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16S rRNA gene-based identification of bacteria in postoperative endophthalmitis by PCR- Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (PCR-DGGE) fingerprinting BJM
Navarro-Noya,Yendi; Hernández-Rodríguez,César; Zenteno,Juan C; Buentello-Volante,Beatriz; Cancino-Díaz,Mario E; Jan-Roblero,Janet; Cancino-Díaz,Juan C.
Conventional microbiological culture techniques are frequently insufficient to confirm endophthalmitis clinical cases which could require urgent medical attention because it could lead to permanent vision loss. We are proposing PCR-DGGE and 16S rRNA gene libraries as an alternative to improve the detection and identification rate of bacterial species from endophthalmitis cases.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Endophthalmitis; Staphylococcus epidermidis; PCR; DGGE.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822012000100033
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A spatiotemporal study of bacterial community profiles associated with Atlantic bluefin tuna larvae, Thunnus thynnus L., in three Mediterranean hatcheries ArchiMer
Gatesoupe, Joel; Coves, Denis; Ortega, Aurelio; Papandroulakis, Nikos; Vadstein, Olav; De La Gandara, Fernando.
During the first 2 years of larval rearing trials with Atlantic bluefin tuna, survival was a challenging issue. As bacterial colonization of the gut has been shown to play a key role for other species, we studied the profiles of the microbiota associated with individual larvae at different stages in three distant hatcheries. The Bacterial Community Profile (BCP) was quantified based on PCR-DGGE analyses of partial amplicons from 16S rDNA. Considerable individual variability in BCP was observed before onset of feeding, and the BCP did not show regular fluctuation during ontogenesis. Microalgae were added to the rearing tanks in two of the three hatcheries, but it was not possible to distinguish the effect of location from the effect of algal addition on...
Tipo: Text Palavras-chave: Larval rearing; Bacterial diversity; DGGE; Thunnus thynnus.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00075/18648/16197.pdf
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Análise da inoculação do fungo micorrízico arbuscular (FMA) Glomus clarum em plantas de milho e crotalária a campo pela técnica do PCR-DGGE. Repositório Alice
AZEVEDO, G. C.; SOUZA, F. A. de.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Ecologia microbiana; DGGE; Fungo; Micorriza.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/630797
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Análise via PCR-DGGE da microbiota associada à rizosfera de feijoeiro Olathe Pinto e Olathe Pinto 5.1 modificado geneticamente para resistência ao vírus do mosaico dourado. Repositório Alice
CUNHA, B. C. A.; PASSOS, S. R.; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: PCR; 16S rRNA; DGGE; Alfaproteobactérias.; Phaseolus Vulgaris..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/905240
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Avaliação comparativa da biota do solo em feijoeiro Olathe Pinto e Olathe 5.1 modificado geneticamente para resistência ao vírus do mosaico dourado. Repositório Alice
CUNHA, B. C. A.; FARIA, J. C. de; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: DGGE; Microrganismos não alvo.; Biossegurança; Phaseolus Vulgaris..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/875209
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Avaliação qualitativa e quantitativa da microbiota do solo e da fixação biológica do nitrogênio pela soja. Repositório Alice
SOUZA, R. A. de; HUNGRIA, M.; FRANCHINI, J. C.; CHUEIRE. L. M. de O.; BARCELLOS, F. G.; CAMPO, R. J..
O objetivo deste trabalho foi definir, para as condições edafoclimáticas do Brasil, níveis aceitáveis de dispersão de alguns parâmetros biológicos, utilizados em estudos de impacto ambiental de novas tecnologias usadas na cultura da soja. Dois ensaios com soja convencional e transgênica foram conduzidos em 11 municípios de seis estados e no Distrito Federal; os parâmetros avaliados foram: carbono e nitrogênio da biomassa microbiana, respiração basal e quociente metabólico microbiano, eletroforese do DNA do solo em géis desnaturantes (DGGE), fixação biológica do nitrogênio, população de rizóbios, número e massa de nódulos secos, ocupação dos nódulos pelas estirpes de Bradyrhizobium, massa de matéria seca da parte aérea, nitrogênio total e nitrogênio como...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Biomassa microbiana; DGGE; Monitoramento ambiental; Transgênicos.; Glycine Max.; Bradyrhizobium..
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/470564
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Avaliação qualitativa e quantitativa da microbiota do solo e da fixação biológica do nitrogênio pela soja PAB
Souza,Rosinei Aparecida de; Hungria,Mariangela; Franchini,Julio Cezar; Chueire,Ligia Maria de Oliveira; Barcellos,Fernando Gomes; Campo,Rubens José.
O objetivo deste trabalho foi definir, para as condições edafoclimáticas do Brasil, níveis aceitáveis de dispersão de alguns parâmetros biológicos, utilizados em estudos de impacto ambiental de novas tecnologias usadas na cultura da soja. Dois ensaios com soja convencional e transgênica foram conduzidos em 11 municípios de seis estados e no Distrito Federal; os parâmetros avaliados foram: carbono e nitrogênio da biomassa microbiana, respiração basal e quociente metabólico microbiano, eletroforese do DNA do solo em géis desnaturantes (DGGE), fixação biológica do nitrogênio, população de rizóbios, número e massa de nódulos secos, ocupação dos nódulos pelas estirpes de Bradyrhizobium, massa de matéria seca da parte aérea, nitrogênio total e nitrogênio como...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bradyrhizobium; Glycine max; Biomassa microbiana; DGGE; Monitoramento ambiental; Transgênicos.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000100010
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Bacterial Diversity in the Digestive Tracts of Four Indian Air-Breathing Fish Species Investigated by PCR Based Denaturing Gradient Gel Electrophoresis BABT
He,Suxu; Zhou,Zhigang; Banerjee,Goutam; Huang,Lu; Ray,Arun Kumar; Ringø,Einar.
ABSTRACT An investigation was conducted to identify the allochthonous microbiota (entire intestine) and the autochthonous microbiota in proximal intestine (PI) and distal intestine (DI) of four species of Indian air-breathing fish (climbing perch; Anabas testudineus, murrel; Channa punctatus, walking catfish; Clarias batrachus and stinging catfish; Heteropneustes fossilis) by PCR based denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). High similarities of the allochthonous microbiota were observed between climbing perch and murrel, walking catfish and stinging catfish, indicating similar food behavior. The autochthonous microbiota of PI and DI from climbing perch and murrel revealed more similarity, than the result obtained from walking catfish and stinging...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Allochthonous and autochthonous gut microbiota; Air-breathing fish; Bacterial diversity; DGGE.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132016000100350
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Comparison of the effects of the dietary addition of two lactic acid bacteria on the development and conformation of sea bass larvae, Dicentrarchus labrax, and the influence on associated microbiota ArchiMer
Lamari, Faouzi; Castex, Mathieu; Larcher, Thibaut; Ledevin, Mireille; Mazurais, David; Bakhrouf, Amina; Gatesoupe, Joel.
Probiotics may have many effects on health and development of fish larvae. One of the most promising is related to spinal conformation, though the mode of action is not clearly understood. The present study attempted to investigate the effects of two strains of lactic acid bacteria on associated microbiota, histological development and gene expression. Sea bass larvae were fed since 5 dph (day post hatch) with either a standard control diet (Diet C), or the same diet supplemented with Pediococcus acidilactici MA18/5M (Diet P), or with an autochthonous strain of Lactobacillus casei (X2; Diet L). The two lactic acid bacteria were incorporated in the diets at the levels of 106 and 107 CFU (colony forming units) g-1 in two consecutive experiments,...
Tipo: Text Palavras-chave: Fish larvae; Probiotics; Microbiota; Histopathology; Gene expression; DGGE.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00108/21966/19673.pdf
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Comunidade bacteriana como indicadora do efeito de feijoeiro geneticamente modificado sobre organismos não alvo PAB
Knupp,Adriano Moreira; Martins,Claudia Miranda; Faria,Josias Corrêa de; Rumjanek,Norma Gouvêa; Xavier,Gustavo Ribeiro.
O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do feijoeiro geneticamente modificado quanto à resistência ao Bean Golden Mosaic Vírus, BGMV (Olathe M1-4), sobre organismos não alvo. De um experimento implantado no campo, em delineamento inteiramente casualizado, com dois tratamentos (Olathe Pinto e evento elite Olathe M1-4), dois períodos amostrais (estádio V4 e R6) e dez repetições, obtiveram-se células bacterianas cultivadas e não cultivadas da rizosfera e do solo não rizosférico, para as quais se procedeu à extração de DNA total. A região V6-V8 do 16S rDNA foi amplificada para a comunidade bacteriana total, e também realizou-se amplificação com iniciadores específicos para o subgrupo alfa (α) do filo Proteobacteria a partir de células não cultivadas....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Biossegurança; DGGE; Impacto ambiental; Organismos não alvo; Transgênico.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2009001200019
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Comunidades microbianas, atividade enzimática e fungos micorrízicos em solo rizosférico de "Landfarming" de resíduos petroquímicos Rev. Bras. Ciênc. Solo
Nakatani,André Shigueyoshi; Siqueira,José Oswaldo; Soares,Cláudio Roberto Fonsêca Sousa; Lambais,Marcio Rodrigues.
As raízes das plantas podem estimular a microbiota do solo, a qual pode contribuir para o aumento da eficiência do processo de remediação. Assim, avaliar a magnitude dos efeitos das raízes sobre a microbiota do solo é de grande interesse e de relevância prática e ecológica. Neste trabalho, avaliaram-se a densidade microbiana, a atividade enzimática, a estrutura da comunidade bacteriana e a presença de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) na rizosfera de plantas de ocorrência espontânea em solo de sistema de "landfarming" de resíduos petroquímicos. Avaliaram-se também solos rizosféricos de cinco plantas e solo-controle sem planta por meio de contagens de microrganismos em placas, eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE) de fragmentos do gene...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Rizosfera; Petróleo; Microrganismos degradadores de antraceno; Micorriza arbuscular; DGGE; RRNA 16S.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-06832008000400014
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Detección de agentes hemotrópicos en una explotación ganadera utilizando PCR y DGGE Rev Salud Anim.
Bolívar,Ana María; Rojas,Agustina; Rosales,Datty; Torres,Yzoleth; García-Lugo,Pablo.
La siguiente investigación presenta los resultados de las evaluaciones diagnósticas, realizadas por PCR, para agentes hemotrópicos, en ganado bufalino y bovino (n=77), coexistentes en una misma explotación agropecuaria. Se obtuvo una positividad de 74,03% de infección hemoparásita para el total de la población estudiada, con predominio de Anaplasma marginale sobre Trypanosoma theileri, Trypanosoma vivax y Babesia bigemina, respectivamente. Adicionalmente, algunos de los ADN problema fueron ensayados por DGGE, revelando la presencia de A. marginale y Mycoplasma wenyonii. Los resultados obtenidos corroboran la clínica presuntiva y el valor del método molecular.
Tipo: Journal article Palavras-chave: Ganado vacuno; Ganado bufalino; Hemotrópicos; PCR; DGGE.
Ano: 2014 URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0253-570X2014000100009
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Detection and differentiation of Entamoeba histolytica and Entamoeba dispar in clinical samples through PCR-denaturing gradient gel electrophoresis BJMBR
López-López,P.; Martínez-López,M.C.; Boldo-León,X.M.; Hernández-Díaz,Y.; González-Castro,T.B.; Tovilla-Zárate,C.A.; Luna-Arias,J.P..
Amebiasis is one of the twenty major causes of disease in Mexico; however, the diagnosis is difficult due to limitations of conventional microscopy-based techniques. In this study, we analyzed stool samples using polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) to differentiate between Entamoeba histolytica (pathogenic) and E. dispar (non-pathogenic). The target for the PCR amplification was a small region (228 bp) of the adh112 gene selected to increase the sensitivity of the test. The study involved 62 stool samples that were collected from individuals with complaints of gastrointestinal discomfort. Of the 62 samples, 10 (16.1%) were positive for E. histolytica while 52 (83.9%) were negative. No sample was positive for E....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Amebiasis; Neglected diseases; Diagnostic; PCR; DGGE; Adh112 gene.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2017000400607
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Diversidade de Paenibacillus spp. na rizosfera de quatro cultivares de sorgo plantados em solo de cerrado sob condições contrastantes de nitrogênio. Repositório Alice
COELHO, M. R. R.; MOTA, F. F.; PAIVA, E.; MARRIEL, I. E.; ROSADO, A. S.; SELDIN, L.; CARNEIRO, N. P..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: DGGE; Adubo nitrogenado; RpoB; Risosfera de sorgo.; Paenibacillus..
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/490175
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Diversite de populations microbiennes thermophiles d'une cheminée hydrothermale océanique profonde : cultures d'enrichissement en bioréacteur et isolement d'espèces nouvelles ArchiMer
Postec, Anne.
To explore the microbial diversity at deep sea vents, molecular techniques based on the analysis of the gene coding the 16S ribosomal RNA permitted to highlight a large archaeal and bacterial diversity. Nevertheless, the diversity of the hydrothermal microorganisms cultivated to date remains much lower than the diversity described with molecular tools. Innovative methods should therefore be used in order to cultivate new microorganisms, and also determine their metabolic properties and their potential role in the ecosystem. That was the purpose of this study: a bioreactor gas-lift was used to perform enrichment cultures in continuous, during 50 days, in thermophilic (60°C) and hyperthermophilic (90°C) conditions. A hydrothermal chimney sample (Rainbow...
Tipo: Text Palavras-chave: Strain isolation and characterization; Hybridization; Sequencing; Cloning; DGGE; Gas lift bioreactor; Enrichment cultures; Deep sea hydrothermal vents; Bacteria; Archaea; Diversity; Isolement et caractérisation de souche; Hybridation; Séquençage; Clonage; DGGE; Bioréacteur gas lift; Cultures d'enrichissement; Sources hydrothermales océaniques profondes; Bacteria; Archaea; Diversité.
Ano: 2005 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-367.pdf
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Diversité et activité des communautés microbiennes dans des sédiments marins associés aux émissions de fluides froids ArchiMer
Lazar, Cassandre Sara.
A large portion of the greenhouse gas methane on Earth is trapped in marine sediments. However, little methane actually reaches the hydrsphere and the atmosphere, because it is efficiently consumed by anaerobic methane-oxidizing Archaea (ANME). This methane is mainly biogenic in marine sédiments, and is produced by methanogenic Archaea. Methane ascends from deep sources to the seabed, in cold seep sites of continental margins. In order to study microbial community diversity in cold seeps, and to determine geochemical factors that control these microbial communities, we compared four geochemically and geologically distinct sites. In this work, molecular tools (PCR, RT-PCR, DGGE, cloning) as well as genetic markers (16S rRNA, mcrA, dsrB) were employed, to...
Tipo: Text Palavras-chave: Diversité moléculaire; Archaea; Méthanogène; ANME; McrA; DsrB; DGGE; Volcan de boue; Pockmark; Saumures; Fluides froids; Méthane; Mer de Norvège; Mer Méditerranée; Sédiments.; Molecular diversity; Archaea; Methanogen; ANME; McrA; DsrB; DGGE; Mud volcano; Pockmark; Brines; Cold seep; Methane; Norwegian Sea; Mediterranean Sea; Sediments..
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00031/14250/11534.pdf
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Diversity of the marine picocyanobacteria Prochlorococcus and Synechococcus assessed by terminal restriction fragment length polymorphisms of 16S-23S rRNA internal transcribed spacer sequences RChHN
LAVIN,PARIS; GÓMEZ,PATRICIA; GONZÁLE,BERNARDO; ULLOA,OSVALDO.
In order to assess the appropriateness of the use of internal transcribed spacer (ITS) sequences for the study of population genetics of marine cyanobacteria, we amplified and cloned the 16S rRNA gene plus the 16S-23S ITS regions of six strains of Prochlorococcus and Synechococcus. We analyzed them by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and terminal restriction fragment length polymorphisms (T-RFLP). When using the standard application of these techniques, we obtained more than one band or terminal restriction fragment (T-RF) per strain or cloned sequence. Reports in literature have suggested that these anomalies can result from the formation of secondary structures. Secondary structures of the ITS sequences of Prochlorococcus and Synechococcus...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Cyanobacteria; DGGE; T-RFLP; ITS; Secondary structure.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-078X2008000400006
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Efeito de glyphosate e imazaquin na comunidade bacteriana do rizoplano de soja (Glycine max (L.) Merrill) e em características microbiológicas do solo Rev. Bras. Ciênc. Solo
Zilli,Jerri Édson; Botelho,Gloria Regina; Neves,Maria Cristina Prata; Rumjanek,Norma Gouvêa.
Práticas culturais, como a aplicação de agrotóxicos, podem interferir diretamente na comunidade microbiana do solo e naquela associada às raízes vegetais. Os efeitos, no entanto, são complexos e, na maioria das vezes, de difícil detecção, quando se utilizam técnicas convencionais na avaliação. Por outro lado, o recente desenvolvimento e utilização de métodos moleculares, baseados no DNA, têm permitido melhorar a avaliação desses efeitos muitas vezes negativos. Este trabalho teve como objetivo avaliar alterações provocadas pela aplicação de herbicidas à base de glyphosate e imazaquin no C da biomassa microbiana do solo (C-BMS), respiração basal do solo (RBS) e quociente metabólico (qCO2), bem como na comunidade bacteriana associada ao rizoplano de soja...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Herbicidas; DGGE; RISA; Carbono da biomassa microbiana; Respiração basal do solo e quociente metabólico.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-06832008000200018
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Estrutura metabólica e genética de comunidades bacterianas em solo de cerrado sob diferentes manejos PAB
Souza,Leandro Moraes de; Schlemmer,Franciele; Alencar,Priscila Martins; Lopes,André Alves de Castro; Passos,Samuel Ribeiro; Xavier,Gustavo Ribeiro; Fernandes,Marcelo Ferreira; Mendes,Ieda de Carvalho; Reis Junior,Fábio Bueno dos.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a estrutura metabólica e genética de comunidades bacterianas em Latossolo de cerrado sob vegetação nativa ou cultivado em sistema de rotação soja/milho sob preparo convencional e plantio direto. Foram utilizadas microplacas EcoPlate para determinar o perfil e a diversidade metabólica das comunidades bacterianas, e eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE) para avaliar a estrutura genética. O teste estatístico de Mantel foi utilizado para avaliar a relação entre a estrutura metabólica e a genética. A comunidade bacteriana sob vegetação nativa apresentou perfil metabólico diferente do encontrado em solos cultivados. No solo cultivado com soja sob preparo convencional, o padrão de utilização das fontes de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Biodiversidade do solo; Biolog EcoPlate; DGGE; Perfil metabólico; Plantio direto; Preparo convencional.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2012000200016
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Evaluating the microbial diversity of soil samples: methodological innovations. Repositório Alice
COUTINHO, H. L. da C.; OLIVEIRA, V. M. de; MANFIO, G. P.; ROSADO, A. S..
This manuscript is a review of the innovative methodlogies that enable more precise evaluation of soil microbial diversity. Highlighting the molecular approach, which does not require the isolation of microorganisms and allows the inclusion of non-culturable genotypes in the analyses, the described methodologies revolutionised the environmental microbiology and opened gateways for an accurate understanding of the ecology and diversity of microorganisms. The application of techniques based on soil total DNA extraction, PCR amplification of genes or gene fragments, and sequence analysis revealed that the microbial universe in far more complex than ever imagined. Examples of applications of the molecular approach to study the diversity of soil diazotrophic...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Microbial diversity; DGGE; Molecular methods; Soil DNA.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/336250
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