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Aplicação da metodologia de homozigose do haplótipo estendido (EHH) para genes relacionados com crescimento e deposição de gordura em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
Resumo: O rebanho bovino brasileiro destinado à produção de carne vem sendo selecionado há décadas, por programas de melhoramento genético, para diversas características de crescimento e, mais recentemente, de deposição de gordura. A seleção artificial resulta em alterações no genoma, que podem ser detectadas, por exemplo, por diferenças nos padrões de homozigose dos indivíduos de uma população, permitindo a identificação de regiões do genoma que controlam características sob seleção. Com o objetivo de avaliar a presença de assinaturas de seleção do genoma de bovinos Nelore que continham genes candidatos relacionados com crescimento e deposição de gordura, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip e, posteriormente, inferida a...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Assinaturas de seleção; Deposição muscular; Desequilíbrio de ligação; Gado de corte; Acabamento; Muscle deposition; Selection signatures; Linkage disequilibrium; Beef cattle; Finishing.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946741
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Aplicação da metodologia de homozigose do haplótipo estendido (EHH) para genes relacionados com crescimento e deposição de gordura em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
O rebanho bovino brasileiro destinado à produção de carne vem sendo selecionado há décadas, por programas de melhoramento genético, para diversas características de crescimento e, mais recentemente, de deposição de gordura. A seleção artificial resulta em alterações no genoma, que podem ser detectadas, por exemplo, por diferenças nos padrões de homozigose dos indivíduos de uma população, permitindo a identificação de regiões do genoma que controlam características sob seleção. Com o objetivo de avaliar a presença de assinaturas de seleção do genoma de bovinos Nelore que continham genes candidatos relacionados com crescimento e deposição de gordura, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip e, posteriormente, inferida a fase de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Acabamento; Assinaturas de seleção; Deposição muscular; Desequilíbrio de ligação; Gado de corte.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943051
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Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Haplótipo; SNPs; Gado de corte; Gado nelore; Haplotypes; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056239
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Biotecnologia animal: avanços de metodologia na área. Repositório Alice
MALAGO JUNIOR, W.; SOMAVILLA, A. L.; REGITANO, L. C. de A..
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Biotecnologia animal; Avanço; Pecuária.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/945040
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Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; REHH; Snps.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943057
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Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; Zebu; Genotype; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946719
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Complex pattern of CAST allelic expression in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1007540
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Genome-enabled prediction of breeding values for feedlot average daily weight gain in nelore cattle. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; REGITANO, L. C. de A.; ROSA, G. J. M.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P..
Nelore is the most economically important cattle breed in Brazil, and the use of genetically improved animals has contributed to increase beef production efficiency. The Brazilian beef feedlot industry has grown considerably in the last decade, so the selection of animals with higher growth rates on feedlot has become quite important. Genomic selection could be used to reduce generation intervals and improve the rate of genetic gains. The aim of this study was to evaluate the prediction of genomic estimated breeding values for average daily gain in 718 feedlot-finished Nelore steers. Analyses of three Bayesian model specifications (Bayesian GBLUP, BayesA, and BayesCπ) were performed with four genotype panels (Illumina BovineHD BeadChip, TagSNPs,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic selection; Bos taurus indicus; Growth.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1070097
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Genome-wide association study of weight gain in feedlot Nellore cattle: comparison of single nucleotide polymorphism and haplotype blocks approaches. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; MOTA, M. D. S.; ROSA, A. do N.; COUTINHO,; ALENCAR, M. M.; TULLIO, R. R.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Beef cattle; Bos indicus; Growth; QTL; SNP.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/972657
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Identificação de genes candidatos posicionais para eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; SOMAVILLA, A. L.; MOURÃO, G. B.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A..
A Eficiência alimentar é uma característica produtiva importante por estar ligada à produtividade do rebanho. O Consumo Alimentar Residual (CAR) é um parâmetro de eficiência não correlacionado com taxa de crescimento e peso metabólico, sendo utilizado em programas de melhoramento. O objetivo deste estudo foi identificar genes candidatos posicionais para CAR em animais da raça Nelore. Para isso, 273 animais foram genotipados através do Illumina BovineHD BeadChip (770 k). Após a estimação dos valores BLUP (Best Linear Unbiased Prediction), a análise de associação foi realizada através do programa PLINK. Através do software Gbrowse e do programa DAVID foram visualizados genes presentes em regiões associadas com CAR e suas respectivas rotas metabólicas....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Associação; Bos indicus; Consumo alimentar.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943141
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Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A..
ABSTRACT: The NNAT gene plays a role on adipogenesis, brain development and insulin secretion. NNAT is described as paternal imprinted in bovine fetal tissue, but it is still underexplored in adult tissues. In order to improve the understanding of NNAT expression, muscle from Nellore was used to assess its allelic expression. Genomic DNA from 38 steers was genotyped for identification of heterozygous individuals with known allele origin. Total mRNA from muscle was extracted and sequenced by HiScanSQ, and afterwards the reads of each allele were counted for each animal. A total of 8 reciprocal heterozygous had more than 10 reads for the chosen SNP. All animals showed monoallelic expression, being 5 with paternal allele expressed, while 7 had the G allele...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Neuronatin; Zebu; Genomic imprinting.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006155
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Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. de A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Imprint; Neuronatin.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/997977
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PRUNE2 gene has a potential effect on residual feed intake in Nellore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. D.; OLIVEIRA, P. S. N.; TIZIOTO, P. C.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. S.; SILVA, J. V. D.; ANDRADE, S. C. S.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; SOUZA, M. M.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; BUSS, C. E.; MUDADU, M. de A.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Residual feed intake (RFI) can increase the profitability of producers, reduce methane emission and land allocation to livestock production. However, this trait has late and costly measurements. Identifying gene expression changes combined with polymorphisms that affect residual feed intake variation is important for identify target regulatory polymorphisms that can be used in animal breeding programs. Diverse studies performed by our research group in a Nellore population, such as genome-wide association (GWA), association weight matrix (AWM) and RNA-seq analysis of liver tissue have been pointed Prune homolog 2 (Drosophila) (PRUNE2) as a potential candidate gene influencing feed efficiency. For this reason, we select this gene for a more detailed...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Functional gene enrichment; Genética; Gado Nelore; Gado de corte; Genetics; Haplotypes; Feed conversion; Beef cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066412
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