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Systematic determination of the mosaic structure of bacterial genomes: species backbone versus strain-specific loops Inra
Chiapello, H.; Bourgait, I.; Sourivong, F.; Heuclin, G.; Gendrault-Jacquemard, A.; Petit, M.A.; El Karoui, M..
Background :Public databases now contain multitude of complete bacterial genomes, including several genomes of the same species. The available data offers new opportunities to address questions about bacterial genome evolution, a task that requires reliable fine comparison data of closely related genomes. Recent analyses have shown, using pairwise whole genome alignments, that it is possible to segment bacterial genomes into a common conserved backbone and strain-specific sequences called loops.Results :Here, we generalize this approach and propose a strategy that allows systematic and non-biased genome segmentation based on multiple genome alignments. Segmentation analyses, as applied to 13 different bacterial species, confirmed the feasibility of our...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: GENOME BACTERIEN; EVOLUTION DU GENOME; COMPARAISON DE GENOME ENTIER BACTERIAL GENOME; GENOME EVOLUTION.
Ano: 2005 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007f72738ba&uri=/notices/prodinra1/2007/08/
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