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	Provedor de dados Repositório Alice (30) Genet. Mol. Biol. (2) Animal Sciences (1) Autor SILVA, M. V. G. B. (7) IBELLI, A. M. G. (6) LEDUR, M. C. (6) REGITANO, L. C. de A. (6) CANTAO, M. E. (5) COUTINHO, L. L. (5) PEIXOTO, J. de O. (5) ALENCAR, M. M. de (4) NEVES, L. G. (4) SIQUEIRA, F. (4) ZANELLA, R. (4) ALMEIDA FILHO, J. E. de (3) HIGA, R. H. (3) MACHADO, M. A. (3) MORES, M. A. Z. (3) MUDADU, M. de A. (3) MÜLLER, B. S. F. (3) NASSU, R. T. (3) SILVA, L. O. C. da (3) TULLIO, R. R. (3) Mais... Palavra-chave GWAS (33) Genoma (3) Genômica (3) SNP (3) Seleção genômica (3) Associação genômica ampla (2) Bos Indicus (2) Caprino (2) Cattle (2) Depression (2) Eucalipto (2) Eucalyptus benthamii (2) Eucalyptus pellita (2) Feijão (2) Genetic markers (2) Genomic selection (2) Genomics (2) Genotyping (2) Marker-assisted selection (2) Melhoramento Genético Animal (2) Mais... Tipo do documento Artigo de periódico (10) Separatas (8) Anais e Proceedings de eventos (7) Info:eu-repo/semantics/article (3) Parte de livro (3) Teses (2) Mais... Ano 2022 (1) 2021 (2) 2020 (1) 2019 (3) 2018 (5) 2017 (6) 2016 (7) 2014 (6) 2013 (2) Mais... País Brazil (33) Idioma Inglês (18) Português (15)		Ordenar por:  Relevância Autor Título Ano Registros recuperados: 33 Primeira ... 1 2 ... Última A genetic programming model for association studies to detect epistasis in low heritability data. Repositório Alice RIBEIRO, I. M.; BORGES, C. C. H.; SILVA, B. Z.; ARBEX, W. A.. Abstract The genome-wide associations studies (GWAS) aims to identify the most influential markers in relation to the phenotype values. One of the substantial challenges is to find a non-linear mapping between genotype and phenotype, also known as epistasis, that usually becomes the process of searching and identifying functional SNPs more complex. Some diseases such as cervical cancer, leukemia and type 2 diabetes have low heritability. The heritability of the sample is directly related to the explanation defined by the genotype, so the lower the heritability the greater the influence of the environmental factors and the less the genotypic explanation. In this work, an algorithm capable of identifying epistatic associations at different levels of... Tipo: Separatas Palavras-chave: GWAS; SNP; Genetic Programming; Random Forest; Computational Modeling; Mathematical Modeling; Bioinformatics. Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102526 A genome-wide association study identified loci for yield component traits in sugarcane (Saccharum spp.). Repositório Alice BARRETO, F. Z.; ROSA, J. R. B. F.; BALSALOBRE, T. W. A.; PASTINA, M. M.; SILVA, R. R.; HOFFMANN, H. P.; SOUZA, A. P. de; GARCIA, A. A. F.; CARNEIRO, M. S.. Sugarcane (Saccharum spp.) has a complex genome with variable ploidy and frequent aneuploidy, which hampers the understanding of phenotype and genotype relations. Despite this complexity, genome-wide association studies (GWAS) may be used to identify favorable alleles for target traits in core collections and then assist breeders in better managing crosses and selecting superior genotypes in breeding populations. Therefore, in the present study, we used a diversity panel of sugarcane, called the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes (BPSG), with the following objectives: (i) estimate, through a mixed model, the adjusted means and genetic parameters of the five yield traits evaluated over two harvest years; (ii) detect population structure, linkage... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Associação ampla do genoma; GWAS; Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar; BPSG; Cana de Açúcar; Genoma. Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113513 Análise de associação genômica ampla (GWAS) do hábito de crescimento em feijoeiro-comum. Repositório Alice SILVA, E. M. da; GOMES, L. M.; TORGA, P. P.; VIANELLO, R. P.; SOUZA, T. L. P. O. de; RESENDE, M. P. M.. O hábito de crescimento está entre as principais características avaliadas no processo de desenvolvimento de cultivares de feijão, especialmente quando o objetivo é selecionar genótipos com aptidão para colheita mecânica direta. A análise GWAS possibilita identificar regiões genômicas associadas a caracteres de interesse e estimar seus efeitos, podendo acelerar o processo de desenvolvimento de novas cultivares. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Associação genômica ampla; GWAS; Hábito de crescimento; Feijão; Phaseolus Vulgaris; Crescimento. Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1132738 Associação genômica ampla para resistência a bacteriose em germoplasma de pessegueiro com base em SNPs. Repositório Alice THUROW, L. B.. Tese (Doutorado em Agronomia - Fitomelhoramento) - Programa de Pós-Graduação em Agronomia. Universidade Federal de Pelotas, Pelotas, 2018. Orientador: Caroline Marques Castro; Co-orientador: Maria do Carmo Bassols Raseira; Sandro Bonow. Tipo: Teses Palavras-chave: Genotipagem por sequenciamento; Fenotipagem; REML/BLUP; GWAS; Prunus Persica. Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1090863 Avaliação de ferramentas para detecção de interações epistáticas para fenótipos quantitativos em estudos de associação genômica ampla. Repositório Alice SOARES, A. R.; HIGA, R. H.. Variações genéticas presentes em uma população podem estar associadas a muitas características como susceptibilidade a doenças em humanos (ex: diabetes, câncer, e doenças psiquiátricas). Atualmente, tecnologias de genotipagem de baixo custo, baseadas em marcadores moleculares do tipo polimorfismo de base única Single Nucleotide Polymorphism (SNP) são utilizados para identificar variações desse tipo associadas com doenças. Tais estudos, são denominados, estudos de associação genômica ampla, Genome Wide Association Studies (GWAS). No caso de espécies de interesse agropecuário, essas variações genéticas estão relacionadas a características que podem impactar ganhos de qualidade e produção. Portanto, é de extrema importância a utilização de novos métodos... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Epistasia; GWAS; Fenótipos quantitativos; Paralelismo. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009768 Caracterização fenotípica de animais de propriedades com incidência de artrite encefalite caprina para a condução de um estudo de associação genômica ampla. Repositório Alice BRAGA, L. I. G.; ANDRIOLI, A.; PINHEIRO, R. R.; SILVA, M. V. G. B.; FACO, O.; SIDER, L. H.. A artrite encefalite caprina (CAE) é uma das três principais enfermidades que impactam direta ou indiretamente a caprinocultura, sobretudo a leiteira. É uma das lentiviroses de pequenos ruminantes (LVPR). A doença precisa ser controlada e isso é feito essencialmente pela detecção precoce de animais infectados. A seleção assistida por marcadores é uma estratégia ainda pouco explorada nesse sentido, que potencialmente permitirá uma intervenção com finalidade de melhoramento genético de rebanhos favorecendo a fixação dos alelos de interesse e que confiram resistência a CAE, em detrimento daqueles associados à maior susceptibilidade da doença. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Caracterização fenotípica; GWAS; CAE; Banco de dados; Caprino. Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1145518 Copy number variations and genome-wide associations reveal putative genes and metabolic pathways involved with the feed conversion ratio in beef cattle. Repositório Alice SANTANA, M. H. de A.; OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; CESAR, A. S. M.; FREUA, M. C.; GOMES, R. da C.; SILVA, S. da L.; LEME, P. R.; FUKUMASU, H.; CARVALHO, M. E.; VENTURA, R. V.; COUTINHO, L. L.; KADARMIDEEN, H. N.; FERRAZ, J. B. S.. The use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Nellore cattle; GWAS; Cattle; Feed conversion; Genomics; Cucumber necrosis virus; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1066092 Desequilíbrio de ligação nos cromossomos 10 e 23 em populações Gir, F1 e F2 (Gir x Holandês) Repositório Alice O. P. I; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; G. S. E. F.; MACHADO, M. A.. Tipo: Separatas Palavras-chave: GWAS; Seleção genômica. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072303 Estudo de associação ampla do genoma (GWAS) para prolificidade em caprinos. Repositório Alice MONTEIRO, N. V.; NASCIMENTO, M. C. de O.; FACO, O.; SILVA, K. de M.. Atualmente, os marcadores resultantes do polimorfismo de um único nucleotídeo (Single Nucleotide Polymophisms - SNPs) são os mais utilizados nos estudos de associação devido a sua ampla distribuição pelo genoma e a possibilidade de estarem em desiquilíbrio de ligação com a região onde podem existir um ou mais genes (Quantitative Trait Loci - QTL) responsáveis pela expressão da característica em estudo. Os Estudos de Associação Ampla do Genoma (GWAS) oferecem a possibilidade de identificação de regiões associadas com características de interesse econômico a partir de análises combinando informações genotípicas e fenotípicas. O objetivo deste trabalho foi identificar regiões do genoma que possam estar influenciando a prolificidade em caprinos. Foram... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: GWAS; Prolificidade; Prolificacy; Caprino; Marcador Genético; Melhoramento Genético Animal; Goats; Animal breeding; Genetic markers. Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102220 Estudos genômicos aplicados ao melhoramento genético de bovinos. Repositório Alice ROMERO, A. R. da S.. A busca por plantéis cada vez mais produtivos, tem conduzido ao uso de diferentes ferramentas, dentre elas, a utilização de marcadores moleculares no melhoramento genético. No entanto, como o custo da técnica de genotipagem ainda é considerado elevado, uma alternativa é a utilização da técnica de imputação (predição de genótipos não interrogados na genotipagem). Sendo assim, no primeiro capítulo desta dissertação, analisou-se genótipos de animais Nelore com o objetivo de avaliar o potencial da imputação de painéis 3K e 7K, ambos customizados. Para a imputação foi utilizado o programa FImput. Os painéis foram produzidos a partir de marcadores que passaram pelo controle de qualidade, considerando a distância entre marcadores e os de maior frequência alélica.... Tipo: Teses Palavras-chave: Genômica; Imputação; GWAS; Imputation; Polymorphisms; Polimorfismo; Bovino; Cattle; Genomics. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1082424 Genetic associations of farrowing length in two maternal lines of pigs. Repositório Alice ZANELLA, R.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; CANTAO, M. E.; SILVA, M. V. G. B.; GIACHETTO, P. F.; FREITAS, M.; LOPES, J.; LEDUR, M. C.. Tipo: Separatas Palavras-chave: GWAS; Farrowing l ength; SNP additive and dominance effects.; Swine.. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1032985 Genetic Associations of Farrowing Length in Two Maternal Lines of Pigs. Repositório Alice ZANELLA, R.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. O.; CANTÃO, M. E.; SILVA, M. V. G. B.; GIACHETTO, P. F.; FREITAS, M.; LOPES, J.; LEDUR, M. C.. Tipo: Separatas Palavras-chave: GWAS; Farrowing length; SNP additive and dominance effects.; Swine.. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1010042 Genome scan for meat quality traits in Nelore beef cattle. Repositório Alice TIZIOTO, P. C.; DECKER, J. E.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. de A.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R. de; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.. Meat quality traits are economically important because they affect consumers' acceptance, which, in turn, influences the demand for beef. However, selection to improve meat quality is limited by the small numbers of animals on which meat tenderness can be evaluated due to the cost of performing shear force analysis and the resultant damage to the carcass. Genome wide-association studies for Warner-Bratzler shear force measured at different times of meat aging, backfat thickness, ribeye muscle area, scanning parameters [lightness, redness (a*), and yellowness] to ascertain color characteristics of meat and fat, water-holding capacity, cooking loss (CL), and muscle pH were conducted using genotype data from the Illumina BovineHD BeadChip array to identify... Tipo: Separatas Palavras-chave: GWAS; QTL; Beef cattle; Zebu. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/982207 Genome Wide Association Study for Calving Interval in Gyr Dairy Cattle. Repositório Alice MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; FONSECA, R. da; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B.. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: GWAS; HEM model; Gyr; Calving interval. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009821 Genome Wide Scan for Age at First Calving in Gyr Dairy Cattle. Repositório Alice UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B.. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: GWAS; Age at first calving; Bos Indicus. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009864 Genome-wide association studies detect multiple QTLs for productivity in mesoamerican diversity panel of common bean under drought stress. Repositório Alice VALDISSER, P. A. M. R.; MÜLLER, B. S. F.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MORAIS JÚNIOR, O. P.; GUIMARÃES, C. M.; BORBA, T. C. O.; SOUZA, I. P. de; ZUCCHI, M. I.; NEVES, L. G.; COELHO, A. S. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P.. Drought stress is an important abiotic factor limiting common bean yield, with great impact on the production worldwide. Understanding the genetic basis regulating beans? yield and seed weight (SW) is a fundamental prerequisite for the development of superior cultivars. The main objectives of this work were to conduct genome-wide marker discovery by genotyping a Mesoamerican panel of common bean germplasm, containing cultivated and landrace accessions of broad origin, followed by the identification of genomic regions associated with productivity under two water regimes using different genome-wide association study (GWAS) approaches. A total of 11,870 markers were genotyped for the 339 genotypes, of which 3,213 were SilicoDArT and 8,657 SNPs derived from... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Genetic diversity; DArTseq markers; CaptureSeq; GWAS; Candidate markers; Seed-weight; Feijão; Phaseolus Vulgaris; Resistência a Seca; Marcador Molecular; Beans; Seed yield; Genetic markers. Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134196 Genome-wide association study for birth, weaning and yearling weight in Colombian Brahman cattle Genet. Mol. Biol. Martínez,Rodrigo; Bejarano,Diego; Gómez,Yolanda; Dasoneville,Romain; Jiménez,Ariel; Even,Gael; Sölkner,Johann; Mészáros,Gabor. Abstract Genotypic and phenotypic data of 1,562 animals were analyzed to find genomic regions that potentially influence the birth weight (BW), weaning weight at seven months of age (WW) and yearling weight (YW) of Colombian Brahman cattle, with genotyping conducted using Illumina Bead chip array with 74,669 SNPs. A Single Step Genomic BLUP (ssGBLP), approach was used to estimate the proportion of variance explained by each marker. Multiple regions scattered across the genome were found to influence weights at different ages, also dependent on the trait component (direct or maternal). The most interesting regions were connected to previously identified QTLs and genes, such as ADAMTSL3, CAPN2, CAPN2, FABP6, ZEB2 influencing growth and weight traits. The... Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bos indicus; SNP; QTL; GWAS; Body weight. Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572017000300453 Genome-wide association study for intramuscular fat deposition and composition in Nellore cattle. Repositório Alice CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P. D.; NASSU, R. T.; MUDADU, M. de A.; OLIVEIRA, P. S. N.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; ALENCAR, M. M. de; SONSTEGRAD, T. S.; GARRICK, D. J.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.. Meat from Bos taurus and Bos indicus breeds are an important source of nutrients for humans and intramuscular fat (IMF) influences its flavor, nutritional value and impacts human health. Human consumption of fat that contains high levels of onounsaturated fatt y acids (MUFA) can reduce the concentration of undesirable cholesterol (LDL) in circulating blood. Different feeding practices and genetic variation within and between breeds influences the amount of IMF and fatty acid (FA) composition in meat. However, it is difficult and costly to determine fatty acid composition, which has precluded beef cattle breeding programs from selecting for a healthier fatty acid profile. In this study, we employed a high-density single nucleotide polymorphism (SNP) chip to... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Fatty acid; GWAS; Positional candidate gene; Bos Indicus; Beef. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/984717 Genome-wide association study of periweaning failure-to-thrive syndrome (PFTS) in pigs. Repositório Alice ZANELLA, R.; MORES, N.; MORES, M. A. Z.; PEIXOTO, J. de O.; ZANELLA, E. L.; ZANELLA, J. R. C.; IBELLI, A. M. G.; GAVA, D.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.. Porcine periweaning-failure-to-thrive syndrome (PFTS) is a condition that affects newly weaned piglets. It is characterised by a progressive debilitation leading to death, in the absence of infectious, nutritional, management or environmental factors. In this study, we present the first report of PFTS in South America and the results of a genome-wide association study to identify the genetic markers associated with the appearance of this condition in a crossbred swine population. Four chromosomal regions were associated with PFTS predisposition, one located on SSCX, one on SSC8, and the two other regions on SSC14. Regions on SSC8 and SSC14 harbour important functional candidate genes involved in human depression and might have an important role in PFTS.... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Depression; GWAS; PFTS; Genômica; Desmame; Leitão; Genoma; Piglets; Weaning. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1065162 Genome-wide association study of periweaning failure-to-thrive syndrome (PFTS) in swine suggests genes involved with depression. Repositório Alice ZANELLA, R.; MORES, N.; MORES, M. A. Z.; PEIXOTO, J. de O.; ZANELLA, E. L.; ZANELLA, J. R. C.; IBELLI, A. M. G.; GAVA, D.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.. Tipo: Separatas Palavras-chave: Depression; GWAS; PFTS. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053463 Registros recuperados: 33 Primeira ... 1 2 ... Última

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