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A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..
The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518
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A genome-wide scan for selection signatures in Nellore cattle. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; SIQUEIRA, F.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; COUTINHO, L. L.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Brazilian Nellore cattle (Bos indicus) have been selected for growth traits for over more than four decades. In recent years, reproductive and meat quality traits have become more important because of increasing consumption, exports and consumer demand. The identification of genome regions altered by artificial selection can potentially permit a better understanding of the biology of specific phenotypes that are useful for the development of tools designed to increase selection efficiency. Therefore, the aims of this study were to detect evidence of recent selection signatures in Nellore cattle using extended haplotype homozygosity methodology and BovineHD marker genotypes (>777 000 single nucleotide polymorphisms) as well as to identify corresponding...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Single nucleotid; Relative extended haplotype homozygosity; Single nucleotide polymorphisms; Bos Indicus; Beef cattle; Genotyping; Linkage disequilibrium.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/998406
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A single nucleotide polymorphism in NEUROD1 is associated with production traits in nelore beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741
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Ajuste de modelos não lineares no estudo de associação entre polimorfismos genéticos e o crescimento em bovinos de corte. Repositório Alice
PAZ, C. C. P. de; FREITAS, A. R.; PACKER, I. U.; TAMBASCO TALHARI, D.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de.
Foram utilizados dados de peso ao nascimento, ao desmame e mensais dos 8 aos 19 meses de idade de 11 classes de genótipos formadas pela concatenação dos polimorfismos genéticos da kappa-caseína-HinfI (CSN3): AA e AB, do hormônio do crescimento-AluI (GH): LL e LV e da b-lactoglobulina-HaeIII (LGB): AA, AB e BB. As informações foram obtidas de animais de três grupos genéticos: ½Canchim-Nelore (CN), ½Angus-Nelore (AN) e ½Simental-Nelore (SN), nascidos em 1998 e 1999 e pertencentes à Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. Dos cinco modelos estudados: Brody, Von Bertalanffy, Richards, Gompertz e Logístico, o último apresentou melhor qualidade do ajuste. As estimativas dos parâmetros A (valor assintótico), k (taxa de maturação) e m (ponto de inflexão) obtidas...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Desenvolvimento ponderal; Modelo logístico; Marcadores genéticos.; Bos Indicus; Bos Taurus; Curva de Crescimento..
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/46471
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Ajuste de modelos não-lineares em estudos de associação entre polimorfismos genéticos e crescimento em bovino de corte. Repositório Alice
PAZ, C. C. P. de; PACKER, I. U; FREITAS, A. R. de; TAMBASCO-TALHARI, D.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; CRUZ, G. M. da.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Curvas de crescimento; Desenvolvimento ponderal; Marcadores genéticos; Modelo logistico.; Bos Indicus; Bos Taurus..
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/46994
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Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp)....
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395
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Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.
Tipo: Separatas Palavras-chave: ABC; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Nelore.; Bos Indicus; Bovino..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002861
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Annotation of Bos indicus functional genome. Repositório Alice
SILVA, L. F. P.; JORGE, E. C.; ZAROS, L. G.; PATRICIO, M.; LEITE, S. C.; REGITANO, L. C. de A.; OLIVEIRA, M. C. de S.; SILVEIRA, A. C.; FURLAN, L. R.; COUTINHO, L. H..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Annotation; Bos Indicus; Genome.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/44907
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Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands; Bos Indicus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100275
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Associação de polimorfismos de genes candidatos com características de crescimento em cruzamentos Bos taurus X Bos indicus. Repositório Alice
TAMBASCO, D. D.; PAZ, C. C. P.; TAMBASCO, M. D.; POZZI, A.; ALENCAR, M. M. de; FREITAS, A. R. de; COUTINHO, L. L.; PACKER, I. U.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Bos Taurus; Bos Indicus; Crescimento; Cruzamento; Gado de Corte; Polimorfismo..
Ano: 2001 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/46002
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Associação entre variantes cis regulatórias do gene KCNJ11e características econômicas em bovinos Nelore. Repositório Alice
OLIVEIRA, K. S. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; REGITANO, L. C. de A..
Características de produção como eficiência alimentar e de qualidade da carne bovina são de suma importância para o agronegócio, agroindústria e consumidores. Assim, ferramentas biotecnológicas como a genômica podem adicionar informações para identificar potenciais biomarcadores com a finalidade de auxiliar os programas de melhoramento e seleção de bovinos de corte.
Tipo: Separatas Palavras-chave: SNP; Expressão gênica; Sítio de ligação de fator de transcriçã0; Ilha CpG; Qualidade da carne; Bos Indicus.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115556
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Associação entre variantes da região upstream do gene CTGF e medidas fenotípicas de eficiência alimentar em bovinos Nelore. Repositório Alice
OLIVEIRA, K. S. DE; CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; REGITANO, L. C. de A..
A eficiência alimentar bovina é uma característica de produção de suma importância para o agronegócio, agroindústria e meio ambiente, porém por possuir mensuração onerosa e tardia é de difícil integração a programas de melhoramento animal. Análises genômicas podem acrescentar informações para a identificação de potenciais biomarcadores, com a finalidade de auxiliar os programas de melhoramento, na seleção de bovinos Nelore mais eficientes quanto ao aproveitamento do alimento consumido. A partir dessas ferramentas, estudos prévios identificaram a expressão diferencial do gene connective tissue growth factor (CTGF) entre animais com fenótipos divergentes para eficiência alimentar, observando maiores níveis de expressão em animais ineficientes.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: SNP; Expressão gênica; Sítio de ligação de fator de transcrição; Bos Indicus; Fenótipo.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1131319
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Características dos cortes comerciais da carne de tourinhos e novilhas cruzados, terminados em confinamento. Repositório Alice
FACHINI, B. C.; TULLIO, R. R.; BERNDT, A.; NASSU, R. T.; CHAVES, A. S.; RODRIGUES, A. B. B.; JACOB, B. M. da S.; ALENCAR, M. M. de.
Este trabalho teve como objetivo principal avaliar os pesos dos cortes comerciais de carne de 27 tourinhos e 31 novilhas, filhos de vacas ½ Angus x ½ Nelore e vacas ½ Simental x ½ Nelore, inseminadas com sêmen de touros das raças Angus e Limousin. Os animais foram desmamados aproximadamente aos 250 dias de idade, distribuídos de acordo com sexo e grupo genético, confinados em baias individuais descobertas e com consumo ad libitum. Os machos apresentaram maiores médias (P≤0,05) que as fêmeas para o peso do dianteiro, do traseiro especial e da ponta de agulha. Os machos tiveram maiores médias (P≤0,05) para os cortes dianteiros (paleta, músculo, acém, pescoço, peito e ossos) que as fêmeas. Para os cortes traseiros (contrafilé, filé mignon,...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Cortes cárneos; Raça Limousin.; Bos Indicus; Bos Taurus.; Angus..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/929819
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Características quantitativas da carcaça de bovinos cruzados jovens terminados em confinamento. Repositório Alice
DIESEL, T. A.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de.
Este trabalho teve como objetivo avaliar as características quantitativas da carcaça de machos não castrados e fêmeas, abatidos precocemente, e fruto de cruzamentos envolvendo vacas ½ Angus + ½ Nelore (TA) e ½ Simental + ½ Nelore (TS) com touros Angus (AN) e Limousin (LI). Os animais foram desmamados aos 250 dias, divididos em duplas de acordo com sexo e grupo genético e confinados em baias até o abate. Os machos apresentaram maior peso, rendimento e compacidade de carcaça que as fêmeas. As fêmeas tiveram maior porcentagem de traseiro e melhor acabamento de gordura que os machos. Vacas TS produziram filhos com carcaças mais pesadas e mais compactas que vacas TA. Filhos de touros Limousin tiveram maior rendimento de carcaça, porcentagem de traseiro e área...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Tri cross; Rendimento de carcaça; Área de olho de lombo; Espessura de gordura; Bos Indicus; Bos Taurus; Gado de Corte.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/896576
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Caracterização do haplótipo mitocondrial de uma amostra de touros da raça nelore, representativa das principais linhagens comercializadas no Brasil. Repositório Alice
TIZIOTO, P. C.; NICIURA, S. C. M.; IBELLI, A. M. G.; VENERONI, G. B.; SIQUEIRA, F.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Haplótipo mitocondrial.; Bos Indicus; Bos Taurus..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/931114
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Co-expression networks reveal potential regulatory roles of miRNAs in fatty acid composition of nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. de S.; ANDRADE, B. G.; KOLTES, J. E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; REGITANO, L. C. de A..
Fatty acid (FA) content affects the sensorial and nutritional value of meat and plays a significant role in biological processes such as adipogenesis and immune response. It is well known that, in beef, the main FAs associated with these biological processes are oleic acid (C18:1 cis9, OA) and conjugated linoleic acid (CLA-c9t11), which may have beneficial effects on metabolic diseases such as type 2 diabetes and obesity. Here, we performed differential expression and co-expression analyses, weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) and partial correlation with information theory (PCIT), to uncover the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in skeletal muscle associated with FA content. miRNA and mRNA expression data were...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Ácido linoleico conjugado; Ácido oleico; Ácidos graxos; Genômica; Redes de co-expressão; Integrative genomics; MRNA; MiRNA; Bos Indicus; Gado de Corte; Beef cattle; Conjugated linoleic acid; Oleic acid.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110820
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Comparative gene frequences of nucleoside phosphorylase from cattle of Bos taurus and Bos indicus derivation in Brazil. Repositório Alice
PANEPUCCI, L.; VICENTE, V.; ALENCAR, M. M. de; MORTARI, N..
Two nucleoside phosphorylase (NP) phenotypes were detected in 844 animals from four distinct genetic grroups of Bows indicus e Bos taurus.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Bos Indicus; Bos Taurus; Bovino; Gado Zebu; Gene.
Ano: 1990 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/42322
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Covariance structures in repeated measures of body weight of Bos indicus beef cattle in Brazil. Repositório Alice
FREITAS, A. R. de; SILVA, L. O. C. da; EUCLIDES FILHO, K.; PAZ, C. C. P.; FALCÃO, A. J. S..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Body weigth; Covariance structure; Peso de corporal; Bos Indicus; Gado de Corte; Beef cattle.
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/46076
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Crossbreeding beef cattle in Brazil: effects of genetic group on age at slaughter, carcass weight and fat thickness. Repositório Alice
BARBOSA, P. F..
Na versão impressa do Proceedings não há registrada a publicação, por isso está sem a indicação de páginas. Mas consta no CD.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Crosses; Bos Indicus; Bos Taurus.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/46612
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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B. da; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único.; Gado Zebu; Gado de corte; Bos Indicus; Bovino.; Cattle; Dairy cattle; Single nucleotide polymorphism; Genomics..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1007818
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