestal e uso da terra, o projeto TERRAMZ (Conhecimento Compartilhado para Gestão Territorial Local na Amazônia) organiza dados geoespaciais ao longo das séries temporais disponibilizadas pelos programas de monitoramento (PRODES, DEGRAD, DETER e TERRACLASS), com ênfase nos territórios da cidadania trabalhados pelo projeto TERRAMZ (Roraima, Acre, Amazonas, Amapá e Maranhão). Em Roraima, o território trabalhado é o sul do Estado, englobando cinco municípios (Caracaraí, Rorainópolis, São Luiz, São João da Baliza e Caroebe). O objetivo do presente trabalho foi analisar os dados de degradação florestal e do uso e cobertura da terra e suas respectivas trajetórias....
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Terraclass; Desmatamento; Meio Ambiente.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1137266
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Desenvolvimento de um módulo para análise automática de outorga de recursos hídricos para irrigação. Repositório Alice
SANTOS, E. H. dos; PEREIRA, A. S.; ASSAD, E. D.; EVANGELISTA, S. R. M..
Neste trabalho foi desenvolvido um módulo para auxiliar a Agência Nacional de Águas (ANA) nos trabalhos de análises de outorga de direito de uso de recursos hídricos para irrigação. Esse módulo utiliza informações de precipitação pluviométrica e evapotranspiração potencial do Sistema Agritempo e conjuntamente com informações fornecidas pelo usuário gera uma planilha de dados no formato Excel que contém fórmulas para cálculos de balanço hídrico, necessidade de irrigação mensal e anual para o processo de outorga.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Recurso hídrico; Irrigação.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074245
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Desenvolvimento de um módulo para cálculo de balanços hídricos para outorga de uso da água para irrigação. Repositório Alice
PEREIRA, A. S.; SANTOS, E. H. dos; EVANGELISTA, S. R. M.; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..
In this work a module was developed to aid the National Agency of Waters (ANA) in the works of analyses of permits for use of water to irrigation. This module uses rainfall values and reference evapotranspiration of the Agritempo System (www.agritempo.gov.br) and with informations supplied by the user generates a spreadsheet of data in the Excel format. The spreadsheet contains equations for calculations of water balances and monthly and annual needs of irrigation for the permits for use of water.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Balanço hídrico.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1020786
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Detecção de erros de montagens em regiões gênicas. Repositório Alice
HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R..
Muitos genomas ainda apresentam erros de montagem. Tais erros são particularmente graves se ocorrerem em regiões gênicas, pois muitos trabalhos científicos se concentram exatamente nessas regiões por razões óbvias. Uma forma de tentar identificar erros de montagens em regiões gênicas é utilizar sequencias adquiras de forma independente, como, por exemplo bases de ESTs ou bases de Full length cDNA (FlcDNA). O foco deste trabalho é propor uma metodologia de Bioinformática que utiliza bibliotecas de FlcDNA para detectar tais erros.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Erros de montagem em genomas; Bioinformática.; Bos Taurus.; Genome; Bioinformatics..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/876201
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Encapsulando um sistema gerenciador de ensaios de genotipagem e de marcadores moleculares em containers Docker. Infoteca-e
GERMANO, E.; NARCISO, M. G.; SANTOS, E. H. dos.
Resumo. O crescente número de componentes de software a serem integrados e testados durante o processo de implantação de um sistema exige pleno controle de alocação dos recursos computacionais. A solução utilizada durante o desenvolvimento do GeneMaisLab, "Sistema gerenciador de dados de genotipagem", consiste no uso de serviços da plataforma Docker e do sistema de distribuição de carga HAProxy para o escalonamento dos serviços web. O Docker é uma ferramenta projetada para facilitar a criação, a implementação e a execução de aplicativos usando containers. Esses permitem que um desenvolvedor empacote um aplicativo com todas as partes que precisa, como bibliotecas e outras dependências, e envie tudo como um único pacote de software. A solução utilizada no...
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Plataforma Docker; GeneMaisLab; HAProxy.
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1101381
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Estrutura básica do MicroArray Gene Expression Markup Language - MAGE-ML. Infoteca-e
SANTOS, E. H. dos.
Um dos objetivos da Rede Genômica Animal é a identificação de genes que contribuam para o melhoramento de características de interesse econômico em animais de produção. Uma das ferramentas para prospecção e análise desses genes é o Microarranjo de DNA, uma técnica que permite avaliar a expressão gênica em condições específicas. Apesar de seu uso amplamente difundido na comunidade científica, os procedimentos e as informações de experimentos nem sempre são padronizados, a despeito dos esforços na criação de uma linguagem padrão como o MAGE-ML. Este documento visa apresentar o padrão MAGE-ML para aqueles que ainda não se utilizam desse recurso e gostariam de aprender um pouco a respeito.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Microarranjo de DNA; MAGE-ML; Expressão gênica; Microarray technology; Gene expression.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883658
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Gene+: uma solução computacional distribuída para gerenciar ensaios de genotipagem e marcadores moleculares. Infoteca-e
GERMANO, E.; SILVA, H. de O.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G..
Um ensaio de genotipagem é constituído de um conjunto de informações de amostras e marcadores moleculares para realização de experimentos destinados ao melhoramento genético. O desafio de gerenciar os dados dos ensaios em uma base de dados estruturada e permitir a exploração deles a partir de uma interface acessível via serviços web, é o principal objetivo do Gene+. Um modelo arquitetural foi elaborado e uma implementação está sendo realizada. Nessa implementação é utilizado um Application Programming Interface (API) Gateway com a finalidade de compor os serviços web e integrá-los com outros sistemas da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa). Como forma de validar o modelo proposto, foi desenvolvido uma aplicação web usando o Google Web...
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Aplicação web; Sistema computacional; Gestão de dados; Dados genotípicos; Dados fenotípicos; API Gateway.
Ano: 2017 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1080976
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Guia prático para aplicação do método da diagnose da composição nutricional (CND): exemplo de uso na cultura da cana-de-açúcar. Infoteca-e
TRASPADINI, E. I. F.; PRADO, R. M.; VAZ, G. J.; SILVA, F. C. da; MANCINI, A. L.; SILVA, G. P. da; SANTOS, E. H. dos; WADT, P. G. S..
Interpretação do estado nutricional. O cálculo do método CND. Média geométrica. Relação multivariada. Norma CND. Índice CND. Potencial de Resposta da planta a Adubação (PRA). Guia para cálculo e interpretação do estado nutricional da planta. Organização dos dados. Média da produtividade e classe produtiva. Cálculo do componente R. Média geométrica. Relação multivariada dos nutrientes. Relação multivariada dos nutrientes. Norma CND. Interpretação do Estado Nutricional. Exemplo de Interpretação do Estado Nutricional.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Nutrição Vegetal; Cana de Açúcar; Disease diagnosis; Plant nutrition; Sugarcane..
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1103108
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Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
bitstream/CNPTIA/10852/1/comtec67.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/9102
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Identificando redes gênicas a partir de dados de expressão de microarranjos. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B..
Recentemente, iniciamos a implementação de uma metodologia de construção de redes de co-expressão baseada no algoritmo WGCNA (Zangh & Horvath, 2005), utilizando os dados de microarranjos gerados pela Rede Genômica Animal e os resultados têm sido promissores. Nossa proposta é implantar essa metodologia no pipeline de análise de dados de microarranjos gerados pela Embrapa, com o objetivo de explorar amplamente os dados disponibilizados por essa tecnologia, contribuindo para a prospecção de genes economicamente importantes dentro dos programas de melhoramento genético da empresa.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Redes gênicas; Técnica de microarranjos; Co-expressão gênica; Rede Genômica Animal; Microarray technology; Genetic improvement.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/875234
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