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Accuracy of genome-wide imputation in Braford and Hereford beef cattle. Repositório Alice
PICCOLI, M. L.; BRACCINI, J. B.; CARDOSO, F. F.; SARGOLZAEI, M.; LARMER, S. G.; SCHENKEL, F. S..
Article 157.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovino.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008091
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Accuracy of genotype imputation with different low density panels in Braford and Hereford cattle. Repositório Alice
PICCOLI, M. L.; BRACINNI NETO, J.; CARDOSO, F. F.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL, F. S..
The main objective of this research was to test alternative low density SNP panels to impute Illumina 50K SNP panel genotypes in Braford and Hereford cattle. Genotypes from 3,768 Hereford, Braford and Nellore animals were used for testing imputation from low density SNP panels (3K, 6K, 8K, 15K and 20K) to the Illumina 50K SNP panel, under four different scenarios: including or not Nellore genotypes in the reference population in combination with the use or not of pedigree information. There were no significant differences in imputation accuracy among these four scenarios within each panel. However, significant differences between panels were found. The best accuracy was given by a customized 15K SNP panel, with an overall genotype concordance rate of...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/995739
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Association of the adiponectin receptor 1 gene with bone integrity traits in a paternal broiler line. Repositório Alice
CRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; SAVEGNAGO, R. P.; NASCIMENTO, G. B.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL. F. S.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético animal.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014222
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
bitstream/item/101136/1/PROCI-2014.00012.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide; Growth trait; Race Canchim; Raça Canchim; Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/984641
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.O; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
2014
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide; Growth trait; Race Canchim; Gado de corte; Raça Canchim.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/986150
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JÚNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A.; MUNARI, D. P..
Abstract. Studies are being conducted on the applicability of genomic data to improve the accuracy of the selection process in livestock, and genome-wide association studies (GWAS) provide valuable information to enhance the understanding on the genetics of complex traits. The aim of this study was to identify genomic regions and genes that play roles in birth weight (BW), weaning weight adjusted for 210 days of age (WW), and long-yearling weight adjusted for 420 days of age (LYW) in Canchim cattle. GWAS were performed by means of the Generalized Quasi-Likelihood Score (GQLS) method using genotypes from the BovineHD BeadChip and estimated breeding values for BW, WW, and LYW. Data consisted of 285 animals from the Canchim breed and 114 from the MA genetic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide association study; Gado de corte; Beef cattle.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003481
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Genomic predictions for economically important traits in Brazilian Braford and Hereford beef cattle using true and imputed genotypes. Repositório Alice
PICCOLI, M. L.; BRITO, L. F.; BRACCINI, J.; CARDOSO, F. F.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL, F. S..
Genomic selection (GS) has played an important role in cattle breeding programs. However, genotyping prices are still a challenge for implementation of GS in beef cattle and there is still a lack of information about the use of low-density Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) chip panels for genomic predictions in breeds such as Brazilian Braford and Hereford. Therefore, this study investigated the effect of using imputed genotypes in the accuracy of genomic predictions for twenty economically important traits in Brazilian Braford and Hereford beef cattle. Various scenarios composed by different percentages of animals with imputed genotypes and different sizes of the training population were compared.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Gado de corte; Seleção genótipa.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073847
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Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Beef cattle; Composite; Desequilíbrio de ligação; Genome wide association studies; Halplotype block; Linjage disequilibirium; Polimorfismo de nucleotídeo único; Beef cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism; Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006604
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Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B. da; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Genome wide association studies; Desequilíbrio de ligação; Gado de corte; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003463
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