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A large-scale analysis of resistance gene analogs (RGAs) encoding NBS domains in the genus Elaeis. Repositório Alice
SANTOS, M. de L.; ALVES, G. S. C.; COTTA, M. G.; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; ALVES, A. A.; MILLER, R. N. G.; SOUZA JUNIOR, M. T..
Tipo: Separatas Palavras-chave: E guineensis; E oleifera; NBS-LRRs; Biotic stress.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1085646
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A large-scale analysis of resistance gene analogs (RGAs) encoding NBS domains in the genus Elaeis. Repositório Alice
SANTOS, M. de L.; COTTA, M. G.; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; ALVES, A. A.; MILLER, R. N. G.; SOUZA JUNIOR, M. T..
Poster 637.
Tipo: Separatas Palavras-chave: NBS-LRR; Elaeis guineenses.; Elaeis Oleifera.; Biotic stress..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088997
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Análise de ESTs de raízes de genótipos de algodão contrastantes com resistência e susceptibilidade ao nematóide Meloidogyne incognita. Repositório Alice
BARBOSA, A. E. A. D.; LIMA, L. M.; FRAGOSO, R. R.; GUIMARÃES, L. M.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; PAES, N. CARNEIRO, R.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI DE SÁ, M. F..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Praga de Planta; Variedade Resistente..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/189517
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Análise e caracterização do gene de osmotina em cupuaçuzeiro. Repositório Alice
FALCAO, L. L.; WERNECK, J. O. S.; SANTANA, R. J.; ALVES, R. M.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M.; MARCELLINO, L. H..
O cupuaçuzeiro, Theobroma grandiflorum (Willd. ex Spreng.) Schum., pertence à família Malvaceae e é nativo da região Amazônica. A cultura do cupuaçuzeiro é afetada pela doença vassoura-de-bruxa, causada pelo fungo Moniliophthora perniciosa, provocando uma grande redução na produção de frutos. O conhecimento molecular da interação planta-patógeno é essencial para o desenvolvimento de ferramentas para o controle da doença, como por exemplo, a identificação de genótipos resistentes. Genes expressos em resposta ao ataque de patógenos são alvos de estudos desta interação. O objetivo do presente trabalho foi caracterizar um deles, o gene de osmotina, em cupuaçuzeiro. Sequências anotadas do transcriptoma de frutos de cupuaçuzeiro foram avaliadas quanto à presença...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Osmotina; Proteínas PR; Vassoura-de-bruxa.; Cupuaçu; Theobroma Grandiflorum..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/950306
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Analyses of cupuassu (Theobroma grandiflorum) transcriptome during interaction with Moniliophthora perniciosa, the causal agent of Witches' Broom disease. Repositório Alice
FALCAO, L. L.; WERNECK, J. O. S.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; GRYNBERG, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; ALVES, R. M.; ALBUQUERQUE, P. S. B.; MARCELLINO, L. H..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Cupuaçu; Theobroma Grandiflorum; Doença; Doença de Planta; Vassoura de Bruxa.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101187
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Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. Repositório Alice
RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G..
Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to expand the scope of studies that consider only the catalytic and binding pocket amino acids while analyzing enzyme specificity and instead, include a wider category which we have named the Interface Forming Residues (IFR). We were motivated to identify those amino acids with decreased accessibility to solvent after docking of different types of inhibitors to sub classes of serine proteases and then create a table (matrix) of all amino acid positions at the interface as well as their respective occupancies. Our goal is to establish a platform for analysis of...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Enzimas; Propriedades ligantes; Proteases; Interface Forming Residues.; Binding properties; Enzymes..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/867859
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Analysis of non-TIR NBS-LRR resistance gene analogs in Musa acuminata Colla: isolation, RFLP marker development, and physical mapping. Repositório Alice
MILLER, R. N. G.; BERTIOLI, D. J.; BAURENS, F. C.; SANTOS, C. M. R.; ALVES, P. C.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; SOUZA JÚNIOR, M. T.; PAPPAS JÚNIOR, G. J..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Musa acuminata Colla; Banana; Doença; Praga; Resistência.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190719
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Analysis of the leaf transcriptome of Musa acuminata during interaction with Mycosphaerella musicola: gene assembly, annotation and marker development. Repositório Alice
PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. O. de; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. C. de; AZEVEDO, V. C. R.; BRASILEIRO, A. C. M.; AMORIM, E. P.; FERREIRA, C. F.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; SILVA JUNIOR, O. B. da; MILLER, R. T N. G..
Background: Although banana (Musa sp.) is an important edible crop, contributing towards poverty alleviation and food security, limited transcriptome datasets are available for use in accelerated molecular-based breeding in this genus. 454 GS-FLX Titanium technology was employed to determine the sequence of gene transcripts in genotypes of Musa acuminata ssp. burmannicoides Calcutta 4 and M. acuminata subgroup Cavendish cv. Grande Naine, contrasting in resistance to the fungal pathogen Mycosphaerella musicola, causal organism of Sigatoka leaf spot disease. To enrich for transcripts under biotic stress responses, full length-enriched cDNA libraries were prepared from whole plant leaf materials, both uninfected and artificially challenged with pathogen...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Banana; Fungo; Musa Acuminata; Mycosphaerella Musicola; Transcriptome; Microsatellite repeats.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/964212
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Analysis of the transcriptome in Aspergillus tamarii during enzymatic degradation of sugarcane bagasse. Repositório Alice
MIDORIKAWA, G. E. O.; CORREA, C. L.; NORONHA, E. F.; FERREIRA FILHO, E. X.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRYNBERG, P.; MILLER, R. N. G..
Na publicação: Orzenil Bonfim Silva-Junior.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Carbohydrate-active enzymes; XlnR; Sugar transporters; ClrA; Aspergillus tamarii; Transcriptome; Lignocellulose; Bioethanol.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1096563
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Caracterização e otimização de Primers SSR para B.brizantha, B.humidicola e B.decumbens. Repositório Alice
CARVALHO, N.; LEITE, P. H. dos S.; CANELA, F. M.; DUSI, D. M. de A.; TOGAWA, R. C.; AMARAL, Z. P. de S.; CHIARI, L.; CARNEIRO, V. T. de C.; BUSO, G. S. C..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Microssatélite; Brachiaria; Polimorfismo.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1067941
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Combinação de abordagens de análises de novo e guiadas pelo genoma para explorar dados de RNA-Seq de sementes oleaginosas para anotação de vias de ácidos graxos. Infoteca-e
LEMOS, V. N. S.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; RECH FILHO, E. L.; GRYNBERG, P..
Elaeis guineensis (dendê), Jatropha curcas (pinhão-manso) e Ricinus communis (mamona) produzem ácidos graxos que podem ser utilizados como fonte renovável na matriz energética, apresentando um grande potencial biotecnológico para as indústrias da área. O objetivo deste trabalho foi identificar transcritos relacionados com a síntese de ácidos graxos e inferir a sua presença em vias metabólicas. Para isso, o RNA total de sementes destas três espécies foi extraído e sequenciado. Os transcritomas foram montados utilizando abordagens de novo e guiados pelo genoma e filtrados com o programa Evidential Gene para a obtenção de resultados robustos. Uma base de dados contendo 527 sequências de 170 códigos de enzimas únicos de 12 vias de metabolismo de ácidos graxos...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pinhão-manso; RNA-Seq; Vias metabólicas; Dendê; Mamona; Elaeis Guineensis; Jatropha Curcas; Ricinus Communis.
Ano: 2021 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1131672
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Comparative gut transcriptome analysis of Diatraea saccharalis in response to the dietary source. Repositório Alice
NORIEGA, D. D.; ARRAES, F. B. M.; ANTONINO, J. D.; MACEDO, L. L. P.; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; GRYNBERG, P.; SILVA, M. C. M.; NEGRISOLI JUNIOR, A. S.; MORGANTE, C. V.; GROSSI-DE-SA, M. F..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Physiological Aspects; Genetic Aspects; Diatraea Saccharalis; Transcription factors.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124729
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Comparative root transcriptome of wild Arachis reveals NBS-LRR genes related to nematode resistance. Repositório Alice
MOTA, A. P. Z.; VIDIGAL, B.; DANCHIN, E. G. J.; TOGAWA, R. C.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; ARAUJO, A. C. G. de; BRASILEIRO, A. C. M.; GUIMARAES, P. M..
Na publicação: Soraya C. M. Leal-Bertioli; Ana Claudia Guerra Araujo e Patricia Messenberg Guimaraes.
Tipo: Separatas Palavras-chave: X.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1094204
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Complete genome sequences of seven new Chrysodeixis includens nucleopolyhedrovirus isolates from Minas Gerais and Mato Grosso States in Brazil. Repositório Alice
CRAVEIRO, S. R.; INGLIS, P. W.; MONTEIRO, L. L. S.; SANTOS, L. A. V. M.; TOGAWA, R. C.; RIBEIRO, Z. M. A.; RIBEIRO, B. M.; CASTRO, M. E. B..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Geneme sequences.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125051
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Complete genome sequences of six Chrysodeixis includens Nucleopolyhedrovirus isolates from Brazil and Guatemala. Repositório Alice
CRAVEIRO, S. R.; SANTOS, L. A. V. M.; TOGAWA, R. C.; INGLIS, P. W.; GRYNBERG, P.; RIBEIRO, Z. M. A.; RIBEIRO, B. M.; CASTRO, M. E. B..
Tipo: Separatas Palavras-chave: ChinNPV; Alphabaculovirus.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1060366
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Comprehensive profiling and characterization of Arachis stenosperma (peanut) and Meloidogyne arenaria (plantroot nematode) smallRNAs identified during the course of the infection. Repositório Alice
GRYNBERG, P.; GUIMARÃES, L. A.; COSTA, M. M. C.; TOGAWA, R. C.; BRASILEIRO, A. C. M.; GUIMARAES, P. M..
X-meeting 2016.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Meloidogyne..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1062094
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Construção de bibliotecas de ests de raízes de algodão (Gossypium hirsutum) infectadas com o nematóide de galha de raiz (Meloidogyne incognita). Repositório Alice
PAES, N. S.; VIANA, A. A. B.; LIMA, L. M.; BATISTA, J. A. N.; GUIMARÃES, L. M.; BARBOSA, A. E. A. D.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; CARNEIRO, R. M. D. G.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI-de-SÁ, M. F..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187067
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DATAMusa - a database for ortholog genes from Musa. Repositório Alice
TOGAWA, R. C.; SANTOS, C. M. R.; MILLER, R. N. G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; MARTINS, N. F..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Armazenamento de dados; Anotação de genes; Resposta ao stress; EST; Montagem; Genes transcritos.; Musa Acuminata..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/884025
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DataMusa: banco de dados de genômica de Musa spp. Infoteca-e
SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; MOTA, M.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..
A Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD) iniciaram, em 2002, o projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e com o objetivo de desenvolver as bases de um programa de genômica e biotecnologia de banana no Brasil. Este projeto resultou na criação do DATAMusa, um banco de dados de genômica de banana composto de informações de Genômica Estrutural (seqüências de clones de uma biblioteca de BAC), de Transcriptoma (Expressed Sequence Tags - ESTs) e de Análogos de Genes de Resistência (Resistance Genes Analogs -...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: DataMusa; Transcriptoma.; Banana; Musa Acuminata..
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/175827
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Defining the combined stress response in wild Arachis. Repositório Alice
MOTA, A. P. Z.; BRASILEIRO, A. C. M.; VIDIGAL, B.; OLIVEIRA, T. N.; MARTINS, A. da C. Q.; SARAIVA, M. A. de P.; ARAUJO, A. C. G. de; TOGAWA, R. C.; SA, M. F. G. de; GUIMARAES, P. M..
Na publicação: Maria Fatima Grossi-de-Sá.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Wild Arachis; Ethylene hormone; Meloidogyne Arenaria.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1132534
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