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| CARNEIRO, F. A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; LIMA, E. A. de; OLIVEIRA, S. A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. F.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C.. |
| In recent years, significant advances have occurred in the development of genomic tools to help accelerating the genetic improvement of coffee, a perennial crop with high economic importance. The recent conclusion of the complete genome sequencing of Coffea canephora will serve as a reference sequence for use in advanced molecular genetics, applied directly to molecular breeding of this species, such as the establishment of genome-wide selection programs (GWS). |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Genômica.; Café; Coffea Canephora.; Genomics.. |
| Ano: 2013 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/979068 |
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| SILVA, M. V. G. B. da; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. S.; FERRAZ, J. B. S.. |
| The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único.; Gado Zebu; Gado de corte; Bos Indicus; Bovino.; Cattle; Dairy cattle; Single nucleotide polymorphism; Genomics.. |
| Ano: 2014 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1007818 |
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| HONGO, J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.. |
| A relação ecológica de parasitismo é uma constante corrida armamentista entre os organismos parasitas e seus hospedeiros. A infecção por parasitas diminui a aptidão evolutiva dos hospedeiros e, conseqüentemente, mecanismos anti-parasitismo são positivamente selecionados continuamente dentre o conjunto de genes que compõem o genoma do organismo hospedeiro. Entretanto, a seleção positiva de mecanismos anti-parasitismo por parte dos hospedeiros impõe novas pressões seletivas aos organismos parasitas. Dessa maneira, genes de parasitas que permitam o escape dos mecanismos anti-parasitismo do hospedeiro aumentam a aptidão evolutiva do organismo parasita, sendo também selecionados positivamente. Esse fenômeno acaba por causar uma espiral de eventos coevolutivos... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Software.; Bioinformatics; Genomics.. |
| Ano: 2012 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/933206 |
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| GOMES, K. A.; ALMEIDA, T. C.; GESTEIRA, A. da S.; LÔBO, I. P.; GUIMARÃES, A. C. R.; MIRANDA, A. B. de; VAN SLUYS, M. A.; CRUZ, R. S. da; CASCARDO, J. C. M.; CARELS, N.. |
| We report here on the characterization of a cDNA library from seeds of Jatropha curcas L. at three stages of fruit maturation before yellowing. We sequenced a total of 2200 clones and obtained a set of 931 non-redundant sequences (unigenes) after trimming and quality control, ie, 140 contigs and 791 singlets with PHRED quality $10. We found low levels of sequence redundancy and extensive metabolic coverage by homology comparison to GO. After comparison of 5841 non-redundant ESTs from a total of 13193 reads from GenBank with KEGG, we identified tags with nucleotide variations among J. curcas accessions for genes of fatty acid, terpene, alkaloid, quinone and hormone pathways of biosynthesis. More specifically, the expression level of four genes... |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Biofuel; Terpenes; Pinhão manso; Melhoramento genetico vegatal.; Biocombustível; Jatropha Curcas.; Alkaloids; Fatty acids; Genomics.. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/865928 |
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| SILVA, L.; MARCET-HOUBEN, M.; NAHUM, L.; ZERLOTINI, A.; GALBADÓN, T.; OLIVEIRA, G.. |
| In this context, comparative proteomic analysis can shed new light on the evolutionary processes that shaped hostparasite interaction over evolutionary time. Taking advantage of the benefits provided by a largescale phylogenetic analysis, in the present work, we reconstructed the evolutionary history of each protein encoded in the S. mansoni genome in comparison with other 12 taxa to gain insights into lineage-specific evolutionary events, potentially related to the parasitic lifestyle, as well as to improve functional annotation. Results The collection of trees reconstructed in this work includes 7,964 phylogenies, which comprises the evolutionary histories of all parasite proteins and their homologs across 12 other organisms. This analysis allowed a... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Proteoma.; Genoma; Schistosoma Mansoni.; Proteome; Genomics.. |
| Ano: 2012 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946562 |
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| IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.. |
| Tambaqui is the most important native fresh water fish species cultured in Brazil, with current yearly production levels exceeding 200.000mt. Efforts to structure genetic improvement programs for increasing productivity are recent and will greatly benefit from the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Recent efforts have produced a draft genome sequence for this species. Reduced representation libraries of varying fragment sizes were produced with bulked DNA samples and sequenced with 2x160bp Illumina protocols to produce >720million reads. Generated reads were aligned with the draft reference genome sequence using BWA and SNP discovery was performed using Freebayes. An estimated 12% of the... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Genômica.; Colossoma Macropomum.; Single nucleotide polymorphism; Genomics.. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1038891 |
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| HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.. |
| Sequências repetitivas (SR) em lócus gênico de animais e plantas podem estar envolvidas em diversos fenômenos biológicos, como interferência por RNAi (Fire et al., 1998) e trans-splicing (Di Segni et al., 2008). A maioria das SR localiza-se em regiões de introns e, usualmente, seus estudos envolvem apenas sequências de mRNA, sendo necessário a estrutura intron-exon dos genes. Desta forma, é preciso realizar um mapeamento dos genes em seu respectivo genoma de referência para identificação de quatro tipos de SR: repetição reversa e complementar, repetição direta e complementar, repetição reversa e repetição direta. Este trabalho apresenta uma ferramenta WEB, chamada RepGraph, a qual integra algoritmos e ferramentas de bioinformática para identificar os pares... |
| Tipo: Folhetos |
Palavras-chave: Ferramenta Web; Sequências repetitivas em lócus gênico; Bioinformática; RepGraph; Genômica; Web tool.; Bioinformatics; Genomics.. |
| Ano: 2009 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/661118 |
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