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Absolute quantification of viruses by TaqMan real-time RT-PCR in grapevines. Repositório Alice
FAJARDO, T. V. M.; VANNI, M. F.; NICKEL, O..
ABSTRACT: The absolute quantification determines the absolute amount of a targeted nucleic acid expressed as a copy number or concentration. The knowledge of virus concentrations in commercial crops possesses high relevance to ensure a reliable diagnosis. The objective of this study was to perform an absolute quantification of five viruses in infected grapevines (Vitis spp.). Different known amounts of the standard sample (cloned viral cDNA or in vitro transcribed viral RNA) were quantified by TaqMan RT-qPCR. Based on these data, standard curves were generated plotting Ct values (threshold cycle) against the log of the standard sample amount. Infected grapevine samples were evaluated to determine virus titers, which were highly variable. This result may...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RT-qPCR; GRSPaV; GVA; GVD; GLRaV-3; Videira; Uva; Virus.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1069291
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Caracterização do gene da proteína capsidial do Grapevine virus A em videiras afetadas pela acanaladura do lenho de Kober no Estado de São Paulo Trop. Plant Pathol.
Moreira,Andreia E.; Gaspar,José O.; Camargo,Luis E. A.; Kuniyuki,Hugo.
O presente trabalho caracteriza o gene codificador da proteína capsidial do isolado do Grapevine virus A (GVA) encontrado no Estado de São Paulo (GVA-SP). RNA total foi extraído de folhas e pecíolos de plantas de videira (Vitis spp.) da variedade 'Kober 5BB' e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar um fragmento entre as posições 6409 e 7175 do RNA do GVA ("GenBank", acesso X75433). Foi obtido um fragmento de tamanho esperado (767 nt) que inclui o gene da proteína capsidial, codificando 198 aminoácidos. A seqüência do GVA-SP apresentou similaridade de nucleotídeos e aminoácidos de, respectivamente, 86-92,3% e 94,5-98% com isolados do GVA da Europa, África e Japão (Acessos X75433, AF441234, AF007415, AB039841) e da região Sul...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: GVA; Vitivirus; Vitis spp.; "Kober stem grooving"; Complexo do lenho rugoso; Seqüenciamento; Filogenia.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582004000200015
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Detecção de um isolado de Grapevine virus A e caracterização do gene da proteína capsidial Trop. Plant Pathol.
Fajardo,Thor V. M.; Nickel,Osmar; Eiras,Marcelo; Kuhn,Gilmar B..
O Grapevine virus A (GVA) está associado à "Acanaladura do lenho de Kober", uma doença do complexo rugoso da videira (Vitis spp.). Neste trabalho, um isolado brasileiro de GVA (GVA-RS) foi caracterizado biologicamente por transmissão mecânica para cinco hospedeiras herbáceas e por enxertia na videira indicadora cv. Kober 5BB, e também por sorologia. O RNA total foi extraído de videira infetada cv. Pirovano 65. Para a RT-PCR, dois pares de oligonucleotídeos foram utilizados. Dois fragmentos de DNA, 430 e 451 pb, apresentando sobreposição parcial de nucleotídeos, foram amplificados por PCR. A seqüência do gene da proteína capsidial do GVA-RS com 597 nucleotídeos e 198 aminoácidos deduzidos, com massa molecular calculada de 21,6 kDa, foi alinhada a outros...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Videira; Vitis; GVA; Vitivirus.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582003000500009
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Detection and coat protein gene characterization of an isolate of Grapevine virus B from corky bark-affected grapevines in Southern Brazil Trop. Plant Pathol.
NICKEL,OSMAR; FAJARDO,THOR V. M.; ARAGÃO,FRANCISCO J. L.; CHAGAS,CÉSAR M.; KUHN,GILMAR B..
An isolate of Grapevine virus B (GVB), obtained by indexing Vitis labrusca and V. vinifera grapevines on the indicator LN33, was transmitted mechanically to several Nicotiana species. The virus was partially purified from N. cavicola and the coat protein estimated at 23 kDa by SDS-PAGE. In negatively stained leaf extracts of experimentally inoculated N. cavicola and N. occidentalis, flexuous particles with cross banding were observed, predominantly measuring 750-770 x 12 nm, with a modal length of 760 nm. Decoration indicated a clear, positive reaction against AS-GVB. In DAS-ELISA, GVB was detected in N. cavicola and grapevine extracts, and Western blots showed homologous and cross reaction of GVB and GVA antisera with GVB coat protein. Using specific...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: GVB; Vitis spp.; Vitivirus; Electron microscopy; ELISA; Western blot; GVA.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582002000300007
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