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	Provedor de dados Repositório Alice (24) Autor VENTURA, R. V. (24) MUNARI, D. P. (13) BUZANSKAS, M. E. (11) REGITANO, L. C. de A. (11) SILVA, M. V. G. B. (11) SCHENKEL, F. S. (10) MOKRY, F. B. (9) ALENCAR, M. M. de (8) MUDADU, M. de A. (8) HIGA, R. H. (7) MEIRELLES, S. L. C. (7) NICIURA, S. C. M. (6) SARGOLZAEI, M. (6) CHUD, T. C. S. (5) GROSSI, D. A. (4) GROSSI, D. do A. (4) MACHADO, M. A. (4) MINARI, D. P. (4) BALDI, F. (3) CARVALHEIRO, R. (3) Mais... Palavra-chave Beef cattle (9) Gado de corte (4) Single nucleotide polymorphism (4) Animal breeding (2) Autozigosidade (2) Canchim (2) Composite (2) Desequilíbrio de ligação (2) Endogamia (2) Gado de corte. (2) Genome wide association studies (2) Genome-wide (2) Growth trait (2) Halplotype block (2) Inbreeding (2) Linjage disequilibirium (2) Linkage disequilibrium (2) Melhoramento genético (2) Nelore (2) Polimorfismo de nucleotídeo único (2) Mais... Tipo do documento Separatas (13) Artigo de periódico (10) Anais e Proceedings de eventos (1) Ano 2021 (1) 2020 (1) 2018 (1) 2017 (5) 2016 (1) 2015 (1) 2014 (8) 2013 (3) 2012 (1) 2008 (1) 2004 (1) Mais... País Brazil (24) Idioma Inglês (14) Português (10)		Ordenar por:  Relevância Autor Título Ano Registros recuperados: 24 Primeira ... 1 2 ... Última Accuracy of genotype imputation in Canchim cattle using FImpute and Beagle software., Repositório Alice CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL. F. S.; URBINATI, I.; CARVALHEIRO, R.; REGITANO, L. C. de A.; MARCONDES, C. R.; MINARI, D. P.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Genotype imputation; Canchim; FImpute; Beagle software. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/988841 Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Repositório Alice PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B.. Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in... Tipo: Separatas Palavras-chave: Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands; Bos Indicus. Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100275 Avaliação dos coeficientes de endogamia em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus) Repositório Alice PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Autozigosidade; Corridas de Homozigose.; Pedigree.. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072487 Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P.. Background: Beef cattle breeding programs in Brazil have placed greater emphasis on the genomic study of reproductive traits of males and females due to their economic importance. In this study, genome-wide associations were assessed for scrotal circumference at 210 d of age, scrotal circumference at 420 d of age, age at first calving, and age at second calving, in Canchim beef cattle. Data quality control was conducted resulting in 672,778 SNPs and 392 animals. Results: Associated SNPs were observed for scrotal circumference at 420 d of age (435 SNPs), followed by scrotal circumference at 210 d of age (12 SNPs), age at first calving (six SNPs), and age at second calving (four SNPs). We investigated whether significant SNPs were within genic or surrounding... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Gado Canchim; Beef cattle; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Quantitative trait loci. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074373 Copy number variations and genome-wide associations reveal putative genes and metabolic pathways involved with the feed conversion ratio in beef cattle. Repositório Alice SANTANA, M. H. de A.; OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; CESAR, A. S. M.; FREUA, M. C.; GOMES, R. da C.; SILVA, S. da L.; LEME, P. R.; FUKUMASU, H.; CARVALHO, M. E.; VENTURA, R. V.; COUTINHO, L. L.; KADARMIDEEN, H. N.; FERRAZ, J. B. S.. The use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Nellore cattle; GWAS; Cattle; Feed conversion; Genomics; Cucumber necrosis virus; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1066092 Critérios de seleção para características de crescimento em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice SIMONELLI, S. M.; SILVA, M. A.; SILVA, L. O. C. da; PEREIRA, J. C. C.; SOUZA, J. E. R.; VENTURA, R. V.; VALENTE, B. D.. Foram utilizados 28.050 registros de bovinos Nelore para estabelecer critérios de seleção para bovinos de corte, considerando as características ganho médio diário do nascimento à desmama (GND), dias para o animal ganhar 160kg do nascimento à desmama (D160), ganho médio diário da desmama ao sobreano (D240) e dias para o animal ganhar 240kg da desmama ao sobreano (D240). As estimativas de herdabilidade foram: GND, 0,20; D160, 0,19; GDS, 0,07; e D240, 0,03. Considerando os efeitos maternos, a herdabilidade da característica D160 foi 0,16 e a da GND, 0,06. Verificou-se correlação genética alta e negativa entre GND e D160 (-0,95) e negativas entre efeito genético direto do GND e efeito genético materno da mesma característica (-0,24) e entre efeitos genéticos... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bovino de Corte; Nelore; Melhoramento genético; Selection; Growing; Crescimento; Seleção; Nellore; Animal breeding; Beef cattle. Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/325607 Estudo de associações genômicas para idade ao primeiro e segundo parto em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; REGITANO, L. C. de A.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P.. Recentemente, programas de melhoramento genético de bovinos de corte têm dado maior ênfase para características reprodutivas de fêmeas devido à sua importância econômica para o sistema de produção. O objetivo deste trabalho foi estudar a associação entre polimorfismos de base única (SNP) com os valores genéticos das características idade ao primeiro (IPP) e segundo (ISP) parto em bovinos de corte de raça sintética. Neste estudo foram utilizados 285 animais da raça Canchim e 114 animais do grupo genético MA (utilizados na formação da raça Canchim), genotipados com o painel de alta densidade (786.799 SNPs). Após o controle de qualidade de informações (genótipos e fenótipos) restaram 672.778 SNPs e 392 animais. Foram observadas associações para IPP nos... Tipo: Separatas Palavras-chave: Melhoramento genético; Seleção genômica.; Gado de Corte.. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/964254 Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JÚNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A.; MUNARI, D. P.. Abstract. Studies are being conducted on the applicability of genomic data to improve the accuracy of the selection process in livestock, and genome-wide association studies (GWAS) provide valuable information to enhance the understanding on the genetics of complex traits. The aim of this study was to identify genomic regions and genes that play roles in birth weight (BW), weaning weight adjusted for 210 days of age (WW), and long-yearling weight adjusted for 420 days of age (LYW) in Canchim cattle. GWAS were performed by means of the Generalized Quasi-Likelihood Score (GQLS) method using genotypes from the BovineHD BeadChip and estimated breeding values for BW, WW, and LYW. Data consisted of 285 animals from the Canchim breed and 114 from the MA genetic... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Gado de corte; Beef cattle; Genome-wide association study.. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1003481 Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C. O; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Genome-wide; Growth trait; Race Canchim; Raça Canchim.; Gado de corte.. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/986150 Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Genome-wide; Growth trait; Race Canchim; Raça Canchim; Gado de corte. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/984641 Genome-wide association study on long-yearling scrotal circumference in Canchim cattle. Repositório Alice BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; URBINATI, I.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; SCHENKEL, F. S.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P.. Genome-wide association studies provide valuable information for understanding the genetic control of complex traits in livestock. The goal of this study was to investigate the association of the BovineHD BeadChip SNP genotypes with estimated breeding values for long-yearling scrotal circumference adjusted to 420 days (SC420) in Canchim beef cattle. A total 435 SNPs were significantly associated with SC420 (10% chromosome-wise FDR), of which 30 were located in genes on chromosomes 5, 13, and 14, including HEY1, PLCG1, PAG1, ZFHX4, PEX2, FABP5, FABP12, MED30, and TRHR genes. These genes play a role in biological processes related to reproduction, fat deposition, and hormonal systems development. Future studies targeting these regions and genes could provide... Tipo: Separatas Palavras-chave: Candidate gene; Canchim breed.; Animal breeding.. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/993744 Identification of candidate genes for reactivity in Guzerat (Bos indicus) cattle: a genome-wide association study. Repositório Alice SANTOS, F. C. dos; PEIXOTO, M. G. C. D.; FONSECA, P. A. de S.; PIRES, M. de F. A.; VENTURA, R. V.; ROSSE, I. da C.; BRUNELI, F. A. T.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S.. Temperament is fundamental to animal production due to its direct influence on the animal-herdsman relationship. When compared to calm animals, the aggressive, anxious or fearful ones exhibit less weight gain, lower reproductive efficiency, decreased milk production and higher herd maintenance costs, all of which contribute to reduced profits. However, temperament is a trait that is complex and difficult to assess. Recently, a new quantitative system, REATEST®, for assessing reactivity, a phenotype of temperament, was developed. Herein, we describe the results of a Genome-wide association study for reactivity, assessed using REATEST® with a sample of 754 females from five dual-purpose (milk and meat production) Guzerat (Bos indicus) herds. Genotyping was... Tipo: Separatas Palavras-chave: Temperament traits in cows; Temperament biology; Cattle temperament. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072217 Ilhas de homozigose para identificação de genes relacionados com características de importância econômica na pecuária leiteira em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus) Repositório Alice PERIPOLLI, E.; CHIAIA, H. L. J.; BERTON, M. P.; KLUSKA, S.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Autozigosidade; Características Leiteiras. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072319 Inbreeding and its effects on milk, growth, and reproductive traits in Guzerá cattle clustered by genetic similarity. Repositório Alice CARRARA, E. R.; LOPES, P. S.; PEREZ, B. C.; VENTURA, R. V.; JOSAHKIAN, L. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.. Evento virtual. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Graph theory; Beef production; Bovino; Gado Zebu; Endogamia; Produção Leiteira; Produção de Carne; Inbreeding coefficient; Cluster analysis; Milk production; Beef cattle. Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134623 Inbreeding effect and genotyping strategies for genomic selection in simulated data. Repositório Alice NASCIMENTO, G. B.; VENTURA, R. V.; LEDUR, M. C.; SAVEGNAGO, R. P.; SENO, L. de O.; MUNARI, D. P.. Tipo: Separatas Palavras-chave: SNPs; Genomic analysis.; Genetics markers; Genética; Seleção genotipa; Endogamia; Melhoramento genético animal; Inbreeding; Quantitative trait loci.. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/971202 Interação genótipo x ambiente e estimativas de parâmetros genéticos dos pesos aos 205 e 365 dias de idade de bovinos Nelore. Repositório Alice FRIDRICH, A. B.; SILVA, M. A.; VALENTE, B. D.; SOUSA, J. E. R.; CORRÊA, G. S. S.; FERREIRA, I. C.; VENTURA, R. V.; SILVA, L. O. C.. Dados de pesos aos 205 (P205) e 365 (P365) dias de idade, de 46.408 animais Nelore, nascidos entre 1976 e 2000, provenientes de 530 rebanhos dos diversos estados brasileiros, foram utilizados para avaliar as interações genótipo x ambiente (IGA) e estimar herdabilidades direta e materna dos pesos pelo método da máxima verossimilhança restrita. O modelo estatístico utilizado incluiu efeitos fixos de grupo contemporâneo, idade da vaca ao parto (covariável) e efeitos aleatórios genéticos aditivo direto e materno. As correlações genéticas, estimadas para as características P205 e P365, cada uma considerada como característica distinta em cada uma das regiões Sul (S), Sudeste (SE), Centro-Oeste (CO), Norte (N) e Nordeste (NE), foram, respectivamente, 0,86 e... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bovino de corte; Nelore; Interação genótipo ambiente; Herdabilidade; Brasil; Canchim; Genotype environmental interaction; Genetic parameter; Heritability Brazil; Meio Ambiente; Melhoramento Genético Animal; Parâmetro Genético; Peso; Animal breeding; Beef cattle; Environment; Weight. Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/327077 Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. Repositório Alice MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A.. Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances... Tipo: Separatas Palavras-chave: Composite; Desequilíbrio de ligação; Genome wide association studies; Halplotype block; Linjage disequilibirium; Polimorfismo de nucleotídeo único.; Gado de corte.; Beef cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism.. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1006604 Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. Repositório Alice MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A.. he development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Halplotype block; Linjage disequilibirium; Composite; Beef cattle. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002985 Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. Repositório Alice MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B. da; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A.. Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Genome wide association studies; Desequilíbrio de ligação; Gado de corte; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1003463 Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. Repositório Alice CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MOKRY, F. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P.. Genotype imputation has been used to increase genomic information, allow more animals in genome-wide analyses, and reduce genotyping costs. In Brazilian beef cattle production, many animals are resulting from crossbreeding and such an event may alter linkage disequilibrium patterns. Thus, the challenge is to obtain accurately imputed genotypes in crossbred animals. The objective of this study was to evaluate the best fitting and most accurate imputation strategy on the MA genetic group (the progeny of a Charolais sire mated with crossbred Canchim X Zebu cows) and Canchim cattle. The data set contained 400 animals (born between 1999 and 2005) genotyped with the Illumina BovineHD panel. Imputation accuracy of genotypes from the Illumina-Bovine3K (3K),... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Canchim breed; Crossbred cattle; Genomic data; Low density panel; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1029694 Registros recuperados: 24 Primeira ... 1 2 ... Última

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