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Acurácia preditiva de testes clonais de Eucalyptus spp. utilizando efeitos aditivos do parentesco e validação cruzada. Repositório Alice
RESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; TAKAHASHI, E. K..
O uso de extensos plantios clonais é uma prática consenso nas empresas florestais. No entanto, os modelos estatísticos e o tamanho das parcelas utilizadas na seleção dos clones superiores ainda é uma questão entre os melhoristas florestais. Com base em 11 experimentos contendo parcelas semelhantes aos plantios comerciais e 63 clones, este trabalho objetivou avaliar o uso de informação de pedigree, heterogeneidade genética entre ambientes e a possibilidade de redução de parcelas, a fim de otimizar a predição do incremento médio anual (IMA) realizando validação cruzada entre ambientes. Os ambientes proporcionaram altas herdabilidades no sentido-restrito (entre 0,65 a 0,95) e forte alteração dos rankings entre experimentos. A inclusão de parentesco e...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Modelo misto.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083096
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Breeding by genomic selection: capturing the missing heritability of complex traits in forest trees. Repositório Alice
GRATTAPAGLIA, D.; RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; MISSIAGGIA, A. A.; TAKAHASHI, E. K.; ZAMPROGNO, K. C.; KILIAN, A..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramente genético; Seleção genômica; Árvore.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/910742
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Coffea expansin gene family and expansin expression during fruit maturation. Repositório Alice
BUDZINSKI, I. G. F.; LEITE, T. F.; TAKAHASHI, E. K.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
Expansins (EXP) are plant cell-wall loosing proteins involved in cell enlargement and developmental process such as organogenesis, seeds germination, cell wall dissolution and fruit ripening. Two families of EXP are known, α-expansin (EXPA), involved in the control of cell wall extension, and β-expansins (EXPB), the major allergens of grass pollen that also have cell wall-loosening activity. With the objective to study the role of EXP in coffee fruit maturation we selected EXP homologous sequences on the Brazilian Coffee Genome Project database. Full-length contigs were classified according the EXP family. Northern blots of pulp from fruits at the latest stages of maturation (22-32 weeks after flowering) showed increased transcription of...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Oganogenesis.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885761
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Estimativa de parâmetros genéticos em progênies de irmãos completos de eucalipto e otimização de seleção. Repositório Alice
NOGUEIRA, T. A. P. C.; NUNES, A. C. P.; SANTOS, G. A. dos; TAKAHASHI, E. K.; RESENDE, M. D. V. de; CORRADI, I. S..
O objetivo desse trabalho foi selecionar as melhores progênies e indivíduos de um teste de progênies de irmãos completos de eucalipto com base no tamanho efetivo populacional, endogamia e ganho genético. O delineamento experimental foi de blocos incompletos, contendo 18 progênies, 75 repetições com uma planta por parcela. No mesmo experimento, 388 clones comerciais de E. urophylla × E. grandis foram utilizados como controle. Aos 6 anos de idade, os caracteres avaliados foram diâmetro à altura do peito, altura total, volume, incremento médio anual (IMA) e sobrevivência. As análises foram realizadas com base no procedimento genético-estatístico de modelos mistos via REML/BLUP. Para otimização de seleção foi feita simulação de 30 diferentes cenários, com...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Irmãos germanos; Tamanho efetivo populacional; Full-sib families; Endogamy; Effective population size; Progenie tests; Endogamia; Eucalipto; Teste de Progênie; Eucalyptus.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1114081
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Galactinol synthase gene expression in Coffea arabica L. under water stress. Repositório Alice
SANTOS, T. B.; MAGALHÃES, D. M.; TAKAHASHI, E. K.; MARUR, C. J.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
Galactinol synthase (GolS) catalyzes the formation of galactinol, which will produce raffinose oligosaccharides (RFOs). Expression of GolS during water deficit stress has been reported, probable due to the function of RFOs as osmoprotectant. Three galactinol synthase isoforms (CaGolS1, 2 and 3) were identified from the Coffee Genome Brazilian Project database (http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe/). The isoforms have similar length to others GolS genes. Northern blot analysis showed an increased in CaGolS1 transcripts in coffee plants under water shortage when compared to plants in well-watered conditions. Transcripts of CaGolS1 were specifically found on leaves and not in other tissues.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica L..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885771
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Genome of Herbaspirillum seropedicae Strain SmR1, a Specialized Diazotrophic Endophyte of Tropical Grasses. Repositório Alice
PEDROSA, F. O.; MONTEIRO, R. A.; WASSEM, R.; CRUZ, L. M.; AYUB, R. A.; COLAUTO, N. B.; FERNANDEZ, M. A.; FUNGARO, M. H. P.; GRISARD, E. C.; HUNGRIA, M.; MADEIRA, H. M. F.; NODARI, R. O.; OSAKU, C. A.; PETZL-ELER, M. L.; TERENZI, H.; VIEIRA, L. G. E.; STEFFENS, M. B. R.; WEISS, V. A.; PEREIRA, L. F. P.; ALMEIDA, M. I. M.; ALVES, L. R.; MARIN, A.; ARAUJO, L. M.; BALSANELLI, E.; BAURA, V. A.; CHUBATSU, L. S.; FAORO, H.; FAVETTI, A.; FRIEDERMANN, G.; GLIENKE, C.; KARP, S.; KAVA-CORDEIRO, V.; RAITTZ, R. T.; RAMOS, H. J. O.; RIBEIRO, E. M. S. F.; RIGO, L. U.; ROCHA, S. N.; SCHWAB, S.; SILVA, A. G.; SOUZA, E. M.; TADRA-SFEIR, M. Z.; TORRES, R. A.; DABUL, A. N. G.; SOARES, M. A. M.; GASQUES, L. S.; GIMENES, C. C. T.; VALLE, J. S.; CIFERRI, R. R.; CORREA, L. C.; MURACE, N. K.; PAMPHILE, J. A.; PATUSSI, E. V.; PRIOLI, A. J.; PRIOLI, S. M. A.; ROCHA, C. L. M. S. C.; ARANTES, O. M. N.; FURLANETO, M. C.; GODOY, L. P.; OLIVEIRA, C. E. C.; SATORI, D.; VILAS-BOAS, L. A.; WATANABE, M. A. E.; DAMBROS, B. P.; GUERRA, M. P.; MATHIONI, S. M.; SANTOS, K. L.; STEINDEL, M.; VERNAL, J.; BARCELLOS, F. G.; CAMPO, R. J.; CHUEIRE, L. M. O.; NICOLÁS, M. F.; PEREIRA-FERRARI, L.; SILVA, J. L. da C.; GIOPPO, N. M. R.; MARGARIDO, V. P.; MENCK-SOARES, M. A.; PINTO, F. G. S.; SIMÃO, R. de C. G.; TAKAHASHI, E. K.; YATES, M. G.; SOUZA, E. M..
The molecular mechanisms of plant recognition, colonization, and nutrient exchange between diazotrophic endophytes and plants are scarcely known. Herbaspirillum seropedicae is an endophytic bacterium capable of colonizing intercellular spaces of grasses such as rice and sugar cane. The genome of H. seropedicae strain SmR1 was sequenced and annotated by The Parana´ State Genome Programme?GENOPAR. The genome is composed of a circular chromosome of 5,513,887 bp and contains a total of 4,804 genes. The genome sequence revealed that H. seropedicae is a highly versatile microorganism with capacity to metabolize a wide range of carbon and nitrogen sources and with possession of four distinct terminal oxidases. The genome contains a multitude of protein secretion...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Plant recognition; Colonization; Nutrient; Herbaspirillum seropedicae.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902450
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Genome of Herbaspirillum seropedicae Strain SmR1, a specialized diazotrophic endophyte of tropical grasses. Repositório Alice
PEDROSA, F. O.; MONTEIRO, R. A.; WASSEM, R.; CRUZ, L. M.; AYUB, R. A.; COLAUTO, N. B.; FERNANDEZ, M. A.; FUNGARO, M. H. P.; GRISARD, E. C.; HUNGRIA, M.; MADEIRA, H. M. F.; NODARI, R. O.; OSAKU, C. A.; PETZL-ERLER, M. L.; TERENZI, H.; VIEIRA, L. G. E.; STEFFENS, M. B. R.; WEISS, V. A.; PEREIRA, L. F. P.; ALMEIDA, M. I. M.; ALVES, L. R.; MARIN, A.; ARAUJO, L. M.; BALSANELLI, E.; BAURA, V. A.; CHUBATSU, L. S.; FAORO, H.; FAVETTI, A.; FRIEDERMANN, G.; GLIENKE, C.; KARP, S.; KAVA-CORDEIRO, V.; RAITTZ, R. T.; RAMOS, H. J. O.; RIBEIRO, E. M. S. F.; RIGO, L. U.; ROCHA, S. N.; SCHWAB, S.; SILVA, A. G.; SOUZA, E. M.; MICHELLE Z. TADRA-SFEIR; TORRES, R. A.; DABUL, A. N. G.; SOARES, M. A. M.; GASQUES, L. S.; GIMENES, C. C. T.; VALLE, J. S.; CIFERRI, R. R.; CORREA, L. C.; MURACE, N. K.; PAMPHILE, J. A.; PATUSSI, E. V.; PRIOLI, A. J.; PRIOLI, S. M. A.; ROCHA, C. L. M. S. C.; ARANTES, O. M. N.; FURLANETO, M. C.; GODOY, L. P.; OLIVEIRA, C. E. C.; SATORI, D.; VILAS-BOAS, L. A.; WATANABE, M. A. E.; DAMBROS, B. P.; GUERRA, M. P.; MATHIONI, S. M.; SANTOS, K. L.; STEINDEL, M.; VERNAL, J.; BARCELLOS, F. G.; CAMPO, R. J.; CHUEIRE, L. M. O.; NICOLÁS, M. F.; PEREIRA-FERRARI, L.; SILVA, J. L. da C.; GIOPPO, N. M. R.; MARGARIDO, V. P.; MENCK-SOARES, M. A.; PINTO, F. G. S.; SIMÃO, R. de C. G.; TAKAHASHI, E. K.; YATES, M. G.; SOUZA, E. M..
The molecular mechanisms of plant recognition, colonization, and nutrient exchange between diazotrophic endophytes and plants are scarcely known. Herbaspirillum seropedicae is an endophytic bacterium capable of colonizing intercellular spaces of grasses such as rice and sugar cane. The genome of H. seropedicae strain SmR1 was sequenced and annotated by The Paraná State Genome Programme?GENOPAR. The genome is composed of a circular chromosome of 5,513,887 bp and contains a total of 4,804 genes. The genome sequence revealed that H. seropedicae is a highly versatile microorganism with capacity to metabolize a wide range of carbon and nitrogen sources and with possession of four distinct terminal oxidases. The genome contains a multitude of protein secretion...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Fixacao nitrogenio; Graminea tropical; Genome; Herbaspirillum seropedicae; Nitrogen fixation; Grasses.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/897676
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Genomic selection for growth traits in Eucalyptus: accuracy within and across breeding populations. Repositório Alice
GRATTAPAGLIA, D.; RESENDE, M. D. V. de; RESENDE, M. R.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; MISSIAGGIA, A. A.; TAKAHASHI, E. K.; ZAMPROGNO, K. C.; KILIAN, A..
2011
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Eucalyptus grandis; Eucaliptus; Assistência genômica.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/899120
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Genomic selection in Eucalyptus: marker assisted selection coming to reality in forest trees. Repositório Alice
GRATTAPAGLIA, D.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; FARIA, D. A.; MISSIAGGIA, A. A.; TAKAHASHI, E. K.; ZAMPROGNO, K. C.; KILIAN, A.; RESENDE, M. D. V. de.
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Eucalyptus; Genoma.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/867831
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High realized accuracies of genomic selection for volume growth and wood density in Eucalyptus breeding populations with contrasting effective sizes. Repositório Alice
GRATTAPAGLIA, D.; RESENDE, M. D. V. de; RESENDE, M. F. R.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; MISSIAGGIA, A. A.; TAKAHASHI, E. K.; ZAMPROGNO, K. C.; KILIAN, A..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Eucalyptus; Melhoramento genético; Seleção genômica.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/899410
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Identificação e caracterização do gene galactinol sintase em Coffea arabica L. Repositório Alice
SANTOS, T. B.; TAKAHASHI, E. K.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Estresse abiótico; Galactinol sintase.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909489
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In silico and in vitro analysis of the isoprenoid pathway in coffee. Repositório Alice
TISKI, I.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; TAKAHASHI, E. K.; FERREIRA, L. P.; MARRACCINI, P.; POT, D.; LEROY, T.; BENASSI, M. T.; DIAS, R. C. E..
The most important lipids in coffee, the diterpenes khaweol and cafestol, are originated from the isoprenoid pathway. Despite their diversity in functions and structures, all isoprenoids derive from the common-five carbon building unit isopentenyl diphosphate (IPP) and its isomer dimethylallyl diphosphate (DMAPP). In higher plants, there are two independent pathways located in the cytosol (mevalonic acid or MVA pathway) and in the plastids (methylerythritol phosphate ? MEP ? or non mevalonic pathway). Throughout the data mining of the Brazilian Coffee Genome Project we studied the genes that code for the enzymes 3-hydroxy-3-methyglutaryl-CoA reductase (HMGR) and mevalonate diphosphate decarboxylase (MPDC) for the MVA pathway and 1-deoxy-D-xylulose...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Lipid in coffee; Coffee.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885763
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Increase in efficiency of genomic selection sing epistatic interactions and detection of candidate genes for rust resistance in Eucalyptus. Repositório Alice
RESENDE JUNIOR, M.; RESENDE, M. D. V. de; MUNOZ, P. R.; TAKAHASHI, E. K.; PETROLI, C.; SANSALONI, C.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Eucalyptus; Espécie arbórea; Exótica; Brasil; Seleção genômica.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/966434
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Quantitative genetics and breeding: from phenotype dissection to genomic selection in Eucalyptus breeding. Repositório Alice
GRATTAPAGLIA, D.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; FARIA, D. A. de; MISSIAGGIA, A. A.; TAKAHASHI, E. K.; ROSSE, L. N.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; RESENDE, M. D. V. de.
2009
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genética quantitativa; Melhoramento genético; Eucalyptus.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/580132
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