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A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..
The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518
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A Low-cost Infrastructure for Massive Storage of Phenotype Data for Dairy Cattle Genetic Improvement Program. Repositório Alice
ARBEX, W. A.; CARVALHO, C. dos S. B. de; SANTOS, K. C. L. dos; BRUM, V. C; SILVA, M. V. G. B..
ICOMP'14
Tipo: Separatas Palavras-chave: Scientific computing environment; Storage system; Utility computing; Phenotype data.; Genetic improvement..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1014636
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Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Repositório Alice
NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F..
Article n. 17.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Nellore cattle; Genomic selection.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/987574
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Acurácia em diferentes modelos para predição de valores genéticos em bovinos da raça Senepol. Repositório Alice
SUNIGA, P. A. P.; SANTIAGO, G. G.; MENEZES, G. R. de O.; MILANESI, M.; GONDO, A.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; SILVA, L. O. C. da; NOBRE, P. R. C.; SIQUEIRA, F.; EGITO, A. A. do.
A predição de valores genéticos é uma ferramenta fundamental para classificar animais candidatos à seleção. O desenvolvimento de tecnologias moleculares e computacionais viabiliza a utilização de informações genômicas nas predições, proporcionando incremento na acurácia. Neste contexto, objetivou-se averiguar o impacto na acurácia ao empregar dados genômicos em avaliações genéticas para características de crescimento e carcaça em bovinos da raça Senepol.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Predição de valor genético; Área de olho de lombo; Espessura de gordura subcutânea; Peso ao sobreano; Bovino.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099590
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Ajuste da curva de lactação de três grupos genéticos de Girolando. Repositório Alice
MACHADO, J. D.; DALTRO, D. dos S.; PADILHA, A. H.; BRACCINI NETO, J.; SILVA, M. V. G. B.; COBUCI, J. A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Modelos matemáticos; Produção de leite; Projeção de lactação.; Curva de Lactação..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072289
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An approach to genomic analysis of longitudinal data using random regression Repositório Alice
SANTOS, D. J.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; PEIXOTO, M. G. C. D.; TONHATI, H.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genomic evaluation; SNP; Lactation curve.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009528
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Análise de associação genômica para o fenótipo mocho em bovinos da raça Nelore. Infoteca-e
ROSA, A. J. de M.; YOKOO, M. J. I.; ROSA, A. do N.; MAGNABOSCO, C. de U.; SILVA, M. V. G. B.; TULLIO, R. R.; REGITANO, L. C. de A..
Resumo ? Uma das principais características raciais da raça Nelore tradicional é a presença e o formato de chifres. O aparecimento de animais mochos, por introgressão ou mutação ?de novo?, despertou nos produtores o interesse em selecionar linhagens sem chifres por razões econômicas, bem-estar animal e segurança do tratador, evitando-se assim o uso da descorna. Essa característica apresenta herança Mendeliana autossômica, com dominância do alelo Mocho sobre o padrão, como foi demonstrado em diversos estudos em raças variadas. Neste trabalho, efetuamos Estudo de Associação Genômica (GWAS) para presença de chifres e foi identificado um pico de alta significância, associado à herança dos chifres, localizado no BTA1. Os Polimorfismos de Nucleotídeo Único...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Gado; Gado Mocho; Nelore Mocho.
Ano: 2020 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1131616
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Análise de diversidade genética do gene da osteopontina em bovinos da raça girolando. Repositório Alice
MELLO, F. de; MARTINS, M. F.; COBUCI, J. A.; SILVA, M. V. G. B.; BRACCINI NETO, J.; PAIVA, D. de S..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Bovinos leiteiros; Produção de leite; SNP; SPP1; Polimorfismo.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/911632
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Análise de genes diferencialmente expressos em resposta à infecção por Streptococcus agalactiae. Repositório Alice
CARVALHO, B. de O.; PEREIRA, H. P.; SEIBERLICK, O. S. G.; REIS, D. R. de L.; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F..
Resumo: As doenças infectocontagiosas estão entre os problemas que mais acarretam prejuízos econômicos na pecuária brasileira e mundial, sendo a mastite a principal enfermidade acometida aos bovinos. A mastite pode ser definida como uma inflamação da glândula mamária que é causada, mais frequentemente, por micro-organismos patogênicos ambientais ou contagiosos. Podendo culminar na redução da quantidade e no comprometimento da qualidade do leite, podendo levar até a perda total da potencialidade secretora da glândula mamaria do animal infectado ou mesmo a sua morte. Estudos relacionados aos mecanismos de resposta e resistência de animais à mastite foram realizados a fim de contribuir para a compreensão dos mecanismos genéticos de resistência e resposta a...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: CD 14; NFKBIA; PCR em tempo real; Resposta inflamatória; STAT3.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1111976
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Analysis of copy number variation regions in a Nellore population evaluated for feed efficiency. Repositório Alice
OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; REY, F. S. B.; SILVA, M. V. G. B.; SANTANA, M. H. A.; ALEXANDRE, P. A.; ELER, J. P.; FERRAZ, J. B. S..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genomic; Residual feed intake; SNP; Beef cattle.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009538
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Assessing signatures of selection through variation in linkage disequilibrium between taurine and indicine cattle. Repositório Alice
O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MÉSZÁROS, G.; BICKHART, D. M.; LIU, G. E.; TASSEL, C. P. V.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J..
Signatures of selection are regions in the genome that have been preferentially increased in frequency and fixed in a population because of their functional importance in specific processes. These regions can be detected because of their lower genetic variability and specific regional linkage disequilibrium (LD) patterns. By comparing the differences in regional LD variation between dairy and beef cattle types, and between indicine and taurine subspecies, we aim at finding signatures of selection for production and adaptation in cattle breeds. The VarLD method was applied to compare the LD variation in the autosomal genome between breeds, including Angus and Brown Swiss, representing taurine breeds, and Nelore and Gir, representing indicine breeds. The...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Cattle - genetic improvement; Indicine; Minor allele frequency.; Linkage disequilibrium; Taurine..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1006605
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Assessment of autozygosity in Nellore cows (Bos indicus) through high-density SNP genotypes. Repositório Alice
ZAVAREZ, L. B.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; FERENCAKOVIC, M.; O'BRIEN, A. M. P.; CURIK, I.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V.; SILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Fertility; Runs of homozygosity; Selection.; Bos Indicus.; Cattle; Disease resistance..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1036982
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Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands; Bos Indicus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100275
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Avaliação de abordagens estatísticas para análise da expressão gênica diferencial em dados reais de RNA-seq Repositório Alice
SBARDELLA, A. P; FONSECA, I.; WELLER, M. A. DEL C. A.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, J. R.; WATANABE, R. N.; COSTA, R, M. da; CARVAJAL, A. B.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MUNARI, D. P..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Expressão diferencial; Bovinos de leite; Sequenciamento.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072447
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Avaliação dos coeficientes de endogamia em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus) Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Autozigosidade; Corridas de Homozigose.; Pedigree..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072487
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Avaliação genética multirracial via regressão aleatória com polinômios lineares do tipo spline. Repositório Alice
RIBEIRO, V. M. P.; RAIDAN, F. S. S.; BARBOSA, A. R.; WINKELSTROTER, L. K.; SILVA, M. V. G. B.; TORAL, F. L. B..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Gir; Holandês; Multirracial.; Girolando..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1041039
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Banco de DNA de Bovinos: avaliação de metodologias alternativas para extração de DNA. Repositório Alice
BRION, C. T.; SANTOS, L. B.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Genética molecular bovinos; Métodos de extração.; DNA..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1034534
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Breed, heterosis, and recombination effects for lactation curves in Brazilian cattle. Repositório Alice
DALTRO, D. dos S.; PADILHA, A. H.; GAMA, L. T. da; SILVA, M. V. G. B.; COBUCI, J. A..
The objective of this study was to estimate the breed, heterosis, and recombination effects on different components of the lactation curve of Girolando cattle. The dataset used consisted of 12,121 purebred cows of Holstein (H) and Gyr (G) breeds, and six H×G crossbred cows (Girolando). The model used presents random effects of herd and cow, regression coefficient associated with linear effect of proportion of H breed, regression coefficient associated with the linear effect of heterosis between H and G breeds, regression coefficient associated with the linear effect of recombination between H and G breeds, and random effect of residual. Dijkstra?s (DJ), Nelder's (ND), Wilmink's (WL), and Wood's (WD) models were tested to fit production records of these...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Rendimento máximo; Persistência; Heterose; Gado Leiteiro; Cruzamento Animal; Raça; Curva de Lactação; Girolando.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1133418
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Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Background: Beef cattle breeding programs in Brazil have placed greater emphasis on the genomic study of reproductive traits of males and females due to their economic importance. In this study, genome-wide associations were assessed for scrotal circumference at 210 d of age, scrotal circumference at 420 d of age, age at first calving, and age at second calving, in Canchim beef cattle. Data quality control was conducted resulting in 672,778 SNPs and 392 animals. Results: Associated SNPs were observed for scrotal circumference at 420 d of age (435 SNPs), followed by scrotal circumference at 210 d of age (12 SNPs), age at first calving (six SNPs), and age at second calving (four SNPs). We investigated whether significant SNPs were within genic or surrounding...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Gado Canchim; Beef cattle; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Quantitative trait loci.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074373
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Candidate genes for tick resistance in cattle: a systematic review combining post-GWAS analyses with sequencing data. Repositório Alice
SOUSA, M. F.; VERARDO, L. L.; MAGALHÃES, A. F. B.; BONAFÉ, C. M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; OTTO, P. I.; LITTIERE, T. de O.; FERNANDES, A. A. S.; MORAIS, L. R. de; SANTOS, C. G. dos; VIEIRA, J. I. G..
Rhipicephalus microplus causes huge losses in cattle. Host genetic background greatly affects the immune efficiency in resistance or susceptibility to tick infestation, which is one of the many factors that play a role on that trait. We performed a systematic review of genome-wide association studies (GWAS) for tick resistance in cattle resulting in 1353 candidate genes for post-GWAS analyses. From those, genes showing possible structural variants from the bovine genome were classified by the Variant Effect Predictor from Ensembl. Ninety-two candidate genes showed potential structural variants in 5' UTR and coding region and were used for functional annotation. Enriched biological processes (e.g. regulation of eosinophil chemotaxis, RIG-I signalling...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Ectoparasita; Sistema imunológico; Bovino; Carrapato; Genoma; Carne; Hospedeiro Animal.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1144893
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