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A bioinformática na identificação de genes IPB - Escola Superior Agrária
Vaz, Madalena; Jorge, Lurdes.
Com o objectivo de identificar genes, avaliaram-se nove EST (“Expressed Sequence Tag”) de uma biblioteca de cDNA de Trichoderma harzianum. Numa primeira etapa, as ESTs foram sequenciadas, sendo as sequências analisadas com programas bioinformáticos de análise de similaridade em bancos de dados, utilizando ferramentas como Blast P e Fasta X. Identificaram-se duas ESTs que se enquadravam nos objectivos, sendo uma delas a EST-1279, usada para a completa elucidação do gene lip2 de Trichoderma harzianum, cuja sequência pode ser acedida na base de dados com os códigos de acesso AM774154. O gene lip2 de Trichoderma harzianum sequenciado apresenta 1992 pb, sendo a sua ORF (“open reading frame”) constituída por 1215 nucleótidos. Estão sequenciados 550 pb da região...
Tipo: ConferenceObject Palavras-chave: Bioinformática; Identificação de genes.
Ano: 2011 URL: http://hdl.handle.net/10198/5717
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/920185
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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Infoteca-e
ZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C..
Neste documento, serão apresentados métodos computacionais para facilitar o processo de análise de dados de RNA-Seq, por meio de ferramentas acessíveis via navegadores. Esta metodologia possibilita o processamento distribuído e o compartilhamento de grandes volumes de dados de RNA-Seq, com o objetivo de efetivamente identificarmos as diferenças de expressão de genes para elucidar mecanismos biológicos ligados à produtividade e a doenças.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma Galaxy; RNA-Seq; Expressão gênica; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1064217
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Análise e compressão de sequências genómicas IPB - Escola Superior Agrária
Deusdado, Sérgio.
A informação dos códigos genéticos sequenciados é na actualidade, provavelmente, a fonte mais inspiradora para o estudo e avanço das teorias da informação e da codificação. Algoritmos eficientes para a sua compressão antevêm-se essenciais para a optimização do armazenamento e comunicação da informação genómica. A compressão de informação genómica é um caso particular da compressão de informação. A entropia das sequências de ADN é elevada, contudo variável. Ao nível intra-genómico é maior nas regiões codificantes e menor nas regiões não codificantes. Ao nível inter-genómico é maior nos seres procarióticos e menor nos eucarióticos. Na base da redução da entropia estão as regularidades que perfazem as regiões repetitivas do ADN. As regiões repetitivas...
Tipo: DoctoralThesis Palavras-chave: Compressão; Bioinformática.
Ano: 2008 URL: http://hdl.handle.net/10198/968
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Anotação funcional de sequências com BLAST2GO. Infoteca-e
NODA, R. W.; DAMASCENO, C. M. B.; SOUSA, S. M. de.
2010
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Gene; Genoma.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880839
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Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel PAB
Nascimento,Moysés; Sáfadi,Thelma; Silva,Fabyano Fonseca e.
O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011001100010
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Base de dados genômica de Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki - estirpe S76. Infoteca-e
MELO, L. H. V. de; GITAHY, P. de M.; OLIVEIRA, M. de M.; ROCHA, F. Y. O.; CRUZ, L. M.; BALDANI, J. I..
2011
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Estirpe; Genômica; Bioinformática; Sequenciamento genético.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/921116
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Base de datos para factores de transcripción de Glycine max, Triticum aestivum y Zea maiz. Colegio de Postgraduados
Ramírez Sánchez, Obed.
Los factores de transcripción (FTs) son proteínas que incrementan o disminuyen la tasa transcripcional de uno o varios genes. Los FTs desempeñan un papel fundamental en el control de casi todos los procesos biológicos: crecimiento, metabolismo, respuesta a factores ambientales, etc. En plantas cultivadas, son de particular importancia aquellos relacionados con la respuesta al estrés (sequía, salinidad, bajas temperaturas, plagas, enfermedades, etc.). La identificación de FTs, su posterior anotación y la construcción de bases de datos públicas constituye un importante recurso para el estudio de los procesos que controlan la expresión génica. Se construyó la base de datos FT-MTS que contiene información de 13,975 genes identificados como FTs en los genomas...
Palavras-chave: Regulación transcripcional; Anotación funcional; Bioinformática; Transcriptional regulation; Functional annotation; Bioinformatics; Cómputo aplicado; Maestría.
Ano: 2012 URL: http://hdl.handle.net/10521/689
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Base genômica das estirpes que compõem o inoculante de cana-de-açúcar e milho. Infoteca-e
BALDANI, J. I.; GUEDES, H. V.; VIDAL, M. S.; SCHWAB, S.; TEIXEIRA, K. R. dos S.; CRUZ, L. M.; ARAUJO, J. L. S. de.
2011
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Inoculante; Genoma; Bioinformática; Sequenciamento genético.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/950789
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BBMS++ – metapesquisador bioinformático IPB - Escola Superior Agrária
Carocho, Márcio; Deusdado, Sérgio.
Neste artigo descreve-se a criação implementação de um meta-pesquisador [1-7] na área da bioinformática (BBMS – Basic Bioinformatics Meta-searcher), desenvolvido de raiz na língua portuguesa. O BBMS permite um acesso centralizado aos motores de busca online das principais bases de dados biológicos primárias, bastante fácil de entender e que permite aceder a informação biológica contida nas mais importantes bases de dados públicas mundiais, sem que, para isso o utilizador tenha que sair do “website” desenvolvido. O BBMS tem sido actualizado para abranger um maior leque de frontes de bioinformação, mas centra-se mormente em nucleótidos, proteínas e vias metabólicas [8,9]. Adicionalmente, o BBMS também pesquisa bibliografia científica nas principais...
Tipo: ConferenceObject Palavras-chave: Meta-pesquisador; Bioinformática.
Ano: 2011 URL: http://hdl.handle.net/10198/4317
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Bioinformática : Aplicaciones a la proteómica y genómica Colegio de Postgraduados
Riaño Pachón, Diego Mauricio; González Estrada, Elizabeth; Alexa, Adrian; Ramírez, Fidel; Vischi Winck, Flavia; Gómez Merino, Fernando, Coord.; Silva Rojas, Hilda Victoria, Coord.; Pérez Rodríguez, Paulino, Coord..
En esta publicación intitulada “Bioinformática: aplicaciones a la genómica y proteómica” se detallan algunos de los avances más sobresalientes de los temas de genómica y proteómica, derivados de un curso internacional sobre el tema, organizado por el Colegio de Postgraduados. Estos avances incluyen aspectos de las dos ciencias ómicas, incluyendo genómica y biología estructural, código R, análisis comparativo y evolución, agrupamiento y minería de datos en R, redes de interacciones entre proteínas y proteómica bioinformática. BIOINFORMATICS : APPLICATIONS TO GENOMICS AND PROTEOMICS. ABSTRACT : In this publication entitled "Bioinformatics: applications to genomics and proteomics" are some of the most salient issues of genomics and proteomics, derived from an...
Tipo: Libro Palavras-chave: Bioinformática; Proteómica; Genómica; ADN; Proteínas; Modelación; Simulación; Análisis de genómas; Biología estructural; Código R; Análisis comparativo; Minería de datos; Computación aplicada; Bioinformatics; Proteomics; DNA; Proteins; Models; Genomics; Simulation; R Code; Data mining; Computing; Genome analysis.
Ano: 2010 URL: http://hdl.handle.net/10521/313
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BIOINFORMÁTICA: ferramenta indispensável para o conhecimento do funcionamento de genes e processos biológicos dos seres vivos. Infoteca-e
Predição de estrutura 3D de proteína e modelagem molecular; Sistema Genoma.
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Biologia; Ciência da computação.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/996121
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Bioinformática relacionada à descoberta de genes associados com características de interesse econômico em animais pecuários: relatório de pós doutorado. Infoteca-e
CARDOSO, F. F..
Descrição das atividades desenvolvidas e resultados obtidos; Desenvolvimento e adaptação de delineamentos experimentais para estudos de genômica genética; Desenvolvimento de ferramentas automatizadas para estudos de genômica genética; Delineamento de um estudo de validação de um micro-arranjo de cDNA para estudos de expressão gênica em suínos; Outras atividades.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Pecuária.
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/228626
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Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. Infoteca-e
BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K..
2007
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1327
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Caracterização de genes através de recursos bioinformáticos IPB - Escola Superior Agrária
Jorge, Lurdes; Vaz, Madalena.
Após descodificação da fase de leitura aberta de um gene, uma série de ferramentas bioinformáticas podem ser utilizadas para a caracterização da sequência deduzida da proteína. Uma pesquisa no website do Expasy Proteomics Server (http://expasy.org/tools) e uma sequência nucleotídica permitem-nos identificar e caracterizar proteínas, identificar motivos, padrões e perfis, inferir a sua estabilidade, localização celular ou função, fazer as predições das estruturas secundária e terciária, procurar sequências similares depositadas em bases de dados e compará-las, estabelecer relações filogenéticas. Neste caso usámos a ORF ("open reading frame") do gene lip2 de Trichoderma harzianum, cuja sequência pode ser acedida na base de dados da EMBL com o número de...
Tipo: ConferenceObject Palavras-chave: Bioinformática; Caracterização de genes; Trichoderma harzianum lip2.
Ano: 2011 URL: http://hdl.handle.net/10198/5718
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CÓDIGOS DE BARRAS DE LA VIDA: INTRODUCCIÓN Y PERSPECTIVA Acta biol.Colomb.
PAZ,ANDREA; GONZALEZ,MAILYN; CRAWFORD,ANDREW J..
El término -Código de Barras de ADN- se basa en el uso de una región de ADN estandarizada, la cual sirve como una etiqueta para la identificación rápida y de especies. El propósito de un sistema de identificación más eficaz es facilitar la conservación, conocimiento y uso sustentable de la biodiversidad. Después de ocho años de discusión y producción en la literatura científica, el tema sigue generando controversia, debido en parte a la falta de homogeneidad en la definición y el alcance del método entre los autores. En este artículo enfatizamos la definición y metodología de los códigos de barra de ADN, así como su uso para contestar preguntas nuevas en los campos de la ecología, la evolución y la conservación
Tipo: Journal article Palavras-chave: Bases de datos; Bioinformática; Códigos de barras del ADN taxonómico; Sistemática; Genética; Taxonomía.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2011000300011
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Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8679
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Desenho de primers degenerados através de bioinformática. Infoteca-e
OLIVEIRA, E. M. M.; OLIVEIRA, T. C. de; SOUZA, A. M. de; SANTOS, T. F. DOS.; LIMA, I. S. DE.
2015
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Primers; Bioinformática.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1028552
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DISEÑO DE OLIGONUCLEÓTIDOS PARA EL ESTUDIO DE GENES CELULOLÍTICOS Y SOLVENTOGÉNICOS EN CEPAS COLOMBIANAS DE Clostridiumsp. (CLOSTRIDIACEAE) Acta biol.Colomb.
MONTOYA SOLANO,JOSÉ DAVID; SUÁREZ MORENO,ZULMA ROCÍO; RIAÑO PACHÓN,DIEGO MAURICIO; MONTOYA CASTAÑO,DOLLY; ARISTIZÁBAL GUTIÉRREZ,FABIO ANCÍZAR.
El objetivo de este estudio fue analizar las rutas metabólicas para la producción de solventes y degradación de celulosa en cepas colombianas promisorias del género Clostridium. Para ello se diseñaron sondas de hibridación que sirvieran para posteriores estudios de mejoramiento genético de las cepas. Se construyó la base de datos denominada MULTICLOST en Microsoft Access® con las secuencias de 485 genes involucrados en las rutas metabólicas arriba mencionadas, provenientes de 45 especies bacterianas y 10 especies fúngicas. Los genes fueron agrupados de acuerdo al tipo de enzima y a los dominios catalíticos o de unión a sustrato en el caso de las celulasas. Cada grupo se sometió a alineamiento múltiple en ClustalW 1.83 y con base en los resultados se...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Sondas de oligonucleótidos; Clostridium sp; Microarreglos; Bioinformática.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2007000300005
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Easy LD Estimates for Galaxy: manual do usuário ? versão 1.0. Infoteca-e
COELHO, W. D.; CARDOSO, L. L.; CARVALHO, H. G. de; CARDOSO, F. F..
Dados de entrada e formatação dos dados; Mapa dos SNP; Arquivo de haplótipos; Como rodar o programa; Acesso ao Galaxy; Upload dos arquivos; Preenchimento do formulário e selecionar arquivos; Arquivos de saída
Tipo: Outras publicações técnicas (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma web; Análise de dados; Melhoramento genético animal.
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1090173
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