Home Itens selecionados Provedores de dados OAI Créditos Sobre Ajuda

			Busca avançada
	Provedor de dados Repositório Alice (98) Infoteca-e (13) Autor YAMAGISHI, M. E. B. (111) GIACHETTO, P. F. (40) CAETANO, A. R. (33) PAIVA, S. R. (26) HIGA, R. H. (25) LOBO, F. P. (23) NESHICH, G. (17) VARELA, E. S. (16) CINTRA, L. C. (13) SANTOS, E. H. dos (13) MANCINI, A. L. (12) VIEIRA, F. D. (12) REGITANO, L. C. de A. (11) FALCÃO, P. R. K. (10) HERAI, R. H. (10) ZERLOTINI NETO, A. (10) CARDOSO, F. F. (9) IANELLA, P. (9) IBELLI, A. M. G. (9) MAZONI, I. (9) Mais... Palavra-chave Bioinformática (29) Bioinformatics (28) Single nucleotide polymorphism (11) Tambaqui (9) Colossoma Macropomum (8) Expressão gênica (8) Fish (7) Polimorfismo de nucleotídeo único (7) Genoma (6) Alocação de carbono (5) Cattle (5) Gado de corte (5) Genomics (5) Peixe (5) Algorithms (4) Estrutura de proteína (4) Gene expression (4) Genome (4) Protein structure (4) Proteins (4) Mais... Tipo do documento Anais e Proceedings de eventos (51) Separatas (20) Artigo de periódico (17) Comunicado Técnico (INFOTECA-E) (10) Parte de livro (9) Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) (2) Documentos (INFOTECA-E) (1) Folhetos (1) Mais... Ano 2022 (5) 2021 (1) 2020 (1) 2019 (8) 2018 (3) 2017 (4) 2016 (5) 2015 (5) 2014 (8) 2013 (5) 2012 (12) 2011 (7) 2010 (18) 2009 (6) 2008 (1) 2007 (4) 2006 (9) 2005 (2) 2004 (4) 2003 (3) Mais... País Brazil (111) Idioma Inglês (60) Português (51)		Ordenar por:  Relevância Autor Título Ano Registros recuperados: 111 Primeira ... 1 2 3 4 5 6 ... Última A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. Repositório Alice HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.. Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Algoritmo; Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing. Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868482 A fast surface-matching procedure for protein-ligand docking. Repositório Alice YAMAGISHI, M. E. B.; MARTINS, N. F.; NESHICH, G.; CAI, W.; SHAO, X.; BEAUTRAIT, A.; MAIGRET, B.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Spherical harmonics; Fingerprints; Surface matching; Docking. Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188155 An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth. Repositório Alice YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; VIEIRA, F. D.; HERAI, R. H.. In this work, we present some results that are indirect evidences of Fibonacci String model fro DNA repetitive sequences growth. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Fibonacci; Bioinformatics. Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1519 Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.. O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R. Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis. Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623 Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.. O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R. Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.. Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885652 Análise genômica de bactérias promotoras de crescimento de plantas visando a identificação de genes e desenvolvimento de marcadores estirpe-específicos. Repositório Alice GALVÃO, S. F. A.; LANA, U. G. de P.; GOMES, E. A.; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIANA, M. J. A.; SOUSA, S. M. de. O objetivo deste trabalho foi caracterizar o genoma e desenvolver marcadores estirpe-específicos para três estirpes de BPCP pertencentes à Coleção de Microrganismos Multifuncionais da Embrapa Milho e Sorgo. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Priestia; PCR em tempo real; Bactéria; Genoma; Marcador Molecular. Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1148494 Análise in silico do potencial metabólico de Streptomyces sp. APUR 36.1 isolada de sedimentos do Rio Purus. Repositório Alice CIRÍACO, A. L. de S.; SOUSA, T. F.; QUEIROZ, C. A. de; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da. O presente estudo teve como objetivo realizar a mineração genômicos e análise filogenética da linhagem APUR 36.1 isolada de sedimentos do Rio Purus. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bactérias; Streptomyces. Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1141103 Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. Infoteca-e HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.. O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP. Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo. Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/5069 Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Infoteca-e NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G.. O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics. Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso. Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3005 Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Repositório Alice HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.. The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two alignments is also presented. Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura secundária de proteínas; Sting; Multiple sequence alignment; Residue conservation; Relative entropy; Bioinformatics; Protein structure; Protein secondary structure. Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/8262 Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. Infoteca-e BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K.. bitstream/CNPTIA/11660/1/bp17.pdf Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína. Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1327 Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. Infoteca-e MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G.. Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos. Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Software SMS.; Proteína.. Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8835 Caracterização do cluster gênico biossintético para produção do sideróforo petrobactina por Bacillus cereus SOL 105 isolado de sedimentos do Rio Solimões. Repositório Alice COSTA, G. V. da; SOUSA, T. F.; QUEIROZ, C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da. O ferro (Fe) é um micronutriente essencial para vários processos biológicos como respiração celular, fotossíntese e fixação de nitrogênio. Em ambientes aquáticos o ferro dissolvido forma complexos mais estáveis dificultando sua disponibilidade, nesse sentido, a produção microbiana de sideróforos que são moléculas de baixo peso molecular, tem uma função muito importante nesses ecossistemas, pois tornam o ferro passível de ser absorvido por outros organismos (1). Vários grupos de bactérias com destaque para o gênero Bacillus são produtores do sideróforo petrobactina, essa molécula é responsável pela promoção de crescimento vegetal e pela aquisição de ferro pela comunidade marinha (1)(2). Em Bacillus anthracis os genes AsbABCDE codificam enzimas que... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Cluster gênico; Sideróforo petrobactin; Genoma. Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1141101 Chargaff's "Grammar of Biology": new fractal-like rules. Repositório Alice YAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H.. Chargaff once said that "I saw before me in dark contours the beginning of a grammar of Biology?. In linguistics, "grammar" is the set of natural language rules, but we do not know for sure what Chargaff meant by a "grammar" of Biology. Chargaff discovered some rules about nucleotides that have been named Chargaff's rules. In this work, we further develop his "grammar". Using new concepts, we were able to discover new higher order genomic rules that seem to be invariant across a large set of organisms, and show a fractal-like property, since no matter the scale, the same pattern is observed (self-similarity). We hope that these new invariant genomic rules may be used in different contexts, for example for short read data bias detection and genome assembly... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genômica; Bioinformática; Propriedade fractal; Genomics; Bioinformatics. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/974768 CNBi: the new Brazilian National Consortium for Bioinformatics. Repositório Alice HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A.. PRESENTATION: The National Consortium for Bioinformatics (CNBi) is a multidisciplinary center dedicated to research, development, management and technical support on questions arising from bioinformatics. It was created by a joint effort between three laboratories from São Paulo state in Brazil: the Genomic and Expression Laboratory (UNICAMP), Applied Bioinformatics Laboratory (EMBRAPA/CNPTIA) and National Laboratory of Biosciences (LNBio), and is organized as a distributed center inside the mentioned laboratories. MISSION: As a national center for bioinformatics, CNBi´s mission is the generation of new biotechnological information and advanced methods of computer-based information processing. Moreover it intends to act in the field of genomics, proteomics... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; National Consortium for Bioinformatics.; Base de Dados.; Bioinformatics; Databases. Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868494 Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. Repositório Alice DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G.. Trabalhos apresentados no: APS-IPPC 2011 Joint Meeting in Honolulu, Hawaii, August 6–10, 2011. Tipo: Separatas Palavras-chave: Fusarium oysporum f. sp. cubense (FOC); Doença Panama; Transcriptoma; Patógeno de planta; Genômica.; Biotecnologia; Doença de Planta.. Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/898042 Comparative transcriptome analysis and genome assembly of Fusarium oxysporum f. sp. cubense. Repositório Alice RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; KEMA, G. H. J.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Panama disease; Genomic analysis; Transcriptomic analysis.; Banana; Doença de Planta.. Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/905765 Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. Repositório Alice GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Genótipos de eucalipto; Alocação de carbono; Expressão gênica; Bioinformática. Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/943643 Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. Repositório Alice GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A.. P0120. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genótipos de eucalipto; Alocação de carbono; Expressão gênica; Bioinformática; Eucalyptus; Carbon; Gene expression; Bioinformatics. Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/932788 Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. Repositório Alice VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.. The cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Neotropical freshwater catfish from family Pimelodidae (Siluriformes) native to Brazil. The species is of relative economic importance for local aquaculture production and basic biological information is under development to help boost efforts to domesticate and raise the species in commercial systems. The complete cachara mitochondrial genome was obtained by assembling Illumina RNA-seq data from pooled samples. The full mitogenome was found to be 16,576 bp in length, showing the same basic structure, order, and genetic organization observed in other Pimelodidae, with 13 protein-coding genes, 2 rNA genes, 22 trNAs, and a control region. Observed base composition was 24.63% T, 28.47% C, 31.45% A, and 15.44% G.... Tipo: Separatas Palavras-chave: Cachara; Peixe-gato; Mitogenome.; Filogenia; Melhoramento genético animal; Peixe de água doce; RNA; Aquicultura.; Pseudoplatystoma reticulatum; Mitochondrial genome; Siluriformes; Phylogeny; Catfish; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074198 Registros recuperados: 111 Primeira ... 1 2 3 4 5 6 ... Última

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa Todos os direitos reservados, conforme Lei n° 9.610 Política de Privacidade Área restrita		Embrapa Parque Estação Biológica - PqEB s/n° Brasília, DF - Brasil - CEP 70770-901 Fone: (61) 3448-4433 - Fax: (61) 3448-4890 / 3448-4891 SAC: https://www.embrapa.br/fale-conosco