SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..

Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high...

A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery.

Palavras-chave: Bioinformática; Algoritmo; Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868482

NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..

Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...

A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery.

Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909360

NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..

An iterative approach for generating statistically realistic populations of households.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908712

GARGIULO, F.; TERNES, S.; HUET, S.; DEFFUANT, G..

Background. Many different simulation frameworks, in different topics, need to treat realistic datasets to initialize and calibrate the system. A precise reproduction of initial states is extremely important to obtain reliable forecast from the model. Methodology/Principal Findings. This paper proposes an algorithm to create an artificial population where individuals are described by their age, and are gathered in households respecting a variety of statistical constraints (distribution of household types, sizes, age of household head, difference of age between partners and among parents and children). Such a population is often the initial state of microsimulation or (agent) individual-based models. To get a realistic distribution of households is often...

Aquisição automática de sintomas para diagnóstico de doenças em plantas.

Palavras-chave: Simulação; Algoritmo; População x tarefas do lar; Projeto PRIMA; Synthetic population; Algorithm; Artificial population; Population distributed in households; Simulation; Prototypical Policy Impacts on Multifunctional Activities - PRIMA.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/864056

FERNANDES, T.; BARBEDO, J. G. A..

O objetivo deste trabalho foi implementar um método capaz de realizar a aquisição automática de sintomas para o diagnóstico de doenças em plantas, que muitas vezes pode ser de difícil obtenção para inúmeros agricultores, devido ao grande número de doenças encontradas hoje em dia ou em algumas vezes pelo baixo conhecimento do profissional sobre o assunto.

Comparacion de dos metodos de calsificacion digital y aplicacion al cartografiado de vegetacao en el Nordeste bralileno.

Palavras-chave: Diagnóstico de doenças; Doenças em plantas; Algoritmo; Plant diseases and disorders; Algorithms.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975712

SA, I. B.; ANTONIO GARCIA, R. de; ALMOROX, J. A.; SILVA, A. de S..

La vegetacion natural de la region semiarida del Brasil, denominada caatinga, ocupa alrededor de 573.000 km2, lo que supone un 37% de la superficie del Nordeste. El presente trabajo tiene por objeto evaluar cuantitativamente la exactitud de dos procedimientos de clasificacion para el procesamiento digital de imagens de satelites: uno, no supervisado, mediante el algoritmo "Media K", y otro, supervisado, por medio del algoritmo "Maxver". La exactitud de las clasificaciones se evalua mediante el analisis estadistico multivariante discreto, kappa k. Los resultados obtenidos muestran que la utilizacion del metodo supervisado es eficaz para la discriminacion de las formaciones de caatinga de la region y su consecuente cartografia a escala 1:100.000.

Comparison of multitemporal MODIS-EVI smoothing algorithms and its contribution to crop monitoring.

Palavras-chave: Classificacao digital; Algoritmo; Formacao vegetal; Kappa; Digital classification; Methods; Algorithm; Mapping process; Recurso natural; Análise Estatística; Caatinga; Mapa; Sensoriamento Remoto; Vegetação; Remote sensing; Statistical analysis; Vegetation.

Ano: 1996

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/133847

Detecting wheat Fusarium head blight using hyperspectral imaging.

ARVOR, D.; JONATHAN, M.; MEIRELLES, M. S. P.; DUBREUIL, V.; LECERF, R..

Crop monitoring and more generally land use change detection are of primary importance in order to analyze spatio-temporal dynamics and its impacts on environment. This aspect is especially true in such a region as the State of Mato Grosso (south of the Brazilian Amazon Basin) which hosts an intensive pioneer front. Deforestation in this region as often been explained by soybean expansion in the last three decades. Remote sensing techniques may now represent an efficient and objective manner to quantify how crops expansion really represents a factor of deforestation through crop mapping studies. Due to the special characteristics of the soybean productions' farms in Mato Grosso (area varying between 1000 hectares and 40000 hectares and individual fields...

Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Classes de culturas; Algoritmo.

Ano: 2008

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/334899

BARBEDO, J.; TIBOLA, C.; FERNANDES, J. M..

The objective of this study was to detect FHB in wheat kernels using HSI. An algorithm, based on mathematical morphological operations and linear thresholding, was developed and implemented in order to be both simple and accurate.

Entendendo e interpretando os parâmetros utilizados por BLAST.

Palavras-chave: Hyperspectral images; Algoritmo; Fusarium head blight; Algorithms; Image analysis; Deoxynivalenol.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1034034

Infoteca-e

HIGA, R. H..

O método BLAST para determinação de similaridades entre sequências biológicas. Score e matrizes de substituição. Determinação de matrizes de substituição BLOSUM. Determinação de matrizes de substituição PAM. Resultados da teoria Estatística de comparação local de sequências. O Algoritmo usado por BLAST. NCBI-BLAST. Exemplo de busca.

Tipo: Séries anteriores (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Algoritmo; Banco de dados; Parâmetros; BLAS; Basic Local Alignment Search Tool.

Ano: 2001

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8302

Minimização do custo de produção como critério na formulação de dietas para bovinos de corte.

Infoteca-e

BARIONI, L. G.; LANNA, D. P.; TEDESCHI, L. O.; VELOSO, R. F..

RESUMO: O critério de minimização do custo de matéria seca (MCMS) é frequentemente adotado para a formulação de dietas para animais. Esse critério, entretanto, possui limitações para bovinos, pois a solução aplica-se apenas a um nível de desempenho animal esperado, enquanto na prática, existem vários níveis de desempenho possíveis de serem implementados. Outro critério de formulação de dietas é o de minimização do custo direto de alimentação por quilo de carcaça (MCA). O uso desse critério possibilita ganhos econômicos, porém, apresenta limitações quanto à robustez da solução devido a sua natureza não linear, o que demanda uso de algoritmos menos eficientes e poucos robustos. Existe, portanto, demanda por métodos para a solução desse tipo de problema. Um...

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Nutrição animal; Gado de corte; Dieta; Bovino; Alimentação; Modelagem matemática; Otimização; Algoritmo; Animal nutrition; Diet; Bovinae; Feeding; Mathematical models; Optimization methods; Algorithm.

Ano: 2003

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/565234

Programa computacional para estimativa de uniformidade de gotas de herbicidas aplicados por pulverizacao aerea.

PESSOA, M.C.P.Y.; CHAIM, A..

O objetivo deste trabalho foi o de apresentar o algoritmo de um programa computacional baseado em um metodo numerico de estimativa de perdas de herbicidas aplicados por pulverizacao aerea. Este metodo apresenta como entrada de dados a frequencia de tamanhos das gotas em papeis hidrossensiveis, observadas no graticulo de Porton acoplado ao microscopio. A partir desses valores calcula-se a distribuicao acumulada do diametro medio do tamanho e do volume das gotas formadas pelo bico de pulverizacao utilizados na aplicacao, conforme metodologia ja conhecida. Os dados obtidos para estas curvas de distribuicao permitem fazer uso do metodo numerico de interpolacao linear para a obtencao do diametro mediano volumetrico e do diametro mediano numerico da gota. Estes...

Programa computacional para estimativa de uniformidade de gotas de herbicidas aplicados por pulverização aérea

Palavras-chave: Agrotoxico; Tecnologia de aplicacao; Avaliacao de gota; Papel hidrossensivel; Algoritmo; Interpolacao; Pesticides; Applications techniques; Droplet assessment; Water sensitive paper; Algorithm; Interpolation.

Ano: 1999

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/96391

PAB

Pessoa,Maria Conceição Peres Young; Chaim,Aldemir.

O objetivo deste trabalho foi o de apresentar o algoritmo de um programa computacional baseado em um método numérico de estimativa de perdas de herbicidas aplicados por pulverização aérea. Este método apresenta como entrada de dados a freqüência de tamanhos das gotas em papéis hidrossensíveis, observadas no gratículo de Porton acoplado ao microscópio. A partir desses valores calcula-se a distribuição acumulada do diâmetro médio do tamanho e do volume das gotas formadas pelo bico de pulverização utilizados na aplicação, conforme metodologia já conhecida. Os dados obtidos para estas curvas de distribuição permitem fazer uso do método numérico de interpolação linear para a obtenção do diâmetro mediano volumétrico e do diâmetro mediano numérico da gota. Estes...

Tipo: Info:eu-repo/semantics/article

Palavras-chave: Agrotóxicos; Tecnologia de aplicação; Avaliação de gota; Papel hidrossensível; Algoritmo; Interpolação.

Ano: 1999

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X1999000100007

Remoção de erros em mapas de produtividade via filtragem de dados brutos

AGRIAMBI

Menegatti,Leonardo A. A.; Molin,José P..

A automação do processo de obtenção do mapa de produtividade introduz erros nos dados coletados. Processos de filtragem de dados podem eliminar parte dos erros e elevar a qualidade da informação. Um processo de filtragem foi desenvolvido para as características de cada erro presente em um mapa de produtividade. Tais erros podem ser de posicionamento, produtividades improvavelmente altas e baixas, largura de plataforma incorreta, umidade de grãos, distância entre pontos, intervalo de enchimento e limites estatísticos para dados discrepantes. O filtro foi aplicado a seis conjuntos de dados obtidos de seis diferentes monitores de produtividade comerciais. A análise geoestatística dos conjuntos de dados mostrou que a aplicação do filtro diminuiu o efeito...

Tipo: Info:eu-repo/semantics/article

Palavras-chave: Agricultura de precisão; Monitor de produtividade; Algoritmo.

Ano: 2004

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-43662004000100019

Soybean crop area estimation by Modis/Evi data.

GUSSO, A.; FORMAGGIO, A. R.; RIZZI, R.; ADAMI, M.; RUDORFF, B. F. T..

The objective of this work was to develop a procedure to estimate soybean crop areas in Rio Grande do Sul state, Brazil. Estimations were made based on the temporal profiles of the enhanced vegetation index (Evi) calculated from moderate resolution imaging spectroradiometer (Modis) images. The methodology developed for soybean classification was named Modis crop detection algorithm (MCDA). The MCDA provides soybean area estimates in December (first forecast), using images from the sowing period, and March (second forecast), using images from the sowing and maximum crop development periods. The results obtained by the MCDA were compared with the official estimates on soybean area of the Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística. The coefficients of...

Um algoritmo para geração de caminhos em grafos a partir de um vértice.

Palavras-chave: Algoritmo; Área agrícola; Perfil temporal; Glycine max; Mapa; Soja; Algorithms.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/930528

Infoteca-e

MANCINI, A. L..

Revisão de conceitos sobre Grafos. Algoritmo. Complexidade. Exemplos de execução. Código fonte.

Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Algoritmo; Geração de dados; Proteinas; Caminhos em Grafos; DepthFirstSearch; DFS.

Ano: 2001

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8297

Understanding vocalization might help to assess stressful conditions in piglets.

CORDEIRO, A. F. da S.; NÄÄS, I. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; VIOLARO, F.; NEVES, D. P..

Abstract: Assessing pigs? welfare is one of the most challenging subjects in intensive pig farming. Animal vocalization analysis is a noninvasive procedure and may be used as a tool for assessing animal welfare status. The objective of this research was to identify stress conditions in piglets reared in farrowing pens through their vocalization. Vocal signals were collected from 40 animals under the following situations: normal (baseline), feeling cold, in pain, and feeling hunger. A unidirectional microphone positioned about 15 cm from the animals? mouth was used for recording the acoustic signals. The microphone was connected to a digital recorder, where the signals were digitized at the 44,100 Hz frequency. The collected sounds were edited and analyzed....