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| Registros recuperados: 39 | |
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| Vaz, Madalena; Jorge, Lurdes. |
| Com o objectivo de identificar genes, avaliaram-se nove EST (“Expressed Sequence Tag”) de uma biblioteca de cDNA de Trichoderma harzianum. Numa primeira etapa, as ESTs foram sequenciadas, sendo as sequências analisadas com programas bioinformáticos de análise de similaridade em bancos de dados, utilizando ferramentas como Blast P e Fasta X. Identificaram-se duas ESTs que se enquadravam nos objectivos, sendo uma delas a EST-1279, usada para a completa elucidação do gene lip2 de Trichoderma harzianum, cuja sequência pode ser acedida na base de dados com os códigos de acesso AM774154. O gene lip2 de Trichoderma harzianum sequenciado apresenta 1992 pb, sendo a sua ORF (“open reading frame”) constituída por 1215 nucleótidos. Estão sequenciados 550 pb da região... |
| Tipo: ConferenceObject |
Palavras-chave: Bioinformática; Identificação de genes. |
| Ano: 2011 |
URL: http://hdl.handle.net/10198/5717 |
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| Deusdado, Sérgio. |
| A informação dos códigos genéticos sequenciados é na actualidade, provavelmente, a fonte mais inspiradora para o estudo e avanço das teorias da informação e da codificação. Algoritmos eficientes para a sua compressão antevêm-se essenciais para a optimização do armazenamento e comunicação da informação genómica. A compressão de informação genómica é um caso particular da compressão de informação. A entropia das sequências de ADN é elevada, contudo variável. Ao nível intra-genómico é maior nas regiões codificantes e menor nas regiões não codificantes. Ao nível inter-genómico é maior nos seres procarióticos e menor nos eucarióticos. Na base da redução da entropia estão as regularidades que perfazem as regiões repetitivas do ADN. As regiões repetitivas... |
| Tipo: DoctoralThesis |
Palavras-chave: Compressão; Bioinformática. |
| Ano: 2008 |
URL: http://hdl.handle.net/10198/968 |
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| Nascimento,Moysés; Sáfadi,Thelma; Silva,Fabyano Fonseca e. |
| O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011001100010 |
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| Ramírez Sánchez, Obed. |
| Los factores de transcripción (FTs) son proteínas que incrementan o disminuyen la tasa transcripcional de uno o varios genes. Los FTs desempeñan un papel fundamental en el control de casi todos los procesos biológicos: crecimiento, metabolismo, respuesta a factores ambientales, etc. En plantas cultivadas, son de particular importancia aquellos relacionados con la respuesta al estrés (sequía, salinidad, bajas temperaturas, plagas, enfermedades, etc.). La identificación de FTs, su posterior anotación y la construcción de bases de datos públicas constituye un importante recurso para el estudio de los procesos que controlan la expresión génica. Se construyó la base de datos FT-MTS que contiene información de 13,975 genes identificados como FTs en los genomas... |
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Palavras-chave: Regulación transcripcional; Anotación funcional; Bioinformática; Transcriptional regulation; Functional annotation; Bioinformatics; Cómputo aplicado; Maestría. |
| Ano: 2012 |
URL: http://hdl.handle.net/10521/689 |
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| Carocho, Márcio; Deusdado, Sérgio. |
| Neste artigo descreve-se a criação implementação de um meta-pesquisador [1-7] na área da bioinformática (BBMS – Basic Bioinformatics Meta-searcher), desenvolvido de raiz na língua portuguesa. O BBMS permite um acesso centralizado aos motores de busca online das principais bases de dados biológicos primárias, bastante fácil de entender e que permite aceder a informação biológica contida nas mais importantes bases de dados públicas mundiais, sem que, para isso o utilizador tenha que sair do “website” desenvolvido. O BBMS tem sido actualizado para abranger um maior leque de frontes de bioinformação, mas centra-se mormente em nucleótidos, proteínas e vias metabólicas [8,9]. Adicionalmente, o BBMS também pesquisa bibliografia científica nas principais... |
| Tipo: ConferenceObject |
Palavras-chave: Meta-pesquisador; Bioinformática. |
| Ano: 2011 |
URL: http://hdl.handle.net/10198/4317 |
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| Riaño Pachón, Diego Mauricio; González Estrada, Elizabeth; Alexa, Adrian; Ramírez, Fidel; Vischi Winck, Flavia; Gómez Merino, Fernando, Coord.; Silva Rojas, Hilda Victoria, Coord.; Pérez Rodríguez, Paulino, Coord.. |
| En esta publicación intitulada “Bioinformática: aplicaciones a la genómica y proteómica” se detallan algunos de los avances más sobresalientes de los temas de genómica y proteómica, derivados de un curso internacional sobre el tema, organizado por el Colegio de Postgraduados. Estos avances incluyen aspectos de las dos ciencias ómicas, incluyendo genómica y biología estructural, código R, análisis comparativo y evolución, agrupamiento y minería de datos en R, redes de interacciones entre proteínas y proteómica bioinformática. BIOINFORMATICS : APPLICATIONS TO GENOMICS AND PROTEOMICS. ABSTRACT : In this publication entitled "Bioinformatics: applications to genomics and proteomics" are some of the most salient issues of genomics and proteomics, derived from an... |
| Tipo: Libro |
Palavras-chave: Bioinformática; Proteómica; Genómica; ADN; Proteínas; Modelación; Simulación; Análisis de genómas; Biología estructural; Código R; Análisis comparativo; Minería de datos; Computación aplicada; Bioinformatics; Proteomics; DNA; Proteins; Models; Genomics; Simulation; R Code; Data mining; Computing; Genome analysis. |
| Ano: 2010 |
URL: http://hdl.handle.net/10521/313 |
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| Jorge, Lurdes; Vaz, Madalena. |
| Após descodificação da fase de leitura aberta de um gene, uma série de ferramentas bioinformáticas podem ser utilizadas para a caracterização da sequência deduzida da proteína. Uma pesquisa no website do Expasy Proteomics Server (http://expasy.org/tools) e uma sequência nucleotídica permitem-nos identificar e caracterizar proteínas, identificar motivos, padrões e perfis, inferir a sua estabilidade, localização celular ou função, fazer as predições das estruturas secundária e terciária, procurar sequências similares depositadas em bases de dados e compará-las, estabelecer relações filogenéticas. Neste caso usámos a ORF ("open reading frame") do gene lip2 de Trichoderma harzianum, cuja sequência pode ser acedida na base de dados da EMBL com o número de... |
| Tipo: ConferenceObject |
Palavras-chave: Bioinformática; Caracterização de genes; Trichoderma harzianum lip2. |
| Ano: 2011 |
URL: http://hdl.handle.net/10198/5718 |
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| Registros recuperados: 39 | |
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