SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...

A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors.

Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174

SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

A single nucleotide polymorphism in NEUROD1 is associated with production traits in nelore beef cattle.

Palavras-chave: DNA bovine; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101203

OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on...

Adequação de épocas de semeadura de sorgo sacarino no município de Sinop- MT.

Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741

JOANELLA, G. K.; SOUZA, M. M. de; SILVA, C. da; FILIMBERTI, E. L.; SPAZIANI, C.; TARDIN, F. D.; MAY, A.; SILVA, A. F. da.

2013

Adequação de populações de braquiária em consórcio com milho safrinha em espaçamento reduzido.

Palavras-chave: Biocombustível; BRS 506; CMSXS 647; Sistema de produção.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/972693

SILVA, A. F. da; BEHLING, M.; SILVA, C. da; FILIMBERTI, E. L.; SOUZA, M. M. de; JOANELLA, G. K.; SILVA, A. J. M. da; GONTIJO NETO, M. M..

2013

Adubação foliar do algodoeiro com nitrato de potássio.

Palavras-chave: Milho safrinha.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/972496

BOGIANI, J. C.; SILVA, F. I. S. da; PERINA, F. J.; SOUZA, M. M. de.

O potássio (K) e o nitrogênio (N) são os nutrientes mais exigidos pelo algodoeiro. Para altas produtividades, é necessário que a planta acumule quantidade suficiente destes nutrientes nas folhas. Contudo, as características das novas cultivares co mo ciclo mais precoce, maturação concentrada e alto potencial produtivo, atrelado ao problema de ocorrência de veranicos prolongados em regiões como no oeste da Bahia que ocasionam menor potencial de absorção de N e K pelas raízes, estão proporcionando situações de perda do potencial produtivo por causa do pouco acúmulo de N e K nas folhas.

Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle.

Palavras-chave: Fertilizante foliar; Algodão; Nitrogênio.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1042554

SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

bitstream/item/147026/1/Souza-et-al-2016.pdf

Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes.

Palavras-chave: Nelore; Expressão alélica diferencial; Maciez da carne; Gado Nelore; Alleles.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052240

SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp)....

Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency.

Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395

ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..

Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore.

Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation; Genetic improvement.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073455

DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..

2014

Association of KCNJ11 gene variants with tenderness in Nelore breed.

Palavras-chave: ABC; Bos indicus; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Bovino; Nelore.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002861

TIZIOTO, P. C.; SOUZA, M. M. de; MUDADU, M. de A.; THOLON, P.; MEIRELLES, S. L. C.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; ROSA, A. do N.; MEDEIROS, S. R. de; SIQUEIRA, F.; FEIJO, G. L. D.; REGITANO, L. C. de A..

The KCNJ11 (potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 11) gene is located in BTA15, near a quantitative trait loci for meat tenderness. In this study, single nucleotide polymorphisms (SNPs) were described in KCNJ11 and associated with Warner ? Bratzler shear force (WBSF) at different aging times: 1 d after slaughter (WBSF0), after 7 d (WBSF7) and 14 d (WBSF14) of aging. Fourteen steers of Nelore breed, characterized as extreme for the distribution of WBSF0 in a half-sib population of 500 progenies from 32 sires, were selected for sequencing.

Atividade ovicida in vitro dos óleos essenciais das plantas Eucalyptus stageiriana, Carapa guianensis, Cymbopogon martinii, Hura crepitans na inibição da eclodibilidade de namatóides gastrintestinais.

Palavras-chave: KCNJ11; Gene variants; Nelore breed; Cattle; SNP; Meat.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/951696

CHAVES, S. C.; SOUZA, M. M. de; CHAGAS, A. C. de S.; CAVALCANTE, A. C. R.; VIEIRA, L. da S..

Objetivou-se nesse trabalho avaliar o efeito ovicida in vitro dos óleos essenciais de quatro plantas: E.stageiriana, C.guianensis, C.martinii, H.crepitans. No teste de eclosão foram utilizados tratamentos nas concentrações 5%-2,5%-1,25%-0,625%-0,312%.Cada ensaio foi acompanhado de um controle positivo contendo TWEEN 80 (3%) e um controle negativo somente água e ovo. Nas plantas H.crepitans e C.martinii as concentrações de 5% e 2,5%, não houve contagem em função da impossibilidade de visualização do material. Os resultados obtidos demonstram que H.crepitans e do C. martinii apresentam eficácia superior a 90% sugerindo que esses bioativos apresentam potencial para serem investigados quanta a sua eficácia na redução da carga parasitária em testes ?In vivo?.

Avaliação de desempenho de cultivares de milho em função da densidade de semeadura, no munícipio de Sinop-MT.

Palavras-chave: Ochoó; Caprino; Doença animal; Nematódeo gastrintestinal; Controle; Anti-helmíntico; Fitoterapia; Haemonchus contortus; Óleo essencial; Planta medicinal; Eucalyptus stageiriana; Carapa guianensis; Andiroba; Cymbopogon martinii; Palma rosa; Hura crepitans; Eclodibilidade.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868088

SILVA, A. F. da; GONTIJO NETO, M. M.; SOUZA, M. M. de; FILIMBERTI, E. L.; JOANELLA, G. K.; SILVA, C. da; TARDIN, F. D..

2013

Avaliação de desempenho de cultivares de milho safrinha no município de Sinop-MT.

Palavras-chave: Milho safrinha; Variedades; Zea mays.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/972509

SILVA, A. F. da; GONTIJO NETO, M. M.; TARDIN, F. D.; FILIMBERTI, E. L.; SOUZA, M. M. de; JOANELLA, G. K.; CESAR DA SILVA.

2013

Comportamento produtivo de sorgo sacarino em função do arranjo de plantas.

Palavras-chave: Variedades; Milho; Zea mays.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/972517

FILIMBERTI, E. L.; SOUZA, M. M. de; SILVA, C. da; JOANELLA, G. K.; PETTER, F. A.; TARDIN, F. D.; MAY, A.; SILVA, A. F. da.

2013

Comportamento produtivo de sorgo sacarino em função do arranjo de plantas, no município de Sinop-MT.

Palavras-chave: Bioenergia; BRS 506; Sistemas de produção; Sorghum bicolor.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/972698

SILVA, A. F. da; SILVA, C. da; SOUZA, M. M. de; TARDIN, F. D.; BEHLING, M.; MAY, A..

A cultura do sorgo sacarino se destaca no cenário nacional como uma interessante alternativa para a produção de etanol. Porém, para que a cultura possa expressar todo o seu potencial produtivo é necessário que o arranjo de plantas seja realizado de maneira adequada. Objetivou-se com esse trabalho avaliar o comportamento do sorgo sacarino, cultivar BRS 506, em diferentes espaçamentos e densidade de semeadura, durante duas safras agrícolas, no município de Sinop-MT. O delineamento experimental adotado foi o de blocos ao acaso, em esquema fatorial 5x4x2, sendo cinco espaçamentos de entre linhas (0,5; 0,6; 0,7; 0,8; e1 x0,5 metros), quatro populações de planta (80.000; 100.000; 120.000; 140.000 plantas ha -1 ) e duas safras agrícolas (2011/2012 e 2012/2013),...

Comportamento produtivo de sorgo sacarino em função do arranjo de plantas, no município de Sinop-MT.

Palavras-chave: Sorghum bicolor; BRS 506; Bioenergia.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006481

SILVA, A. F. da; SILVA, C. da; SOUZA, M. M. de; TARDIN, F. D.; BEHLING, M.; MAY, A..

2014