SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..

Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high...

A fast surface-matching procedure for protein-ligand docking.

Palavras-chave: Bioinformática; Algoritmo; Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868482

An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth.

YAMAGISHI, M. E. B.; MARTINS, N. F.; NESHICH, G.; CAI, W.; SHAO, X.; BEAUTRAIT, A.; MAIGRET, B..

bitstream/item/178055/1/ID-27692-1.pdf

Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE)

Palavras-chave: Spherical harmonics; Fingerprints; Surface matching; Docking.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188155

YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; VIEIRA, F. D.; HERAI, R. H..

In this work, we present some results that are indirect evidences of Fibonacci String model fro DNA repetitive sequences growth.

Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.

Palavras-chave: Bioinformática; Fibonacci; Bioinformatics.

Ano: 2007

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1519

HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..

O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.

Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.

Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA..

Ano: 2010

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885652

HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..

Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida.

Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.

Ano: 2010

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883623

HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..

O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.

Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer.

Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo.

Ano: 2003

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/5069

NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..

O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.

Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments.

Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.

Ano: 2006

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3005

Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes.

HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..

The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two alignments is also presented.

Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE)

Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura secundária de proteínas; Sting; Multiple sequence alignment; Residue conservation; Relative entropy; Bioinformatics; Protein structure; Protein secondary structure.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8262

Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS.

BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K..

2007

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína.

Ano: 2007

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1327

MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G..

Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.

Chargaff's "Grammar of Biology": new fractal-like rules.

Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Proteina; Software SMS.

Ano: 2003

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8835

YAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H..

Chargaff once said that "I saw before me in dark contours the beginning of a grammar of Biology?. In linguistics, "grammar" is the set of natural language rules, but we do not know for sure what Chargaff meant by a "grammar" of Biology. Chargaff discovered some rules about nucleotides that have been named Chargaff's rules. In this work, we further develop his "grammar". Using new concepts, we were able to discover new higher order genomic rules that seem to be invariant across a large set of organisms, and show a fractal-like property, since no matter the scale, the same pattern is observed (self-similarity). We hope that these new invariant genomic rules may be used in different contexts, for example for short read data bias detection and genome assembly...

CNBi: the new Brazilian National Consortium for Bioinformatics.

Palavras-chave: Genômica; Bioinformática; Propriedade fractal; Genomics; Bioinformatics.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974768

HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A..

PRESENTATION: The National Consortium for Bioinformatics (CNBi) is a multidisciplinary center dedicated to research, development, management and technical support on questions arising from bioinformatics. It was created by a joint effort between three laboratories from São Paulo state in Brazil: the Genomic and Expression Laboratory (UNICAMP), Applied Bioinformatics Laboratory (EMBRAPA/CNPTIA) and National Laboratory of Biosciences (LNBio), and is organized as a distributed center inside the mentioned laboratories. MISSION: As a national center for bioinformatics, CNBi?s mission is the generation of new biotechnological information and advanced methods of computer-based information processing. Moreover it intends to act in the ?eld of genomics, proteomics...

Comparative transcriptome analysis and genome assembly of Fusarium oxysporum f. sp. cubense.

Palavras-chave: Base de dados; Bioinformática; National Consortium for Bioinformatics; Bioinformatics; Databases.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868494

RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; KEMA, G. H. J..

2011

Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation.

Palavras-chave: Panama disease; Banana; Genomic analysis; Transcriptomic analysis; Doença de planta.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905765

GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A..

2012

Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree.

Palavras-chave: Genótipos de eucalipto; Alocação de carbono; Expressão gênica; Bioinformática.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943643

ConvolutionTR: comprehensive study of SNPs within tandem repeats.

VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..

The cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Neotropical freshwater catfish from family Pimelodidae (Siluriformes) native to Brazil. The species is of relative economic importance for local aquaculture production and basic biological information is under development to help boost efforts to domesticate and raise the species in commercial systems. The complete cachara mitochondrial genome was obtained by assembling Illumina RNA-seq data from pooled samples. The full mitogenome was found to be 16,576 bp in length, showing the same basic structure, order, and genetic organization observed in other Pimelodidae, with 13 protein-coding genes, 2 rNA genes, 22 trNAs, and a control region. Observed base composition was 24.63% T, 28.47% C, 31.45% A, and 15.44% G....

Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE)

Palavras-chave: Cachara; Peixe-gato; Mitogenome; Aquicultura; Filogenia; Melhoramento genético animal; Peixe de água doce; RNA; Pseudoplatystoma reticulatum; Mitochondrial genome; Siluriformes; Phylogeny; Catfish; Single nucleotide polymorphism.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074198

NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCAO, P. R..

In this work, we report for the first time a comprehensive study of SNPs within tandem repeats of a model organism. Our results show that, due their widespread occurrence, SNPs within TR deserves attention; even though some of them may be explained by simple base-calling errors.

ConvolutionTR: comprehensive study of SNPs within tandem repeats.

Palavras-chave: Bioinformática; Sequências de DNA; Algoritmo ConvolutionTR; Bioinformatics; Tandem repeat sequences; Nucleotide sequences; Algorithms.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/935333

NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCAO, P. R..

2012

De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences.

Palavras-chave: Bioinformática; Sequências de DNA; Algoritmo ConvolutionTR; Bioinformatics; Tandem repeat sequences; Nucleotide sequences; Algorithms.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/932803

CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..

Zebu cattle breeds (Bos indicus) are widely used for milk and beef production in the tropics and show natural adaptations to biotic and abiotic stresses especially found in these regions. Advanced genomic tools will be essential to help unveil and explore the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle and, at the same time, will facilitate the work of breeders striding towards incorporating genomic tools into breeding programs aiming to improve productivity and beef and milk quality.