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A bioinformática na identificação de genes IPB - Escola Superior Agrária
Vaz, Madalena; Jorge, Lurdes.
Com o objectivo de identificar genes, avaliaram-se nove EST (“Expressed Sequence Tag”) de uma biblioteca de cDNA de Trichoderma harzianum. Numa primeira etapa, as ESTs foram sequenciadas, sendo as sequências analisadas com programas bioinformáticos de análise de similaridade em bancos de dados, utilizando ferramentas como Blast P e Fasta X. Identificaram-se duas ESTs que se enquadravam nos objectivos, sendo uma delas a EST-1279, usada para a completa elucidação do gene lip2 de Trichoderma harzianum, cuja sequência pode ser acedida na base de dados com os códigos de acesso AM774154. O gene lip2 de Trichoderma harzianum sequenciado apresenta 1992 pb, sendo a sua ORF (“open reading frame”) constituída por 1215 nucleótidos. Estão sequenciados 550 pb da região...
Tipo: ConferenceObject Palavras-chave: Bioinformática; Identificação de genes.
Ano: 2011 URL: http://hdl.handle.net/10198/5717
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A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. Repositório Alice
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..
Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Algoritmo; Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868482
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A draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E..
ABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Montagem de sequência de DNA; Bioinformática; De novo Assembly; Brachiaria Ruziziensis; Pastagem; Genoma.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099953
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A new BLAST-based Gbrowse plugin. Repositório Alice
VELLOZO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M..
In this work, we present a new plugin to search sequences against the genome using the BLAST tool.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genoma; Sequência genética; Bioinformatics; Genome; Sequence analysis.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946664
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A pipeline to study structural interactions among Spodoptera frugiperda serine proteinases and plant proteinase inhibitors. Repositório Alice
BRANDÃO, M. M.; ARRUDA, L. H.; MOURA, D. S.; NESHICH, G.; PEREIRA, J. G. C.; MALAGÓ, W. Jr; SILVA-FILHO, M. C..
We propose here a computational biology pipeline to identify and analyze possible structural determinants that could explain some level of insensitivity by S. frugiperda serine proteinases (SPs) against plant PIs observed in a real time PCR experiment.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Quimotripsinas; Docagem molecular; Spodoptera frugiperda; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868163
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A simple and efficient method for predicting protein-protein binding sites. Repositório Alice
HIGA, R. H.; TOZZI, C. L..
In this work, we propose a strategy for predicting binding sites by exploiting the characteristic of core and rim regions of binding sites mentioned above, while using simple and well-know pattern recognition techniques.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Métodos computacionais; Bioinformática; Proteína; Bioinformatics; Proteins.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/4152
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A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA Project: databases and pipelines. Repositório Alice
NASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F..
The Genosoja consortium is an initiative to integrate different omics research approaches carried out in Brazil. Basically, the aim of the project is to improve the plant by identifying genes involved in responses against stresses that affect domestic production, like drought stress and Asian Rust fungal disease. To do so, the project generated several types of sequence data using different methodologies, most of them sequenced by next generation sequencers. The initial stage of the project is highly dependent on bioinformatics analysis, providing suitable tools and integrated databases. In this work, we describe the main features of the Genosoja web database, including the pipelines to analyze some kinds of data (ESTs, SuperSAGE, microRNAs, subtractive...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão genética; Soja; Gene; Soybeans; Genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926586
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A web-based platform for RNA-Seq data analysis and storage: a case study on soybean gene expression experiments. Repositório Alice
BINNECK, E.; NASCIMENTO, L. S. do.
The availability of the soybean genome sequence and the rapid evolution of DNA sequencing technologies in recent years bring us exciting new promises for scientific discovery and its conversion into required technological breakthroughs in the production and use of soybean. In addition to be a major protein source in animal feeds, soybean is ranked number one among the chief oil crops in the world and is becoming a major crop for biodiesel production. As a leguminous crop, soybean fixes nitrogen in association with Bradyrhizobium, which significantly reduces the needs for ammonium-based fertilizer even in other crops. In this presentation, it will be described using a web-based platform, Soybean Gene Express, for analyzing and storing RNA-Seq data from...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Soja; Gene; Genoma; Soybeans; Gene expression.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943038
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Gene expression; Genome.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035220
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Genome; Gene expression.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035029
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An distributed environment for data storage and processing in support for bioinformatics analysis. Repositório Alice
CINTRA, L..
In this work, we investigate the use of a distributed file system (DFS) for data storage; associated with a distributed resource management (DRM) for control the parallel tasks execution.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Armazenamento de dados; Data storage; Bioinformatics.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035021
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An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth. Repositório Alice
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; VIEIRA, F. D.; HERAI, R. H..
In this work, we present some results that are indirect evidences of Fibonacci String model fro DNA repetitive sequences growth.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Fibonacci; Bioinformatics.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1519
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An overall evaluation of the resistance (R) and pathogenesis-related (PR) superfamilies in soybean, as compared with Medicago and Arabidopsis. Repositório Alice
WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BELARMINO, L. C.; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; BEZERRA-NETO, J. P.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; ABDELNOOR, R. V.; BINNECK, E.; CARAZZOLE, M. F.; BENKO-ISEPPON, A. M..
Plants have the ability to recognize and respond to a multitude of pathogens, resulting in a massive reprogramming of the plant to activate defense responses including Resistance (R) and Pathogenesis-Related (PR) genes. Abiotic stresses can also activate PR genes and enhance pathogen resistance, representing valuable genes for breeding purposes. The present work offers an overview of soybean R and PR genes present in the GENOSOJA (Brazilian Soybean Genome Consortium) platform, regarding their structure, abundance, evolution and role in the plantpathogen metabolic pathway, as compared with Medicago and Arabidopsis. Searches revealed 3,065 R candidates (756 in Soybean, 1,142 in Medicago and 1,167 in Arabidopsis), and PR candidates matching to 1,261 sequences...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Biotic stress; Pathogen response; Soja; Resposta da planta; Doença de planta; Gene; Genoma; Soybeans; Bioinformatics; Plant diseases and disorders; Genome; Genes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926612
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/920185
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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Infoteca-e
ZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C..
Neste documento, serão apresentados métodos computacionais para facilitar o processo de análise de dados de RNA-Seq, por meio de ferramentas acessíveis via navegadores. Esta metodologia possibilita o processamento distribuído e o compartilhamento de grandes volumes de dados de RNA-Seq, com o objetivo de efetivamente identificarmos as diferenças de expressão de genes para elucidar mecanismos biológicos ligados à produtividade e a doenças.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma Galaxy; RNA-Seq; Expressão gênica; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1064217
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Análise e comparação filogenética de expansinas presentes em Urochloa decumbens cv Basilick. Repositório Alice
ONO, R. Y.; CHIARI, L.; PEREIRA, M..
O objetivo deste trabalho foi analisar 4 expansinas de Urochloa decumbens, verificando a similaridade e a homologia delas com as de outras plantas.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Transcriptoma; Bioinformática; Filogenia.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1012029
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Análise e compressão de sequências genómicas IPB - Escola Superior Agrária
Deusdado, Sérgio.
A informação dos códigos genéticos sequenciados é na actualidade, provavelmente, a fonte mais inspiradora para o estudo e avanço das teorias da informação e da codificação. Algoritmos eficientes para a sua compressão antevêm-se essenciais para a optimização do armazenamento e comunicação da informação genómica. A compressão de informação genómica é um caso particular da compressão de informação. A entropia das sequências de ADN é elevada, contudo variável. Ao nível intra-genómico é maior nas regiões codificantes e menor nas regiões não codificantes. Ao nível inter-genómico é maior nos seres procarióticos e menor nos eucarióticos. Na base da redução da entropia estão as regularidades que perfazem as regiões repetitivas do ADN. As regiões repetitivas...
Tipo: DoctoralThesis Palavras-chave: Compressão; Bioinformática.
Ano: 2008 URL: http://hdl.handle.net/10198/968
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Anotação funcional da família gênica Dof no genoma da videira. Repositório Alice
FALAVIGNA, V. da S.; REVERS, L. F.; PEZZOTTI, M..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Proteína; DNA-binding with one finger; Bioinformática; Identificação; Viticultura; Uva; Biologia molecular; Genética.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908596
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Anotação funcional de sequências com BLAST2GO. Infoteca-e
NODA, R. W.; DAMASCENO, C. M. B.; SOUSA, S. M. de.
2010
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Gene; Genoma.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880839
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Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel PAB
Nascimento,Moysés; Sáfadi,Thelma; Silva,Fabyano Fonseca e.
O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011001100010
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