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A comparison of regression methods based on dimensional reduction for genomic prediction. Repositório Alice
COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C..
multicollinearity and high dimensionality problems, making it impossible to obtain stable estimates through the traditional method of estimation based on ordinary least squares. To overcome such challenges, dimensionality reduction methods have been proposed, because of their simple theory and easy application. We compared three dimensionality reduction methods: Principal Components Regression (PCR), Partial Least Squares (PLS), and Independent Components Regression (ICR). An important step for dimensionality reduction and prediction is selecting the number of components, as it affects the linear combinations of the explanatory variables. The linear combinations are inserted into the model to predict the response based on a reduced number of parameters. We...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Regression analysis; Genomics.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1139234
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Abordagem bayesiana para avaliação da adaptabilidade e estabilidade de genótipos de alfafa. Repositório Alice
NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; SAFADI, T.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; CRUZ, C. D..
Tipo: Separatas Palavras-chave: PRIOR INFORMATIVA.; Medicago Sativa..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906555
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Acurácia preditiva de testes clonais de Eucalyptus spp. utilizando efeitos aditivos do parentesco e validação cruzada. Repositório Alice
RESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; TAKAHASHI, E. K..
O uso de extensos plantios clonais é uma prática consenso nas empresas florestais. No entanto, os modelos estatísticos e o tamanho das parcelas utilizadas na seleção dos clones superiores ainda é uma questão entre os melhoristas florestais. Com base em 11 experimentos contendo parcelas semelhantes aos plantios comerciais e 63 clones, este trabalho objetivou avaliar o uso de informação de pedigree, heterogeneidade genética entre ambientes e a possibilidade de redução de parcelas, a fim de otimizar a predição do incremento médio anual (IMA) realizando validação cruzada entre ambientes. Os ambientes proporcionaram altas herdabilidades no sentido-restrito (entre 0,65 a 0,95) e forte alteração dos rankings entre experimentos. A inclusão de parentesco e...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Modelo misto.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083096
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Applying the metafounders approach for genomic evaluation in a multibreed beef cattle population. Repositório Alice
JUNQUEIRA, V. S.; LOPES, P. S.; LOURENCO, D.; SILVA, F. F. e; CARDOSO, F. F..
Pedigree information is incomplete by nature and commonly not well-established because many of the genetic ties are not known a priori or can be wrong. The genomic era brought new opportunities to assess relationships between individuals. However, when pedigree and genomic information are used simultaneously, which is the case of single-step genomic BLUP (ssGBLUP), defining the genetic base is still a challenge. One alternative to overcome this challenge is to use metafounders, which are pseudo-individuals that describe the genetic relationship between the base population individuals. The purpose of this study was to evaluate the impact of metafounders on the estimation of breeding values for tick resistance under ssGBLUP for a multibreed population...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bovino; Seleção Genótipa.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127712
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Combined index of genomic prediction methods applied to productivity traits in rice. Repositório Alice
SUELA, M. M.; LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e.
A cultura do arroz tem grande importância nacional e mundial por ser um dos cereais mais produzidos e consumidos no mundo, caracterizando-se como o principal alimento de mais da metade da população mundial. Em função de sua importância alimentar, desenvolver métodos eficientes que visam a predição e a seleção de indivíduos geneticamente superiores, quanto a características da planta, é de extrema importância para os programas de melhoramento. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi avaliar e comparar a eficiência do método Delta-p, G-BLUP, BayesCpi, BLASSO e o índice Delta-p/G-BLUP, índice Delta-p/BayesCpi e índice Delta-p/BLASSO, na estimação de valores genômicos e dos efeitos de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) em dados fenotípicos...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Predição genômica; Ganho genético; Genomic prediction; Genetic gain; Bayesian alphabet; Molecular bases; Regression; Índice de Seleção; Selection index.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110881
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Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. Repositório Alice
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R..
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Marcadores SNP; Regressão Bayesiana; Statistics; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084055
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Controle de qualidade de dados genotípicos para estudos genômicos em clones de eucalipto. Repositório Alice
FARIA, G. M. P. de; PEREIRA, C. S.; GRANATO, I. S. C.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SASALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Espécie exótica; Seleção genômica; Valor genético.; Clone; Eucalipto..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/968428
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Desempenho de cordeiros Santa Inês, oriundos de parto simples e duplos, submetidos a comedouro seletivo na fase de pré-desmame. Repositório Alice
CORREIRA NETO, J.; MUNIZ, E. N.; SA, C. O. de; AZEVEDO, H. C.; RANGEL, J. H. de A.; SILVA, F. F. e; GUIMARAES, S. E. F..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: CORDEIRO.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1068278
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Efeito da autocorrelação residual na avaliação genética de cabras para a produção de leite e para o formato da curva de lactação. Repositório Alice
MELO, A. L. P.; TORRES, R. A.; SILVA, F. F. e; RIBEIRO JUNIOR, J. I.; RODRIGUES, M. T.; MENEZES, G. R. de O..
Avaliou-se o efeito da autocorrelação residual sobre a qualidade das estimativas dos parâmetros genéticos para produção total de leite (PL) e para os coeficientes a, b e c do modelo de Wood e, consequentemente, sobre a classificação dos animais para estas características. O modelo de Wood foi ajustado às lactações de cabras considerando-se três situações de estrutura residual: (EI) ? erros independentes, (AR1) ? erros autorregressivos de primeira ordem e (EI ? AR1) ? erros AR1 somente para as lactações que apresentaram autocorrelação residual significativa e EI para as demais. As estimativas dos coeficientes a, b e c e PL foram utilizadas como variáveis dependentes em um modelo animal multicaracterístico, o qual incluiu os efeitos aleatórios de animal e de...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Produção de leite.; Caprino; Curva de Lactação; Melhoramento Genético Animal..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/905359
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Evaluation of a new additive-dominance genomic model and implications for quantitative genetics and genomic selection. Repositório Alice
MIRANDA, T. L. R.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; NUNES, A. C. P.; TAKAHASHI, E. K.; SIMIQUELI, G. F.; SILVA, F. F. e; ALVES, R. S..
The Fisher?s infinitesimal model is traditionally used in quantitative genetics and genomic selection, and it attributes most genetic variance to additive variance. Recently, the dominance maximization model was proposed and it prioritizes the dominance variance based on alternative parameterizations. In this model, the additive effects at the locus level are introduced into the model after the dominance variance is maximized. In this study, the new parameterizations of additive and dominance effects on quantitative genetics and genomic selection were evaluated and compared with the parameterizations traditionally applied using the genomic best linear unbiased prediction method. As the parametric relative magnitude of the additive and dominance effects...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Melhoramento Genético Vegetal; Seleção Genética; Molecular models; Plant selection guides; Plant breeding.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1139183
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Evaluation of Bayesian methods of genomic association via chromosomic regions using simulated data. Repositório Alice
LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e.
The development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Método de Melhoramento; Melhoramento Genético Vegetal; Genomics; Molecular models; Genetic variance; Plant breeding.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1139182
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Factor analysis applied to genome prediction for high-dimensional phenotypes in pigs. Repositório Alice
TEIXEIRA, F. R. F.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F.; PAIXÃO, D. M.; BARROSO, L. M. A.; VERARDO, L. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S..
The aim of the present study was to propose and evaluate the use of factor analysis (FA) in obtaining latent variables (factors) that represent a set of pig traits simultaneously, for use in genome-wide selection (GWS) studies. We used crosses between outbred F2 populations of Brazilian Piau X commercial pigs. Data were obtained on 345 F2 pigs, genotyped for 237 SNPs, with 41 traits. FA allowed us to obtain four biologically interpretable factors: ?weight?, ?fat?, ?loin?, and ?performance?. These factors were used as dependent variables in multiple regression models of genomic selection (Bayes A, Bayes B, RR-BLUP, and Bayesian LASSO). The use of FA is presented as an interesting alternative to select individuals for multiple variables simultaneously in GWS...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Genome enabled prediction; SNP effects; Análise multivariada.; Melhoramento genético animal; Estatística; Seleção genética.; Animal breeding; Multivariate analysis.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1047516
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Genetic evaluation of grain sorghum hybrids in Brazilian environments using the REML/BLUP procedure. Repositório Alice
ALMEIDA FILHO, J. E. de; TARDIN, F. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; GRANATO, I. S. C.; MENEZES, C. B. de.
When it comes to recommending sorghum (Sorghum bicolor) cultivars, it is essential to carry out a genetic evaluation of the agronomic traits of promising genotypes from several common environments where the crop is cultivated. This study consisted of a genetic evaluation of 52 experimental grain sorghum hybrids and eight commercial cultivars. Hybrids were evaluated in 19 experiments representing the most varied cultivation conditions in Brazil. Traits of agronomic interest such as grain yield, fl owering and plant height were analysed. Genotypic evaluation was performed following the REML/BLUP (Restricted Maximum Likelihood/Best Linear Unbiased Predictor) procedure; the MHPRVG (Harmonic Mean of Relative Performance of Genotypic Values) method was also...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Avaliação genética; Sorghum bicolor; Genótipo; Híbrido; Genotype; Hybrids.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/985638
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Genetic evaluation of grain sorghum hybrids in Brazilian environments using the REML/BLUP procedure. Repositório Alice
ALMEIDA FILHO, J. E. de; TARDIN, F. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; GRANATO, I. S. C.; MENEZES, C. B. de.
When it comes to recommending sorghum (Sorghum bicolor) cultivars, it is essential to carry out a genetic evaluation of the agronomic traits of promising genotypes from several common environments where the crop is cultivated. This study consisted of a genetic evaluation of 52 experimental grain sorghum hybrids and eight commercial cultivars. Hybrids were evaluated in 19 experiments representing the most varied cultivation conditions in Brazil. Traits of agronomic interest such as grain yield, fl owering and plant height were analysed. Genotypic evaluation was performed following the REML/BLUP (Restricted Maximum Likelihood/Best Linear Unbiased Predictor) procedure; the MHPRVG (Harmonic Mean of Relative Performance of Genotypic Values) method was also...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Melhoramento genético.; Sorgo..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1003351
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Genetic evaluation of tropical popcorn inbred lines using BLUP. Repositório Alice
VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; SCAPIM, C. A.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e.
The objectives were to identify superior inbred lines and single-crosses, predict untested hybrids and analyze the importance of pedigree information and the prediction efficiency. We analyzed 24 experiments in the incomplete block design, including 20 tests of hybrids and 4 tests of inbred lines. The expansion volume (EV) and grain yield were measured in each plot. The analyses were made using ASReml software. Analyses of the general combining ability (GCA) effects and the additive genetic values of the inbred lines, and the genotypic values of the hybrids in relation to EV showed that no inbred line selection strategy resulted in a set of clearly superior or inferior inbred lines and hybrids. Including pedigree information resulted in an increase in the...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Melhoramento genético.; Milho..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/914433
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Genetic study of quantitative traits supports the use of Guzerá as dual-purpose cattle. Repositório Alice
CARRARA, E. R.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERONEZE, R.; SILVA, F. F. e; RAMOS, P. V. B.; BRUNELI, F. A. T.; ZADRA, L. E. F.; VENTURA, H. T.; JOSAHKIAN, L. A.; LOPES, P. S..
Objective: The aim of this study was to estimate genetic parameters for 305-day cumulative milk yield and components, growth, and reproductive traits in Guzerá cattle. Methods: The evaluated traits were 305-day first-lactation cumulative yields (kg) of milk (MY305), fat (FY305), protein (PY305), lactose (LY305), and total solids (SY305); age at first calving (AFC) in days; adjusted scrotal perimeter (cm) at the ages of 365 (SP365) and 450 (SP450) days; and adjusted body weight (kg) at the ages of 210 (W210), 365 (W365) and 450 (W450) days. The (co)variance components were estimated using the restricted maximum likelihood method for single-trait, bi-trait and tri-trait analyses. Contemporary groups and additive genetic effects were included in the general...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Precocidade sexual; Bovino; Gado de Corte; Gado Leiteiro; Parâmetro Genético.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1139427
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Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves. Repositório Alice
SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F..
Tipo: Separatas Palavras-chave: SNP markers; Longitudinal data.; Body weight..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072227
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Genome-wide analyses reveal the genetic architecture and candidate genes of indicine, taurine, synthetic crossbreds, and locally adapted cattle in Brazil. Repositório Alice
REGITANO, L. C. de A.; VERARDO, L. L.; SILVA, F. F. e; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; REIS, D. R. de L.; OTTO, P. I.; SILVA, M. V. G. B.; ZANELLA, R.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; EGITO, A. A. do; SILVA, L. O. C. da.
Cattle population history, breeding systems, and geographic subdivision may be reflected in runs of homozygosity (ROH), effective population size (Ne), and linkage disequilibrium (LD) patterns. Thus, the assessment of this information has become essential to the implementation of genomic selection on purebred and crossbred cattle breeding programs. In this way, we assessed the genotype of 19 cattle breeds raised in Brazil belonging to taurine, indicine, synthetic crossbreds, and Iberian-derived locally adapted ancestries to evaluate the overall LD decay patterns, Ne, ROH, and breed composition. We were able to obtain a general overview of the genomic architecture of cattle breeds currently raised in Brazil and other tropical countries. We found that, among...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Rusticidade; Rusticity; Bovino; Gado; Genética Animal; Genoma; Produção Leiteira; Comportamento Animal; Fertilidade Animal; Homozygosity; Population size; Linkage disequilibrium; Milk production; Animal behavior; Animal fertility.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1133730
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Genome-wide association and regional heritability mapping of plant architecture, lodging and productivity in Phaseolus vulgaris. Repositório Alice
RESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SOUZA, T. L. P. O. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
The availability of high-density molecular markers in common bean has allowed to explore the genetic basis of important complex agronomic traits with increased resolution. Genome-Wide Association Studies (GWAS) and Regional Heritability Mapping (RHM) are two analytical approaches for the detection of genetic variants. We carried out GWAS and RHM for plant architecture, lodging and productivity across two important growing environments in Brazil in a germplasm of 188 common bean varieties using DArTseq genotyping strategies. The coefficient of determination of G · E interaction (c2 int) was equal to 17, 21 and 41%, respectively for the traits architecture, lodging, and productivity. Trait heritabilities were estimated at 0.81 (architecture), 0.79 (lodging)...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: RHM QTL; GWAS QTL; DArTseq; Herdabilidade; Phaseolus Vulgaris; Feijão; Melhoramento Genético Vegetal; Heritability; Beans; Plant breeding.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1095838
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Genomic evaluation for novel stayability traits in Nellore cattle. Repositório Alice
RAMOS, P. V. B.; SILVA, F. F. e; SILVA, L. O. C. da; SANTIAGO, G. G.; MENEZES, G. R. de O.; VIANA, J. M. S.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; GONDO, A.; LUIZ F. BRITO.
Cow stayability plays a major role on the overall profitability of the beef cattle industry, as it is directly related to reproductive efficiency and cow's longevity. Stayability (STAY63) is usually defined as the ability of the cow to calve at least three times until 76 months of age. This is a late-measured and lowly heritable trait, which consequently constrains genetic progress per time unit. Thus, the use of genomic information associated with novel stayability traits measured earlier in life will likely result in higher prediction accuracy and faster genetic progress for cow longevity. In this study, we aimed to compare pedigree-based and single-step GBLUP (ssGBLUP) methods as well as to estimate genetic correlations between the proposed stayability...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Cow fertility; Genomic selection; Threshold model; Longevity; Reproductive traits.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1120235
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