SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

Agroclima - Sistema de Monitoramento Agroclimatológico.

SOUZA, K. X. S. de; OLIVEIRA, S. R. de M.; MACÁRIO, C. G. do N.; ESQUERDO, J. C. D. M.; MOURA, M. F.; LEITE, M. A. de A.; LIMA, H. P. de; CASTRO, A. de; TERNES, S.; YANO, I. H.; SANTOS, E. H. dos.

Introdução. Tecnologias digitais. Organização, representação e acesso à informação. Modelagem matemática e estatística. Inteligência artificial. Sensores e estudo da terra. Tecnologias convergentes. Considerações finais.

Tipo: Parte de livro

Palavras-chave: Agricultura digital; Tecnologias digitais; Inteligência artificial; Digital agriculture; Agricultura; Agriculture; Artificial intelligence.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1126215

EVANGELISTA, S. R. M.; TERNES, S.; SANTOS, E. H. dos; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..

O objetivo geral deste trabalho é apresentar o Sistema de Monitoramento Agroclimatológico (Agroclima) desenvolvido no âmbito de uma parceria entre a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA), o Centro de Pesquisa e Ensino em Agrícola (CEPAGRI) da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) e o Instituto Agronômico de Campinas (IAC).

Análise automática de Outorga de recursos hídricos para irrigação.

Palavras-chave: Agroclima; Sistema de Monitoramento Agroclimatológico; Agrometeorologia; Meteorologia.

Ano: 2003

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/3880

SANTOS, E. H. dos; PEREIRA, A. S.; ASSAD, E. D.; EVANGELISTA, S. R. M..

Este trabalho apresenta este módulo, cujo objetivo é auxiliar a ANA na tomada de decisões de forma prática por meio da Web e reduzir o tempo para análise de outorga para irrigação.

Arcabouço para desenvolvimento de simuladores de sistemas dinâmicos contínuos e hierárquicos.

Palavras-chave: ANA; Agência Nacional de Águas; Tomada de decisões; Outorga de recursos hídricos.; Irrigação..

Ano: 2003

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8833

Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer.

MANCINI, A. L.; BARIONI, L. G.; SANTOS, E. H. dos; DIAS, F. R. T.; SANTOS, J. W. dos; ABREU, L. L. B. de; TININI, L. V. S..

Resumo. Um arcabouço (framework) orientado a objetos para o desenvolvimento de simuladores de sistemas dinâmicos contínuos com suporte à hierarquia é descrito. O arcabouço surgiu da necessidade de uma ferramenta para facilitar e padronizar o desenvolvimento de modelos de simulação baseados em processo em projetos de pesquisa na Embrapa. Um dos requisitos do desenvolvimento foi modularidade e simplicidade de código para facilitar o desenvolvimento de modelos por equipes multidisciplinares de pesquisa e implementação por grupos de estagiários/bolsistas com alta rotatividade. Também provê desempenho superior a ferramentas de modelagem típicas, que geralmente tem código interpretado. Modelos componentes, geralmente desenvolvidos por equipes de especialistas em...

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Software de simulação; Modelagem matemática.; Simulação..

Ano: 2013

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/981039

NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..

O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.

Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments.

Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.

Ano: 2006

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3005

Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes.

HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..

The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two alignments is also presented.

Tipo: Artigo de periódico

Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura secundária de proteínas; Sting; Multiple sequence alignment; Residue conservation; Relative entropy; Bioinformatics; Protein structure; Protein secondary structure.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/8262

CodeCharge: gerador de códigos para aplicações Web.

BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K..

bitstream/CNPTIA/11660/1/bp17.pdf

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína.

Ano: 2007

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1327

SANTOS, E. H. dos.

Características do CodeCharge.

Compilação de coeficientes de cultura (Kc) determinados em condições brasileiras.

Palavras-chave: CodeCharge; Gerador de códigos; Web.

Ano: 2002

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/2156

Compilação de coeficientes de cultura (Kc) determinados em condições brasileiras.

PEREIRA, A. S.; SANTOS, E. H. dos; EVANGELISTA, S. R. M.; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..

This study is a bibliographical research about crop coefficients (Kc) obtained in Brazilian conditions. The results showed that Kc values must be standardized, mainly in relation to its determination and presentation. Kc determinations needs to include a larger number of crops and with larger representation of the environmental conditions.

Tipo: Separatas

Palavras-chave: Colheita; Crop coefficient.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1020796

Degradação florestal e mudanças de uso e cobertura da terra no território Sul de Roraima.

PEREIRA, A. S.; SANTOS, E. H. dos; EVANGELISTA, S. R. M.; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..

Tipo: Separatas

Palavras-chave: Coeficientes de cultura.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1021416

SAMPAIO, T. S.; XAUD, M. R.; LIMA, L. M.; SANTOS, E. H. dos; XAUD, H. A. M..

Com o intuito de contribuir para análise e compartilhamento local de dados sobre degradação florestal e uso da terra, o projeto TERRAMZ (Conhecimento Compartilhado para Gestão Territorial Local na Amazônia) organiza dados geoespaciais ao longo das séries temporais disponibilizadas pelos programas de monitoramento (PRODES, DEGRAD, DETER e TERRACLASS), com ênfase nos territórios da cidadania trabalhados pelo projeto TERRAMZ (Roraima, Acre, Amazonas, Amapá e Maranhão). Em Roraima, o território trabalhado é o sul do Estado, englobando cinco municípios (Caracaraí, Rorainópolis, São Luiz, São João da Baliza e Caroebe). O objetivo do presente trabalho foi analisar os dados de degradação florestal e do uso e cobertura da terra e suas respectivas trajetórias....

Desenvolvimento de um módulo para análise automática de outorga de recursos hídricos para irrigação.

Palavras-chave: Terraclass; Desmatamento; Meio Ambiente.

Ano: 2021

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1137266

SANTOS, E. H. dos; PEREIRA, A. S.; ASSAD, E. D.; EVANGELISTA, S. R. M..

Neste trabalho foi desenvolvido um módulo para auxiliar a Agência Nacional de Águas (ANA) nos trabalhos de análises de outorga de direito de uso de recursos hídricos para irrigação. Esse módulo utiliza informações de precipitação pluviométrica e evapotranspiração potencial do Sistema Agritempo e conjuntamente com informações fornecidas pelo usuário gera uma planilha de dados no formato Excel que contém fórmulas para cálculos de balanço hídrico, necessidade de irrigação mensal e anual para o processo de outorga.

Desenvolvimento de um módulo para cálculo de balanços hídricos para outorga de uso da água para irrigação.

Palavras-chave: Recurso hídrico; Irrigação.

Ano: 2004

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074245

Detecção de erros de montagens em regiões gênicas.

PEREIRA, A. S.; SANTOS, E. H. dos; EVANGELISTA, S. R. M.; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..

In this work a module was developed to aid the National Agency of Waters (ANA) in the works of analyses of permits for use of water to irrigation. This module uses rainfall values and reference evapotranspiration of the Agritempo System (www.agritempo.gov.br) and with informations supplied by the user generates a spreadsheet of data in the Excel format. The spreadsheet contains equations for calculations of water balances and monthly and annual needs of irrigation for the permits for use of water.

Tipo: Separatas

Palavras-chave: Balanço hídrico.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1020786

HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R..

Muitos genomas ainda apresentam erros de montagem. Tais erros são particularmente graves se ocorrerem em regiões gênicas, pois muitos trabalhos científicos se concentram exatamente nessas regiões por razões óbvias. Uma forma de tentar identificar erros de montagens em regiões gênicas é utilizar sequencias adquiras de forma independente, como, por exemplo bases de ESTs ou bases de Full length cDNA (FlcDNA). O foco deste trabalho é propor uma metodologia de Bioinformática que utiliza bibliotecas de FlcDNA para detectar tais erros.

Encapsulando um sistema gerenciador de ensaios de genotipagem e de marcadores moleculares em containers Docker.

Palavras-chave: Erros de montagem em genomas; Bioinformática.; Bos Taurus.; Genome; Bioinformatics..

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/876201

GERMANO, E.; NARCISO, M. G.; SANTOS, E. H. dos.

Resumo. O crescente número de componentes de software a serem integrados e testados durante o processo de implantação de um sistema exige pleno controle de alocação dos recursos computacionais. A solução utilizada durante o desenvolvimento do GeneMaisLab, "Sistema gerenciador de dados de genotipagem", consiste no uso de serviços da plataforma Docker e do sistema de distribuição de carga HAProxy para o escalonamento dos serviços web. O Docker é uma ferramenta projetada para facilitar a criação, a implementação e a execução de aplicativos usando containers. Esses permitem que um desenvolvedor empacote um aplicativo com todas as partes que precisa, como bibliotecas e outras dependências, e envie tudo como um único pacote de software. A solução utilizada no...

Estrutura básica do MicroArray Gene Expression Markup Language - MAGE-ML.

Palavras-chave: Plataforma Docker; GeneMaisLab; HAProxy.

Ano: 2018

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1101381

Gene+: uma solução computacional distribuída para gerenciar ensaios de genotipagem e marcadores moleculares.

SANTOS, E. H. dos.

Um dos objetivos da Rede Genômica Animal é a identificação de genes que contribuam para o melhoramento de características de interesse econômico em animais de produção. Uma das ferramentas para prospecção e análise desses genes é o Microarranjo de DNA, uma técnica que permite avaliar a expressão gênica em condições específicas. Apesar de seu uso amplamente difundido na comunidade científica, os procedimentos e as informações de experimentos nem sempre são padronizados, a despeito dos esforços na criação de uma linguagem padrão como o MAGE-ML. Este documento visa apresentar o padrão MAGE-ML para aqueles que ainda não se utilizam desse recurso e gostariam de aprender um pouco a respeito.

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Microarranjo de DNA; MAGE-ML; Expressão gênica; Microarray technology; Gene expression.

Ano: 2010

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883658

GERMANO, E.; SILVA, H. de O.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G..

Um ensaio de genotipagem é constituído de um conjunto de informações de amostras e marcadores moleculares para realização de experimentos destinados ao melhoramento genético. O desafio de gerenciar os dados dos ensaios em uma base de dados estruturada e permitir a exploração deles a partir de uma interface acessível via serviços web, é o principal objetivo do Gene+. Um modelo arquitetural foi elaborado e uma implementação está sendo realizada. Nessa implementação é utilizado um Application Programming Interface (API) Gateway com a finalidade de compor os serviços web e integrá-los com outros sistemas da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa). Como forma de validar o modelo proposto, foi desenvolvido uma aplicação web usando o Google Web...

Guia prático para aplicação do método da diagnose da composição nutricional (CND): exemplo de uso na cultura da cana-de-açúcar.

Palavras-chave: Aplicação web; Sistema computacional; Gestão de dados; Dados genotípicos; Dados fenotípicos; API Gateway.

Ano: 2017

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1080976

Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD.

TRASPADINI, E. I. F.; PRADO, R. M.; VAZ, G. J.; SILVA, F. C. da; MANCINI, A. L.; SILVA, G. P. da; SANTOS, E. H. dos; WADT, P. G. S..

Interpretação do estado nutricional. O cálculo do método CND. Média geométrica. Relação multivariada. Norma CND. Índice CND. Potencial de Resposta da planta a Adubação (PRA). Guia para cálculo e interpretação do estado nutricional da planta. Organização dos dados. Média da produtividade e classe produtiva. Cálculo do componente R. Média geométrica. Relação multivariada dos nutrientes. Relação multivariada dos nutrientes. Norma CND. Interpretação do Estado Nutricional. Exemplo de Interpretação do Estado Nutricional.

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Nutrição Vegetal; Cana de Açúcar; Disease diagnosis; Plant nutrition; Sugarcane..

Ano: 2018

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1103108

YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..

bitstream/CNPTIA/10852/1/comtec67.pdf

Identificando redes gênicas a partir de dados de expressão de microarranjos.

Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.

Ano: 2005

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/9102

GIACHETTO, P. F.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B..

Recentemente, iniciamos a implementação de uma metodologia de construção de redes de co-expressão baseada no algoritmo WGCNA (Zangh & Horvath, 2005), utilizando os dados de microarranjos gerados pela Rede Genômica Animal e os resultados têm sido promissores. Nossa proposta é implantar essa metodologia no pipeline de análise de dados de microarranjos gerados pela Embrapa, com o objetivo de explorar amplamente os dados disponibilizados por essa tecnologia, contribuindo para a prospecção de genes economicamente importantes dentro dos programas de melhoramento genético da empresa.