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A betabaculovirus encoding a gp64 homolog. Repositório Alice
ARDISSON-ARAÚJO, D. M. P.; PEREIRA, B. T.; MELO, F. L.; RIBEIRO, B. M.; BÁO, S. N.; ZANOTTO, P. M. de A.; MOSCARDI, F.; KITAJIMA, E. W.; SOSA-GÓMEZ, D. R.; WOLFF, J. L. C..
A betabaculovirus (DisaGV) was isolated from Diatraea saccharalis (Lepidoptera: Crambidae), one of the most important insect pests of the sugarcane and other monocot cultures in Brazil. The complete genome sequence of DisaGV was determined using the 454-pyrosequencing method. The genome was 98,392 bp long, which makes it the smallest lepidopteran-infecting baculovirus sequenced to date. It had a G + C content of 29.7 % encoding 125 putative open reading frames (ORF). All the 37 baculovirus core genes and a set of 19 betabaculovirus-specific genes were found. A group of 13 putative genes was not found in any other baculovirus genome sequenced so far. A phylogenetic analysis indicated that DisaGV is a member of Betabaculovirus genus and that it is a sister...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Betabaculovirus; Lepidoptera; Cana; Genoma.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1059049
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A draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E..
ABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Montagem de sequência de DNA; Bioinformática; De novo Assembly; Brachiaria Ruziziensis; Pastagem; Genoma.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099953
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A genome-wide association study identified loci for yield component traits in sugarcane (Saccharum spp.). Repositório Alice
BARRETO, F. Z.; ROSA, J. R. B. F.; BALSALOBRE, T. W. A.; PASTINA, M. M.; SILVA, R. R.; HOFFMANN, H. P.; SOUZA, A. P. de; GARCIA, A. A. F.; CARNEIRO, M. S..
Sugarcane (Saccharum spp.) has a complex genome with variable ploidy and frequent aneuploidy, which hampers the understanding of phenotype and genotype relations. Despite this complexity, genome-wide association studies (GWAS) may be used to identify favorable alleles for target traits in core collections and then assist breeders in better managing crosses and selecting superior genotypes in breeding populations. Therefore, in the present study, we used a diversity panel of sugarcane, called the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes (BPSG), with the following objectives: (i) estimate, through a mixed model, the adjusted means and genetic parameters of the five yield traits evaluated over two harvest years; (ii) detect population structure, linkage...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Associação ampla do genoma; GWAS; Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar; BPSG; Cana de Açúcar; Genoma.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113513
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A importância da pesquisa genômica e o sequenciamento de DNA. Infoteca-e
FERREIRA, M. E.; BORGES NETO, C. R..
2003
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Sequenciamento de DNA; Genoma; Pesquisa.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/184921
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A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. Repositório Alice
SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L..
This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Genoma; Beef cattle; Nellore; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969359
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A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. Repositório Alice
SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L..
This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Genoma; Beef cattle; Nellore; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/988596
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A new BLAST-based Gbrowse plugin. Repositório Alice
VELLOZO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M..
In this work, we present a new plugin to search sequences against the genome using the BLAST tool.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genoma; Sequência genética; Bioinformatics; Genome; Sequence analysis.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946664
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A phased diploid genome assembly for the forage grass urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E..
Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Brasil; Genoma; Capim Urochloa.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107378
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A plataforma de genômica funcional utilizada como suporte em programas de inovação tecnológica. Infoteca-e
BORGES NETO, C. R.; OLIVEIRA, E. M. de; LABUTO, L. B. D.; CASTRO, A. S.; SOUSA, Z. A. dos R.; ROCHA, S. M. da..
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genoma; Inovação tecnológica.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/185973
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A recombinant truncated cry1Ca protein is toxic to Lepidopteran insects and forms large cuboidal crystals in insect cells. Repositório Alice
AGUIAR, R. W. S.; MARTINS, E. S.; VALICENTE, F. H.; CARNEIRO, N. P.; BATISTA, A. C.; MELATTI, V. M.; MONNERAT, R. G.; RIBEIRO, B. M..
bitstream/item/178044/1/ID-27630-1.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Gene Cry1Ca; AcMNPV; Bacillus Thuringiensis; Genoma; Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188097
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A web-based platform for RNA-Seq data analysis and storage: a case study on soybean gene expression experiments. Repositório Alice
BINNECK, E.; NASCIMENTO, L. S. do.
The availability of the soybean genome sequence and the rapid evolution of DNA sequencing technologies in recent years bring us exciting new promises for scientific discovery and its conversion into required technological breakthroughs in the production and use of soybean. In addition to be a major protein source in animal feeds, soybean is ranked number one among the chief oil crops in the world and is becoming a major crop for biodiesel production. As a leguminous crop, soybean fixes nitrogen in association with Bradyrhizobium, which significantly reduces the needs for ammonium-based fertilizer even in other crops. In this presentation, it will be described using a web-based platform, Soybean Gene Express, for analyzing and storing RNA-Seq data from...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Soja; Gene; Genoma; Soybeans; Gene expression.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943038
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Advancing on the understanding of the genome, gene expression, and potential for biotechnological exploitation of the polydnavirus associated with Cotesia flavipes. Repositório Alice
CÔNSOLI, F. L.; ROSSI, G. G.; MERLIN, B. L.; PRADO, S. de S.; DOSSI, F. C. A..
Cotesia flavipes (Hymenoptera, Braconidae) in an efficient larval parasitoid of the sugarcane borer Diatraea saccharalis (Lepidoptera, Crambidae). C. flavipes was introduced and is successfully used in applied biological control programs over extensive areas of sugarcane production in Brazil. The successful exploitation of host larvae by Cotesia flavipes is related to a plethora of regulatory molecules this wasp injects into the host or that is produced by parasitoid-derived tissues and associated symbiotic virus (Polydnavirus ? PDV). PDVs produce several proteins that allow host colonization by immature parasitoids, as they affect the host immune system, regulate host metabolism and growth. PDV-derived proteins are an interesting source of molecules that...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Cotesia flavipes; Polydnaviridae.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073407
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Gene expression; Genome.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035220
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Genome; Gene expression.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035029
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An efficient implementation of Relief-F algorithm for Genome-Wide Association Studies. Repositório Alice
SHIBATA, R.; HIGA, R..
Although Relief can be adapted for regression context, in this work we approach only for classification context.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Single nucleotide polymorphism; Genome.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946448
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An EST-based analysis identifies new genes and reveals distinctive gene expression features of Coffea arabica and Coffea canephora. Repositório Alice
MONDEGO, J. M. C.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; TOKUDA, E. K.; PARIZZI, L. P.; COSTA, G. G. L.; PEREIRA, L. F. P.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, G. A. G..
2011
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Café arabica; Coffea canephora; Coffea arabica; Genes.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902404
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An overall evaluation of the resistance (R) and pathogenesis-related (PR) superfamilies in soybean, as compared with Medicago and Arabidopsis. Repositório Alice
WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BELARMINO, L. C.; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; BEZERRA-NETO, J. P.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; ABDELNOOR, R. V.; BINNECK, E.; CARAZZOLE, M. F.; BENKO-ISEPPON, A. M..
Plants have the ability to recognize and respond to a multitude of pathogens, resulting in a massive reprogramming of the plant to activate defense responses including Resistance (R) and Pathogenesis-Related (PR) genes. Abiotic stresses can also activate PR genes and enhance pathogen resistance, representing valuable genes for breeding purposes. The present work offers an overview of soybean R and PR genes present in the GENOSOJA (Brazilian Soybean Genome Consortium) platform, regarding their structure, abundance, evolution and role in the plantpathogen metabolic pathway, as compared with Medicago and Arabidopsis. Searches revealed 3,065 R candidates (756 in Soybean, 1,142 in Medicago and 1,167 in Arabidopsis), and PR candidates matching to 1,261 sequences...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Biotic stress; Pathogen response; Soja; Resposta da planta; Doença de planta; Gene; Genoma; Soybeans; Bioinformatics; Plant diseases and disorders; Genome; Genes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926612
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An R script for quality control in genome-wide association studies. Repositório Alice
HIGA, R.; BARRICHELLO, F.; NICIURA, S.; MEIRELLES, S.; REGITANO, L..
Recent advances in massive genotyping technology based on SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) markers are pushing animal breeding research into a new era where the entire genome is screened in the search for genes which affect traits of economic interest, called genome wide association studies (GWAS). The first step in setting up a GWAS is to perform a quality control analysis (QC) on the genotyped data in order to filter out samples and SNPs not satisfying a previously defined set of criteria [1]. The most common criteria include sample and SNP call rate, minor allele frequency (MAF) and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE). It is also recommended to analyze the heterozygosity and the presence of population structure and outlier samples. However, a...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Marcadores SNP; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Genome; Single nucleotide polymorphism; Cattle.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908682
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Análise ampla do genoma funcional de feijoeiro em condições de deficiência hídrica. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; MELO, A. T. de O.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; COELHO, A. S. G.; VIANELLO, R. P..
Esse estudo teve como objetivo desenvolver e sequenciar bibliotecas de cDNA a partir de diferentes tecidos e genótipos de feijão e analisar em resposta aos tratamentos específicos os níveis diferenciais de expressão gênica. Foram avaliados os genótipos fenotipicamente divergentes BAT477, caracterizado como tolerante à seca, e Pérola, como suscetível.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Deficiência hídrica; Genoma.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039617
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Análise da composição e organização do genoma de Eucalyptus grandis com base em sequenciamento "shotgun" por amostragem ("sample sequencing"). Repositório Alice
LOURENÇO, R. T.; CUNHA, A. F.; TSUKUMO, F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D..
2002
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Eucalyptus grandis; Sequenciamento "shotgun"; Amostragem.
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/184624
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