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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/909360
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/908712
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A high-density linkage map and sex-linked markers for the Amazon tambaqui Colossoma macropomum. Repositório Alice
VARELA, E. S.; BEKAERT, M.; KIRSCHNIK, L. N. G.; TORATI, L. S.; SHIOTSUKI, L.; O'SULLIVAN, F. L. A.; VILLELA, L. C. V.; REZENDE, F. P.; BARROSO, A. da S.; FREITAS, L. E. L. de; TAGGART, J. B.; MIGAUD, H..
Tambaqui (Colossoma macropomum, Cuvier, 1818) is the most economically important native freshwater fish species in Brazil. It can reach a total length of over 1 m and a weight of over 40 kg. The species displays a clear sex dimorphism in growth performance, with females reaching larger sizes at harvest. In aquaculture, the production of monosex populations in selective breeding programmes has been therefore identified as a key priority. In the present study, a genetic linkage map was generated by double digest restriction-site associated DNA (ddRAD) sequencing from 248 individuals sampled from two F1 families. The map was constructed using 14,805 informative SNPs and spanned 27 linkage groups. From this, the tambaqui draft genome was improved, by ordering...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Linkage map; Sex-linked markers; Monosex; Colossoma Macropomum; Tambaqui; Aquicultura; Peixe; Genetic markers; Aquaculture; Sex determination; Fish.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1135686
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A host specialized form of Ceratocystis fimbriata causes seed and seedling blight on native Carapa guianensis (andiroba) in Amazonian rainforests. Repositório Alice
VALDETARO, D. C. O. F.; HARRINGTON, T. C.; OLIVEIRA, L. S. S.; GUIMARÃES, L. M. S.; MCNEW, D. L.; PIMENTA, L. V. A.; GONCALVES, R. C.; SCHURT, D. A.; ALFENAS, A. C..
Ceratocystis fimbriata Ellis & Halsted recently was recorded causing seed and seedling blight on Carapa guianensis Aubl. (andiroba), a tree species native to the Amazon Rainforest and prized for its valuable timber and medicinal seed oil. C. fimbriata more commonly causes wilt type diseases in woody hosts, especially on non-native host trees. However, on andiroba the disease occurs on seedlings and seeds, affecting the species regeneration. We studied 73 isolates of C. fimbriata on andiroba from three regions of the Amazon Basin to see if they represented natural or introduced populations. Analysis of ITS rDNA sequences and phylogenetic analysis of mating type genes revealed new haplotypes of C. fimbriata from the Latin American Clade that were closely...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Produto florestal não madeireiro (PFNM); Enfermedades fungales de las plantas; Plantas de semilleros; Semillas; Variación genética; Repeticiones de microsatélite; Marcador microssatélite; Stem blight; Tizón del tallo; Andiroba; Carapa Guianensis; Doença Fúngica; Fungo; Ceratocystis Fimbriata; Plântula; Semente; Variação Genética; Marcador Genético; Nontimber forest products; Fungal diseases of plants; Seedlings; Seeds; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107239
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A proteômica na seleção de reprodutores ovinos (Ovis aries) da raça Morada Nova. Repositório Alice
VASCONCELOS, F. C..
Resumo: Estudos realizados atualmente buscam identificar nos animais domésticos marcadores moleculares proteicos de fertilidade, de modo a contribuir para os programas de melhoramento genético, embora poucos ainda sejam realizados em ovinos deslanados, como os da raça Morada Nova. Portanto, este trabalho teve como objetivo identificar possíveis proteínas seminais relacionadas à fertilidade de ovinos da raça Morada Nova, utilizando-se a técnica de Eletroforese Bidimensional (2DE). Seis reprodutores da raça Morada Nova, na faixa etária de quatro a seis anos e peso médio de 42 kg foram submetidos à coleta de sêmen, antes da estação de monta, para obtenção do plasma seminal e, posterior, análise eletroforética. As estações de monta tiveram duração de 45 dias e...
Tipo: Teses Palavras-chave: Raça Morada Nova; Eletroforese bidimensional; 2DE electrophoresis; Ovino; Melhoramento genético animal; Fertilidade animal; Sêmen; Sheep; Electrophoresis; Genetic markers; Reproductive performance; Proteomics; Animal fertility; Seminal plasma.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076082
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A RAPD-PCR-based genetic diversity analysis of Helicoverpa armigera and H. zea populations in Brazil. Repositório Alice
LOPES, H. M.; BASTOS, C. S.; BOITEUX, L. S.; FORESTI, J.; SUINAGA, F. A..
Therefore, the aim of this study was to determine the genetic diversity of H. armigera and H. zea populations by RAPD-PCR analysis. The most important result was the clustering of one H. armigera population in a group predominantly formed by H. zea. It could indicate a possible occurrence of an interspecific cross between these species. This is a concern to Brazilian agriculture due to the possibility of selection of hybrids well adapted to the American environment, which would be inherited from H. zea.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Praga de planta; Helicoverpa Zea; Lagarta; Variação genética; Marcador genético; Helicoverpa armigera; Random amplified polymorphic DNA technique; Genetic variation; Genetic markers.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086397
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Análise bibliométrica da aplicação dos marcadores SNP para os estudos da conservação dos recursos genéticos: Capra hircus. Repositório Alice
DINIZ SOBRINHO, F. de A.; MOURA, J. de O.; SILVA, G. R. da; DINIZ, F. M.; ARAUJO, A. M. de.
Esse estudo teve como objetivo analisar a produção científica mundial acerca do uso de marcadores SNPs em Capra hircus (caprinos) a fim de verificar o estado da arte sob aspecto da genética evolutiva e da conservação de diversidade da espécie. Conclui-se que as pesquisas com caprinos usando os marcadores SNPs tendem a concentrar-se na Ásia e estarem voltados a temas referentes aos aspectos produtivos (com destaque para leite) e reprodutivos, provavelmente pela grande importância da espécie no mercado mundial.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genômica evolutiva; Caprino; Base de Dados; Marcador Genético; Genética Animal; Recurso Genético; Goats; Genetic markers; Animal genetic resources.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102285
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Análise da variabilidade genética molecular de uma coleção de trabalho de guandu (Cajanus cajan) como apoio na seleção de acessos para testes agronômicos em sistemas de integração lavoura-pecuária e recuperação de pastagens degradadas. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; FERNANDES, F. D.; BARCELLOS, A. O.; ANDRADE, R. P.; BELLON, G.; JUNQUEIRA, K. P.; AMABILE, R. F.; MARTHA JÚNIOR, G. B.; VILELA, L.; RAMOS, A. K. B.; KARIA, C. T.; GODOY, R..
bitstream/CPAC-2009/27696/1/p2006_35.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: Feed legumes.; Biotecnologia; Marcador Molecular; Leguminosa Forrageira; Marcador Genético; Variação Genética.; Genetic variation.; Biotechnology; Genetic markers.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/570173
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Análise de mistura genética em campos de multiplicação de sementes de soja com base em marcadores moleculares. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; SOUZA, P. I. M.; ANDRADE, S. R. M.; BELLON, G.; ABUD, S.; MOREIRA, C. T.; BARBOSA, F.; SANTOS, J. B..
bitstream/CPAC-2009/26858/1/p2005_49.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: Glycine Max; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Soja.; Genetic markers; Plant breeding; Soybeans..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/566836
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Análise do genoma funcional de Arachis pintoi e desenvolvimento de novos marcadores moleculares. Repositório Alice
OLIVEIRA, J. C. de.
O amendoim forrageiro (Arachis pintoi Krapov. e W.C. Greg.) tem apresentado resultados importantes na pecuária por seu alto valor nutritivo, o que tem contribuído no aumento da produção de leite, ganho de peso no gado de corte e redução no tempo de abate em até nove meses. Além disso, seu uso como cobertura verde em consórcios com culturas comerciais tem contribuído na redução da erosão, manutenção da umidade do solo, ciclagem de nutrientes, fixação biológica de nitrogênio e baixas emissões de óxido nitroso. O uso de sequenciamento nova geração (NGS) pode auxiliar no conhecimento da biologia da espécie e desenvolvimento de novas cultivares. O objetivo do presente trabalho foi analisar o genoma funcional de Arachis pintoi por meio de dados de RNA-Seq e...
Tipo: Teses Palavras-chave: Amendoim forrageiro; Forage peanut; Cacahuetes forrajeros; Marcador microssatélite; Genetic analysis; RNA-Seq; Leguminosas forrajeras; Fitomejoramiento; Polimorfismo de nucleótido simple; Repeticiones de microsatélite; Análisis genético; Leguminosa Forrageira; Melhoramento Genético Vegetal; Marcador Genético; Genoma; Análise; Forage legumes; Plant breeding; Genetic markers; Single nucleotide polymorphism; Microsatellite repeats; Genome.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127550
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Análise in silico para identificação de minissatélites para a cultura da mandioca (Manihot esculenta Crantz). Repositório Alice
CARMO, C. D. do; OLIVEIRA, E. J. de.
O melhoramento genético pode ser auxiliado por ferramentas moleculares tornando-o mais preciso, rápido e contornando problemas inerentes à seleção fenotípica. O uso de marcadores moleculares permite, entre outros, eliminar genótipos redundantes e quando associados a uma característica, selecionar genótipos que a expressam. Com o sequenciamento da mandioca (Manihot esculenta Crantz) (PROCHNIK et al., 2012) aliado ao uso de ferramentas da bioinformática é possível o desenvolvimento de novas ferramentas moleculares ainda limitadas para essa cultura. Sequências repetitivas de DNA são abundantes no genoma dos eucariotos presentes em regiões de heterocromatina com raros exemplos em regiões gênicas ou de regulação. Os minissatélites são sequências de 6 a 100...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Mandioca; Marcador genético; Genoma; Polimorfismo genético; Cassava; Genetic markers; Genetic polymorphism; Chromosome mapping.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/976804
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Análise proteômica do sêmen de reprodutores caprinos soropositivos para a artrite encefalite caprina Repositório Alice
BEZERRA JÚNIOR, R. Q..
Resumo: A maioria das pesquisas para diagnóstico e avaliação da lentiviroses se baseia na identificação, direta ou indireta, da proteína viral no sangue, leite, sêmen, saliva ou tecidos. Trabalhos com proteômica avaliando as lentiviroses são escassos. A princípio, a análise, detecção e/ou avaliação do vírus são realizadas a partir, principalmente, de amostras de sangue, sendo a maioria dos estudos realizados relacionada ao HIV. O perfil proteico do plasma seminal de pequenos ruminantes associado com índices reprodutivos já foi determinado, mas trabalhos correlacionando a presença dessas proteínas no sêmen à Artrite Encefalite Caprina (CAE) são escassos. Na primeira fase desse trabalho foi avaliada a atividade das metaloproteinases (MMPs) no sangue por meio...
Tipo: Teses Palavras-chave: Zimografia; Eletroforese Bidimensional; Zymography; Two-dimensional electrophoresi; Biomarcadores; Análise proteômica; Artrite encefalite caprina; Vírus da artrite encefalite caprina; CAE; CAEV; Caprine arthritis encephalit virus.; Caprino; Sangue; Sêmen; Doença animal; Marcador molecular; Goats; Blood; Animal diseases; Genetic markers; Proteomics..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1041024
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Artificial neural networks compared with Bayesian generalized linear regression for leaf rust resistance prediction in Arabica coffee. Repositório Alice
SILVA, G. N.; NASCIMENTO, M.; SANT'ANNA, I. de C.; CRUZ, C. D.; CAIXETA, E. T.; CARNEIRO, P. C. S.; ROSADO, R. D. S.; PESTANA, K. N.; ALMEIDA, D. P. de; OLIVEIRA, M. da S..
The objective of this work was to evaluate the use of artificial neural networks in comparison with Bayesian generalized linear regression to predict leaf rust resistance in Arabica coffee (Coffea arabica). This study used 245 individuals of a F2 population derived from the self-fertilization of the F1 H511-1 hybrid, resulting from a crossing between the susceptible cultivar Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) and the resistant parent Híbrido de Timor (UFV 443-03). The 245 individuals were genotyped with 137 markers. Artificial neural networks and Bayesian generalized linear regression analyses were performed. The artificial neural networks were able to identify four important markers belonging to linkage groups that have been recently mapped, while the...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Inteligência artificial; Predição.; Marcador molecular; Coffea Arábica; Hemileia Vastatrix.; Artificial intelligence; Genetic markers; Prediction..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1069618
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Assessment of opportunities to map pearl millet tolerance to salinity during germination and early seedling growth Open Agri
Mukhopadhyay, R..
Palavras-chave: Millets; Tolerance; Genotypes; Phenotypes; Genetic markers; Genomes; Heritability; Soil salinization; Feed crops; Humus.
Ano: 2005 URL: http://agropedia.iitk.ac.in/openaccess/?q=node/3215
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Associação entre padrões isoenzimáticos de clones de seringueira (Hevea spp) e resistência ao Microcyclus ulei (P. Henn) v. Arx. Repositório Alice
KALIL FILHO, A. N..
Estudo sobre a existencia de associacao entre a resistencia e fenotipos enzimaticos por meio de eletroforese em gel de amido em extratos de foliolos, para determinacao dos fenotipos de 107 clones para seis sistemas enzimaticos. As associacoes entre classes de fenotipos enzimaticos com resistencia ao M. ulei foram estabelecidas atraves do teste x², e as associacoes entre fenotipos enzimaticos com resistencia ao mal das folhas pelo teste x² de Woolf. Foram verificadas, tambem, a) a existencia de associacao entre heterozigosidade media e resistencia a doenca, e b) algumas associacoes entre fenotipos enzimaticos de locos diferentes. Padroes eletroforeticos evidenciaram a origem alotetraploide (anfidiploide) proposta para o genero Hevea. Algumas discrepancias...
Tipo: Teses Palavras-chave: Melhoramento genetico; Brasil; Sao Paulo; Species; Rubber tree; Fungal diseases; Resistance; Isoenzymes; Doença; Espécie; Folha; Hevea; Isoenzima; Mal das Folhas; Marcador Genético; Microcyclus Ulei; Resistência; Seringueira; Breeding; Genetic markers; Leaves.
Ano: 1994 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/667109
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Association of bGH and Pit-1 gene variants with milk production traits in dairy Gyr bulls PAB
Mattos,Keiko Kusamura de; Del Lama,Silvia Nassif; Martinez,Mario Luiz; Freitas,Ary Ferreira.
The objective of this study was to obtain genetic marker information in the Gyr breed by analyzing bGH and Pit-1 gene polymorphisms and to verify their association with milk production traits. One sample including 40 Gyr bulls were genotyped at two bGH gene restriction sites (bGH- AluI and bGH-MspI) and at one restriction site in the Pit-1 gene (Pit-1 HinfI). The bGH-MspI(-) allele was favorable for fat milk percentage. The heterozigous Pit-1 HinfI (+/-) bulls were superior for fat milk production, in relation to homozigous Pit-1 HinfI (+/+). The Pit-1 and bGH genes are strong candidates in the dairy cattle QTL search, and zebuine populations are promising samples for this purpose.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Dairy cattle; Genetic markers; Polymorphism; Zebu.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2004000200007
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Association of CAPN1 and CAST gene polymorphisms with meat tenderness in Bos taurus beef cattle from Argentina Genet. Mol. Biol.
Corva,Pablo; Soria,Liliana; Schor,Alejandro; Villarreal,Edgardo; Cenci,Macarena Pérez; Motter,Mariana; Mezzadra,Carlos; Melucci,Lilia; Miquel,Cristina; Paván,Enrique; Depetris,Gustavo; Santini,Francisco; Naón,Juan Grigera.
The activity of the calpains/calpastatin proteolytic system is closely related to the postmortem tenderization of meat. We investigated the association between beef tenderness and single nucleotide polymorphism (SNP) markers on the CAPN1 gene (SNP316, alleles C/G; SNP530 alleles A/G) and the CAST gene 3' untranslated region (SNP2870, alleles A/G). We sampled nine slaughter groups comprising 313 steers which had been reared in beef production systems in Argentina between 2002 and 2004 from crosses between Angus, Hereford and Limousin cattle. Minor allele frequencies for the markers were 0.27 to 0.46 (C), 0.02 to 0.18 (A), and 0.24 to 0.53 (A), respectively. The presence of CAPN1 markers had significant effects on meat shear force but no detectable effects...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Beef cattle; CAPN1; CAST; Genetic markers; Meat quality.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000600006
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Avaliação da origem de variações fenotípicas da manga 'Keitt' cultivada em São Paulo com base em marcadores RAPD. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; PINTO, A. C. de Q.; ROSSETTO, C. J.; FRAGA, L. M. S.; ANDRADE, S. R. M. de; BELLON, G..
bitstream/CPAC-2009/26861/1/p2005_52.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Agronomic characters.; Características Agronômicas; Manga; Mangifera Indica; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal.; Genetic markers; Mangoes; Plant breeding..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/569471
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Avaliação da transferibilidade para Euterpe precatoria de marcadores microssatélites desenvolvidos para Euterpe edulis. Repositório Alice
AZEVEDO, H. S. F. da S.; RUFINO, P. B.; CAVALCANTE, L. do N.; AZEVEDO, J. M. A. de; WADT, L. H. de O.; CAMPOS, T. de.
Euterpe precatoria, conhecido popularmente como açaí-solteiro apresenta potencial agronômico, tecnológico e econômico e vem ganhando destaque pela comercialização de seus frutos. A produção desse açaizeiro está baseada no extrativismo e por isso práticas de manejo têm sido recomendadas para uma coleta sustentável. Para se recomendar taxas sustentáveis de coleta dos frutos, é fundamental se ter informações sobre a variabilidade genética das populações naturais O açaizeiro apresenta grande importância, devido à crescente demanda por seus frutos nos mercados consumidores: local, regional e nacional. Esta crescente procura, faz com que seja incentivado estudos de diversidade e estrutura genética de populações de açaizeiros nativos, visando a conservação, uma...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Manejo sustentável; Agricultura sustentable; Variación genética; Repeticiones de microsatélite; Novo Segredo; Formoso; Terra Indígena Kaxinawá de Nova Olinda (TIKNO); Feijó (AC); Acre; Amazônia Ocidental; Western Amazon; Amazonia Occidental; Melhoramento Genético Vegetal; Açaí; Euterpe Edulis; Variação Genética; Fruto; Marcador Genético; Sustainable agriculture; Plant breeding; Euterpe precatoria; Arecaceae; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107227
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Bulked segregant analysis of the pirarucu (Arapaima gigas) genome for identification of sex-specific molecular markers. Repositório Alice
ALMEIDA, I. G.; IANELLA, P.; FARIA, M. T.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
Arapaima gigas (Osteoglossidae) is one of the largest fish species in the Amazon Basin, attaining lengths of over 2.5 m and weights of over 100 kg. Its flesh is prized, and it has great potential for production in aquaculture systems. However, live pirarucu cannot be reliably sexed visually, even after sexual development, since this species does not have clear external sexual dimorphism. Simple and inexpensive methods for sexing immature pirarucu based on DNA markers would facilitate production of this species in commercial operations. We analyzed A. gigas male and female DNA pools with 566 RAPD primers, generating 2609 fragments, with an estimated 1341 segregating polymorphic markers, and an estimated average spacing of 714 kb, which corresponds to less...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Peixe neotropical.; Genoma; Peixe de água doce; Pirarucu; Marcador molecular; Genome; Genetic markers; Freshwater fish; Arapaima gigas..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1007932
Registros recuperados: 191
Primeira ... 123456789 ... Última
 

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