SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M.; PROITE, K.; ARAUJO, A. C. G. de; BERTIOLI, S. C. de M. L.; PIC TAYLOR, A.; SILVA, F. R. da; MORGANTE, C. V.; RIBEIRO, S. da G.; BERTIOLI, D. J..

bitstream/item/183184/1/Guimaraes2010-Article-AStudyOfGeneExpressionInTheNem.pdf

A transcriptional approach for identifying genes related to drought stress.

Palavras-chave: Root-knot; Resistance genes; Nematode; Peanut; Meloidogyne Arenaria.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/880983

MARTINS, A. C. Q.; MORGANTE, C. V.; SANTOS, C. M. R.; SILVA, F. R. da; ARAÚJO, A. C. G.; BERTIOLI, D. J.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M..

2011

Análise da expressão gênica da parte aérea de cafeeiro em condições de déficit hídrico.

Palavras-chave: Estresse hídrico; Diversidade genética; Marcador molecular; Planta; Amendoim.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903303

VINECKY, F.; RODRIGUES, G. C.; SILVA, F. R. da; ANDRADE, A. C..

2003

Análise de divergência em genótipos de abóbora (Cucurbita moschata Duch.) para caracteres físicos associados ao fruto.

Ano: 2003

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/188056

SILVA, F. R. da; LIMA, M. A. C. de; BORGES, R. M. E..

Este trabalho teve por objetivo identificar os níveis de divergência genética em 24 genótipos de abóbora (Cucurbita moschata Duch.) para dez caracteres físicos associados ao fruto. O experimento foi implantado em campo em 2018 e colheita realizada em 2019, colhendo-se o melhor fruto em plantas de polinização aberta, conduzidas em delineamento experimental de blocos ao acaso com duas repetições. Na análise de divergência genética por componentes principais identificou-se a formação de cinco grupos considerando a influência das variáveis avaliadas. Ainda, nove genótipos foram considerados divergentes, estando isolados em relação aos grupos formados, indicando que os mesmos são promissores para avanços nos próximos ciclos de seleção por autofecundação e...

Analysis of expressed sequence tags from Musa acuminata ssp. burmannicoides, var. Calcutta 4 (AA) leaves submitted to temperature stresses.

Palavras-chave: Divergência genética; UPGMA; Variáveis quantitativas; Abóbora; Melhoramento Genético Vegetal; Cucúrbita Moschata; Genótipo.

Ano: 2019

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1114624

SANTOS, C. M.; MARTINS, N. F.; HORBERG, H. M.; ALMEIDA, E. R. de; COELHO, M. C.; ROGAWA, R. C.; SILVA, F. R. da; MILLER, R. N.; SOUZA JUNIOR, M. T..

In order to discover genes expressed in leaves of Musa acuminata ssp. burmannicoides var. Calcutta 4 (AA), from plants submitted to temperature stress, we produced and characterized two full-length enriched cDNA libraries. Total RNA from plants subjected to temperatures ranging from 5°C to 25°C and from 25°C to 45°C was used to produce a COLD and a HOT cDNA library, respectively. We sequenced 1,440 clones from each library. Following quality analysis and vector trimming, we assembled 2,286 sequences from both libraries into 1,019 putative transcripts, consisting of 217 clusters and 802 singletons, which we denoted Musa acuminata assembled expressed sequence tagged (EST) sequences (MaAES). Of these MaAES, 22.87% showed no matches with existing sequences in...

Analysis of resistance gene analogs in Musa acuminata VAR. Calcutta 4, An.

Palavras-chave: ANALYSIS.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186092

MILLER, R. N. G; ALVES, P. C. S.; SANTOS, C. M. R.; COELHO, M. C. F.; SILVA, F. R. da; MARTINS, N. F.; SOUZA JÚNIOR, M. T.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; BERTIOLI, D. J..

2005

Atlantic epiphytes: a data set of vascular and non-vascular epiphyte plants and lichens from the Atlantic Forest.

Palavras-chave: Melhoramento vegetal.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/186589

RAMOS, F. N.; MORTARA, S. R.; MONALISA-FRANCISCO, N.; ELIAS, J. P. C.; MENINI NETO, L.; FREITAS, L.; KERSTEN, R. de A.; AMORIM, A. M.; MATOS, F. B. de; NUNES-FREITAS, A. F.; ALCANTARA, S.; ALEXANDRE, M. H. N.; ALMEIDA-SCABBIA, R. J. de; ALMEIDA, O. J. G. de; ALVES, F. E.; ALVES, R. M. de O.; ALVIM, F. S.; ANDRADE, A. C. S. de; ANDRADE, S. de; AONA, L. Y. S.; ARAUJO. A. C.; ARAÚJO, K. C. T. de; ARIATI, V.; ASSIS, J. C.; AZEVEDO, C. O. de; BARBOSA, B. F.; BARBOSA, D. E. F.; BARBOSA, F. dos R.; BARROS, F. de; BASILIO, G. A.; BATAGHIN, F. A.; BERED, F.; BIANCHI, J. S.; BLUM, C. T.; BOETLER, C. R.; BONNET, A.; BRANCALION, P. H. S.; BREIER, T. B.; BRION, C. de T.; BUZATTO, C. R.; CABRAL, A.; CADORIN, T. J.; CAGLIONI, E.; CANÊZ, L.; CARDOSO, P. H.; CARVALHO, F. S. de; CARVALHO, R. G.; CATHARINO, E. L. M.; CEBALLOS, S. J.; CEREZINI, M. T.; CÉSAR, R. G.; CESTARI, C.; CHAVES, C. J. N.; CITADINE-ZANETTE, V.; COELHO, L. F. M.; COFFANI-NUNES, J. V.; COLARES, R.; COLLETTA, G. D.; CORRÊA, N. de M.; COSTA, A. F. da; COSTA, G. M. da; COSTA, L. M. S.; COSTA, N. G. S.; COUTO, D. R.; CRISTOFOLINI, C.; CRUZ, A. C. R. da; DEL NERI, L. A.; DI PASQUO, M.; DIAS, A. dos S.; DIAS, L. do C. D.; DISLICH, R.; DUARTE, M. C.; FABRICANTE, J. R.; FARACHE, F. H. A.; FARIA, A. P. G. de; FAXINA, C.; FERREIRA, M. T. M.; FISCHER, E.; FONSECA, C. R.; FONTOURA, T.; FRANCISCO, T. M.; FURTADO, S. G.; GALETTI, M.; GALETTI, M.; GARBIN, M. L.; GASPER, A. L. de; GOETZE, M.; GOMES-DA-SILVA, J.; GONÇALVES, M. F. A.; GONZAGA, D. R.; SILVA, A. C. G. e; GUARALDO, A. de C.; GUARINO, E. de S. G.; GUISLON, A. V.; HUDSON, L. B.; JARDIM, J. G.; JUNGBLUTH, P.; KAESER, S. dos S.; KESSOUS, I. M.; KOCH, N. M.; KUNIYOSHI, Y. S.; LABIAK, P. H.; LAPATE, M. E.; SANTOS, A. C. L.; LEAL, R. L. B.; LEITE, F. S.; LEITMAN, P.; LIBONI, A. P.; LIEBSCH, D.; LINGNER, D. V.; LOMBARDI, J. A.; LUCAS, E.; LUZZI, J. dos R.; MAI, P.; MANIA, L. F.; MANTOVANI, W.; MARAGNI, A. G.; MARQUES, M. C. M.; MARQUEZ, G.; MARTINS, C.; MARTINS, L. do N.; MARTINS, P. L. S. S.; MAZZIERO, F. F. F.; MELO, C. de A.; MELO, M. M. F. de; MENDES, A. F.; MESACASA, L.; MORELLATO, L. P. C.; MORENO, V. de S.; MULLER, A.; MURAKAMI, M. M. da S.; CECCONELLO, E.; NARDY, C.; NERVO, M. H.; NEVES, B.; NOGUEIRA, M. G. C.; NONATO, F. R.; OLIVEIRA-FILHO, A. T. de; OLIVEIRA, C. P. L. de; OVERBECK, G. E.; MARCUSSO, G. M.; PACIENCIA, M. L. B.; PADILHA, P.; PADILHA, P. T.; PEREIRA, A. C. A.; PEREIRA, L. C.; PEREIRA, R. A. S.; PINCHEIRA-ULBRICH, J.; PIRES, J. S. R.; PIZO, M. A.; PÔRTO, K. C.; RATTIS, L.; REIS, J. R. de M.; REIS, S. G. dos; ROCHA-PESSÔA, T. C.; ROCHA, C. F. D.; ROCHA, F. S.; RODRIGUES, A. R. P.; RODRIGUES, R. R.; ROGALSKI, J. M.; ROSANELLI, R. L.; ROSSADO, A.; ROSSATTO, D. R.; ROTHER, D. C.; RUIZ-MIRANDA, C. R.; SAITER, F. Z.; SAMPAIO, M. B.; SANTANA, L. D.; SANTOS, J. S. dos; SARTORELLO, R.; SAZIMA, M.; SCHMITT, J. L.; SCHNEIDER, G.; SCHROEDER, B. G.; SEVEGNANI, L.; SILVA JÚNIOR, V. O.; SILVA, F. R. da; SILVA, M. J. da; SILVA, M. P. P.; SILVA, R. G.; SILVA, S. M.; SINGER, R. B.; SIQUEIRA, G.; SOARES, L. E.; SOUSA, H. C. de; SPIELMANN, A.; TONETTI, V. R.; TONIATO, M. T. Z.; ULGUIM, P. S. B.; VAN DEN BERG, C.; VAN DEN BERG, E.; VARASSIN, I. G.; SILVA, I. B. V. da; VIBRANS, A. C.; WAECHTER, J. L.; WEISSENBERG, E. W.; WINDISCH, P. G.; WOLOWSKI, M.; YAÑEZ, A.; YOSHIKAWA, V. N.; ZANDONÁ, L. R.; ZANELLA, C. M.; ZANIN, E. M.; ZAPPI, D. C.; ZIPPARRO, V. B.; ZORZANELLI, J. P. F.; RIBEIRO, M. C..

Epiphytes are hyper?diverse and one of the frequently undervalued life forms in plant surveys and biodiversity inventories. Epiphytes of the Atlantic Forest, one of the most endangered ecosystems in the world, have high endemism and radiated recently in the Pliocene. We aimed to (1) compile an extensive Atlantic Forest data set on vascular, non?vascular plants (including hemiepiphytes), and lichen epiphyte species occurrence and abundance; (2) describe the epiphyte distribution in the Atlantic Forest, in order to indicate future sampling efforts. Our work presents the first epiphyte data set with information on abundance and occurrence of epiphyte phorophyte species. All data compiled here come from three main sources provided by the authors: published...

Atributos físcos como indicadores de saúde do solo em bananais com fusariose.

Palavras-chave: Filicophyta; Lejeuneaceae; Lycopodiophyta; Magnoliophyta; Floresta Atlântica; Epífita; Atlantic Forest; Biodiversity data set; Biodiversity hotspot; Epiphyte; Phorophyte; Tropical forest; Bromeliaceae; Orchidaceae; Floresta Tropical; Marchantiophyta; Polypodiaceae; Tracheophyta.

Ano: 2019

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105839

TEIXEIRA, L. A. J.; SILVA, F. R. da; MARQUES, E.; VIEIRA, H. B.; MORAES, W.; RODRIGUEZ, M. A. D..

A Fusariose da bananeira (FB) ou mal-do-Panamá, causada por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC), é considerada a doença mais destrutiva da cultura. No Brasil, a doença causa grande impacto seja reduzindo a produtividade e a longevidade dos bananais ou inviabilizando terras para o plantio. Condições edáficas podem influenciar o nível de intensidade da FB, resultando em diferentes graus de supressividade da doença. Todavia, informações básicas que possam orientar estratégias de manejo da saúde do solo para reduzir o impacto da FB são escassas. Este trabalho faz parte de um conjunto de ações de pesquisa que buscam identificar indicadores relacionados com a intensidade da FB em São Paulo. Foi realizado um levantamento em três regiões representativas dos...

Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource.

Palavras-chave: Mal-do-Panamá; Saúde do solo; Resistência à penetração; Fusariose; Musa.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1071461

VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..

bitstream/item/177955/1/ID-26742-1.pdf

Caracterização da família gênica das metalotioneínas em milho.

Palavras-chave: Projeto genoma; Brasil; Café.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187149

COELHO, G. C. P.; CARNEIRO, A. A.; GUIMARAES, C. T.; PAIVA, L. V.; BRANDAO, R. L.; PETRILLI, C. P.; PURCINO, A. A. C.; PAIVA, E.; SILVA, F. R. da; CONSOLO, F.; CARNEIRO, N. P..

2006

Caracterização do gene 25k FP de Anticarsia gemmatalis nucleopolyhedrovirus.

Palavras-chave: Milho; Metalotioneinas; Famílias gênicas.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/490084

Infoteca-e

SOUZA, M. L. de; CASTRO, M. E. B. de; SIHLER, W.; DALMOLIN, C. C.; PEDRINI, M. R. da S.; SILVA, F. R. da.

bitstream/CENARGEN/24691/1/bp044.pdf

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Anticarsia gemmatalis nucleopolyhedrovirus; Produção in vitro; Sequenciamento.; Controle Biológico; Gene; Identificação; Lagarta..

Ano: 2003

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/185380

Caracterização do gene ácido cafeico-O-Methyl Transferase de Passiflora tenuifila.

CORDEIRO, M. C. R.; SILVA, F. R. da; FRAGOSO, R. da R.; OLIVEIRA, J. da S.; JUNQUEIRA, N. T. V.; FALEIRO, F. G.; COSTA, A. M..

bitstream/item/168538/1/caracterizacao-do-gene-acido-cafeico-proceedings.galoa.com.br-slaca-slaca-trabalhos3-caracter.pdf

Caracterização genética de caprinos Marota no Estado do Piauí por meio de microssatélites de DNA.

Palavras-chave: Passiflora tenuifila; Biotecnologia de alimentos; Ácido cafeico-o-metil transferase; Maracujá; Biotecnologia.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1081995

COSTA, M. da S.; ARAÚJO, A. M. de; MORAES, J. de B.; CUNHA, R. M. S. da; CAMPELO, J. E. G.; LIMA, S. E. F.; OLIVEIRA, J. A. de; ALMEIDA, G. M. de; SILVA, F. R. da; ALMEIDA, M. J. de O..

Os caprinos possuem um importante papel para a agricultura do Nordeste, concentrando-se nesta região o maior plantel da espécie no Brasil. O Estado do Piauí possui rebanhos de alguns grupos genéticos adaptados ao semi-árido e que se encontram em risco de desaparecimento. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar a raça caprina naturalizada Marota por meio de marcadores de microssatélite, dando suporte a futuras pesquisas de melhoramento ou conservação de recursos genéticos. Os animais avaliados pertencem ao Núcleo de Conservação da Embrapa Meio-Norte e estão em risco de desaparecimento. O DNA extraído foi amplificado mediante a reação em cadeia polimerase (PCR), em multiplex e genotipados através do programa Fragment Profile (Amershan Biosystem). A...

Characterization of Fusarium wilt of banana in São Paulo, Brazil.

Palavras-chave: Heterozigosidade; Polimorfismo; Recurso genético.

Ano: 2008

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/53148

RODRIGUEZ, M. A. D.; VIEIRA, H. B.; SILVA, F. R. da; ROSSI, C.; HECK, D. W.; SANTOS, A. dos; MORAES, W.; TEIXEIRA, L. A. J..

Fusarium wilt (FW) is a major constraint for banana production in São Paulo, the biggest banana producer in Brazil. Farmers cultivating ?Maçã? (AAB) and ?Prata? (AAB) (AAB) are usually forced to abandon areas or switch to less profitable varieties. Despite it impact, there is lack of detailed knowledge of FW incidence, distribution and factors associated to epidemics. In this work we characterized 20 farms from four regions representative of different production systems. Incidence of FW was evaluated in all the farms and diseased plants were geo-referenced. In each farm areas with high (FOC +) and low (FOC-) incidence of FW were selected. Comparative analyses of weevils and nematode populations, as well as, soil nutrients were performed. Values of FW...

Comparing methods of RNAseq analysis for species without a reference genome.

Palavras-chave: Epidemiology; Panama disease; Fusarium oxysporum f sp cubense; Epidemiology.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078062

PADILHA, L.; CAIXETA, E. T.; SILVA, F. R. da.

New sequencing technologies brought deep probing of transcriptomes (so-called RNAseq) to the reach of individual researches. Analysis of RNAseq sequences, however, depend on the alignment of reads to a reference genome. Some approaches have been proposed to allow de novo assembly of the transcripts, therefore allowing RNAseq to be used on organisms lacking a reference genome. The efficiency of those approaches, however, were tested only with diploid species. Here we propose a methodology to evaluate the results of de novo assembly of allotetraploid Coffea arabica RNAseq reads obtained from libraries of coffee leaves infected by Hemileia vastatrix. Trinity was able to assemble longer transcripts when compared to ABySS, SOAPdenovo and Oases. Moreover, the...

Counting RNAseq reads: which way is better?

Palavras-chave: Coffea Arábica; Genoma; Transcriptome.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1126751

SILVA, F. R. da; NODA, R. W.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; CARNEIRO, N. P..

In this work we show the variation of results we?ve found while working with ~1 billion Illumina reads from drought tolerant Sorghum bicolor genotype in the presence and absence of the stress and compared results found for key genes already characterized.

Crescimento de plantas de feijão de corda submetidas à irrigação cíclica com água ou solução salina.

Palavras-chave: Bioinformática; Sequência de RNA; Sorgo; Bioinformatics; Sorghum.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981626

CALVET, A. S. F.; SOUSA, A. B. O. de; SILVA, F. R. da; BEZERRA, M. A..

2009

Crescimento de plântulas de cajueiro anão precoce submetidas à deficiência de nutrientes.

Palavras-chave: Desenvolvimento; Estresse salino; Vigna unguiculata L.

Ano: 2009

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/580825

PINHEIRO, E. A. R.; SILVA, F. R. da; DUARTE, J. M. de L.; BEZERRA, M. A..

2009