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A high-throughput data mining of single nucleotide polymorphisms in Coffea species expresed sequence tags suggests differential homeologous gene expression in the allotetrapoloid Coffea arabica. Repositório Alice
VIDAL, R. O.; MONDEGO, J. M. C.; POT, D.; AMBRÓSIO, A. B.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..
Polyploidization constitutes a common mode of evolution in flowering plants. This event provides the raw material for the divergence of function in homeologous genes, leading to phenotypic novelty that can contribute to the success of polyploids in nature or their selection for use in agriculture. Mounting evidence underlined the existence of homeologous expression biases in polyploid genomes; however, strategies to analyze such transcriptome regulation remained scarce. Important factors regarding homeologous expression biases remain to be explored, such as whether this phenomenon influences specific genes, how paralogs are affected by genome doubling, and what is the importance of the variability of homeologous expression bias to genotype differences....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880492
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Açúcares solúveis, sacarose sintase e sacarose fosfato sintase durante o desenvolvimento do fruto de café, sob diferentes condições Repositório Alice
GEROMEL, C.; MAZZAFERA, P.; MARRACCINI, P. R.; FERREIRA, L. P.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Foram abordados nesse trabalho aspectos fisiológicos de carboidratos envolvidos na relação fontedreno, sendo a sacarose o principal carboidrato exportado. Sabendose que a sacarose não é utilizada diretamente como substrato para a maioria dos processos envolvidos no crescimento, desenvolvimento e armazenamento, tanto na fonte como no dreno, o destino metabólico da sacarose é mediado pelas enzimas invertases, sacarose sintase e sacarose fosfato sintase. Nesse estudo foram dosadas as enzimas sintase da sacarose (SUSY) e sacarose fosfato sintase (SPS), assim como os teores de açúcares solúveis totais, redutores e sacarose, durante o desenvolvimento do fruto de cafeeiro em diferentes tecidos: polpa, perisperma e endosperma e em diferentes condições de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Sacaroses síntase; Sacarose fosfato sintase.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905972
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Açúcares solúveis, sacarose sintase e sacarose fosfato sintase durante o desenvolvimento do fruto de café, sob diferentes condições de luz e carga. Repositório Alice
GEROMEL, C.; MAZZAFERA, P.; MARRACCINI, P. R.; FERREIRA, L. P.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Foram abordados nesse trabalho aspectos fisiológicos de carboidratos envolvidos na relação fontedreno, sendo a sacarose o principal carboidrato exportado. Sabendo-se que a sacarose não é utilizada diretamente como substrato para a maioria dos processos envolvidos no crescimento, desenvolvimento e armazenamento, tanto na fonte como no dreno, o destino metabólico da sacarose é mediado pelas enzimas invertases, sacarose sintase e sacarose fosfato sintase. Nesse estudo foram dosadas as enzimas sintase da sacarose (SUSY) e sacarose fosfato sintase (SPS), assim como os teores de açúcares solúveis totais, redutores e sacarose, durante o desenvolvimento do fruto de cafeeiro em diferentes tecidos: polpa, perisperma e endosperma e em diferentes condições de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Sacarose sintase; Sacarose fosfato sintase.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909562
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An EST-based analysis identifies new genes and reveals distinctive gene expression features of Coffea arabica and Coffea canephora. Repositório Alice
MONDEGO, J. M. C.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; TOKUDA, E. K.; PARIZZI, L. P.; COSTA, G. G. L.; PEREIRA, L. F. P.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, G. A. G..
2011
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Café arabica; Coffea canephora; Coffea arabica; Genes.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902404
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An integrated analysis of mRNA and sRNA transcriptional profiles in Coffea arabica L. roots: insights on nitrogen starvation responses. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; SOARES, J. D. M.; LIMA, J. E.; SILVA, J. C.; IVAMOTO, S. T.; BABA, V. Y.; SOUZA, S. G. H.; LORENZETTI, A. P. R.; PASCHOAL, A. R.; MEDA, A. R.; NISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.; OLIVEIRA, U. C. de; MOKOCHINSKI, J. B.; GUYOT, R.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. L. M.; FIGUEIR, A. V. O.; MAZZAFERA, P.; R. JÚNIO, O.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S..
Coffea arabica L. is an important agricultural commodity, accounting for 60% of traded coffee worldwide. Nitrogen (N) is a macronutrient that is usually limiting to plant yield; however, molecular mechanisms of plant acclimation to N limitation remain largely unknown in tropical woody crops. In this study, we investigated the transcriptome of coffee roots under N starvation, analyzing poly-A+ libraries and small RNAs. We also evaluated the concentration of selected amino acids and N-source preferences in roots. Ammonium was preferentially taken up over nitrate, and asparagine and glutamate were the most abundant amino acids observed in coffee roots.We obtained 34,654 assembled contigs by mRNA sequencing, and validated the transcriptional profile of 12...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nitrogen transport; Differential gene expression; RNA-seq; MicroRNA.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1108713
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Análise da diversidade nucleotídica intra e interespecífica de Coffea spp. Repositório Alice
YANAGUI, K.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; INDEL; Coffea; Marcador; Polimorfismo.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880434
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Análise de genes expressos durante estádios finais da maturação de frutos de café. Repositório Alice
BUDZINSKI, I. G. F.; CAÇÃO, S. M. B.; CARNEIRO, C. E. A.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
A maturação uniforme dos frutos do cafeeiro relaciona-se diretamente com a qualidade da bebida. Diferentes floradas em um mesmo cafeeiro propiciam frutos em estádios desiguais de maturação podendo resultar em uma maior dificuldade na colheita, maior gasto com mão de obra e queda na qualidade do produto. Em frutos climatéricos, o processo final da maturação é desencadeado por um grande acúmulo de etileno, seguido por mudança bioquímicas e fisiológicas que promovem principalmente a desestabilização da parede celular dos frutos, composta principalmente por compostos pécticos. As pectinas são degradadas devido à solubilização e despolimerização da parede celular vegetal em decorrência da ação de enzimas como: pectinametilesterase, poligalacturonase,...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Maturação; Poligalacturonase; Pectinametilesterase; Expansina; Genoma; Coffea.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909458
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Análise in silico da expressão gênica de citocromo p450 relacionada ao metabolismo de diterpenos em Coffea. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; ALVES, L. C.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Diterpenos; Cafestol; Caveol; Cyt P450.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880428
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Análise in silico de pectinametilesterases de Coffea spp. Repositório Alice
LEITE, T. F.; BUDZINSKI, I. G. F.; CAÇÃO, S. M. B.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
A maturação desuniforme dos frutos do cafeeiro, associada a práticas inadequadas de colheita e pós-colheita, pode prejudicar a qualidade final do café. Visando compreender melhor os genes envolvidos na maturação de frutos do cafeeiro foram iniciados estudos in silico e in vivo da atividade da pectinametilesterase (PME-EC 3.2.1.11). A PME é a enzima responsável por catalisar a desmetilação de ésteres metílicos dos ácidos poligalacturônicos e se encontra distribuída em raízes, caules, folhas e frutos da grande maioria das plantas superiores. Essa enzima tem um importante papel no amaciamento de frutos pelo aumento da susceptibilidade das pectinas a poligalacturonase (PG) durante o amadurecimento. A análise in silico foi realizada através de buscas no banco...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Maturação de fruto; Pectinametilesterase; Café; Qualidade.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906030
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Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp. Repositório Alice
VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P..
Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; INDEL; Mapeamento; Genoma.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903595
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Análise in silico e in vivo da via de isoprenóides em café. Repositório Alice
TISKI, I.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D.; MARRACCINI, P. R.; VIEIRA, L. G. E..
Os diterpenos cafestol e caveol, presentes na fração lipídica em grãos de café, originam-se da via de síntese de isoprenóides. Estes compostos são sintetizados em todos os organismos, sendo abundantes em plantas com cerca de 10 mil componentes relatados. Apesar da diversidade de funções e estruturas todos os isoprenóides derivam de cinco comuns átomos de carbono, o isopentenil difosfato (IPP) e do isômero dimetilalil difosfato (DMAPP). Em vegetais superiores, duas vias localizadas em compartimentos intracelulares separados estão envolvidas na biossíntese de IPP e DMAPP. No citosol, IPP é derivado da via do ácido mevalônico (MVA) e no plastídeo, IPP é formado pela via do metileritritol fosfato (MEP ou não mevalonato). Com a disponibilidade das seqüências...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Coffee; Café; Análise; Analysis; In silico; In vivo; MEP; MVA..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906049
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Análise proteômica do estresse hídrico em cafeeiro. Repositório Alice
RAMOS, H. J. O.; CHAVES, D. F. S.; PEREIRA, L. F. P.; CRUZ, L. M.; FUNGARO, M. H.; CUNHA, M. H. da; OSAKU, C.; PETZL-ERLER, M. L.; AYUB, R. A.; PERALTA, R. M.; MARUR, C. J.; SOUZA, E. M.; VIEIRA, L. G. E.; PEDROSA, F. O..
Déficit hídrico é um dos fatores ambientais mais importantes para a diminuição da produtividade do cafeeiro, tanto no Brasil quanto em outros países produtores. O estabelecimento de estratégias para obtenção de cultivares tolerantes ao estresse hídrico depende da compreensão das respostas biológicas ao nível genético, molecular e bioquímico. Para estudar a resposta ao estresse hídrico no gênero Coffea, foi estabelecida uma rede de pesquisa em proteômica (PROTEOPAR ? Programa Proteoma do Paraná) constituída de oito laboratórios. Quatro genótipos de Coffea, com diferentes respostas fisiológicas à seca, foram analisados: C. canephora (Clone 14, tolerante e Clone 109A, sensível) e C. arabica (BA10, tolerante e Geisha, sensível). Proteínas foram extraídas de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Seca; Proteoma; PROTEOPAR.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906068
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Analysis Of Nucleotide Diversity In Coffea spp. Repositório Alice
PEREIRA, L. F. P.; YANAGUI, K.; FERREIRA, L. P.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; POT, D.
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea spp.; Coffea genotypes; Germplasm.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902442
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Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource. Repositório Alice
VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..
bitstream/item/177955/1/ID-26742-1.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Projeto genoma; Brasil; Café.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187149
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Caracterização in silico de genes de expansina presentes em cafeeiro (Coffea arabica L.). Repositório Alice
BUDZINSKI, I. G. F.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
As expansinas (EXPs) são proteínas que promovem o relaxamento e extensão da parede celular em plantas, sendo codificadas por uma multifamília gênica e classificadas em: ?-expansinas, ?-expansinas, expansin-like A (EXLA) e expansin-like B (EXLB). Estas proteínas atuam no alongamento celular, maciez dos frutos, abscisão, germinação e polinização. As ?-expansinas representam a maior família e relacionam-se diretamente com o controle da extensão da parede celular em processos de desenvolvimento. Visto que a maturação uniforme dos frutos de café contribui para a qualidade da bebida, este trabalho teve por objetivo identificar e caracterizar in silico genes de expansinas envolvidas neste processo. Através da mineração dos dados do Genoma Café foram encontrados...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expansina; Desenvolvimento de fruto; Maturação de fruto; Genoma café.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905651
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Caracterização nutricional de acessos provenientes da Etiópia de Café Arábica. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PIPOLO, V. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S..
Devido à necessidade cada vez maior de cultivares que apresentem boa produtividade com impactos menores ao meio ambiente, a introgressão de características relacionadas ao uso eficiente de nutrientes minerais é uma estratégia relevante para o melhoramento genético do café. Nesse sentido, a caracterização de acessos provenientes do centro de origem da espécie é um importante subsídio para os programas de melhoramento visando à seleção de materiais de interesse para produção de novas cultivares. Objetivou-se,no presente trabalho, caracterizar a concentração de nove nutrientes minerais em 12 acessos de Coffea arabica L., provenientes da Etiópia, em casa de vegetação, visando identificar genótipos com acumulação diferencial de nutrientes minerais em folhas,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Phosphorous; Café; Germoplasma; Nitrogênio; Fósforo; Germplasm.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039997
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Coffea expansin gene family and expansin expression during fruit maturation. Repositório Alice
BUDZINSKI, I. G. F.; LEITE, T. F.; TAKAHASHI, E. K.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
Expansins (EXP) are plant cell-wall loosing proteins involved in cell enlargement and developmental process such as organogenesis, seeds germination, cell wall dissolution and fruit ripening. Two families of EXP are known, α-expansin (EXPA), involved in the control of cell wall extension, and β-expansins (EXPB), the major allergens of grass pollen that also have cell wall-loosening activity. With the objective to study the role of EXP in coffee fruit maturation we selected EXP homologous sequences on the Brazilian Coffee Genome Project database. Full-length contigs were classified according the EXP family. Northern blots of pulp from fruits at the latest stages of maturation (22-32 weeks after flowering) showed increased transcription of...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Oganogenesis.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885761
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Coffea nutriome: minding the gap among genomics, biotechnology and fertilization practices. Repositório Alice
DOMINGUES, D. S.; MEDA, A. R.; SANTOS, T. B.; VESPERO, E. B.; SITTA, R. B.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Genomics; Plant nutrition; Nitrogen; Boron.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880427
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Concentração de nutrientes minerais em acessos da Etiópia de Coffea arabica. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S..
O sucesso do manejo nutricional em plantas depende de diversos fatores, como características químicas, biológicas e físicas do solo, além da influência do genótipo. Apesar do manejo agronômico visando à adequação do solo para a cultura do cafeeiro estar bem estabelecido, pouco se sabe sobre o efeito do genótipo na absorção e acúmulo de nutrientes minerais. Tradicionalmente, o melhoramento genético do cafeeiro foca-se em características morfológicas, resistência a doenças e na produtividade; dessa forma, a exigência nutricional foi deixada em plano secundário ao longo deste processo. Com a necessidade cada vez maior de variedades que apresentem boa produtividade com impactos menores ao meio ambiente, a introgressão de características de genótipos silvestres...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Nutrição mineral; Concentração de nutrientes.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903994
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Construção de um mapa genético a partir de uma população F2 derivada do cruzamento entre Coffea arabica e C. canephora e Sua utilidade para qualidade de bebida. Repositório Alice
PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; POT, D.; MOLLER, M.; GALLO, P. B.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; YAMAMOTO, P. Y.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; FERREIRA, L. P.; MAZZAFERA, P.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A..
Mapas genéticos com base em marcadores moleculares têm sido desenvolvidos em grande número de plantas como uma estratégia eficaz para seleção assistida pelo marcador. No presente estudo, marcadores AFLP e SSR foram utilizados para construção de um mapa genético em uma população F2 criada a partir da autofecundação do híbrido F1 do cruzamento entre Coffea arabica e Coffea canephora. Foram identificados 349 marcadores AFLP e 50 alelos SSR segregantes em 90 plantas F2. Para construção do mapa, apenas marcas em dose única e segregação 3:1 no F2 foram consideradas (248 marcadores AFLP e SSR 27 alelos, ou 68,9% dos marcadores polimórficos). Cento e sessenta e nove marcadores foram mapeados (155 AFLP e 14 SSR). Trinta e sete grupos ligação correspondentes a um...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Melhoramento genético; Café; Melhoramento genético; Seleção assistida; Marcador molecular.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903744
Registros recuperados: 59
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