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Análise genética de características morfológicas em bovinos da raça Nelore utilizando modelos de limiar. Infoteca-e
MAGNABOSCO, C. de U.; FARIA, C. U. de; MADUREIRA, A. P.; ROSA, G. J.; BEZERRA, L. A. F.; LÔBO, R. B.; SAINZ, R. D..
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Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genética animal; Gado de corte; Parâmetro genético; Amostragem; Genetics; Beef cattle; Gibbs sampling; Genetic parameters.
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/569442
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Análise genética de escores de avaliação visual de bovinos com modelos bayesianos de limiar e linear. Repositório Alice
FARIA, C.U. de; MAGNABOSCO, C.U.; ALBUQUERQUE, L.G.; REYES, A. de los; BEZERRA, L.A.F.; LOBO, R.B..
O objetivo deste trabalho foi comparar as estimativas de parâmetros genéticos obtidas em análises bayesianas uni-característica e bi-característica, em modelo animal linear e de limiar, considerando-se as características categóricas morfológicas de bovinos da raça Nelore. Os dados de musculosidade, estrutura física e conformação foram obtidos entre 2000 e 2005, em 3.864 animais de 13 fazendas participantes do Programa Nelore Brasil. Foram realizadas análises bayesianas uni e bi-características, em modelos de limiar e linear. De modo geral, os modelos de limiar e linear foram eficientes na estimação dos parâmetros genéticos para escores visuais em análises bayesianas uni-características. Nas análises bi-características, observou-se que: com utilização de...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Amostragem de Gibbs; Características morfológicas; Gado de corte; Valores genéticos; Gibbs sampling; Morphological traits; Beef cattle; Breeding values.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/122100
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Aplicaciones del modelo LASSO bayesiano en finanzas. Colegio de Postgraduados
García Salinas, Yazmín.
En el presente trabajo se propone utilizar la metodología conocida como LASSO Bayesiano [Park y Casella (2008)] para ajustar un modelo de regresión lineal a indicadores económicos relacionados con el PIB (GDP: Gross Domestic Product por sus siglas en Inglés), utilizando como variable respuesta el PIB de Estados Unidos. Esta técnica utiliza la ventaja de ver a LASSO como una estimación a posteriori cuando los parámetros de regresión tienen distribución a priori Laplace idénticamente distribuidas e independientes [Tibshirani (1996)], aprovechando la utilidad del muestreador de Gibbs [Casella (2001)] y los modelos jerárquicos [Lee (2004)]. Se utiliza el paquete BLR [de los Campos y Pérez (2010)] implementado en el programa R [R Development Core Team (2011)]...
Palavras-chave: Modelo lineal; Prueba de permutaciones; Muestreador de Gibbs; Modelos Jerárquicos; Linear model; Permutation test; Gibbs sampling; Hierarchical Models; Maestría; Estadística.
Ano: 2011 URL: http://hdl.handle.net/10521/646
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Bayesian analysis in Stata with WinBUGS AgEcon
Thompson, John M.; Palmer, Tom M.; Moreno, Santiago G..
WinBUGS is a program for Bayesian model fitting by Gibbs sampling. WinBUGS has limited facilities for data handling, whereas Stata has no routines for Bayesian analysis; therefore, much can be gained by running Stata and WinBUGS together. We present a set of ado-files that enable data to be processed in Stata and then passed to WinBUGS for model fitting; finally, the results are read back into Stata for further processing.
Tipo: Article Palavras-chave: Wbarray; Wbdata; Wbscalar; Wbstructure; Wbvector; Wbrun; Wbscript; Wbcoda; Wbac; Wbbgr; Wbgeweke; Wbintervals; Wbsection; Wbtrace; Wbstats; Wbdensity; Wbdic; Wbbull; Wbdecode; Bayesian methods; MCMC; Gibbs sampling; WinBUGS; Research Methods/ Statistical Methods.
Ano: 2006 URL: http://purl.umn.edu/119243
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Bayesian analysis of growth, stem straightness and branching quality in full-sib families of Eucalyptus globulus Bragantia
Mora,Freddy; Ballesta,Paulina; Serra,Nicolle.
ABSTRACT Eucalyptus globulus is one of the most commonly planted hardwood species for industrial use in various temperate regions around the world. The present study aimed to evaluate 62 full-sib families of E. globulus in one of the southernmost progeny trials of the species in the south of Chile. Estimates of genetic parameters for stem straightness, branching quality and growth traits were based on a Bayesian modelling approach using Gibbs sampling. A Bayes Factor (BF) analysis supported the hypothesis of significant additive genetic variation for all traits under study. Conversely, the BF supported a model with significant dominance effects for the diameter at breast height and stem volume, which explained up to 25% of the phenotypic variation. The...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bayes factor; Credible region; Gibbs sampling; Quality traits; Threshold models.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052019000300328
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Bayesian genetic parameters for body weight and survival of Nile tilapia farmed in Brazil. Repositório Alice
SANTOS, A. I.; RIBEIRO, R. P.; VARGAS, L.; MORA, F.; ALEXANDRE FILHO, L.; FORNARI, D. C.; OLIVEIRA, S. N. de.
Abstract ? The objective of this study was to estimate genetic parameters for survival and weight of Nile tilapia (Oreochromis niloticus), farmed in cages and ponds in Brazil, and to predict genetic gain under different scenarios. Survival was recorded as a binary response (dead or alive), during harvest time in the 2008 grow-out period. Genetic parameters were estimated using a Bayesian mixed linear-threshold animal model via Gibbs sampling. The breeding population consisted of 2,912 individual fish, which were analyzed together with the pedigree of 5,394 fish. The heritabilities estimates, with 95% posterior credible intervals, for tagging weight, harvest weight and survival were 0.17 (0.09?0.27), 0.21 (0.12?0.32) and 0.32 (0.22?0.44), respectively....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Correlation; Fish genetic improvement; Gibbs sampling; GIFT strain; Heritability; Oreochromis niloticus.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/886510
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Bayesian genetic parameters for body weight and survival of Nile tilapia farmed in Brazil PAB
Santos,Alexandra Inês; Ribeiro,Ricardo Pereira; Vargas,Lauro; Mora,Freddy; Alexandre Filho,Luiz; Fornari,Darci Carlos; Oliveira,Sheila Nogueira de.
The objective of this study was to estimate genetic parameters for survival and weight of Nile tilapia (Oreochromis niloticus), farmed in cages and ponds in Brazil, and to predict genetic gain under different scenarios. Survival was recorded as a binary response (dead or alive), during harvest time in the 2008 grow-out period. Genetic parameters were estimated using a Bayesian mixed linear-threshold animal model via Gibbs sampling. The breeding population consisted of 2,912 individual fish, which were analyzed together with the pedigree of 5,394 fish. The heritabilities estimates, with 95% posterior credible intervals, for tagging weight, harvest weight and survival were 0.17 (0.09-0.27), 0.21 (0.12-0.32) and 0.32 (0.22-0.44), respectively. Credible...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Oreochromis niloticus; Correlation; Fish genetic improvement; Gibbs sampling; GIFT strain; Heritability.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000100005
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Beneficios da integracao entre lavoura e pecuaria. Infoteca-e
VILELA, L.; BARCELLOS, A. de O.; SOUSA, D. M. G. de..
2001
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: PVPECL100; Cerrado; Lavoura; Pecuaria; Grao; Produtividade; Producao animal; Bovino; Gibbs sampling; Variance components; Genetics; Brasil; Bovino: Genetica e melhoramento animal.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/567050
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Estimação de componentes de variância sob influência de genes de efeito principal, comparando-se metodologias Baynesiana e clássica sob diferentes cenários. Repositório Alice
ASSIS, G. M. L. de; CARNEIRO JUNIOR, J. M.; EUCLYDES, R. F.; TORRES, R. de A.; LOPES, P. S..
Quatro diferentes tipos de população foram simulados com o objetivo de verificar a influência de genes de efeito principal e do tamanho da população na estimação de componentes de variância sob seleção. A estimação foi realizada por meio da utilização e comparação das metodologias clássica e Bayesiana (a Bayesiana com três níveis de informação a priori). As metodologias REML e Bayesiana com prior não-informativo, em geral, produziram resultados bastante semelhantes. Em populações cuja característica é governada por genes de efeito principal, as estimativas dos componentes de variância genética aditiva foram pouco acuradas, exceto quando se utilizou metodologia Bayesiana com prior informativo. A inclusão das informações de parentesco e dos registros de...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Avaliação genética; Genetic parameters; Amostragem de Gibbs; Gibbs sampling; Inferência Bayesiana; Bayesian inference; Metodologia REML; Informação a priori; Heterogeneidade de variância; Componentes de variância; Gene de efeito principal (NGEP); Sistema Genesys; Melhoramento genético animal; Parâmetro genético; Estimatica; Análise estatística; Genoma; Modelo de simulação; Animal breeding; Genome; Genetic variance; Major genes; Genetic heterogeneity; Statistical analysis; Computer simulation; Cruce de animales; Varianza genetica; Genes mayores; Heterogeneidad genética; Análisis estadístico; Simulación por computadora.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/501455
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Estimação de componentes de variância utilizando-se inferência Bayesiana e frequentista em dados simulados sob heterogeneidade de variâncias. Repositório Alice
CARNEIRO JUNIOR, J. M.; ASSIS, G. M. L. de; EUCLYDES, R. F.; TORRES, R. de A.; LOPES, P. S..
Foi simulado um genoma de 3.000 centimorgans de comprimento considerando uma única característica quantitativa, governada por 800 locos com dois alelos por loco. Segundo a estrutura genômica proposta, foram simulados 1.500 machos e 1.500 fêmeas que formaram a população-base. A partir da população-base foram formadas duas populações iniciais, uma grande e outra pequena. Dois tipos de estruturas de heterogeneidade de variâncias foram inseridos nas populações iniciais: heterogeneidade de variância genética aditiva e heterogeneidade de variâncias genética aditiva e ambiental. Para obtenção destas estruturas, foram feitos descartes estratégicos dos valores genéticos aditivos e ambientais de acordo com o tipo de heterogeneidade e o nível de variabilidade...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Avaliação genética; Genetic parameters; Amostragem de Gibbs; Gibbs sampling; Inferência Bayesiana; Bayesian inference; Metodologia REML; Informação a priori; Heterogeneidade de variância; Componentes de variância; Sistema Genesys; Melhoramento genético animal; Parâmetro genético; Estimativa; Análise estatística; Genoma; Modelo de simulação; Animal breeding; Genome; Genetic variance; Genetic heterogeneity; Statistical analysis; Computer simulation; Cruce de animales; Varianza genética; Heterogeneidad genética; Análisis estadístico; Simulación por computadora.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/505159
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Estimate of genetic parameters for carcass traits and visual scores inmeat sheep using Bayesian inference via threshold and linear models Ciência Rural
Figueiredo Filho,Luiz Antonio Silva; Sarmento,José Lindenberg Rocha; Ó,Alan Oliveira do; Santos,Natanael Pereira da Silva; Sena,Luciano Silva; Sousa Júnior,Antonio de.
ABSTRACT: The aim of this study was to estimate the variance components and genetic parameters for marbling in the ribeye area (MRA) and body condition score (BCS) using Bayesian inference via mixed linear and threshold animal models. Data were obtained from Santa Ines breed sheep reared in the Brazilian Mid-North region. Analyses considering the Monte Carlo methods were performed with Markov chains from 500000 cycles onward. A 200000-cycle initial burn-in was considered with values taken at every 250 cycles, in a total of 1200 samples. The Monte Carlo Error deviations were low for the means heritability in all chains by both linear and threshold models. Additive variances estimated by threshold model were higher than those estimated by the linear model....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Gibbs sampling; Categorical data; Marble meat; Ultrasound.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782017000300653
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Implementação da amostragem de gibbs na estimação de parâmetros genéticos para as características peso vivo e área de olho de lombo em bovinos da raça nelore. Infoteca-e
BARBOSA, V.; MAGNABOSCO, C. de U.; FARIA, C. U. de; MANICARDI, F.; CUNHA, F. A. R. da; LÔBO, R. B.; SAINZ, R. D..
2006
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genética animal; Gado de corte; Amostragem; Gado Nelore; Parâmetro genético; Genetics; Beef cattle; Gibbs sampling.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/570170
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Implementação da amostragem de Gibbs no estudo da correlação genética entre as características de espessura de gordura e perímetro escrotal em bovinos da raça nelore. Infoteca-e
BARBOSA, V.; MAGNABOSCO, C. de U.; FARIA, C. U. de; CUNHA, F. A. R. da; LÔBO, R. B.; SAINZ, R. D..
0
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genética animal; Gado de corte; Amostragem; Gado Nelore; Parâmetro genético; Genetics; Beef cattle; Gibbs sampling; Genetic parameters.
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/569427
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Implementacao da amostragem de Gibbs para estimacao de componentes de co-variancia e parametros geneticos em dados de campo de bovinos Nelore. Infoteca-e
MAGNABOSCO, C. de U.; FARIA, C. U. de; BORJAS, A. de los R.; LOBO, R. B.; SAINZ, R. D..
2001
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Cerrado; Gado de corte; Gado Nelore; Genetica animal; Parametro genetico; Bovino; Gibbs sampling; Variance components; Genetics; Brasil; Bovino: Genetica e melhoramento animal.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/567054
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Speculation and Volatility Spillover in the Crude Oil and Agricultural Commodity Markets: A Bayesian Analysis AgEcon
Du, Xiaodong; Yu, Cindy L.; Hayes, Dermot J..
This paper assesses the roles of various factors influencing the volatility of crude oil prices and the possible linkage between this volatility and agricultural commodity markets. Stochastic volatility models are applied to weekly crude oil, corn and wheat futures prices from November 1998 to January 2009. Model parameters are estimated using Bayesian Markov chain Monte Carlo methods. The main results are as follows. Speculation, scalping, and petroleum inventories are found to be important in explaining oil price variation. Several properties of crude oil price dynamics are established including mean-reversion, a negative correlation between price and volatility, volatility clustering, and infrequent compound Poisson jumps. We find evidence of volatility...
Tipo: Conference Paper or Presentation Palavras-chave: Gibbs sampling; Merton jump; Leverage effect; Stochastic volatility; Demand and Price Analysis; Financial Economics; Resource /Energy Economics and Policy; G13; Q4.
Ano: 2009 URL: http://purl.umn.edu/49276
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Speculation and Volatility Spillover in the Crude Oil and Agricultural Commodity Markets: A Bayesian Analysis AgEcon
Du, Xiaodong; Yu, Cindy L.; Hayes, Dermot J..
This paper assesses the roles of various factors influencing the volatility of crude oil prices and the possible linkage between this volatility and agricultural commodity markets. Stochastic volatility models are applied to weekly crude oil, corn, and wheat futures prices from November 1998 to January 2009. Model parameters are estimated using Bayesian Markov chain Monte Carlo methods. The main results are as follows. Speculation, scalping, and petroleum inventories are found to be important in explaining oil price variation. Several properties of crude oil price dynamics are established, including mean-reversion, a negative correlation between price and volatility, volatility clustering, and infrequent compound jumps. We find evidence of volatility...
Tipo: Working or Discussion Paper Palavras-chave: Gibbs sampling; Merton jump; Leverage effect; Stochastic volatility.; Agricultural and Food Policy; Resource /Energy Economics and Policy.
Ano: 2009 URL: http://purl.umn.edu/50073
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