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A genômica funcional no âmbito da produção animal: estado da arte e perspectivas R. Bras. Zootec.
Furlan,Luiz Roberto; Ferraz,André Luiz Julien; Bortolossi,Julio César.
Os últimos vinte anos caracterizaram-se pela proliferação de tecnologias que tornaram possível decifrar o genoma das espécies, localizar e identificar particularidades na sua seqüência, elucidar as suas funções dentro dos sistemas biológicos e, sobretudo, começar a entender os mecanismos que controlam as interações entre os genótipos e os estímulos ambientais, que são responsáveis pela diversidade fenotípica. Estes estudos sobre as bases moleculares da variabilidade fenotípica abriram uma nova abordagem científica, caracterizada pela multiplicidade das questões envolvidas, que resultou no surgimento de novas áreas de pesquisa, cujos conhecimentos estão sendo aplicados em diversos campos da biologia, inclusive na zootecnia. Tendo em vista o grande impacto...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bovinos; Expressão gênica; Genômica funcional; Microarrays; Nutrição; Polimorfismo.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982007001000030
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885652
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920185
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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Infoteca-e
ZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C..
Neste documento, serão apresentados métodos computacionais para facilitar o processo de análise de dados de RNA-Seq, por meio de ferramentas acessíveis via navegadores. Esta metodologia possibilita o processamento distribuído e o compartilhamento de grandes volumes de dados de RNA-Seq, com o objetivo de efetivamente identificarmos as diferenças de expressão de genes para elucidar mecanismos biológicos ligados à produtividade e a doenças.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma Galaxy; RNA-Seq; Expressão gênica; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1064217
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Considerações estatísticas na análise de dados de expressão gênica gerados pela técnica de RT-qPCR. Infoteca-e
LOBO, A. M. B. O.; LOBO, R. N. B..
A transcriptase reversa (RT) seguida de quantificação utilizando a técnica da reação em cadeia da polimerase (qPCR) em tempo real ou, simplesmente reverse transcription-qPCR (RT-qPCR), é um método in vitro para amplificação enzimática de sequências definidas de DNA complementar obtido a partir do RNA. A técnica de RT-qPCR é uma das mais utilizadas em experimentos de quantificação da expressão gênica por ser considerado um dos métodos mais sensível e específico de quantificação gênica dos que outros utilizados para esta finalidade. No entanto, para obter resultados, pela técnica de RT-qPCR, que possam ser adequadamente analisados é necessário que o experimento tenha um desenho experimental com tratamentos, ensaios, unidade experimental e delineamento bem...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: RT-qPCR; Expressão gênica; Expressão gênica relativa; RT-PCR; Genetic processes.; Genética animal; Genética molecular; Gene expression; Genetics..
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1007398
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Estrutura básica do MicroArray Gene Expression Markup Language - MAGE-ML. Infoteca-e
SANTOS, E. H. dos.
Um dos objetivos da Rede Genômica Animal é a identificação de genes que contribuam para o melhoramento de características de interesse econômico em animais de produção. Uma das ferramentas para prospecção e análise desses genes é o Microarranjo de DNA, uma técnica que permite avaliar a expressão gênica em condições específicas. Apesar de seu uso amplamente difundido na comunidade científica, os procedimentos e as informações de experimentos nem sempre são padronizados, a despeito dos esforços na criação de uma linguagem padrão como o MAGE-ML. Este documento visa apresentar o padrão MAGE-ML para aqueles que ainda não se utilizam desse recurso e gostariam de aprender um pouco a respeito.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Microarranjo de DNA; MAGE-ML; Expressão gênica; Microarray technology; Gene expression.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883658
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Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo. Infoteca-e
HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; IBELLI, A. M. G.; SANTOS, I. L. N. dos.
A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Análise biclustering; Expressão gênica; Algoritmos; Algorithms..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885589
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Estudo de genes candidatos associados ao desenvolvimento embrionário bovino em diferentes sistemas de produção de embriões UnB - FAB
Mundim, Tatiane Carmo Duarte.
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2008.
Tipo: Dissertation Palavras-chave: Bovino - embriologia; Bovino; Expressão gênica; Bovino - reprodução.
Ano: 2008 URL: http://hdl.handle.net/10482/5088
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Expressão gênica diferencial durante déficit hídrico em soja Rev. Bras. Fisiol. Veg.
CASAGRANDE,ELAINE CRISTINA; FARIAS,JOSÉ RENATO BOUÇAS; NEUMAIER,NORMAN; OYA,TETSUJI; PEDROSO,JÚLIO; MARTINS,POLYANA KELLY; BRETON,MICHÈLLE CLAIRE; NEPOMUCENO,ALEXANDRE LIMA.
Tolerância à seca em plantas não é uma característica simples, mas sim um complexo de mecanismos que trabalham em conjunto ou isoladamente para evitar ou tolerar períodos de déficit hídrico. Genótipos que diferem em tolerância ao déficit hídrico devem apresentar diferenças qualitativas e quantitativas na expressão gênica quando submetidos a períodos de seca. Três cultivares de soja (BR-4, BR-16 e MG/BR-46 Conquista), com respostas contrastantes ao déficit hídrico, foram estudadas com o uso da técnica "Differential Display" (DD) para identificar e isolar genes que podem apresentar diferenças de expressão durante períodos de seca entre os genótipos estudados. Um total de 84 fragmentos de DNAc diferencialmente expressos foram detectados. Trinta e cinco...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RNA mensageiro; Differential Display; Seca; Expressão gênica; NADH Desidrogenase; Ativador de Transcrição.
Ano: 2001 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-31312001000200006
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Expressão gênica diferencial em genótipos de mamona (Ricinus communis L.) submetidos a déficit hídrico induzido por PEG Bragantia
Moraes,Patrícia Favoretto; De Laat,Daiane Mariele; Santos,Marina Erê Almeida Hummel Pimenta; Colombo,Carlos Augusto; Kiihl,Tammy.
A mamoneira é uma cultura de relevância econômica e social no Brasil e no mundo. O óleo produzido por suas sementes, composto principalmente pelo ácido ricinoleico, é estratégico para as indústrias de lubrificantes, cosméticos, polímeros, dentre outras. Embora a mamoneira seja considerada tolerante à seca, a ausência de chuvas no período da floração pode reduzir a produtividade da planta. Respostas diferenciais ao déficit hídrico na espécie têm sido observadas em acessos de bancos de germoplasma e entre cultivares comerciais. Com intuito de conhecer melhor os mecanismos fisiológicos de resposta ao déficit hídrico e direcionar programas de melhoramento genético, o objetivo do trabalho foi analisar a expressão diferencial de genes potencialmente relacionados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Ricinus communis L.; Estresse oxidativo; Enzimas antioxidantes; Expressão gênica; PCR quantitativo em tempo real (q-PCR).
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052015000100025
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Expressão relativa de fator semelhante a insulina (IGFI) e receptor do homômonio folículo estimulante (FSHR) em folículos e tecido ovariano de Bos primigenius (Nelore) Braz. J. Vet. Res. Anim. Sci.
Ferreira,Jorge Luís; Toniolli,Ricardo; Duarte,Ana Beatriz Graça; Campagnari,Francine; Boscaro,Ariadne Padovez; Pazini,Fabiane Siqueira; Garcia,José Fernando.
O aperfeiçoamento das técnicas que objetivam a exploração do potencial reprodutivo das fêmeas requer a compreensão mais ampla dos mecanismos de controle de desenvolvimento folicular. Uma alternativa de estudo nesta esfera, é a quantificação da expressão relativa de genes envolvidos nos processos de recrutamento, seleção e desenvolvimento folicular, pelo emprego da técnica de transcrição - reversa associado a reação em cadeia pela polimerase (RT - PCR). O presente trabalho objetivou quantificar a expressão relativa dos genes insulin-like growth factor I (IGF-I) e do receptor do hormônio folículo estimulante (FSHR), tendo como controle interno o gene da gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase (GAPDH). Foram utilizados ovários bovinos de animais de matadouro em...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RT-PCR semi-quantitativo; Expressão gênica; Bovinos.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-95962002000400008
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Melhoramento reverso: princípios e aplicações. Infoteca-e
VASCONCELOS, M. J. V. de; SOUZA, I. R. P. de; FIGUEIREDO, J. E. F..
Grande parte das funções gênicas tem sido definidas através do uso da genética direta, onde um fenótipo é identificado e usado para clonar o gene responsável. No entanto, na maioria dos casos, os genes de sequência conhecida não são associados a um fenótipo. Isto é particularmente verdadeiro em espécies não modelo, onde a genética avançada pode ser mais desafiadora devido à redundância genética. A genética reversa é uma ferramenta poderosa que pode ser usada para identificar o fenótipo resultante do bloqueio de um gene seqüenciado específico, mesmo sem o conhecimento prévio de sua função. Dessa forma, estabelecendo uma ligação direta entre a função de um produto gênico e sua função in vivo. Essa riqueza de novos dados de sequências obtidos por meio do...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genética reversa; Expressão gênica; Melhoramento Vegetal; Linhagem.
Ano: 2019 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1117394
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MicroRNAs e seu papel no desenvolvimento embrionário Ciência Rural
Campos,Vinicius Farias; Urtiaga,Gabriel; Gonçalves,Breno; Deschamps,João Carlos; Collares,Tiago.
MicroRNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de RNA com aproximadamente 22 nucleotídeos incapazes de codificar proteínas e que apresentam função na regulação pós-transcricional da expressão gênica. Vários estudos vêm demonstrando o importante papel dos miRNAs na regulação do desenvolvimento embrionário de diferentes espécies, desde o controle da expressão de RNAs mensageiros durante o desenvolvimento inicial embrionário até a determinação de linhagens celulares durante a organogênese. Esta revisão irá abordar os principais miRNAs e seu papel na biologia reprodutiva, com ênfase no desenvolvimento embrionário de mamíferos.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: MicroRNA; Expressão gênica; Silenciadores gênicos; Desenvolvimento embrionário; Mamíferos.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782011000100014
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Preparo de meristemas apicais de cupuaçuzeiro (Theobroma grandiflorum) para estudos de expressão de genes por hibridização in situ. Infoteca-e
FALCAO, L. L.; NEVES, M. da S.; GOMES, A. C. M. M.; WERNECK, J. O. S.; DUSI, D. M. de A.; MARCELLINO, L. H..
O cupuaçuzeiro, Theobroma grandiflorum (Willd. ex Spreng.) Schum., é uma espécie nativa da Amazônia que produz uma das frutas mais populares da região, o cupuaçu. Sua polpa tem sabor e aroma muito apreciados, sendo utilizada na fabricação de uma grande diversidade de doces e na preparação de sucos. A partir das amêndoas é possível produzir o cupulate, produto similar ao chocolate. A cultura do cupuaçuzeiro tem relevante importância econômica para a região amazônica. Um dos entraves para esta cultura, no entanto, é a doença vassoura-de-bruxa (VB), causada pelo fungo Moniliophthora perniciosa, que compromete o desenvolvimento e a produção da planta. Este fungo acomete inicialmente as regiões meristemáticas do cupuaçuzeiro, particularmente o meristema da gema...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Hibridização in situ; Expressão gênica; Meristema apical; Morfologia; Cupuaçu.
Ano: 2019 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1120650
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Quantificação de transcritos maternos em oócitos bovinos submetidos a diferentes condições de maturação Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Pereira,M.M; Costa,F.Q; Oliveira,A.P; Serapião,R.V; Machado,M.A; Viana,J.H. M; Camargo,L.S.A.
Comparou-se a quantidade relativa de transcritos de origem materna entre oócitos bovinos maturados in vivo e maturados em diferentes condições in vitro. Avaliou-se também o efeito dos sistemas de maturação in vitro sobre a viabilidade das células do cumulus. Para a maturação in vivo, os oócitos foram coletados 19-20h após aplicação de gonadorelina em doadoras superestimuladas com FSH e sincronizadas com implante de progesterona. Para a maturação in vitro, oócitos imaturos, obtidos de ovários coletados em matadouro, foram maturados sob diferentes tensões de oxigênio e suplementação proteica. Avaliou-se a abundância dos transcritos de Zar1, MATER e GDF9 por PCR em tempo real. A viabilidade das células do cumulus de oócitos maturados in vitro foi analisada...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bovino; Maturação in vitro; Expressão gênica; Gene de efeito materno; Soro; Oxigênio.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352010000600015
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Regulação gênica por metilação de DNA dependente de RNA (RdDM - RNA-dependent DNA methylation). Infoteca-e
VASCONCELOS, M. J. V. de; FIGUEIREDO, J. E. F..
Durante toda a vida de um organismo eucarioto, da fecundação até a sua morte, uma miríade de genes é ativada e desativada em momentos específicos durante o desenvolvimento e a diferenciação celular e em determinadas situações de estresse ambiental e biótico. Na segunda metade do século XX, os estudos de Jacob & Monod revelaram a natureza da regulação da expressão gênica baseada na presença ou ausência de moléculas indutoras e repressoras que se ligavam aos promotores dos genes ativando ou silenciando a transcrição. Contudo, esse modelo mostrou-se insuficiente para explicar a natureza da maioria dos fenômenos envolvendo a expressão gênica observada em diferentes grupos de organismos. No início do século XXI, com a descoberta das moléculas pequenas de...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Expressão gênica; Genética; Cromossoma; Reação Química.
Ano: 2019 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1117395
Registros recuperados: 17
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