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A genetic programming model for association studies to detect epistasis in low heritability data. Repositório Alice
RIBEIRO, I. M.; BORGES, C. C. H.; SILVA, B. Z.; ARBEX, W. A..
Abstract The genome-wide associations studies (GWAS) aims to identify the most influential markers in relation to the phenotype values. One of the substantial challenges is to find a non-linear mapping between genotype and phenotype, also known as epistasis, that usually becomes the process of searching and identifying functional SNPs more complex. Some diseases such as cervical cancer, leukemia and type 2 diabetes have low heritability. The heritability of the sample is directly related to the explanation defined by the genotype, so the lower the heritability the greater the influence of the environmental factors and the less the genotypic explanation. In this work, an algorithm capable of identifying epistatic associations at different levels of...
Tipo: Separatas Palavras-chave: GWAS; SNP; Genetic Programming; Random Forest; Computational Modeling; Mathematical Modeling; Bioinformatics.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102526
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A genome-wide association study identified loci for yield component traits in sugarcane (Saccharum spp.). Repositório Alice
BARRETO, F. Z.; ROSA, J. R. B. F.; BALSALOBRE, T. W. A.; PASTINA, M. M.; SILVA, R. R.; HOFFMANN, H. P.; SOUZA, A. P. de; GARCIA, A. A. F.; CARNEIRO, M. S..
Sugarcane (Saccharum spp.) has a complex genome with variable ploidy and frequent aneuploidy, which hampers the understanding of phenotype and genotype relations. Despite this complexity, genome-wide association studies (GWAS) may be used to identify favorable alleles for target traits in core collections and then assist breeders in better managing crosses and selecting superior genotypes in breeding populations. Therefore, in the present study, we used a diversity panel of sugarcane, called the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes (BPSG), with the following objectives: (i) estimate, through a mixed model, the adjusted means and genetic parameters of the five yield traits evaluated over two harvest years; (ii) detect population structure, linkage...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Associação ampla do genoma; GWAS; Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar; BPSG; Cana de Açúcar; Genoma.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113513
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Análise de associação genômica ampla (GWAS) do hábito de crescimento em feijoeiro-comum. Repositório Alice
SILVA, E. M. da; GOMES, L. M.; TORGA, P. P.; VIANELLO, R. P.; SOUZA, T. L. P. O. de; RESENDE, M. P. M..
O hábito de crescimento está entre as principais características avaliadas no processo de desenvolvimento de cultivares de feijão, especialmente quando o objetivo é selecionar genótipos com aptidão para colheita mecânica direta. A análise GWAS possibilita identificar regiões genômicas associadas a caracteres de interesse e estimar seus efeitos, podendo acelerar o processo de desenvolvimento de novas cultivares.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Associação genômica ampla; GWAS; Hábito de crescimento; Feijão; Phaseolus Vulgaris; Crescimento.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1132738
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Associação genômica ampla para resistência a bacteriose em germoplasma de pessegueiro com base em SNPs. Repositório Alice
THUROW, L. B..
Tese (Doutorado em Agronomia - Fitomelhoramento) - Programa de Pós-Graduação em Agronomia. Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, 2018. Orientador: Caroline Marques Castro; Co-orientador: Maria do Carmo Bassols Raseira; Sandro Bonow.
Tipo: Teses Palavras-chave: Genotipagem por sequenciamento; Fenotipagem; REML/BLUP; GWAS; Prunus Persica.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1090863
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Avaliação de ferramentas para detecção de interações epistáticas para fenótipos quantitativos em estudos de associação genômica ampla. Repositório Alice
SOARES, A. R.; HIGA, R. H..
Variações genéticas presentes em uma população podem estar associadas a muitas características como susceptibilidade a doenças em humanos (ex: diabetes, câncer, e doenças psiquiátricas). Atualmente, tecnologias de genotipagem de baixo custo, baseadas em marcadores moleculares do tipo polimorfismo de base única Single Nucleotide Polymorphism (SNP) são utilizados para identificar variações desse tipo associadas com doenças. Tais estudos, são denominados, estudos de associação genômica ampla, Genome Wide Association Studies (GWAS). No caso de espécies de interesse agropecuário, essas variações genéticas estão relacionadas a características que podem impactar ganhos de qualidade e produção. Portanto, é de extrema importância a utilização de novos métodos...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Epistasia; GWAS; Fenótipos quantitativos; Paralelismo.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009768
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Caracterização fenotípica de animais de propriedades com incidência de artrite encefalite caprina para a condução de um estudo de associação genômica ampla. Repositório Alice
BRAGA, L. I. G.; ANDRIOLI, A.; PINHEIRO, R. R.; SILVA, M. V. G. B.; FACO, O.; SIDER, L. H..
A artrite encefalite caprina (CAE) é uma das três principais enfermidades que impactam direta ou indiretamente a caprinocultura, sobretudo a leiteira. É uma das lentiviroses de pequenos ruminantes (LVPR). A doença precisa ser controlada e isso é feito essencialmente pela detecção precoce de animais infectados. A seleção assistida por marcadores é uma estratégia ainda pouco explorada nesse sentido, que potencialmente permitirá uma intervenção com finalidade de melhoramento genético de rebanhos favorecendo a fixação dos alelos de interesse e que confiram resistência a CAE, em detrimento daqueles associados à maior susceptibilidade da doença.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Caracterização fenotípica; GWAS; CAE; Banco de dados; Caprino.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1145518
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Copy number variations and genome-wide associations reveal putative genes and metabolic pathways involved with the feed conversion ratio in beef cattle. Repositório Alice
SANTANA, M. H. de A.; OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; CESAR, A. S. M.; FREUA, M. C.; GOMES, R. da C.; SILVA, S. da L.; LEME, P. R.; FUKUMASU, H.; CARVALHO, M. E.; VENTURA, R. V.; COUTINHO, L. L.; KADARMIDEEN, H. N.; FERRAZ, J. B. S..
The use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Nellore cattle; GWAS; Cattle; Feed conversion; Genomics; Cucumber necrosis virus; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1066092
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Desequilíbrio de ligação nos cromossomos 10 e 23 em populações Gir, F1 e F2 (Gir x Holandês) Repositório Alice
O. P. I; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; G. S. E. F.; MACHADO, M. A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: GWAS; Seleção genômica.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072303
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Estudo de associação ampla do genoma (GWAS) para prolificidade em caprinos. Repositório Alice
MONTEIRO, N. V.; NASCIMENTO, M. C. de O.; FACO, O.; SILVA, K. de M..
Atualmente, os marcadores resultantes do polimorfismo de um único nucleotídeo (Single Nucleotide Polymophisms - SNPs) são os mais utilizados nos estudos de associação devido a sua ampla distribuição pelo genoma e a possibilidade de estarem em desiquilíbrio de ligação com a região onde podem existir um ou mais genes (Quantitative Trait Loci - QTL) responsáveis pela expressão da característica em estudo. Os Estudos de Associação Ampla do Genoma (GWAS) oferecem a possibilidade de identificação de regiões associadas com características de interesse econômico a partir de análises combinando informações genotípicas e fenotípicas. O objetivo deste trabalho foi identificar regiões do genoma que possam estar influenciando a prolificidade em caprinos. Foram...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: GWAS; Prolificidade; Prolificacy; Caprino; Marcador Genético; Melhoramento Genético Animal; Goats; Animal breeding; Genetic markers.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102220
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Estudos genômicos aplicados ao melhoramento genético de bovinos. Repositório Alice
ROMERO, A. R. da S..
A busca por plantéis cada vez mais produtivos, tem conduzido ao uso de diferentes ferramentas, dentre elas, a utilização de marcadores moleculares no melhoramento genético. No entanto, como o custo da técnica de genotipagem ainda é considerado elevado, uma alternativa é a utilização da técnica de imputação (predição de genótipos não interrogados na genotipagem). Sendo assim, no primeiro capítulo desta dissertação, analisou-se genótipos de animais Nelore com o objetivo de avaliar o potencial da imputação de painéis 3K e 7K, ambos customizados. Para a imputação foi utilizado o programa FImput. Os painéis foram produzidos a partir de marcadores que passaram pelo controle de qualidade, considerando a distância entre marcadores e os de maior frequência alélica....
Tipo: Teses Palavras-chave: Genômica; Imputação; GWAS; Imputation; Polymorphisms; Polimorfismo; Bovino; Cattle; Genomics.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1082424
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Genetic Associations of Farrowing Length in Two Maternal Lines of Pigs. Repositório Alice
ZANELLA, R.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. O.; CANTÃO, M. E.; SILVA, M. V. G. B.; GIACHETTO, P. F.; FREITAS, M.; LOPES, J.; LEDUR, M. C..
Tipo: Separatas Palavras-chave: GWAS; Farrowing length; SNP additive and dominance effects.; Swine..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1010042
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Genetic associations of farrowing length in two maternal lines of pigs. Repositório Alice
ZANELLA, R.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; CANTAO, M. E.; SILVA, M. V. G. B.; GIACHETTO, P. F.; FREITAS, M.; LOPES, J.; LEDUR, M. C..
Tipo: Separatas Palavras-chave: GWAS; Farrowing l ength; SNP additive and dominance effects.; Swine..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1032985
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Genome Wide Association Study for Calving Interval in Gyr Dairy Cattle. Repositório Alice
MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; FONSECA, R. da; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: GWAS; HEM model; Gyr; Calving interval.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009821
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Genome Wide Scan for Age at First Calving in Gyr Dairy Cattle. Repositório Alice
UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: GWAS; Age at first calving; Bos Indicus.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009864
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Genome-wide association studies detect multiple QTLs for productivity in mesoamerican diversity panel of common bean under drought stress. Repositório Alice
VALDISSER, P. A. M. R.; MÜLLER, B. S. F.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MORAIS JÚNIOR, O. P.; GUIMARÃES, C. M.; BORBA, T. C. O.; SOUZA, I. P. de; ZUCCHI, M. I.; NEVES, L. G.; COELHO, A. S. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Drought stress is an important abiotic factor limiting common bean yield, with great impact on the production worldwide. Understanding the genetic basis regulating beans? yield and seed weight (SW) is a fundamental prerequisite for the development of superior cultivars. The main objectives of this work were to conduct genome-wide marker discovery by genotyping a Mesoamerican panel of common bean germplasm, containing cultivated and landrace accessions of broad origin, followed by the identification of genomic regions associated with productivity under two water regimes using different genome-wide association study (GWAS) approaches. A total of 11,870 markers were genotyped for the 339 genotypes, of which 3,213 were SilicoDArT and 8,657 SNPs derived from...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Genetic diversity; DArTseq markers; CaptureSeq; GWAS; Candidate markers; Seed-weight; Feijão; Phaseolus Vulgaris; Resistência a Seca; Marcador Molecular; Beans; Seed yield; Genetic markers.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134196
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Genome-wide association study for birth, weaning and yearling weight in Colombian Brahman cattle Genet. Mol. Biol.
Martínez,Rodrigo; Bejarano,Diego; Gómez,Yolanda; Dasoneville,Romain; Jiménez,Ariel; Even,Gael; Sölkner,Johann; Mészáros,Gabor.
Abstract Genotypic and phenotypic data of 1,562 animals were analyzed to find genomic regions that potentially influence the birth weight (BW), weaning weight at seven months of age (WW) and yearling weight (YW) of Colombian Brahman cattle, with genotyping conducted using Illumina Bead chip array with 74,669 SNPs. A Single Step Genomic BLUP (ssGBLP), approach was used to estimate the proportion of variance explained by each marker. Multiple regions scattered across the genome were found to influence weights at different ages, also dependent on the trait component (direct or maternal). The most interesting regions were connected to previously identified QTLs and genes, such as ADAMTSL3, CAPN2, CAPN2, FABP6, ZEB2 influencing growth and weight traits. The...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bos indicus; SNP; QTL; GWAS; Body weight.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572017000300453
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Genome-wide association study of periweaning failure-to-thrive syndrome (PFTS) in swine suggests genes involved with depression. Repositório Alice
ZANELLA, R.; MORES, N.; MORES, M. A. Z.; PEIXOTO, J. de O.; ZANELLA, E. L.; ZANELLA, J. R. C.; IBELLI, A. M. G.; GAVA, D.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Depression; GWAS; PFTS.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053463
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Genome-wide association study using the Bayes C method for important traits in dairy yield in Colombian Holstein Cattle Animal Sciences
Rincón Flórez, Juan Carlos; López Herrera, Albeiro; Echeverri Zuluaga, Jose Julián.
The objective of this study was to determine the genome association between markers of bovine LD BeadChip with dairy important traits. Information of breeding program of the Universidad Nacional de Colombia was used. BLUP-EBVs were used for dairy yield (DY), fat percentage (FP), protein percentage (PP) and somatic cell score (SCS). 150 animals were selected for blood or semen DNA extraction and genotyping with BovineLD BeadChip (Illumina). Autosomal information was retained and the editing information was performed using Plink v1.07 software. The effects of SNPs were determined by Bayes C with GS3 software. The minor allele frequency for most of the markers on the bead chip was high, which increases the probability of finding important loci segregating in...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Animal breeding genomic selection dairy cattle; GWAS; QTLs single nucleotide polymorphism..
Ano: 2018 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAnimSci/article/view/39015
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Genome-wide detection of CNVs and their association with performance traits in broilers. Repositório Alice
FERNANDES, A. C.; SILVA, V. H. da; GOES, C. P.; MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.; REZENDE, F. M. de; COUTINHO, L. L..
Abstract Background: Copy number variations (CNVs) are a major type of structural genomic variants that underlie genetic architecture and phenotypic variation of complex traits, not only in humans, but also in livestock animals. We identified CNVs along the chicken genome and analyzed their association with performance traits. Genome-wide CNVs were inferred from Affymetrix® high density SNP-chip data for a broiler population. CNVs were concatenated into segments and association analyses were performed with linear mixed models considering a genomic relationship matrix, for birth weight, body weight at 21, 35, 41 and 42 days, feed intake from 35 to 41 days, feed conversion ratio from 35 to 41 days and, body weight gain from 35 to 41 days of age. Results: We...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: GWAS; CNVs; Copy number variations; QTLs; QPCR; Desempenho zootécnico; Genética Animal; Gallus Domesticus; Performance; Animal genetics; Genome-wide association study; Animal performance; Quantitative trait loci; Quantitative polymerase chain reaction; Gallus gallus.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1133197
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Genomic prediction in contrast to a genome-wide association study in explaining heritable variation of complex growth traits in breeding populations of Eucalyptus. Repositório Alice
MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D..
Background: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genomic selection; GWAS; Seleção genômica; SNP genotyping; Espécie exótica; Eucalipto; Melhoramento genético vegetal; Eucalyptus benthamii; Eucalyptus pellita; Genetic relationships; Marker-assisted selection; Plant breeding.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080149
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