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| Registros recuperados: 101 | |
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| SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.. |
| Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation. |
| Ano: 2018 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174 |
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| SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.. |
| Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an... |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: DNA bovine; Gene expression in cattle; Gene expression regulation. |
| Ano: 2018 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101203 |
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| OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.. |
| Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741 |
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| TIZIOTO, P. C.; MEIRELLES, S. L.; VENERONE, G. B.; TULLIO, R. R.; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; MEDEIROS, S. R. de; SIQUEIRA, F.; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; REGITANO, L. C. de A.. |
| The ASAP1 gene is located in a QTL region for meat production traits and to access the role of the ASAP1 gene, the association between a SNP in this gene and production traits in beef cattle was studied. For this, about 270 steers of reference families of Nelore breed were used. The investigation of marker effects on the traits was performed using a mixed model under the restricted maximum likelihood method. Novel association of a SNP in the ASAP1 gene and shear force measured at 24 h post mortem (P≤0.0083) was described in this population of Nelore cattle. This polymorphism accounted for 1.13% of the total additive variance and 17.51% of total phenotypic variance of the trait, suggesting that this marker could be used in marker assisted selection. |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Candidate gene; Bos Indicus; Beef cattle; Cattle; Polymorphism. |
| Ano: 2012 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/926638 |
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| SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.. |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Nelore; Expressão alélica diferencial; Maciez da carne; Gado Nelore; Alleles. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052240 |
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| SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C.. |
| Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin. |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Gene expression; Genome. |
| Ano: 2015 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1035220 |
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| SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C.. |
| Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin. |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Genome; Gene expression. |
| Ano: 2015 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1035029 |
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| SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C.. |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Allele; Specific expression analysis; Bovine muscle tissue. |
| Ano: 2015 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1029313 |
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| SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.. |
| Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp).... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation. |
| Ano: 2020 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395 |
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| ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M.. |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation.; Genetic improvement.. |
| Ano: 2017 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1073455 |
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| OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A.. |
| Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: RFI; MiRNA; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle. |
| Ano: 2018 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099755 |
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| OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A.. |
| Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: MicroRNAs; Residual Feed Intake; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle. |
| Ano: 2018 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102149 |
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| DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.. |
| Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello. |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: ABC; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Nelore.; Bos Indicus; Bovino.. |
| Ano: 2014 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002861 |
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| NICIURA, S. C. M.; MORAES, C. V.; CRUVINEL, G. G.; ALEMÁN GAINZA, Y.; ALBUQUERQUE, A. C. A. de; SANTANA, R. C. M.; THOLON, P.; TIZIOTO, P. C.; CHAGAS, A. C. de S.; ESTEVES, S. N.; BENAVIDES, M. V.; AMARANTE, A. F. T. do. |
| Na ovinocultura, são grandes os prejuízos causados tanto por Haemonchus contortus quanto pela resistência desse parasita aos anti-helmínticos. Assim, no presente trabalho, foram investigados polimorfismos associados à resistência ao monepantel em H. contortus após sequenciamento genômico. Com taxas de mapeamento de 79,12% a 79,43% e cobertura de 64,54 a 71,22X, foram detectados Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) em éxons e variantes de alto impacto nos genes codificantes para: subunidade de receptor nicotínico de acetilcolina, transportadores ABC, glicoproteína-P, proteínas afetadas por outros anti-helmínticos, proteínas de canal de íons, peptidases, kinases e genes da maquinaria epigenética de modificação de histonas. Em análises de enriquecimento,... |
| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Gastrenterite; Resistência anti-helmíntica; Metilação de DNA; Sequenciamento genômico; Nematoide grastrintestinal de ovinos; Introgressão de genes; Anti-Helmíntico; Marcador Molecular; Metilação; Genoma. |
| Ano: 2018 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1101016 |
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| GOUVEIA, J. J. S.; SANTIAGO, A. C.; IBELLI, A. M. G.; TIZIOTO, P. C.; ESTEVES, S. N.; BARIONI JUNIOR, W.; REGITANO, L. C. de A.. |
| A ovinocultura tem uma enorme importância em várias regiões do mundo e isso pode ser demonstrado pelo volume de produção e de dinheiro gerado por esta atividade. Apesar de o Brasil apresentar excelentes condições ambientais e mercado bastante favorável, a produção nacional ainda é desprezível no contexto mundial. A baixa produtividade brasileira na ovinocultura se deve, ao menos em parte, ao baixo potencial genético do rebanho nacional. Algumas características importantes que poderiam ser usadas nos programas de melhoramento genético apresentam baixa herdabilidade, difícil mensuração ou correlações negativas com outras características. Nesse contexto, a genética molecular, através da identificação das regiões cromossômicas responsáveis pelo controle das... |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Associação; Cromossomo; Grupo Genético.; Crescimento; Ovino; Peso.. |
| Ano: 2008 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/48711 |
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| REGITANO, L. C. de A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MUDADU, M. de A.; MOURÃO, G. B.; REDE BIFEQUALI. |
| As análises do genoma bovino, incluindo mapeamento de QTL (Quantitative Trait Loci), SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) e, mais recentemente, a genotipagem em larga escala, poderão contribuir para a seleção precoce de bovinos. A análise de associação genômica, utilizando dados da genotipagem de 470 animais no Illumina BovineHD BeadChip, identificou regiões associadas com força de cisalhamento medida 24 horas após o abate (P≤ 0,001) nos cromossomos 2, 10, 13, 16 e 21, em famílias de referência da raça Nelore. A análise dos genes localizados nessas regiões associadas com maciez de carne poderá permitir a identificação de genes de efeito maior, que poderão ser usados na seleção assistida por marcadores. |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: SNP chip; Maciez; Raça Nelore; Cisalhamento.; Carne.. |
| Ano: 2012 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/943050 |
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| Registros recuperados: 101 | |
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