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Análise da diversidade genética de cafeeiros do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG utilizando marcadores RAPD. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; OLIVEIRA, A. C. B. de; RUFINO, R. J. N.; BRITO, G. G. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O conhecimento da diversidade genética do germoplasma utilizado em programas de melhoramento genético é importante para o planejamento de estratégias de trabalho. Técnicas de marcadores moleculares fornecem informações sobre distâncias genéticas entre acessos de Bancos de Germoplasma. Dessa forma, no presente trabalho, 92 acessos do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG foram submetidos a uma análise de diversidade genética, utilizando-se 20 primers RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). As amplificações deram origem a um total de 42 bandas polimórficas. As distâncias genéticas entre os genótipos, baseadas no complemento de Jaccard, variaram de zero a 100%. No dendrograma obtido observou-se a formação de cinco grupos diferentes ao nível de 50% de distância...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Diversidade genética; Marcadors RAPD.; Café.; Coffea..
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/909263
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Análise da diversidade nucleotídica intra e interespecífica de Coffea spp. Repositório Alice
YANAGUI, K.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: SNP; INDEL; Marcador.; Polimorfismo.; Coffea..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/880434
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Análise de genes expressos durante estádios finais da maturação de frutos de café. Repositório Alice
BUDZINSKI, I. G. F.; CAÇÃO, S. M. B.; CARNEIRO, C. E. A.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
A maturação uniforme dos frutos do cafeeiro relaciona-se diretamente com a qualidade da bebida. Diferentes floradas em um mesmo cafeeiro propiciam frutos em estádios desiguais de maturação podendo resultar em uma maior dificuldade na colheita, maior gasto com mão de obra e queda na qualidade do produto. Em frutos climatéricos, o processo final da maturação é desencadeado por um grande acúmulo de etileno, seguido por mudança bioquímicas e fisiológicas que promovem principalmente a desestabilização da parede celular dos frutos, composta principalmente por compostos pécticos. As pectinas são degradadas devido à solubilização e despolimerização da parede celular vegetal em decorrência da ação de enzimas como: pectinametilesterase, poligalacturonase,...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Poligalacturonase; Pectinametilesterase; Expansina.; Genoma; Maturação.; Coffea..
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/909458
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Análise in silico da expressão gênica de citocromo p450 relacionada ao metabolismo de diterpenos em Coffea. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; ALVES, L. C.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Diterpenos; Cafestol; Caveol; Cyt P450.; Coffea..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/880428
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Análise in silico e in vivo da via de isoprenóides em café. Repositório Alice
TISKI, I.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D.; MARRACCINI, P. R.; VIEIRA, L. G. E..
Os diterpenos cafestol e caveol, presentes na fração lipídica em grãos de café, originam-se da via de síntese de isoprenóides. Estes compostos são sintetizados em todos os organismos, sendo abundantes em plantas com cerca de 10 mil componentes relatados. Apesar da diversidade de funções e estruturas todos os isoprenóides derivam de cinco comuns átomos de carbono, o isopentenil difosfato (IPP) e do isômero dimetilalil difosfato (DMAPP). Em vegetais superiores, duas vias localizadas em compartimentos intracelulares separados estão envolvidas na biossíntese de IPP e DMAPP. No citosol, IPP é derivado da via do ácido mevalônico (MVA) e no plastídeo, IPP é formado pela via do metileritritol fosfato (MEP ou não mevalonato). Com a disponibilidade das seqüências...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Coffee; Analysis; In silico; In vivo; MEP; MVA.; Análise; Café.; Coffea..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906049
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Análise proteômica do estresse hídrico em cafeeiro. Repositório Alice
RAMOS, H. J. O.; CHAVES, D. F. S.; PEREIRA, L. F. P.; CRUZ, L. M.; FUNGARO, M. H.; CUNHA, M. H. da; OSAKU, C.; PETZL-ERLER, M. L.; AYUB, R. A.; PERALTA, R. M.; MARUR, C. J.; SOUZA, E. M.; VIEIRA, L. G. E.; PEDROSA, F. O..
Déficit hídrico é um dos fatores ambientais mais importantes para a diminuição da produtividade do cafeeiro, tanto no Brasil quanto em outros países produtores. O estabelecimento de estratégias para obtenção de cultivares tolerantes ao estresse hídrico depende da compreensão das respostas biológicas ao nível genético, molecular e bioquímico. Para estudar a resposta ao estresse hídrico no gênero Coffea, foi estabelecida uma rede de pesquisa em proteômica (PROTEOPAR ? Programa Proteoma do Paraná) constituída de oito laboratórios. Quatro genótipos de Coffea, com diferentes respostas fisiológicas à seca, foram analisados: C. canephora (Clone 14, tolerante e Clone 109A, sensível) e C. arabica (BA10, tolerante e Geisha, sensível). Proteínas foram extraídas de...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Proteoma; PROTEOPAR.; Seca.; Coffea..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906068
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Banco de sementes de café em criopreservação: experiência inédita no Brasil. Repositório Alice
EIRA, M. T. S. da; REIS, R. B.; RIBEIRO, F. N. S..
A conservação de sementes de café por longos períodos é dificultada pelo comportamento intermediário no armazenamento. No entanto, estudos recentes relatam que a partir da combinação de um grau crítico de umidade das sementes para cada temperatura de armazenamento, pode-se prolongar o período de conservação. Com o objetivo de estabelecer um Banco de Germoplasma de Coffea spp, através de técnicas de criopreservação, estudos vêm sendo desenvolvidos na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, em Brasília, DF. O protocolo de conservação consta da desidratação parcial das sementes, até cerca de 20% de água, embalagem em sacos trifoliados de papel-alumínio-polietileno, selados hermeticamente e imersão direta no nitrogênio líquido. Após a criopreservação as...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Viabilidade.; Armazenamento; Banco de Germoplasma; Criopreservação; Germinação.; Coffea..
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/909568
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Caracterização funcional e perfil de expressão in silico de quitinases do CAFEST. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O CafEST é a base de dados que armazena as 200 mil ESTs geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. Em trabalho anterior, sequências potencialmente associadas com a defesa do cafeeiro a doenças foram identificadas. Entre essas sequências, genes de quitinases. As proteínas codificadas por esses genes são enzimas que podem desempenhar funções como metabolismo de quitina, mecanismos de defesa contra patógenos e estresse abiótico, nutrição, parasitismo entre outras. Dada a importância desta enzima para a planta, o objetivo do presente trabalho foi analisar as ESTs de quitinase identificadas previamente. Para isso foi realizada uma caracterização funcional das sequências e construído um perfil de expressão in silico. Os resultados mostraram que essas...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática.; Genoma.; Coffea..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903963
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Coffea expansin gene family and expansin expression during fruit maturation. Repositório Alice
BUDZINSKI, I. G. F.; LEITE, T. F.; TAKAHASHI, E. K.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
Expansins (EXP) are plant cell-wall loosing proteins involved in cell enlargement and developmental process such as organogenesis, seeds germination, cell wall dissolution and fruit ripening. Two families of EXP are known, α-expansin (EXPA), involved in the control of cell wall extension, and β-expansins (EXPB), the major allergens of grass pollen that also have cell wall-loosening activity. With the objective to study the role of EXP in coffee fruit maturation we selected EXP homologous sequences on the Brazilian Coffee Genome Project database. Full-length contigs were classified according the EXP family. Northern blots of pulp from fruits at the latest stages of maturation (22-32 weeks after flowering) showed increased transcription of...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Oganogenesis.; Coffea..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/885761
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Construção de uma biblioteca genômica de cromossomo artificial de bactéria de Coffea arabica. Repositório Alice
CAÇÃO, S. M. B.; DINIZ, L. E. C.; SILVA, N. V.; VENIKY, F.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
A produção de mapas físicos em plantas tem grande importância para estudos de genética e melhoramento. O passo inicial para produção destes mapas é a construção de bibliotecas genômicas com largos fragmentos de DNA, em vetores do tipo cromossomo artificial de bactéria (BAC) ou de levedura (YAC). Visando a produção de um mapa físico, o objetivo deste trabalho foi construir uma biblioteca genômica de BAC de café. Fragmentos de DNA de alto peso molecular de C. arabica híbrido de Timor cv. 832/2 foram clonados no vetor pCC1BAC e transformados em E. coli DH10B. Após transformação 57000 clones foram inicialmente obtidos e ordenados manualmente em placas de 96 poços. A biblioteca foi transferida em triplicata para placas de 384 poços, com equipamento Q-BOT,...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: BAC; Mapeamento.; Clonagem.; Coffea..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906232
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Desempenho de progênies de café Arábica no Submédio do Vale do São Francisco. Repositório Alice
SOUZA, F. de F.; PINTO, J. M.; CHAVES, A. R. de M.; BRITO, E. T. S.; SOUSA, I. I.; NASCIMENTO, T. L. do; SANTOS, D. E. P. S.; LIMA, L. A.; CARVALHO, C. H. S. de; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de.
O presente trabalho objetivou avaliar o desenvolvimento vegetativo de progênies de café arábicanas condições de cultivo irrigado do Submédio do Vale do São Francisco, no Semiárido Brasileiro. O ensaio foi instalado em julho de 2012, na Estação Experimental da Embrapa Semiárido, no município de Petrolina, PE. Foram avaliadas 34 progênies em delineamento inteiramente casualizado, com três repetições e parcelas de cinco plantas, estabelecidas no espaçamento de 3,0 m x 1,0m. Aos 20 meses após o plantio, avaliaram-se: altura de planta, diâmetro da copa e o diâmetro da base do caule (ramo ortotrópico) a 5 cm do solo. Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias foram comparadas utilizando-se o teste de Tukey a 5% de probabilidade.Diferenças...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Adaptação; Melhoramento genético; Mudanças Climáticas.; Café; Coffea Arábica.; Coffea..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1018868
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Diferentes coeficientes de similaridade para análise de agrupamento de genótipos de Coffea canephora com base em marcadores moleculares. Repositório Alice
FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; RIVA-SOUZA, E. M.; FERRÃO, R. G..
O objetivo deste trabalho foi comparar o agrupamento de 80 genótipos de C. canephora com 15 diferentes coeficientes de similaridade, obtidos por meio de marcadores moleculares RAPD. Os coeficientes de similaridade analisados foram: Jaccard, Nei e Li, Ochiai, Índice II, Coincidência simples, Rogers e Tanimoto, Sokal e Sneath, Yule, Índice I, Haman, Ochiai II, Índice III, Russel e Rao, Baroni et al. e Sokal. As estimativas de similaridade (Sgii?) entre todos os pares de genótipos (ii?) foram convertidas em dissimilaridade por meio do complemento aritmético dos coeficientes utilizados (Dgii? = 1 - Sgii?). Para a análise de agrupamento dos genótipos foi empregado o método de otimização de Tocher. Verificaram-se diferenças quanto ao número de grupos formados...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Coeficiente de similaridade; Divergência genética; Marcadores RAPD.; Coffea..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906284
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Diversidade genética de cafeeiro por meio de marcadores EST-SSR. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; RIBEIRO, A. P.; MOURA, E. F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade genética entre diferentes genótipos de cafeeiro do programa de melhoramento genético da UFV/EPAMIG, por meio de marcadores EST-SSR. Foram avaliados 17 pares de primers SSR desenhados a partir das seqüências EST (Expressed Sequence Tags) do Projeto Brasileiro do Genoma Café. A diversidade genética foi avaliada por meio da análise de agrupamento UPGMA, gerado pela matriz de distância e similaridade genética de Jaccard. Os genótipos também foram agrupados, para avaliar a distância e diversidade entre e dentro das populações. Os 17 pares de primers EST-SSR apresentaram 100% de polimorfismo entre todos os genótipos avaliados, com um número médio de alelos por loco de 5,1. Embora grande parte das variedades...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Marcadores de DNA; Agrupamento UPGMA; Amova.; Coffea..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906290
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Embriogênese somática indireta em clones elite de Coffea arabica: multiplicação de calos. Repositório Alice
REZENDE, J. C. de; CARVALHO, C. H. S. de; SANTOS, A. C. R.; TEIXEIRA, J. B.; PASQUAL, M..
Objetivou-se comparar a taxa de multiplicação de calos embriogênicos de dois clones de Coffea arabica, selecionados para resistência à ferrugem e de alta produtividade, em dois meios de cultura, nos sistemas de cultivo gelificado e líquido. O experimento foi conduzido no Laboratório de Cultura de Tecidos da Fundação Procafé, em Varginha, MG. Os calos foram induzidos a partir de explantes foliares em meio nos meios PM/SM conforme protocolo descrito por Teixeira et al., (2004) e para a multiplicação, foram testados dois meios de cultura (meio do estágio dois de Albarran et al., 2004 e meio de multiplicação de Teixeira et al., 2004) e dois sistemas de cultivo (gelificado e líquido). O delineamento experimental utilizado foi inteiramente casualizado, em...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Meios de cultura; Microprogagação.; Coffea..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903163
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Fungos exóticos potenciais e atuais para o cafeeiro. Infoteca-e
FREITAS, V. M. de; MENDES, M. A. S..
bitstream/CENARGEN/26626/1/cot132.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Cultura; Fungos; Dioploidium; Coffee; Culture.; Café.; Coffea..
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/187034
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Identificação e caracterização de microssatélites provenientes de sequências expressas do projeto brasileiro de genoma café. Repositório Alice
PENA, G. F.; CAIXETA, E. T.; FERREIRA, J. L.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Dentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: SSR; EST-SSR.; Marcador Molecular.; Coffea..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903733
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In silico analysis of cytochrome p450 genes involved in the metabolism of diterpenes in Coffea. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; ANDRADE, D. S.; ALVES, L. C.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Cafestol; Cyt P450; Diterpenes; Kahweol.; Coffea..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/902474
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Lipídios em grãos de café. Repositório Alice
LAGO, R. C. A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Cafestol; Caveol.; Café Solúvel.; Coffea..
Ano: 2001 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/414069
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Localização de marcador molecular derivado de EST potencialmente associado ao domínio LRR em mapa genético de Coffea arabica. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; MACIEL, B. H.; ZAMBOLIM, E. M.; XAVIER, K. V.; SAKIYAMA, N. S..
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). O banco de dados foi minerado por meio de análise in silico e 12009 seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas. A partir dessas seqüências foram desenhados 40 oligonucleotídeos, iniciadores específicos para amplificar seqüências do DNA genômico do cafeeiro. As condições de reação e amplificação dos iniciadores sintetizados foram ajustadas. Vinte e nove iniciadores amplificaram fragmentos de aproximadamente 400 pb, exibindo bandas únicas e bem definidas, e apenas um deles foi polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. O iniciador CARF 005 amplificou um fragmento nos 154 indivíduos...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genoma café; Oligonucleotídeos iniciadores específicos.; Coffea..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906349
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New EST-SSR markers of Coffea arabica: transferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; PENA, G.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; FERRAO, M. A. G.; SAKIYAMA, N. S..
Microsatellite markers (SSR) have broad utility in genetic studies due to a high rate of polymor-phisms, a codominant nature and multiallelism. EST?SSRs are markers derived from the expressed sequences of a genome and represent transcribed genes. Despite the importance of the genus Coffea , only a small number of EST?SSR markers are currently available. Thus, this study was designed to mine and develop a new set of EST?SSR markers from the Brazilian Coffee Genome Project. We investigated 130,792 expressed sequence tags (ESTs), from which 24,031 DNA sequences with microsatellites were identified. After stability and amplification testing, 101 new EST?SSR markers were developed and analyzed in different coffee species. The average rate of transferability was...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Brazilian Coffee Genome Project; Microsatellites.; Coffea Arábica.; Genetic markers; Coffea..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1040767
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