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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174
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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Separatas Palavras-chave: DNA bovine; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101203
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A single nucleotide polymorphism in NEUROD1 is associated with production traits in nelore beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741
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Adequação de épocas de semeadura de sorgo sacarino no município de Sinop- MT. Repositório Alice
JOANELLA, G. K.; SOUZA, M. M. de; SILVA, C. da; FILIMBERTI, E. L.; SPAZIANI, C.; TARDIN, F. D.; MAY, A.; SILVA, A. F. da.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: BRS 506; CMSXS 647.; Biocombustível; Sistema de Produção..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/972693
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Adequação de populações de braquiária em consórcio com milho safrinha em espaçamento reduzido. Repositório Alice
SILVA, A. F. da; BEHLING, M.; SILVA, C. da; FILIMBERTI, E. L.; SOUZA, M. M. de; JOANELLA, G. K.; SILVA, A. J. M. da; GONTIJO NETO, M. M..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Milho safrinha.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/972496
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Adubação foliar do algodoeiro com nitrato de potássio. Repositório Alice
BOGIANI, J. C.; SILVA, F. I. S. da; PERINA, F. J.; SOUZA, M. M. de.
O potássio (K) e o nitrogênio (N) são os nutrientes mais exigidos pelo algodoeiro. Para altas produtividades, é necessário que a planta acumule quantidade suficiente destes nutrientes nas folhas. Contudo, as características das novas cultivares co mo ciclo mais precoce, maturação concentrada e alto potencial produtivo, atrelado ao problema de ocorrência de veranicos prolongados em regiões como no oeste da Bahia que ocasionam menor potencial de absorção de N e K pelas raízes, estão proporcionando situações de perda do potencial produtivo por causa do pouco acúmulo de N e K nas folhas.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Fertilizante foliar; Algodão; Nitrogênio.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1042554
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Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Nelore; Expressão alélica diferencial; Maciez da carne; Gado Nelore; Alleles.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052240
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Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp)....
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395
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Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation.; Genetic improvement..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1073455
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Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.
Tipo: Separatas Palavras-chave: ABC; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Nelore.; Bos Indicus; Bovino..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002861
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Association of KCNJ11 gene variants with tenderness in Nelore breed. Repositório Alice
TIZIOTO, P. C.; SOUZA, M. M. de; MUDADU, M. de A.; THOLON, P.; MEIRELLES, S. L. C.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; ROSA, A. do N.; MEDEIROS, S. R. de; SIQUEIRA, F.; FEIJO, G. L. D.; REGITANO, L. C. de A..
The KCNJ11 (potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 11) gene is located in BTA15, near a quantitative trait loci for meat tenderness. In this study, single nucleotide polymorphisms (SNPs) were described in KCNJ11 and associated with Warner ? Bratzler shear force (WBSF) at different aging times: 1 d after slaughter (WBSF0), after 7 d (WBSF7) and 14 d (WBSF14) of aging. Fourteen steers of Nelore breed, characterized as extreme for the distribution of WBSF0 in a half-sib population of 500 progenies from 32 sires, were selected for sequencing.
Tipo: Separatas Palavras-chave: KCNJ11; Gene variants; Nelore breed; SNP.; Cattle; Meat..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/951696
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Avaliação de desempenho de cultivares de milho em função da densidade de semeadura, no munícipio de Sinop-MT. Repositório Alice
SILVA, A. F. da; GONTIJO NETO, M. M.; SOUZA, M. M. de; FILIMBERTI, E. L.; JOANELLA, G. K.; SILVA, C. da; TARDIN, F. D..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Milho safrinha; Variedades.; Zea Mays..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/972509
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Avaliação de desempenho de cultivares de milho safrinha no município de Sinop-MT. Repositório Alice
SILVA, A. F. da; GONTIJO NETO, M. M.; TARDIN, F. D.; FILIMBERTI, E. L.; SOUZA, M. M. de; JOANELLA, G. K.; CESAR DA SILVA.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Variedades.; Milho; Zea Mays..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/972517
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Comportamento produtivo de sorgo sacarino em função do arranjo de plantas. Repositório Alice
FILIMBERTI, E. L.; SOUZA, M. M. de; SILVA, C. da; JOANELLA, G. K.; PETTER, F. A.; TARDIN, F. D.; MAY, A.; SILVA, A. F. da.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: BRS 506; Sistemas de produção.; Bioenergia; Sorghum Bicolor..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/972698
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Comportamento produtivo de sorgo sacarino em função do arranjo de plantas, no município de Sinop-MT. Repositório Alice
SILVA, A. F. da; SILVA, C. da; SOUZA, M. M. de; TARDIN, F. D.; BEHLING, M.; MAY, A..
A cultura do sorgo sacarino se destaca no cenário nacional como uma interessante alternativa para a produção de etanol. Porém, para que a cultura possa expressar todo o seu potencial produtivo é necessário que o arranjo de plantas seja realizado de maneira adequada. Objetivou-se com esse trabalho avaliar o comportamento do sorgo sacarino, cultivar BRS 506, em diferentes espaçamentos e densidade de semeadura, durante duas safras agrícolas, no município de Sinop-MT. O delineamento experimental adotado foi o de blocos ao acaso, em esquema fatorial 5x4x2, sendo cinco espaçamentos de entre linhas (0,5; 0,6; 0,7; 0,8; e1 x0,5 metros), quatro populações de planta (80.000; 100.000; 120.000; 140.000 plantas ha -1 ) e duas safras agrícolas (2011/2012 e 2012/2013),...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: BRS 506.; Bioenergia; Sorghum Bicolor..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1006481
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Comportamento produtivo de sorgo sacarino em função do arranjo de plantas, no município de Sinop-MT. Repositório Alice
SILVA, A. F. da; SILVA, C. da; SOUZA, M. M. de; TARDIN, F. D.; BEHLING, M.; MAY, A..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: BRS 506.; Bioenergia; Sorghum Bicolor..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/992649
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Differentially expressed genes in Longissimus dorsi muscle of Nelore steers divergent for average daily gain. Repositório Alice
SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; NEUBERN, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: RNA-seq; ADG; Gado Zebu; Zebu.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1056895
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Efeito do processamento e das condições ambientais na sorção de umidade dos materiais biodegradáveis de amido de aveia. Repositório Alice
GALDEANO, M. C.; WILHELM, A. E.; GROSSMANN, M. V. E.; MALI, S.; CARVALHO, C. W. P. de; SOUZA, M. M. de.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Casting; Plastificante.; Extrusão..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/996569
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Efeito do processamento e das condições ambientais nas propriedades mecânicas dos materiais biodegradáveis de amido e aveia. Repositório Alice
GALDEANO, M. C.; WILHELM, A. E.; GROSSMANN, M. V. E.; MALI, S.; CARVALHO, C. W. P. de; SOUZA, M. M. de.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Casting; Plastificante; Perfuração.; Extrusão..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/996561
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FABP1 and SLC2A5 expression levels affect feed efficiency-related traits. Repositório Alice
DINIZ, W. J. S.; ROSA, K. O. da; TIZIOTO, P. C.; MOURÃO, G. B.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Improving the efficiency of production to reduce the environmental footprints is pivotal to the sustainability of livestock systems. Despite the advances in cattle feed efficiency (FE) measurement and identification of potential mechanisms involved, much is still unclear regarding the genetic and biological basis of this trait. Nevertheless, lipid and carbohydrate metabolism have been outlined as important in determining efficient and inefficient animals. To address the role of genes partaking in these processes and previously involved with residual feed intake (RFI), we carried out a liver expression profile in Nelore steers (n = 83). Six target genes (FABP1, FADS2, PPP1R26, RGS2, SLC2A5, and UCP2) were measured by qPCR analysis. A general linear mixed...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Cattle feed efficiency; Relative growth rate; Average daily gain; Gene expression; Dry matter intake.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127498
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