|
|
|
| Registros recuperados: 17 | |
|
| |
|
|
| ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S.. |
| O entendimento dos mecanismos de defesa e da interação do cafeeiro com patógenos pode ser útil no desenvolvimento de novas alternativas para um controle eficiente das doenças. Tem sido demonstrado, em diferentes espécies de plantas, que genes R, responsáveis pelo reconhecimento dos patógenos, apresentam domínios conservados, como NBS (Nucleotide Binding Site) e LRR (Leucine Rich Repeat). Dessa forma, nesse trabalho, seqüências do Projeto Brasileiro do Genoma Café, previamente identificadas como contendo domínios NBS e LRR, foram funcionalmente categorizadas. A categorização foi realizada em 140 EST-contigs, sendo que 99 foram classificados em pelo menos uma das categorias funcionais do Gene Ontology. Essa categorização permitiu associar os produtos... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: In silico; Mineração de dados; ESTs; Classificação funcional.; Genoma; Doença de Planta.. |
| Ano: 2009 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903148 |
| |
|
|
| Targon,Maria Luísa P. Natividade; Takita,Marco Aurélio; Amaral,Alexandre M. do; Souza,Alessandra A. de; Locali-Fabris,Eliane Cristina; Dorta,Sílvia de Oliveira; Borges,Kleber Martins; Souza,Juliana Mendonça de; Rodrigues,Carolina Munari; Lucheta,Adriano Reis; Freitas-Astúa,Juliana; Machado,Marcos Antonio. |
| In order to obtain a better understanding of what is citrus, 33 cDNA libraries were constructed from different citrus species and genera. Total RNA was extracted from fruits, leaves, flowers, bark, seeds and roots, and subjected or not to different biotic and abiotic stresses (pathogens and drought) and at several developmental stages. To identify putative promoter sequences, as well as molecular markers that could be useful for breeding programs, one shotgun library was prepared from sweet orange (Citrus sinensis var. Olimpia). In addition, EST libraries were also constructed for a citrus pathogen, the oomycete Phythophthora parasitica in either virulent or avirulent form. A total of 286,559 cDNA clones from citrus were sequenced from their 5 end,... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: ESTs; Shotgun; Citrus; Phytopathogen. |
| Ano: 2007 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000500030 |
| |
|
|
| Souza,Alessandra A. de; Takita,Marco A.; Coletta-Filho,Helvécio D.; Campos,Magnólia A.; Teixeira,Juliana E.C.; Targon,Maria Luísa P.N.; Carlos,Eduardo F.; Ravasi,Juliano F.; Fischer,Carlos N.; Machado,Marcos A.. |
| The Citrus ESTs Sequencing Project (CitEST) conducted at Centro APTA Citros Sylvio Moreira/IAC has identified and catalogued ESTs representing a set of citrus genes expressed under relevant stress responses, including diseases such as citrus variegated chlorosis (CVC), caused by Xylella fastidiosa. All sweet orange (Citrus sinensis L. Osb.) varieties are susceptible to X. fastidiosa. On the other hand, mandarins (C. reticulata Blanco) are considered tolerant or resistant to the disease, although the bacterium can be sporadically detected within the trees, but no disease symptoms or economic losses are observed. To study their genetic responses to the presence of X. fastidiosa, we have compared EST libraries of leaf tissue of sweet orange Pêra IAC (highly... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: ESTs; Citrus variegated chlorosis; Biotic stress; CitEST; Phytopathogen. |
| Ano: 2007 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000500024 |
| |
|
| |
|
|
| IVAMOTO, S. T.; POT, D.; LANNES, S. D.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.. |
| Os ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: SNPs; SSRs; ESTs; CGAs; Polimorfismo; Marcador molecular. |
| Ano: 2013 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/986384 |
| |
|
|
| VERZA, N. C.; SILVA, T. R. e; CORD NETO, G.; NOGUEIRA, F. T. S.; FISCH, P. H.; ROSA JÚNIOR, V. E. de; REBELLO, M. M.; VETTORE, A. L.; SILVA, F. R. da; ARRUDA, P.. |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Genes específicos; ESTs; Maize transcriptome; Endosperma; Milho. |
| Ano: 2005 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186275 |
| |
|
|
| PROITE, K.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; BERTIOLI, D. J.; MORETZSOHN, M. C.; SILVA, F. R. da; MARTINS, N. F.; GUIMARÃES, P. M.. |
| Background Due to its origin, peanut has a very narrow genetic background. Wild relatives can be a source of genetic variability for cultivated peanut. In this study, the transcriptome of the wild species Arachis stenosperma accession V10309 was analyzed. Results ESTs were produced from four cDNA libraries of RNAs extracted from leaves and roots of A. stenosperma. Randomly selected cDNA clones were sequenced to generate 8,785 ESTs, of which 6,264 (71.3%) had high quality, with 3,500 clusters: 963 contigs and 2537 singlets. Only 55.9% matched homologous sequences of known genes. ESTs were classified into 23 different categories according to putative protein functions. Numerous sequences related to disease resistance, drought tolerance and human health were... |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Arachis stenosperma; Amendoim silvestre; ESTs. |
| Ano: 2007 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187868 |
| |
|
|
| Palmieri,Darío Abel; Novelli,Valdenice Moreira; Bastianel,Marinês; Cristofani-Yaly,Mariângela; Astúa-Monge,Gustavo; Carlos,Eduardo Fermino; Oliveira,Antonio Carlos de; Machado,Marcos Antonio. |
| Nearly 65,000 citrus EST (Expressed Sequence Tags) have been investigated using the CitEST project database. Microsatellites were investigated in the unigene sequences from Citrus spp. and Poncirus trifoliata. From these sequences, approximately 35% of the non-redundant ESTs contained SSRs. The frequencies of different SSR motifs were similar between Citrus spp and trifoliate orange. In general, mononucleotide repeats appeared to be the most abundant SSRs in the CitEST database, but we also identify di-, tri-, tetra-, penta- and hexanucleotide repeats. The AG/CT and AAG/CTT were the most common dinucleotide and trinucleotide motifs, with frequencies of 54.4% and 25.2%, respectively. Primer sequences flanking SSR motifs were successfully designed and... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Citrus spp.; Poncirus trifoliata; ESTs; Microsatellites; In silico polymorphism. |
| Ano: 2007 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000500029 |
| |
|
|
| Leroy,Thierry; Ribeyre,Fabienne; Bertrand,Benóit; Charmetant,Pierre; Dufour,Magali; Montagnon,Christophe; Marraccini,Pierre; Pot,David. |
| Coffee quality, in the present context of overproduction worldwide, has to be considered as a main selection criterion for coffee improvement. After a definition of quality, and an overview of the non genetic factors affecting its variation, this review focuses on the genetic factors involved in the control of coffee quality variation. Regarding the complexity of this trait, the different types of quality are first presented. Then, the great variation within and between coffee species is underlined, mainly for biochemical compounds related to quality (caffeine, sugars, chlorogenic acids, lipids). The ways for breeding quality traits for cultivated species, Coffea arabica and Coffea canephora are discussed, with specific challenges for each species. For C.... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Coffea spp.; Biochemical compounds; Candidate genes; ESTs; Genetic breeding; Marker-assisted selection; Quality. |
| Ano: 2006 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1677-04202006000100016 |
| |
|
| |
|
|
| Alvarenga,Samuel Mazzinghy; Caixeta,Eveline Teixeira; Hufnagel,Bárbara; Thiebaut,Flávia; Maciel-Zambolim,Eunize; Zambolimand,Laércio; Sakiyama,Ney Sussumu. |
| Sequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Coffea; Data mining; ESTs; Genomics; In silico; Bioinformatics. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572010000400031 |
| |
|
|
| COLOMBO, C. A.; YAMAMOTO, P. Y.; RAMOS, L. C. S.; MAZZAFERA, P.; GALLO, P. B.; VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.. |
| O mapeamento genético é uma das estratégias mais visadas para fins de melhoramento genético e ganha maior importância a partir do surgimento de marcadores do tipo SNPs ou INDELs, facilitado pelos projetos genomas, sobretudo de ESTs. Assim, análises in silico de busca de polimorfismo SNPs em seqüências relacionadas com qualidade de bebida e derivadas de C.arabica e C.canephora foram analisadas e o polimorfismo entre as duas espécies validado para seis genes (quatro proteases e dois de sacarose) a partir de estudos de laboratório utilizando a técnica PCR-RFLP. Para tanto, após confirmação do polimorfismo nas duas espécies parentais, foram genotipadas 90 plantas F2 derivadas da autofecundação de um híbrido interespecífico de Coffea arabica e C. canephora 4x.... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Coffea spp; Qualidade de bebida; Seleção assistida; Enzimas de restrição; ESTs; Gene candidato. |
| Ano: 2009 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903748 |
| |
|
| |
|
|
| VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.. |
| A qualidade de bebida do café é fator fundamental para sua comercialização, pois agrega valor ao produto, garantindo maior competitividade e melhores preços no mercado. A composição química do café é um dos fatores que determinam a qualidade da bebida. Seu sabor e seu aroma são resultantes da presença combinada de vários constituintes, dentre os quais os ácidos clorogênicos, os diterpenos e os açúcares. O objetivo deste trabalho foi buscar polimorfismos a partir de PCR-RFLP utilizando primers baseados em sequências ESTs de genes relacionados com a qualidade de bebida. Para isso foi utilizado o DNA de uma população F2 formada a partir da autofecundação de um híbrido interespecífico de Coffea arabica e C. canephora. Os resultados revelaram um total de doze... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Coffea spp; Enzima de restrição; ESTs; Gene candidato; Qualidade de bebida.; Composto Químico.. |
| Ano: 2009 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903598 |
| |
|
|
| GUERRA, R. L.; ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; GOULART, C. de C.. |
| Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Programação Script; Genoma café; ESTs. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/904264 |
| |
|
| |
| Registros recuperados: 17 | |
|
|
|
