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Abundance, distribution and potential impact of transposable elements in the genome of Mycosphaerella fijiensis. Repositório Alice
SANTANA, M. F.; SILVA, J. C. F.; BATISTA, A. D.; RIBEIRO, L. E.; SILVA, G. F. da; ARAÚJO, E. F. de; QUEIROZ, M. V. de.
Mycosphaerella fijiensis is a ascomycete that causes Black Sigatoka in bananas. Recently, the M. fijiensis genome was sequenced. Repetitive sequences are ubiquitous components of fungal genomes. In most genomic analyses, repetitive sequences are associated withtransposable elements (TEs). TEs are dispersed repetitive DNA sequences found in a host genome. These elements have the ability to move from one location to another within the genome, and their insertion can cause a wide spectrum of mutations in their hosts. Some of the deleterious effects of TEs may be due to ectopic recombination among TEs of the same family. In addition, some transposons are physically linked to genes and can control their expression. To prevent possible damage caused by the...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Transposable elements; RIP.; Mycosphaerella Fijiensis.; Genome..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946093
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Aplicação de marcadores moleculares no melhoramento genético. Repositório Alice
LANZA, M. A.; GUIMARAES, C. T.; SCHUSTER, I..
O melhoramento genetico tem sido um dos grandes responsaveis pelos avancos na agricultura, com o desenvolvimento de cultivares superiores, quer pela maior produtividade, quer pela melhor adaptacao aos ambientes adversos. O sucesso de um programa de melhoramento genetico depende fundamentalmente de algumas etapas como a escolha de genitores que produzam individuos com a melhor combinacao de alelos favoraveis e a selecao de genotipos superiores em populacoes segregantes. Uma potente ferramenta para auxiliar o melhoramento sao os marcadores moleculares, que fornecem um numero ilimitado de polimorfismos com base do DNA e sao independentes dos efeitos ambientais e do estadio fisiologico da planta, permitindo a identificacao precoce e precisa de individuos com...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Alelos; Variabilidade genetica; Genetic variability; Molecular marker.; Marcador Molecular; Polimorfismo.; Genome..
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/484109
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Coupling linkage maps in F2 populations of carrot derived from two different crosses. Repositório Alice
SANTOS, C. A. F.; SIMON, P. W..
Linkage grouping and ordering AFLP markers analyses were performed for two different F2 populations of carrot (Daucus carota L.). Included were 277 and 242 dominant AFLP markers and 10 and 8 co-dominant markers assigned to the nine linkage groups of Brasilia x HCM and B493 x QAL F2 populations, respectively. The overall marker datasets, includjng repulsion and coupling phases, were consistently assigned to the nine linkage groups at LOD scores ranging from 3.5 to 5.0 in both F2 populations. Linkage grouping performed with only markers linked in coupling phase showed the nine linkage groups at LOD scores ranging from 3.0 to 7.5, 3.0 to 5.5, 3.5 to 5.0 and 2.5 to 8.5 in the Brasilia-, HCM-, B493- and QAL- coupling F2 population, respectively. The average...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: AFLP; Melhoramento genético.; Marcador molecular; Cenoura; Daucus Carota; Genoma; Genética Molecular; Marcador Genético.; Carrots; Genetic markers; Genome..
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/128418
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Decifrando o genoma. Repositório Alice
CARNEIRO, N. P.; CARNEIRO, A. A.; GUIMARAES, C. T.; PAIVA, E..
Os genes, unidades biologicas que determinam as caracteristicas de um organismo, estao contidos em moleculas de DNA presentes no nucleo das celulas. Portanto, o estudo do DNA e de fundamental importancia para o entendimento de como as caracteristicas de um organismo sao formadas. Com o grande avanco alcancado pelas tecnicas de Biologia molecular nas ultimas decadas, hoje, somos capazes de isolar e sequenciar moleculas de DNA de maneira rotineira. A partir da otimizacao das tecnicas de sequenciamento, surgiram programas com o objetivo de sequenciar genomas inteiros. atualmente, estao depositados em bancos de dados mais de 3 milhoes de sequencias de DNA e, grande parte delas ainda nao tem sua funcao conhecida. O processo de caracterizacao da funcao genica...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Sequenciamento; CDNA; DNA sequency.; Genoma.; Genome..
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/484108
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Desvendando o código genético. Repositório Alice
CARNEIRO, N. P.; CARNEIRO, A. A.; GUIMARAES, C. T.; PAIVA, E..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Sequenciamento.; Genoma.; Genes; Genome..
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/484693
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Etude de la diversité microbienne des bassins hypersalés anoxiques profonds de la Mer Méditerranée orientale ArchiMer
L'Haridon, Stephane.
 Since 1983, the existence of Deep Hypersaline anoxic basins (DHABs) has been revealed in the Eastern Mediterranean basin. These basins which represent extremes environments (anoxic, hypersalty, dark, high hydrostatic pressure)  have  been  under  investigation  and  increasing  interest  the  last  fifteen  years.  The  molecular  approaches revealed  the  presence  of  active  and  uncultivated  microbial  communities  in  the  DHABs  with  two  main  metabolic processes  such  as  methanogenesis  and  sulphate-reduction.  Until  now,  no  representative  strain  of  the  different uncultivated lineages thriving in the DHABs (ex : lineages MSBL, Mediteranean Sea Brine Lake) or involved in the two processes  have  been  yet  cultivated.  The  main ...
Tipo: Text Palavras-chave: DHABs; Environnement extrême; Methanohalophilus; Pression hydrostatique; Génome.; DHABs; Extreme environnement; Methanohalophilus; Hydrostatic pressure; Genome..
Ano: 2017 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00609/72136/70888.pdf
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Exploring American Oil Palm (Elaeis oleifera) genetic resources in Brazil through a combination of genetic and genomic approaches. Repositório Alice
ALVES, A. A.; FORMIGHIERI, E. F.; LEAO, A. P.; LOBO, F. P.; RIOS, S. A.; CAPDEVILLE, G. de; SOUZA JUNIOR, M. T..
We started a project to explore American Oil Palm genetic resources through a combination of genetic and genomic approaches.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Óleo de palma; Recursos genéticos; Sequenciamento de genoma.; Elaeis Guineensis.; Genetic resources; Genome..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1008610
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Genome mining of the rhizophere bacterium Pseudomonas sp. SH-C52. Repositório Alice
VOORT, M. V. D.; SCHMIDT, Y.; WATROUS, J.; MENDES, R.; GROSS, H.; DORRESTEIN, P. C.; RAAIJMAKERS, J. M..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Pseudomonas sp. SH-C52; Rhizophere.; Metagenomics; Genome..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/956388
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Genomics and genetic transformation in arachis. Repositório Alice
BRASILEIRO, A. C. M.; ARAUJO, A. C. G.; LEAL BERTIOLI, S. C.; GUIMARAES, P. M..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Functional genomics; Transgenic; Peanut.; Arachis; Genome..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1006434
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Identification of CNVs on the genome of Brazilian chicken lines. Repositório Alice
GODOY, T. F.; MOREIRA, G. C. M.; SILVA, V. H.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L..
Tipo: Separatas Palavras-chave: CNVs; Chicken.; Genome..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1045633
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Montagem do genoma de Spathaspora arborariae, uma levedura fermentadora de xilose, para a produção de biocombustíveis. Repositório Alice
SANTOS, E. M. dos; LOBO, F. P..
O presente trabalho visou montar o genoma de S. arborariae a partir de dados de sequenciamento genômico.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Levedura Spathaspora arborariae; Sequenciamento de genoma.; Sequence analysis; Genome..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/954558
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Signaling pathways in a citrus EST database. Repositório Alice
MEHTA, A.; SILVA, M. S.; GUIDETTI-GONZALEZ, S.; CARRER, H.; TAKITA, M. A.; MARTINS, N. F..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Citrus fruit.; Fruta Cítrica; Genoma.; Genome..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/559351
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Targeted capture of Dreb subfamily genes as candidates genes for drought tolerance polymorphism in natural population of Coffea canephora. Repositório Alice
AQUINO, S.; MARRACCINI, P.; MARIAC, C.; BETHUNE, K.; ANDRADE, A. C.; DARRACQ, O.; LEPELLEY, M.; KIWUKA, C.; ANTEN, N..
Coffea canephora, (Robusta), provides 33% of worldwide coffee production, 80% and 22% of Ugandan and Brazilian coffee production, respectively. Abiotic stress such as temperature variations or drought periods, aggravated by climate changes, are factors that affect this production. This sensitivity threatens both the steady supply of quality coffees and the livelihood of millions of people producing coffee. The natural genetic diversity of C. canephora offer a potential for detecting new genetic variants related to drought adaptation. In particular, modifications occurring in genes related to abiotic stress tolerance make these genes candidate for breeding programs in order to enhance the resilience to climate change.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: CcDREB1D gene; DREB subfamily; Dehydration Responsive Element Binding Protein (DREB); Polymorphism (genetics); Robusta coffee.; Coffea Canephora.; Abiotic stress; Genome..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084732
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The genome projects of the closely related cacao pathogens Moniliophthora roreri and Moniliophthora perniciosa. Repositório Alice
CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; R. JÚNIOR, O.; NASCIMENTO, L. C.; TEIXEIRA, P. J.; TIBURCIO, R. A.; MONDEGO, J. M. C.; PEREIRA, G. A. G..
The basidiomycetes Moniliophthora roreri and Moniliophthora perniciosa are the etiologic agents of the two most devastating diseases in cacao (Theobroma cacao ): frosty pod rot and the witches? broom, respectively. The species are very closely related and even hybrid cells have been previously obtained. In cacao, both species infect pods, causing necrosis, and M. perniciosa is also able to invade other tissues causing changes in plant metabolisms, such as hyperplasia and hypertrophy. In order to understand the molecular basis of these organisms, we sequenced the genome of these two species. We also obtained transcriptomic data (RNA-seq) in several different conditions including the interaction between cacao and both pathogens. This work reports a pipeline...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Patógenos do cacau.; Genoma; Theobroma Cacao.; Moniliophthora roreri; Moniliophthora perniciosa; Genome..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868507
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