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A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. Repositório Alice
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..
Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Algoritmo; Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868482
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/908712
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/909360
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Agricultura de precisão e agricultura digital. Repositório Alice
BASSOI, L. H.; INAMASU, R. Y.; BERNARDI, A. C. de C.; VAZ, C. M. P.; SPERANZA, E. A.; CRUVINEL, P. E..
Este artigo apresenta e discorre sobre os atributos da agricultura de precisão (ap) e da agricultura digital (ad), expondo as particularidades e sinergias de cada uma delas. Explica como a ap vem sendo empregada nos sistemas de produção vegetal e animal em vários países desde a década de 1990, com uma intensidade e abrangência em relação à área e aos tipos de sistemas de produção que a adotam e que evoluem gradualmente. A ap compreende o uso de procedimentos e de equipamentos, implementos e/ou sensores que avaliam a variabilidade espacial e temporal de atributos do solo, planta, animal ou clima, com o intuito de fornecer informações que subsidiam a tomada de decisão pelo produtor ou profissional quanto à realização de uma prática ou manejo agrícola de modo...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Tecnologias de informação e comunicação; Conectividade; Internet das coisas; Algoritmo; Aplicativo; Nuvem; Base de Dados.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1121544
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An iterative approach for generating statistically realistic populations of households. Repositório Alice
GARGIULO, F.; TERNES, S.; HUET, S.; DEFFUANT, G..
Background. Many different simulation frameworks, in different topics, need to treat realistic datasets to initialize and calibrate the system. A precise reproduction of initial states is extremely important to obtain reliable forecast from the model. Methodology/Principal Findings. This paper proposes an algorithm to create an artificial population where individuals are described by their age, and are gathered in households respecting a variety of statistical constraints (distribution of household types, sizes, age of household head, difference of age between partners and among parents and children). Such a population is often the initial state of microsimulation or (agent) individual-based models. To get a realistic distribution of households is often...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Algoritmo; População x tarefas do lar; Projeto PRIMA; Algorithm; Population distributed in households; Synthetic population.; Prototypical Policy Impacts on Multifunctional Activities - PRIMA; Simulation; Artificial population; Simulação..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/864056
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Aquisição automática de sintomas para diagnóstico de doenças em plantas. Repositório Alice
FERNANDES, T.; BARBEDO, J. G. A..
O objetivo deste trabalho foi implementar um método capaz de realizar a aquisição automática de sintomas para o diagnóstico de doenças em plantas, que muitas vezes pode ser de difícil obtenção para inúmeros agricultores, devido ao grande número de doenças encontradas hoje em dia ou em algumas vezes pelo baixo conhecimento do profissional sobre o assunto.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Diagnóstico de doenças; Doenças em plantas; Algoritmo; Plant diseases and disorders; Algorithms.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/975712
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Classificando alvos de interesse em carcaças bovinas. Repositório Alice
SANTOS, E. F. dos; VENDRUSCULO, L. G.; LOPES, L. B.; SANTOS, R. dos; OLIVEIRA, J. A. de.
A qualidade da carne é influenciada por diversos fatores, como: condições no pré-abate, precocidade dos animais, variação entre raças, composição de dieta, entre outros. Alguns desses fatores influenciam no acabamento da carcaça, sendo este um dos principais parâmetros para avaliação em frigoríficos. No entanto, o fator humano e o fluxo intenso na linha de abate podem comprometer a inspeção visual das carcaças. Além disso, a subjetividade de método de avaliação atual é, frequentemente, questionada pelos produtores, já que há bonificação pela qualidade da carcaça pela indústria. Apesar da possibilidade de falhas no processo de classificação, essa gratificação tem sido fundamental para incentivar a adoção das boas práticas agropecuárias para bovinos de...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Acabamento tecidual; Processamento de dados; Processamento de imagens; Algoritmo; K-means; Cobertura tecidual; Frigobom; Mato Grosso; Sinop-MT; Bovino; Abate.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1130214
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Comparacion de dos metodos de calsificacion digital y aplicacion al cartografiado de vegetacao en el Nordeste bralileno. Repositório Alice
SA, I. B.; ANTONIO GARCIA, R. de; ALMOROX, J. A.; SILVA, A. de S..
La vegetacion natural de la region semiarida del Brasil, denominada caatinga, ocupa alrededor de 573.000 km2, lo que supone un 37% de la superficie del Nordeste. El presente trabajo tiene por objeto evaluar cuantitativamente la exactitud de dos procedimientos de clasificacion para el procesamiento digital de imagens de satelites: uno, no supervisado, mediante el algoritmo "Media K", y otro, supervisado, por medio del algoritmo "Maxver". La exactitud de las clasificaciones se evalua mediante el analisis estadistico multivariante discreto, kappa k. Los resultados obtenidos muestran que la utilizacion del metodo supervisado es eficaz para la discriminacion de las formaciones de caatinga de la region y su consecuente cartografia a escala 1:100.000.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Classificacao digital; Algoritmo; Formacao vegetal; Kappa; Digital classification; Methods; Algorithm; Mapping process; Recurso natural; Análise Estatística; Caatinga; Mapa; Sensoriamento Remoto; Vegetação; Remote sensing; Statistical analysis; Vegetation.
Ano: 1996 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/133847
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Detecting wheat Fusarium head blight using hyperspectral imaging. Repositório Alice
BARBEDO, J.; TIBOLA, C.; FERNANDES, J. M..
The objective of this study was to detect FHB in wheat kernels using HSI. An algorithm, based on mathematical morphological operations and linear thresholding, was developed and implemented in order to be both simple and accurate.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Hyperspectral images; Algoritmo; Fusarium head blight; Algorithms; Image analysis; Deoxynivalenol.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1034034
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Entendendo e interpretando os parâmetros utilizados por BLAST. Infoteca-e
HIGA, R. H..
O método BLAST para determinação de similaridades entre sequências biológicas. Score e matrizes de substituição. Determinação de matrizes de substituição BLOSUM. Determinação de matrizes de substituição PAM. Resultados da teoria Estatística de comparação local de sequências. O Algoritmo usado por BLAST. NCBI-BLAST. Exemplo de busca.
Tipo: Séries anteriores (INFOTECA-E) Palavras-chave: Algoritmo; Banco de dados; Parâmetros; BLAS; Basic Local Alignment Search Tool.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8302
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Geotecnologias auxiliando a espacialização e individualização de árvores nativas e quantificação de nascentes. Repositório Alice
VENDRUSCULO, L. G.; ZOLIN, C. A..
O novo código florestal elenca diversos aspectos legais visando garantir a conservação e restauração de florestas. Áreas especialmente protegidas como áreas de preservação permanente (APP) são alvos da restauração. Por este motivo, metodologias que identifiquem, com acurácia, nascentes nesta área são importante para um plano de manejo eficiente. Adicionalmente, informações de localização de ocorrência natural de espécies nativas, candidatas a restauração, são insumo importante para a restauração. No contexto de quantificação de biomassa em ambiente florestados, o advento de tecnologias como LiDAR (Ligth Detection Ranging) contribuem sobremaneira no entendimento da paisagem de florestas e morfologia de árvores. Os trabalhos descritos a seguir foram...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Geotecnologia; Arvore nativa; Tachi-branco; Castanheira; Quantificacao de nascentes; Mato Grosso; Sinop-MT; Feliz Natal-MT.; Querencia-MT; Algoritmo; K-means; Agricultura de Precisão; Tatajuba; Paricá; Seringueira.; Lidar..
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1103787
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Minimização do custo de produção como critério na formulação de dietas para bovinos de corte. Infoteca-e
BARIONI, L. G.; LANNA, D. P.; TEDESCHI, L. O.; VELOSO, R. F..
RESUMO: O critério de minimização do custo de matéria seca (MCMS) é frequentemente adotado para a formulação de dietas para animais. Esse critério, entretanto, possui limitações para bovinos, pois a solução aplica-se apenas a um nível de desempenho animal esperado, enquanto na prática, existem vários níveis de desempenho possíveis de serem implementados. Outro critério de formulação de dietas é o de minimização do custo direto de alimentação por quilo de carcaça (MCA). O uso desse critério possibilita ganhos econômicos, porém, apresenta limitações quanto à robustez da solução devido a sua natureza não linear, o que demanda uso de algoritmos menos eficientes e poucos robustos. Existe, portanto, demanda por métodos para a solução desse tipo de problema. Um...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Modelagem matemática; Otimização; Algoritmo; Bovinae; Feeding; Optimization methods; Algorithm.; Alimentação; Bovino; Dieta; Gado de Corte; Nutrição Animal.; Animal nutrition; Diet; Mathematical models..
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/565234
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Programa computacional para estimativa de uniformidade de gotas de herbicidas aplicados por pulverização aérea PAB
Pessoa,Maria Conceição Peres Young; Chaim,Aldemir.
O objetivo deste trabalho foi o de apresentar o algoritmo de um programa computacional baseado em um método numérico de estimativa de perdas de herbicidas aplicados por pulverização aérea. Este método apresenta como entrada de dados a freqüência de tamanhos das gotas em papéis hidrossensíveis, observadas no gratículo de Porton acoplado ao microscópio. A partir desses valores calcula-se a distribuição acumulada do diâmetro médio do tamanho e do volume das gotas formadas pelo bico de pulverização utilizados na aplicação, conforme metodologia já conhecida. Os dados obtidos para estas curvas de distribuição permitem fazer uso do método numérico de interpolação linear para a obtenção do diâmetro mediano volumétrico e do diâmetro mediano numérico da gota. Estes...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Agrotóxicos; Tecnologia de aplicação; Avaliação de gota; Papel hidrossensível; Algoritmo; Interpolação.
Ano: 1999 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X1999000100007
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Remoção de erros em mapas de produtividade via filtragem de dados brutos AGRIAMBI
Menegatti,Leonardo A. A.; Molin,José P..
A automação do processo de obtenção do mapa de produtividade introduz erros nos dados coletados. Processos de filtragem de dados podem eliminar parte dos erros e elevar a qualidade da informação. Um processo de filtragem foi desenvolvido para as características de cada erro presente em um mapa de produtividade. Tais erros podem ser de posicionamento, produtividades improvavelmente altas e baixas, largura de plataforma incorreta, umidade de grãos, distância entre pontos, intervalo de enchimento e limites estatísticos para dados discrepantes. O filtro foi aplicado a seis conjuntos de dados obtidos de seis diferentes monitores de produtividade comerciais. A análise geoestatística dos conjuntos de dados mostrou que a aplicação do filtro diminuiu o efeito...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Agricultura de precisão; Monitor de produtividade; Algoritmo.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-43662004000100019
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Um algoritmo para geração de caminhos em grafos a partir de um vértice. Infoteca-e
MANCINI, A. L..
Revisão de conceitos sobre Grafos. Algoritmo. Complexidade. Exemplos de execução. Código fonte.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Algoritmo; Geração de dados; Proteinas; Caminhos em Grafos; DepthFirstSearch; DFS.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8297
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