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2021 prenuncia novos avanços na edição genômica. Infoteca-e
MIRANDA, E. E. de.
bitstream/item/220293/1/5843.pdf
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genoma.
Ano: 2021 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1129328
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A draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E..
ABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Montagem de sequência de DNA; Bioinformática; De novo Assembly; Brachiaria Ruziziensis; Pastagem; Genoma.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099953
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A first generation whole genome RH map of the river buffalo with comparison to domestic cattle. Repositório Alice
AMARAL, M. E. J.; GRANT, J. R.; RIGGS, P. K.; STAFUZZA, N. B.; RODRIGUES FILHO, E. A.; GOLDAMMER, T.; WEIKARD, R.; BRUNNER, R. M.; KOCHAN, K. J.; GRECO, A. J.; JEONG, J.; CAI, Z.; LIN, G.; PRASAD, A.; KUMAR, S.; SARADHI, G. P.; MATHEW, B.; KUMAR, M. A.; MIZIARA, M. N.; MARIANI, P.; CAETANO, A. R.; GALVAO, S. R.; TANTIA, M. S.; VIJH, R. K.; MISHRA, B.; KUMAR, S. B.; PELAI, V. A.; SANTANA, A. M.; FORNITANO, L. C.; JONES, C. B.; TONHATI, H.; MOORE, S.; STOTHARD, P.; WOMACK, J. E..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Buffalo; Genoma; Bufalo; Cattle; Genome.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/578668
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A genome-wide association study identified loci for yield component traits in sugarcane (Saccharum spp.). Repositório Alice
BARRETO, F. Z.; ROSA, J. R. B. F.; BALSALOBRE, T. W. A.; PASTINA, M. M.; SILVA, R. R.; HOFFMANN, H. P.; SOUZA, A. P. de; GARCIA, A. A. F.; CARNEIRO, M. S..
Sugarcane (Saccharum spp.) has a complex genome with variable ploidy and frequent aneuploidy, which hampers the understanding of phenotype and genotype relations. Despite this complexity, genome-wide association studies (GWAS) may be used to identify favorable alleles for target traits in core collections and then assist breeders in better managing crosses and selecting superior genotypes in breeding populations. Therefore, in the present study, we used a diversity panel of sugarcane, called the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes (BPSG), with the following objectives: (i) estimate, through a mixed model, the adjusted means and genetic parameters of the five yield traits evaluated over two harvest years; (ii) detect population structure, linkage...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Associação ampla do genoma; GWAS; Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar; BPSG; Cana de Açúcar; Genoma.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113513
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A importância da pesquisa genômica e o sequenciamento de DNA. Infoteca-e
FERREIRA, M. E.; BORGES NETO, C. R..
bitstream/CENARGEN/24079/1/cot091.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Sequenciamento de DNA.; Genoma; Pesquisa..
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/184921
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A phased diploid genome assembly for the forage grass urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E..
Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Brasil; Genoma; Capim Urochloa.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107378
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A physical map of the bovine genome. Repositório Alice
SNELLING, W. M.; CHIU, R.; SCHEIN, J. E.; HOBBS, M.; ABBEY, C. A.; ADELSON, D. L.; AERTS, J.; BENNETT, G. L.; BOSDET, I. E.; BOUSSAHA, M.; BRAUNING, R.; CAETANO, A. R.; COSTA, M. M.; CRAWFORD, A. M.; DALRYMPLE, B. P.; EGGEN, A.; WIND, A. E. van der; FLORIOT, S.; GAUTIER, M.; GILL, C. A.; GREEN, R. D.; HOST, R.; JANN, O.; JONES, S. J. M.; DAPPES, S. M.; KEELE, J. W.; JONG, P. J. de; LARKIN, D. M.; LEWIN, J. A.; MCEWAN, J. C.; MCKAY, S.; MARRA, M. A.; MATHEWSON, C. A.; MATUKUMALLI, L. K.; MOORE, S. S.; MURDOCH, B.; NICHOLAS, F. W.; OSOEGAWA, K.; ROY, A.; SALIH, H.; SCHIBLE, L.; SCHNAGEL, R. D.; SILVERI, L.; SKOW, L. C.; SMITH, T. P. L.; SONSTEGARD, T. S.; TAYLOR, J.; TELLAM, R.; TASSELL, C. P. van; WILLIAMS, J. L.; WOMACK, J. E.; WYE, N. H.; YANG, G.; ZHAO, S..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bovino; Genoma.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188656
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A recombinant truncated cry1Ca protein is toxic to Lepidopteran insects and forms large cuboidal crystals in insect cells. Repositório Alice
AGUIAR, R. W. S.; MARTINS, E. S.; VALICENTE, F. H.; CARNEIRO, N. P.; BATISTA, A. C.; MELATTI, V. M.; MONNERAT, R. G.; RIBEIRO, B. M..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Gene Cry1Ca; AcMNPV; Bacillus Thuringiensis; Genoma; Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188097
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A simple and highly efficient Agrobacterium-mediated transformation protocol for Setaria viridis. Repositório Alice
MARTINS, P. K.; RIBEIRO, A. P.; DIAS, B. B. A.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C..
Abstract: The production and use of sugarcane in Brazil is very important for bioenergy production and is recognized as one of the most efficient in the world. In our laboratory, Setaria viridis is being tested as a model plant for sugarcane. S. viridis has biological attributes (rapid life cycle, small genome, diploid, short stature and simple growth requirements) that make it suitable for use as a model system. We report a highly efficient protocol for Agrobacterium-mediated genetic transformation of S. viridis. The optimization of several steps in tissue culture allowed the rapid regeneration of plants and increased the rate of transformation up to 29%. This protocol could become a powerful tool for functional genomics in sugarcane
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Model system; C4 metabolism; Green millet; Cana de Açúcar; Bioenergia; Milho Verde; Genoma; Bioenergy; Sugarcane; Setaria viridis; Genomics.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1025487
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A web-based platform for RNA-Seq data analysis and storage: a case study on soybean gene expression experiments. Repositório Alice
BINNECK, E.; NASCIMENTO, L. S. do.
The availability of the soybean genome sequence and the rapid evolution of DNA sequencing technologies in recent years bring us exciting new promises for scientific discovery and its conversion into required technological breakthroughs in the production and use of soybean. In addition to be a major protein source in animal feeds, soybean is ranked number one among the chief oil crops in the world and is becoming a major crop for biodiesel production. As a leguminous crop, soybean fixes nitrogen in association with Bradyrhizobium, which significantly reduces the needs for ammonium-based fertilizer even in other crops. In this presentation, it will be described using a web-based platform, Soybean Gene Express, for analyzing and storing RNA-Seq data from...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bioinformática; Soja; Gene; Genoma; Soybeans; Gene expression.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/943038
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Gene expression; Genome.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1035220
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Genome; Gene expression.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1035029
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An analysis of synteny of Arachis with Lotus and Medicago sheds new light on the structure, stability and evolution of legume genomes. Repositório Alice
BERTIOLI, D. J.; MORETZSOHN, M. de C.; MADSEN, L. H.; SANDAL, N.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; GUIMARAES, P. M.; HOUGAARD, B. K.; FREDSLUND, J.; SCHAUSER, L.; NIELSEN, A. M.; SATO, S.; TABATA, S.; CANNON, S. B.; STOUGAARD, J..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Peanut; Amendoim; Genoma; Arachis; Lotus; Medicago.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/578854
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An overall evaluation of the resistance (R) and pathogenesis-related (PR) superfamilies in soybean, as compared with Medicago and Arabidopsis. Repositório Alice
WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BELARMINO, L. C.; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; BEZERRA-NETO, J. P.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; ABDELNOOR, R. V.; BINNECK, E.; CARAZZOLE, M. F.; BENKO-ISEPPON, A. M..
Plants have the ability to recognize and respond to a multitude of pathogens, resulting in a massive reprogramming of the plant to activate defense responses including Resistance (R) and Pathogenesis-Related (PR) genes. Abiotic stresses can also activate PR genes and enhance pathogen resistance, representing valuable genes for breeding purposes. The present work offers an overview of soybean R and PR genes present in the GENOSOJA (Brazilian Soybean Genome Consortium) platform, regarding their structure, abundance, evolution and role in the plantpathogen metabolic pathway, as compared with Medicago and Arabidopsis. Searches revealed 3,065 R candidates (756 in Soybean, 1,142 in Medicago and 1,167 in Arabidopsis), and PR candidates matching to 1,261 sequences...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bioinformática; Pathogen response.; Soja; Resposta da planta; Doença de planta; Gene; Genoma; Soybeans; Bioinformatics; Plant diseases and disorders; Genome; Genes; Biotic stress..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/926612
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Análise ampla do genoma funcional de feijoeiro em condições de deficiência hídrica. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; MELO, A. T. de O.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; COELHO, A. S. G.; VIANELLO, R. P..
Esse estudo teve como objetivo desenvolver e sequenciar bibliotecas de cDNA a partir de diferentes tecidos e genótipos de feijão e analisar em resposta aos tratamentos específicos os níveis diferenciais de expressão gênica. Foram avaliados os genótipos fenotipicamente divergentes BAT477, caracterizado como tolerante à seca, e Pérola, como suscetível.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Deficiência hídrica; Genoma.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1039617
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Análise de genes diferencialmente expressos em Phaseolus vulgaris sob condições de déficit hídrico. Repositório Alice
MÜLLER, B. S. F.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PEREIRA, M.; GUIMARÃES, C. M.; ZAMBUZZI-CARVALHO, P. F.; SILVEIRA, R. D. D.; BRONDANI, C.; BRONDANI, R. P. V..
Com o intuito de ampliar o conhecimento dos mecanismos genéticos envolvidos na tolerância à seca, esse estudo prevê a criação de um banco de sequencias gênicas e a identificação de genes-candidatos envolvidos na resposta ao déficit-hídrico, utilizando as cultivares BAT-477, como genitor tolerante, e Pérola, como susceptível.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Resistência a seca; Genoma; Deficiência hídrica.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/866756
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Análise de genes expressos durante estádios finais da maturação de frutos de café. Repositório Alice
BUDZINSKI, I. G. F.; CAÇÃO, S. M. B.; CARNEIRO, C. E. A.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
A maturação uniforme dos frutos do cafeeiro relaciona-se diretamente com a qualidade da bebida. Diferentes floradas em um mesmo cafeeiro propiciam frutos em estádios desiguais de maturação podendo resultar em uma maior dificuldade na colheita, maior gasto com mão de obra e queda na qualidade do produto. Em frutos climatéricos, o processo final da maturação é desencadeado por um grande acúmulo de etileno, seguido por mudança bioquímicas e fisiológicas que promovem principalmente a desestabilização da parede celular dos frutos, composta principalmente por compostos pécticos. As pectinas são degradadas devido à solubilização e despolimerização da parede celular vegetal em decorrência da ação de enzimas como: pectinametilesterase, poligalacturonase,...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Poligalacturonase; Pectinametilesterase; Expansina.; Genoma; Maturação.; Coffea..
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/909458
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Análise do genoma funcional de Arachis pintoi e desenvolvimento de novos marcadores moleculares. Repositório Alice
OLIVEIRA, J. C. de.
O amendoim forrageiro (Arachis pintoi Krapov. e W.C. Greg.) tem apresentado resultados importantes na pecuária por seu alto valor nutritivo, o que tem contribuído no aumento da produção de leite, ganho de peso no gado de corte e redução no tempo de abate em até nove meses. Além disso, seu uso como cobertura verde em consórcios com culturas comerciais tem contribuído na redução da erosão, manutenção da umidade do solo, ciclagem de nutrientes, fixação biológica de nitrogênio e baixas emissões de óxido nitroso. O uso de sequenciamento nova geração (NGS) pode auxiliar no conhecimento da biologia da espécie e desenvolvimento de novas cultivares. O objetivo do presente trabalho foi analisar o genoma funcional de Arachis pintoi por meio de dados de RNA-Seq e...
Tipo: Teses Palavras-chave: Amendoim forrageiro; Forage peanut; Cacahuetes forrajeros; Marcador microssatélite; Genetic analysis; RNA-Seq; Leguminosas forrajeras; Fitomejoramiento; Polimorfismo de nucleótido simple; Repeticiones de microsatélite; Análisis genético; Leguminosa Forrageira; Melhoramento Genético Vegetal; Marcador Genético; Genoma; Análise; Forage legumes; Plant breeding; Genetic markers; Single nucleotide polymorphism; Microsatellite repeats; Genome.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127550
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Análise do guaranazeiro (Paullinia cupana var. Sorbilis) por citometria de fluxo revela elevado conteúdo de DNA. Repositório Alice
FREITAS, D. V. de; NASCIMENTO FILHO, F. J. do; ASTOLFI-FILHO, S.; CARVALHO, C. R. de.
Este trabalho apresenta a análise do tamanho do genoma de Paullinia cupana, por meio de citometria de fluxo, visando compreender a sua complexidade e auxiliar os estudos genômicos.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Citometria.; Genoma; Guaraná; Paullinia Cupana..
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/677946
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Análise do satelitoma em Passiflora L. (Passifloraceae). Repositório Alice
SADER, M. A.; SCVORTZOFF, M. V.; SANTOS, L. A. C. dos; VIEIRA, M. L. C.; DORNELAS, M. C.; MELO, N. F. de; PEDROSA-HARAND, A..
O objetivo desse trabalho foi determina o satelitoma de três espécies do gênero para serem utilizadas como marcadores cromossômicos no estudo da evolução cromossômica do gênero; P. quadrangularis (2n = 18; 2C = 2.680 pg) conhecido como maracujá gigante, com o maior genoma ; P. cincinnata, o maracujá do mato.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Maracujá do mato; Maracujá; Genoma; Marcador Molecular; DNA; Passiflora.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1104718
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