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Registros recuperados: 30 | |
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BARRETO, F. Z.; ROSA, J. R. B. F.; BALSALOBRE, T. W. A.; PASTINA, M. M.; SILVA, R. R.; HOFFMANN, H. P.; SOUZA, A. P. de; GARCIA, A. A. F.; CARNEIRO, M. S.. |
Sugarcane (Saccharum spp.) has a complex genome with variable ploidy and frequent aneuploidy, which hampers the understanding of phenotype and genotype relations. Despite this complexity, genome-wide association studies (GWAS) may be used to identify favorable alleles for target traits in core collections and then assist breeders in better managing crosses and selecting superior genotypes in breeding populations. Therefore, in the present study, we used a diversity panel of sugarcane, called the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes (BPSG), with the following objectives: (i) estimate, through a mixed model, the adjusted means and genetic parameters of the five yield traits evaluated over two harvest years; (ii) detect population structure, linkage... |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Associação ampla do genoma; GWAS; Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar; BPSG; Cana de Açúcar; Genoma. |
Ano: 2019 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113513 |
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SOARES, A. R.; HIGA, R. H.. |
Variações genéticas presentes em uma população podem estar associadas a muitas características como susceptibilidade a doenças em humanos (ex: diabetes, câncer, e doenças psiquiátricas). Atualmente, tecnologias de genotipagem de baixo custo, baseadas em marcadores moleculares do tipo polimorfismo de base única Single Nucleotide Polymorphism (SNP) são utilizados para identificar variações desse tipo associadas com doenças. Tais estudos, são denominados, estudos de associação genômica ampla, Genome Wide Association Studies (GWAS). No caso de espécies de interesse agropecuário, essas variações genéticas estão relacionadas a características que podem impactar ganhos de qualidade e produção. Portanto, é de extrema importância a utilização de novos métodos... |
Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Epistasia; GWAS; Fenótipos quantitativos; Paralelismo. |
Ano: 2014 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009768 |
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SANTANA, M. H. de A.; OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; CESAR, A. S. M.; FREUA, M. C.; GOMES, R. da C.; SILVA, S. da L.; LEME, P. R.; FUKUMASU, H.; CARVALHO, M. E.; VENTURA, R. V.; COUTINHO, L. L.; KADARMIDEEN, H. N.; FERRAZ, J. B. S.. |
The use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV... |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Nellore cattle; GWAS; Cattle; Feed conversion; Genomics; Cucumber necrosis virus; Single nucleotide polymorphism. |
Ano: 2016 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1066092 |
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ROMERO, A. R. da S.. |
A busca por plantéis cada vez mais produtivos, tem conduzido ao uso de diferentes ferramentas, dentre elas, a utilização de marcadores moleculares no melhoramento genético. No entanto, como o custo da técnica de genotipagem ainda é considerado elevado, uma alternativa é a utilização da técnica de imputação (predição de genótipos não interrogados na genotipagem). Sendo assim, no primeiro capítulo desta dissertação, analisou-se genótipos de animais Nelore com o objetivo de avaliar o potencial da imputação de painéis 3K e 7K, ambos customizados. Para a imputação foi utilizado o programa FImput. Os painéis foram produzidos a partir de marcadores que passaram pelo controle de qualidade, considerando a distância entre marcadores e os de maior frequência alélica.... |
Tipo: Teses |
Palavras-chave: Genômica; Imputação; GWAS; Imputation; Polymorphisms; Polimorfismo; Bovino; Cattle; Genomics. |
Ano: 2017 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1082424 |
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MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; FONSECA, R. da; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B.. |
Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: GWAS; HEM model; Gyr; Calving interval. |
Ano: 2014 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009821 |
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UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B.. |
Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: GWAS; Age at first calving; Bos Indicus. |
Ano: 2014 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009864 |
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VALDISSER, P. A. M. R.; MÜLLER, B. S. F.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MORAIS JÚNIOR, O. P.; GUIMARÃES, C. M.; BORBA, T. C. O.; SOUZA, I. P. de; ZUCCHI, M. I.; NEVES, L. G.; COELHO, A. S. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P.. |
Drought stress is an important abiotic factor limiting common bean yield, with great impact on the production worldwide. Understanding the genetic basis regulating beans? yield and seed weight (SW) is a fundamental prerequisite for the development of superior cultivars. The main objectives of this work were to conduct genome-wide marker discovery by genotyping a Mesoamerican panel of common bean germplasm, containing cultivated and landrace accessions of broad origin, followed by the identification of genomic regions associated with productivity under two water regimes using different genome-wide association study (GWAS) approaches. A total of 11,870 markers were genotyped for the 339 genotypes, of which 3,213 were SilicoDArT and 8,657 SNPs derived from... |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Genetic diversity; DArTseq markers; CaptureSeq; GWAS; Candidate markers; Seed-weight; Feijão; Phaseolus Vulgaris; Resistência a Seca; Marcador Molecular; Beans; Seed yield; Genetic markers. |
Ano: 2020 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134196 |
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Martínez,Rodrigo; Bejarano,Diego; Gómez,Yolanda; Dasoneville,Romain; Jiménez,Ariel; Even,Gael; Sölkner,Johann; Mészáros,Gabor. |
Abstract Genotypic and phenotypic data of 1,562 animals were analyzed to find genomic regions that potentially influence the birth weight (BW), weaning weight at seven months of age (WW) and yearling weight (YW) of Colombian Brahman cattle, with genotyping conducted using Illumina Bead chip array with 74,669 SNPs. A Single Step Genomic BLUP (ssGBLP), approach was used to estimate the proportion of variance explained by each marker. Multiple regions scattered across the genome were found to influence weights at different ages, also dependent on the trait component (direct or maternal). The most interesting regions were connected to previously identified QTLs and genes, such as ADAMTSL3, CAPN2, CAPN2, FABP6, ZEB2 influencing growth and weight traits. The... |
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Bos indicus; SNP; QTL; GWAS; Body weight. |
Ano: 2017 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572017000300453 |
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ZANELLA, R.; MORES, N.; MORES, M. A. Z.; PEIXOTO, J. de O.; ZANELLA, E. L.; ZANELLA, J. R. C.; IBELLI, A. M. G.; GAVA, D.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.. |
Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Depression; GWAS; PFTS. |
Ano: 2016 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053463 |
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FERNANDES, A. C.; SILVA, V. H. da; GOES, C. P.; MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C.; REZENDE, F. M. de; COUTINHO, L. L.. |
Abstract Background: Copy number variations (CNVs) are a major type of structural genomic variants that underlie genetic architecture and phenotypic variation of complex traits, not only in humans, but also in livestock animals. We identified CNVs along the chicken genome and analyzed their association with performance traits. Genome-wide CNVs were inferred from Affymetrix® high density SNP-chip data for a broiler population. CNVs were concatenated into segments and association analyses were performed with linear mixed models considering a genomic relationship matrix, for birth weight, body weight at 21, 35, 41 and 42 days, feed intake from 35 to 41 days, feed conversion ratio from 35 to 41 days and, body weight gain from 35 to 41 days of age. Results: We... |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: GWAS; CNVs; Copy number variations; QTLs; QPCR; Desempenho zootécnico; Genética Animal; Gallus Domesticus; Performance; Animal genetics; Genome-wide association study; Animal performance; Quantitative trait loci; Quantitative polymerase chain reaction; Gallus gallus. |
Ano: 2021 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1133197 |
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MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D.. |
Background: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic... |
Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Genomic selection; GWAS; Seleção genômica; SNP genotyping; Espécie exótica; Eucalipto; Melhoramento genético vegetal; Eucalyptus benthamii; Eucalyptus pellita; Genetic relationships; Marker-assisted selection; Plant breeding. |
Ano: 2017 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080149 |
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Registros recuperados: 30 | |
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