SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

SANTOS, M. de L.; ALVES, G. S. C.; COTTA, M. G.; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; ALVES, A. A.; MILLER, R. N. G.; SOUZA JUNIOR, M. T..

bitstream/item/171242/1/Resumo50CBFito-0637.pdf

A large-scale analysis of resistance gene analogs (RGAs) encoding NBS domains in the genus Elaeis.

Palavras-chave: E guineensis; E oleifera; NBS-LRRs; Biotic stress.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1085646

SANTOS, M. de L.; SANTOS, M. de L.; COTTA, M. G.; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; ALVES, A. A.; MILLER, R. N. G.; SOUZA JUNIOR, M. T..

bitstream/item/173848/1/CBFITO-ePoster637.pdf

Análise de ESTs de raízes de genótipos de algodão contrastantes com resistência e susceptibilidade ao nematóide Meloidogyne incognita.

Palavras-chave: NBS-LRR; Elaeis guineenses; Elaeis oleífera; Biotic stress.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088997

Análise e caracterização do gene de osmotina em cupuaçuzeiro.

BARBOSA, A. E.A. D.; LIMA, L. M.; FRAGOSO, R. R.; GUIMARÃES, L. M.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; PAES, N., CARNEIRO, R.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI DE SÁ, M. F..

2007

Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Praga de planta; Variedade resistente.

Ano: 2007

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/189517

Analyses of cupuassu (Theobroma grandiflorum) transcriptome during interaction with Moniliophthora perniciosa, the causal agent of Witches' Broom disease.

FALCAO, L. L.; WERNECK, J. O. S.; SANTANA, R. J.; ALVES, R. M.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M.; MARCELLINO, L. H..

O cupuaçuzeiro, Theobroma grandiflorum (Willd. ex Spreng.) Schum., pertence à família Malvaceae e é nativo da região Amazônica. A cultura do cupuaçuzeiro é afetada pela doença vassoura-de-bruxa, causada pelo fungo Moniliophthora perniciosa, provocando uma grande redução na produção de frutos. O conhecimento molecular da interação planta-patógeno é essencial para o desenvolvimento de ferramentas para o controle da doença, como por exemplo, a identificação de genótipos resistentes. Genes expressos em resposta ao ataque de patógenos são alvos de estudos desta interação. O objetivo do presente trabalho foi caracterizar um deles, o gene de osmotina, em cupuaçuzeiro. Sequências anotadas do transcriptoma de frutos de cupuaçuzeiro foram avaliadas quanto à presença...

Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Cupuaçu; Osmotina; Proteínas PR; Theobroma grandiflorum; Vassoura-de-bruxa.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/950306

FALCAO, L. L.; WERNECK, J. O. S.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; GRYNBERG, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; ALVES, R. M.; ALBUQUERQUE, P. S. B.; MARCELLINO, L. H..

bitstream/item/188167/1/867.pdf

Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors.

Palavras-chave: Cupuaçu; Theobroma Grandiflorum; Doença; Doença de Planta; Vassoura de Bruxa.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101187

RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G..

Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to expand the scope of studies that consider only the catalytic and binding pocket amino acids while analyzing enzyme specificity and instead, include a wider category which we have named the Interface Forming Residues (IFR). We were motivated to identify those amino acids with decreased accessibility to solvent after docking of different types of inhibitors to sub classes of serine proteases and then create a table (matrix) of all amino acid positions at the interface as well as their respective occupancies. Our goal is to establish a platform for analysis of...

Analysis of non-TIR NBS-LRR resistance gene analogs in Musa acuminata Colla: isolation, RFLP marker development, and physical mapping.

Palavras-chave: Enzimas; Propriedades ligantes; Proteases; Binding properties; Enzymes; Interface Forming Residues.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/867859

MILLER, R. N. G.; BERTIOLI, D. J.; BAURENS, F. C.; SANTOS, C. M. R.; ALVES, P. C.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; SOUZA JÚNIOR, M. T.; PAPPAS JÚNIOR, G. J..

bitstream/item/177893/1/SP-19674-ID-30995.pdf

Analysis of the leaf transcriptome of Musa acuminata during interaction with Mycosphaerella musicola: gene assembly, annotation and marker development.

Palavras-chave: Musa acuminata Colla; Banana; Doença; Praga; Resistência.

Ano: 2008

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190719

PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. O. de; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. C. de; AZEVEDO, V. C. R.; BRASILEIRO, A. C. M.; AMORIM, E. P.; FERREIRA, C. F.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; SILVA JUNIOR, O. B. da; MILLER, R. T N. G..

Background: Although banana (Musa sp.) is an important edible crop, contributing towards poverty alleviation and food security, limited transcriptome datasets are available for use in accelerated molecular-based breeding in this genus. 454 GS-FLX Titanium technology was employed to determine the sequence of gene transcripts in genotypes of Musa acuminata ssp. burmannicoides Calcutta 4 and M. acuminata subgroup Cavendish cv. Grande Naine, contrasting in resistance to the fungal pathogen Mycosphaerella musicola, causal organism of Sigatoka leaf spot disease. To enrich for transcripts under biotic stress responses, full length-enriched cDNA libraries were prepared from whole plant leaf materials, both uninfected and artificially challenged with pathogen...

Analysis of the transcriptome in Aspergillus tamarii during enzymatic degradation of sugarcane bagasse.

Palavras-chave: Banana; Fungo; Musa Acuminata; Mycosphaerella Musicola; Transcriptome; Microsatellite repeats.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/964212

MIDORIKAWA, G. E. O.; CORREA, C. L.; NORONHA, E. F.; FERREIRA FILHO, E. X.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRYNBERG, P.; MILLER, R. N. G..

bitstream/item/183671/1/Midorikawa-et-al-2018-Frontiers-in-Bioengineering-and-Biotechnology.pdf

Caracterização e otimização de Primers SSR para B.brizantha, B.humidicola e B.decumbens.

Palavras-chave: Carbohydrate-active enzymes; XlnR; Sugar transporters; ClrA; Aspergillus tamarii; Transcriptome; Lignocellulose; Bioethanol.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1096563

CARVALHO, N.; LEITE, P. H. dos S.; CANELA, F. M.; DUSI, D. M. de A.; TOGAWA, R. C.; AMARAL, Z. P. de S.; CHIARI, L.; CARNEIRO, V. T. de C.; BUSO, G. S. C..

2016

Comparative gut transcriptome analysis of Diatraea saccharalis in response to the dietary source.

Palavras-chave: Microssatélite; Brachiaria; Polimorfismo.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067941

NORIEGA, D. D.; ARRAES, F. B. M.; ANTONINO, J. D.; MACEDO, L. L. P.; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; GRYNBERG, P.; SILVA, M. C. M.; NEGRISOLI JUNIOR, A. S.; MORGANTE, C. V.; GROSSI-DE-SA, M. F..

bitstream/item/215768/1/journal.pone.0235575.pdf

Comparative root transcriptome of wild Arachis reveals NBS-LRR genes related to nematode resistance.

Palavras-chave: Physiological Aspects; Genetic Aspects; Diatraea Saccharalis; Transcription factors.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124729

MOTA, A. P. Z.; VIDIGAL, B.; DANCHIN, E. G. J.; TOGAWA, R. C.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; ARAUJO, A. C. G. de; BRASILEIRO, A. C. M.; GUIMARAES, P. M..

bitstream/item/181585/1/s12870-018-1373-7.pdf

Complete genome sequences of seven new Chrysodeixis includens nucleopolyhedrovirus isolates from Minas Gerais and Mato Grosso States in Brazil.

Palavras-chave: X.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1094204

Complete genome sequences of six Chrysodeixis includens Nucleopolyhedrovirus isolates from Brazil and Guatemala.

CRAVEIRO, S. R.; INGLIS, P. W.; MONTEIRO, L. L. S.; SANTOS, L. A. V. M.; TOGAWA, R. C.; RIBEIRO, Z. M. A.; RIBEIRO, B. M.; CASTRO, M. E. B..

bitstream/item/216138/1/Microbiology-Resource-Announcements-2020-Craveiro-e01501-19.full.pdf

Tipo: Nota Técnica/Nota Científica (ALICE)

Palavras-chave: Geneme sequences.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125051

Comprehensive profiling and characterization of Arachis stenosperma (peanut) and Meloidogyne arenaria (plantroot nematode) smallRNAs identified during the course of the infection.

CRAVEIRO, S. R.; SANTOS, L. A. V. M.; TOGAWA, R. C.; INGLIS, P. W.; GRYNBERG, P.; RIBEIRO, Z. M. A.; RIBEIRO, B. M.; CASTRO, M. E. B..

bitstream/item/180896/1/e01192-16.pdf

Tipo: Nota Técnica/Nota Científica (ALICE)

Palavras-chave: ChinNPV; Alphabaculovirus.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1060366

GRYNBERG, P.; GUIMARÃES, L. A.; COSTA, M. M. C.; TOGAWA, R. C.; BRASILEIRO, A. C. M.; GUIMARAES, P. M..

2016

Construção de bibliotecas de ests de raízes de algodão (Gossypium hirsutum) infectadas com o nematóide de galha de raiz (Meloidogyne incognita).

Palavras-chave: Meloidogyne.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1062094

DATAMusa - a database for ortholog genes from Musa.

PAES, N. S.; VIANA, A. A. B.; LIMA, L. M.; BATISTA, J. A. N.; GUIMARÃES, L. M.; BARBOSA, A. E. A. D.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; CARNEIRO, R. M. D.G.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI-de-SÁ, M. F..

2005

Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/187067

TOGAWA, R. C.; SANTOS, C. M. R.; MILLER, R. N. G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; MARTINS, N. F..

2010

DataMusa: banco de dados de genômica de Musa spp.

Palavras-chave: Armazenamento de dados; Anotação de genes; Resposta ao stress; Musa acuminata; EST; Montagem; Genes transcritos.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/884025

Infoteca-e

SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; MOTA, M.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..

A Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD) iniciaram, em 2002, o projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e com o objetivo de desenvolver as bases de um programa de genômica e biotecnologia de banana no Brasil. Este projeto resultou na criação do DATAMusa, um banco de dados de genômica de banana composto de informações de Genômica Estrutural (seqüências de clones de uma biblioteca de BAC), de Transcriptoma (Expressed Sequence Tags - ESTs) e de Análogos de Genes de Resistência (Resistance Genes Analogs -...

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Banana; DataMusa; Transcriptoma; Musa acuminata.

Ano: 2005

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/175827

Development of a suite of bioinformatics tools for the analysis and prection of membrane protein structure.

Exploring NGS, HIGS and si-RNA technologies for the control of Fusarium ear blight in wheat.

TOGAWA, R. C..

This thesis describes the development of a novel approach for prediction of the three-dimensional structure of transmembrane regions of membrane proteins directly from amino acid sequence and basic transmembrane region topology.The development rationale employed involved a knowledge-based approach. Based on determined membrane protein structures, 20x20 association matrices were generated to summarise the distance associations between amino acid side chains on different alpha helical transmembrane regions of membrane proteins. Using these association matrices, combined with a knowledge-based scale for propensity for residue orientation in transmembrane segments (kPROT) (Pilpel et al., 1999), the software predicts the optimal orientations and associations of...

Tipo: Tese/dissertação (ALICE)

Palavras-chave: Bioinformática; Bioinformatics; Proteína.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188764

MACHADO, A. K.; KING, R.; LEE , W. S.; SPARKS, C.; BROWN, N.; KANYUKA, K.; URBAN, M.; WEST, J.; YAMAZAKI-LAU, E.; TIBOLA, C. S.; LIMA, M. I. P. M.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N.; ARAGÃO, F.; NICOLLI, C. P.; DEL PONTE, E. M.; TESSMANN, D. J.; FERNANDES, J. M. C.; HAMMOND-KOSACK, K. E..

bitstream/item/174034/1/ID43314-2017p67BMS-BSPP.pdf