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A fissitunicate ascus mechanism in the Calosphaeriaceae, and novel species of Jattaea and Calosphaeria on Prunus wood Naturalis
Damm, U.; Crous, P.W.; Fourie, P.H..
During a survey of Prunus wood from South Africa, isolations were made of three presumably Calosphaerialean fungi that formed hyphomycetous, phialidic anamorphs in culture. In order to reveal the phylogenetic relationship of these fungi, they were characterised on a morphological and molecular (LSU and ITS rDNA) basis. Two isolates that formed a teleomorph in culture are newly described as Calosphaeria africana sp. nov. Although asci of Calosphaeria are characterised by having non-amyloid apical rings, two functional wall layers were observed in asci of C. africana, which has hitherto not been observed in any member of the Calosphaeriaceae. However, Calosphaeriaceae (Calosphaeriales, Sordariomycetes) are not closely related to other bitunicate fungi like...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Apical ring; Ascospore discharge; Ascus dehiscence; Beta-tubulin; Calosphaeria; Calosphaeriaceae; ITS; Jattaea; LSU; Phialophora; Prunus; SSU; Systematics.
Ano: 2008 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/531626
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A monograph of Otidea (Pyronemataceae, Pezizomycetes) Naturalis
Olariaga, I.; Vooren, N. van; Carbone, M.; Hansen, K..
The easily recognised genus Otidea is subjected to numerous problems in species identification. A number of old names have undergone various interpretations, materials from different continents have not been compared and misidentifications occur commonly. In this context, Otidea is monographed, based on our multiple gene phylogenies assessing species boundaries and comparative morphological characters (see Hansen & Olariaga 2015). All names combined in or synonymised with Otidea are dealt with. Thirty-three species are treated, with full descriptions and colour illustrations provided for 25 of these. Five new species are described, viz. O. borealis, O. brunneo­parva, O. oregonensis, O. pseudoleporina and O. subformicarum. Otidea cantharella var. minor...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Flavoscypha; ITS; ITS1 minisatellites; LSU; Otideopsis; Resinous exudates.
Ano: 2015 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/588730
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A phylogenetic study of Dothiorella and Spencermartinsia species associated with woody plants in Iran, New Zealand, Portugal and Spain Naturalis
Abdollahzadeh, J.; Javadi, A.; Zare, R.; Phillips, A.J.L..
Dothiorella and Spencermartinsia are two botryosphaeriaceous genera with dark 2-celled conidia and found in parasitic, saprophytic or endophytic association with various woody host plants. Based on ITS and EF1-α sequence data and morphology, eight new species are described from Iran, New Zealand, Portugal and Spain. Of these, five species are placed in Dothiorella, namely D. iranica, D. parva, D. prunicola, D. sempervirentis and D. striata, and three species belong to Spencermartinsia named as S. citricola, S. mangiferae and S. plurivora. An identification key to the species of each genus is provided.
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Botryosphaeriaceae; Dothiorella; ITS; Phylogeny; Spencermartinsia; Systematics; Taxonomy.
Ano: 2014 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/532314
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A re-appraisal of Harknessia (Diaporthales), and the introduction of Harknessiaceae fam. nov. Naturalis
Crous, P.W.; Summerell, B.A.; Shivas, R.G.; Carnegie, A.J.; Groenewald, J.Z..
Harknessiaceae is introduced as a new family in the ascomycete order Diaporthales to accommodate species of Harknessia with their Wuestneia-like teleomorphs. The family is distinguished by having pycnidial conidiomata with brown, furfuraceous margins, brown conidia with hyaline, tube-like basal appendages, longitudinal striations, and rhexolytic secession. Six species occurring on Eucalyptus are newly introduced, namely H. australiensis, H. ellipsoidea, H. pseudohawaiiensis, and H. ravenstreetina from Australia, H. kleinzeeina from South Africa, and H. viterboensis from Italy. Epitypes are designated for H. spermatoidea and H. weresubiae, both also occurring on Eucalyptus. Members of Harknessia are commonly associated with leaf spots, but also occur as...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Biodiversity; Fungal pathogens; Harknessiaceae; ITS; LSU; Phylogeny; Systematics.
Ano: 2012 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/532250
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Análise filogenética de Phytophthora capsici Leonian do Estado de São Paulo baseada na seqüência de nucleotídeos da região ITS-5.8S rDNA - DOI: 10.4025/actascibiolsci.v25i2.2033 Biological Sciences
Rosa, Daniel Dias; UNESP; Marque, Janaina Marianno de; UNESP; Fenille, Roseli Chela; Laboratorio de Apoio Vegetal - MAPA; Souza, Nilton Luiz de; UNESP; Kuramae, Eiko Eurya; Fungal Biodiversity Center.
Análise filogenética através de características morfológicas e culturais é considerada inconsistente e de difícil aceitação cientiífica, uma vez que não há como estabelecer a direção da evolução de caracteres morfológicos. Os mMarcadores moleculares são mais apropriados para análises filogenéticas. O seqüeênciamento das regiões ITS1 e ITS2 (Internal Transcribed Spacer) e o gene 5.8S rDNA forami utilizados para estimar a variação e a distância genética entre 10 isolados de Phytophthora capsici. A quantidade de variação genética entre os isolados de P. capsici de diferentes regiões do estadoEstado de São Paulo foi de 0,1% a 1,6% e de 0,1% a 1,1% nas regiões ITS1 e ITS2, respectivamente, e uma distância filogenética de 78,5% entre os isolados de P. capsici e...
Palavras-chave: 2.01.00.00-0 Biologia Geral DNA ribossomal; ITS; FFilogenia; Phytophthora sp 2.01.00.00-0 Biologia Geral.
Ano: 2003 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciBiolSci/article/view/2033
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Autenticidade de cogumelos silvestres por métodos moleculares IPB - Escola Superior Agrária
Baptista, Paula.
Desde a antiguidade que os cogumelos, especialmente os silvestres, têm vindo a ocupar um papel primordial na alimentação humana. Este facto deriva essencialmente das propriedades nutricionais, organolépticas e farmacológicas que apresentam. São alimentos de alto valor nutritivo, possuindo elevado teor em proteínas, vitaminas, minerais e compostos aromáticos; e baixo teor em hidratos de carbono e lípidos. Caracterizam-se ainda por possuírem elevada actividade antioxidante e antimicrobiana, podendo ser utilizados para baixar o colesterol, inibir o desenvolvimento de tumores e funcionar como imunomoduladores. Estas caracteristicas fazem com que os cogumelos apresentem um elevado valor económico nos mercados internacionais. As espécies com maior valorização...
Tipo: Lecture Palavras-chave: Cogumelos; Autenticidade; Fraude; PCR; ITS.
Ano: 2010 URL: http://hdl.handle.net/10198/4485
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Avaliação de populações de possíveis rizobactérias em solos sob espécies florestais Rev. Bras. Ciênc. Solo
Pereira,Rodrigo Matheus; Silveira,Érico Leandro da; Carareto-Alves,Lúcia Maria; Lemos,Eliana Gertrudes de Macedo.
Embora estudos recentes relatem a utilização de RCPC (Rizobactérias Promotoras de Crescimento de Plantas) no Brasil, raríssimos trabalhos avaliam a presença natural dessas espécies bacterianas no solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de RPCP em duas amostras de solo sob diferentes tipos de manejo, através da construção e do seqüenciamento de bibliotecas de DNA metagenômico. Utilizaram-se oligonucleotídeos específicos para amplificação da região hipervariável do espaço intergênico dos genes ribossomais 16S-23S de DNA extraído de diferentes solos, sob Eucalyptus sp. e sob mata. Os fragmentos obtidos foram inseridos em vetor e clonados. As bibliotecas geraram 495 clones, que foram seqüenciados e identificados através de comparações...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RPCP; Ecologia microbiana; Eucalyptus sp.; ITS.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-06832008000500013
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Barriopsis iraniana and Phaeobotryon cupressi: two new species of the Botryosphaeriaceae from trees in Iran Naturalis
Abdollahzadeh, J.; Mohammadi Goltapeh, E.; Javadi, A.; Shams-bakhsh, M.; Zare, R.; Phillips:, A.J.L..
Species in the Botryosphaeriaceae are well known as pathogens and saprobes of woody hosts, but little is known about the species that occur in Iran. In a recent survey of this family in Iran two fungi with diplodia-like anamorphs were isolated from various tree hosts. These two fungi were fully characterised in terms of morphology of the anamorphs in culture, and sequences of the ITS1/ITS2 regions of the ribosomal DNA operon and partial sequences of the translation elongation factor 1-α. Phylogenetic analyses placed them within a clade consisting of Barriopsis and Phaeobotryon species, but they were clearly distinct from known species in these genera. Therefore, they are described here as two new species, namely Barriopsis iraniana on Citrus, Mangifera and...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Citrus; EF 1-α; ITS; Mangifera; Olea; Phylogeny; Systematics; Taxonomy.
Ano: 2009 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/532017
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Ceratobasidium como hongo micorrízico de orquídeas en Colombia Acta Agron. (Palmira)
Mosquera-Espinosa,Ana T.; Bayman,Paul; Otero,J. Túpac.
Las orquídeas se caracterizan por su relación micorrízica obligada para la germinación de las semillas. El micosimbionte es principalmente del género-forma Rhizoctonia, al igual que sus teleomorfos de los géneros Ceratobasidium, Tulasnella, Thanatephorus y Sebacina. En Colombia hasta la fecha son muy pocos los reportes sobre hongos micorrízicos de orquídeas. Para el presente estudio se planteó el aislamiento e identificación de hongos micorrízicos de algunas orquídeas de diferentes há bitats en Colombia, siguiendo la metodología de contaje de núcleos en células de hifas jóvenes y la secuenciación de la región ITS de los genes ribosomales nucleares. Se identificaron doce aislamientos provenientes de ocho plantas de especies diferentes de orquídeas. Tanto...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Ceratobasidium; Rhizoctonia; Hongos endófitos; Micorríza en orquídeas; ITS; Orchidaceae.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122010000300007
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Characterization of the protozoan parasite Marteilia refringens infecting the dwarf oyster Ostrea stentina in Tunisia ArchiMer
Elgharsalli, Refka; Aloui-bejaoui, Nejla; Sala, Hedi; Chollet, Bruno; Joly, Jean-pierre; Robert, Maeva; Couraleau, Yann; Arzul, Isabelle.
Marteilia refringens is a protozoan parasite recognized as a significant pathogen of the European flat oyster Ostrea edulis. The life cycle of this species is still poorly known, although there is evidence of the need for intermediate host(s). In the present study, we have used molecular approaches to identify this parasite in samples of the dwarf oyster Ostrea stentina after reports of massive mortality along the Tunisian coasts. In 2009 we evaluated the status of O. stentina from Monastir and checked if there was an infection with M. refringens, using polymerase chain reaction assays. Of the 103 tested O. stentina, 85 were PCRpositive using a Marteilia genus-specific assay. Additional assays were subsequently carried out on some samples collected in 2010...
Tipo: Text Palavras-chave: Marteilia refringens; Molecular diagnosis; IGS; ITS; Transmission electron microscopy; Ostrea stentina.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00124/23538/21422.pdf
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Coniochaeta (Lecythophora), Collophora gen. nov. And Phaeomoniella species associated with wood necroses of Prunus trees Naturalis
Damm, U.; Fourie, P.H.; Crous, P.W..
Species of the genus Coniochaeta (anamorph: Lecythophora) are known as pathogens of woody hosts, but can also cause opportunistic human infections. Several fungi with conidial stages resembling Lecythophora were isolated from necrotic wood samples of Prunus trees in South Africa. In order to reveal their phylogenetic relationships, these fungi were studied on a morphological and molecular (5.8S nrDNA, ITS-1, ITS-2, GAPDH, EF-1α, 28S nrDNA, 18S nrDNA) basis. Some of the isolates were identified as Coniochaeta (Sordariomycetes), including C. velutina and two new species, C. africana and C. prunicola. The majority of the isolates, however, formed pycnidial or pseudopycnidial synanamorphs and were not closely related to Coniochaeta. According to their 28S...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Collophora; Coniochaeta; EF-1α; GAPDH; ITS; Lecythophora; LSU; Pathogenicity; Phaeomoniella; Prunus; SSU; Systematics.
Ano: 2010 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/531834
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Debating phylogenetic relationships of the scleractinian Psammocora: molecular and morphological evidences Naturalis
Benzoni, F.; Stefani, F.; Stolarski, J.; Pichon, M.; Mitta, G.; Galli, P..
The phylogenetic relationships of the scleractinian genus Psammocora with the other genera traditionally included in the family Siderastreidae and some Fungiidae are assessed based on combined skeletal and molecular data. P. explanulata differs from the other examined congeneric species (P. contigua, P. digitata, P. nierstraszi, P. profundacella, P. superficialis, and P. stellata) in possessing interstomatous septa between adult corallites, costae, and in having continuous buttress-like structures joining septal faces (i.e., fulturae) which typically occur in fungiids. These characters are shared with Coscinaraea wellsi but not with the remainder of the examined siderastreids (the congeneric C. columna, and Anomastraea irregularis, Horastrea indica,...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Psammocora; Siderastreidae; Fungiidae; Synapticulae; Fulturae; ITS; Statistical parsimony; 42.79.
Ano: 2007 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/217424
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DIVERSIDAD GENÉTICA DE Peronospora sparsa (PERONOSPORACEAE) EN CULTIVOS DE ROSA DE COLOMBIA Acta biol.Colomb.
AYALA-VÁSQUEZ,MARILUZ; ARGEL-ROLDAN,LUZ EDITH; JARAMILLO-VILLEGAS,SONIA; MARÍN-MONTOYA,MAURICIO.
El mildeo velloso de la rosa es la enfermedad más limitante de este cultivo en Colombia . Aunque algunos trabajos de investigación se han adelantado recientemente sobre la epidemiología de esta enfermedad, uno de los campos menos estudiados es el nivel de variabilidad de su agente causal. El conocimiento de este aspecto es fundamental para definir las estrategias de manejo, especialmente aquellas relacionadas con la resistencia genética y el control químico. Los objetivos de esta investigación fueron confirmar la identidad taxonómica del agente causal del mildeo velloso de la rosa y profundizar en el conocimiento de su estructura poblacional en Colombia . Para esto se colectaron 34 aislamientos del pseudohongo en cultivos de rosas ubicados en Antioquia y...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: ADNr; Flores; ITS; Marcadores moleculares; Mildeo velloso; Variabilidad genética.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2008000100005
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Diversidad genética de Trichoderma spp. en Venezuela, determinada mediante análisis combinado ITS-AFLP Rev. Protección Veg.
Sosa,Daynet; Pérez Martínez,Simón; Molina,Sandy; Demey,Jhonny; Gómez,Kelly; Domínguez,Diamarys; Istúriz,María; Rumbos,Raisa; Parra,Dercy.
Se estudió la diversidad genética entre 68 aislados de Trichoderma procedentes de diferentes cultivos, sustratos y localidades, mediante los análisis ITS-AFLP. Se secuenció la región ITS1-5.8S-ITS2 del ADN ribosomal amplificada con los cebadores ITS1 e ITS4 y en el caso de los AFLP se utilizaron cuatro combinaciones de oligonucleótidos. Las relaciones genéticas entre los aislados se analizaron mediante el uso combinado del Análisis de Coordenadas Principales, el Análisis de Conglomerados y el ajuste de un Biplot Logístico Externo sobre datos de disimilitud, utilizando los coeficientes de Jaccard, Emparejamiento simple, Dice y Rogers y Tanimoto. Se identificaron nueve especies y las más abundantes fueron Hypocrea lixii (anamorfoTrichoderma harzianum) y T....
Tipo: Journal article Palavras-chave: Trichoderma; ITS; AFLP; Polimorfismo; Control biológico.
Ano: 2014 URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1010-27522014000100005
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Diversidade genética de isolados de Rhizoctonia solani coletados em feijão-caupi no Estado de Roraima Trop. Plant Pathol.
Sartorato,Aloísio; Nechet,Kátia L.; Halfeld-Vieira,Bernardo A..
O feijão-caupi (Vigna unguiculata) é uma das principais fontes de proteína para a população de baixa renda, principalmente nas Regiões Norte e Nordeste do Brasil. Esta leguminosa é suscetível a várias doenças incluindo a mela ou murcha-da-teia-micélica, cujo agente causal é o fungo Rhizoctonia solani (teleomorfo: Thanatephorus cucumeris). Embora Rhizoctonia solani seja um agente causal de doença muito importante, no Brasil inexiste qualquer informação sobre as características de seus isolados associados ao feijão-caupi. O objetivo do presente estudo foi avaliar, utilizando-se das técnicas Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) e RFLP-ITS (Internal Transcribed Spacer), a diversidade genética de isolados de R. solani coletados de plantas de feijão-caupi...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RAPD; ITS; Vigna unguiculata; Feijão de corda; Feijão macassar; Mela; Murcha-da-teia-micélica.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582006000300009
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Diversity of the marine picocyanobacteria Prochlorococcus and Synechococcus assessed by terminal restriction fragment length polymorphisms of 16S-23S rRNA internal transcribed spacer sequences RChHN
LAVIN,PARIS; GÓMEZ,PATRICIA; GONZÁLE,BERNARDO; ULLOA,OSVALDO.
In order to assess the appropriateness of the use of internal transcribed spacer (ITS) sequences for the study of population genetics of marine cyanobacteria, we amplified and cloned the 16S rRNA gene plus the 16S-23S ITS regions of six strains of Prochlorococcus and Synechococcus. We analyzed them by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and terminal restriction fragment length polymorphisms (T-RFLP). When using the standard application of these techniques, we obtained more than one band or terminal restriction fragment (T-RF) per strain or cloned sequence. Reports in literature have suggested that these anomalies can result from the formation of secondary structures. Secondary structures of the ITS sequences of Prochlorococcus and Synechococcus...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Cyanobacteria; DGGE; T-RFLP; ITS; Secondary structure.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-078X2008000400006
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DNA barcoding in Mucorales: an inventory of biodiversity Naturalis
Walther, G.; Pawłowska, J.; Alastruey-Izquierdo, A.; Wrzosek, M.; Rodriguez-Tudela, J.L.; Dolatabadi, S.; Chakrabarti, A.; Hoog, G.S. de.
The order Mucorales comprises predominantly fast-growing saprotrophic fungi, some of which are used for the fermentation of foodstuffs but it also includes species known to cause infections in patients with severe immune or metabolic impairments. To inventory biodiversity in Mucorales ITS barcodes of 668 strains in 203 taxa were generated covering more than two thirds of the recognised species. Using the ITS sequences, Molecular Operational Taxonomic Units were defined by a similarity threshold of 99 %. An LSU sequence was generated for each unit as well. Analysis of the LSU sequences revealed that conventional phenotypic classifications of the Mucoraceae are highly artificial. The LSU- and ITS-based trees suggest that characters, such as rhizoids and...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Backusella; Biodiversity; Clinical relevance; DNA barcoding; Intraspecific variability; ITS; LSU; Mucor; Mucorales; Nomenclature; Rhizomucor; Taxonomy; Zygorhynchus.
Ano: 2013 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/532353
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ESTUDIO POBLACIONAL DEL RECURSO ANCHOVETA (ENGRAULIS RINGENS JENYNS 1842) (CLUPEIFORMES, ENGRAULIDAE), MEDIANTE ANALISIS DE ADN Gayana
Ferrada,Sandra; Hernández,Klaudia; Montoya,R.; Galleguillos,Ricardo.
Se estudió la variabilidad de 2 genes nucleares, el intrón 4/5 del gen de Calmodulina (CaM) por amplificación PCR y la región ITS (Internal Transcribed Spacers) del ADNr, por PCR y digestión en 139 ejemplares de E. ringens provenientes de las costas de Iquique (20°13'S; 70°09'W) y Talcahuano (36°41'S; 73°06'W). Para CaM se identificaron 8 genotipos en las muestras de Talcahuano y 7 en Iquique, presentando 1 a 3 fragmentos amplificados de 550 a 1.100 pb. En la digestión del fragmento ITS amplificado, sólo la endonucleasa TaqªI detectó 3 diferentes genotipos, 2 presentes en Talcahuano y 3 en Iquique. Se discuten las frecuencias observadas para cada gen y área de estudio. Los resultados llevan a confirmar la existencia de un solo stock, desde un punto de...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Engraulis ringens; ITS; CaM; Variabilidad genética; Stock.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-65382002000200022
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Evidencia de ADN ribosomal y del cloroplasto para la diversificaciOn de las PortulacAceas de AmErica occidental en la regiOn andina Gayana Botánica
Hershkovitz,Mark A.
Se determinaron las secuencias del espaciador interno (ITS) del ADN ribosomal y del espaciador intergénico de ycf3-trnS del ADN del cloroplasto para 183 muestras de taxas, chilenos y no chilenos, de Portulacaceae de América occidental, y sus grupos externos. Los datos permiten refinar previas inferencias sobre la circunscripción e interrelaciones de los géneros estudiados. En particular estos datos revelan que una circunscripción anteriormente publicada de Cistanthe Spach es polifilética y también revelan la existencia de un clado norteamericano compuesto por Claytonia L., Lewisia Pursh, Lewisiopsis R. Govaerts, and Montia L. De los datos de los géneros sudamericanos surgieron dos patrones: (1) en algunos casos la divergencia interespecífica es...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Portulacaceae; Chile; ITS; Ycf3-trnS; Hibridización.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-66432006000100002
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Evolutionary history of the Tip100 transposon in the genus Ipomoea Genet. Mol. Biol.
Christoff,Ana-Paula; Loreto,Elgion L.S.; Sepel,Lenira M.N..
Tip100 is an Ac-like transposable element that belongs to the hAT superfamily. First discovered in Ipomoea purpurea (common morning glory), it was classified as an autonomous element capable of movement within the genome. As Tip100 data were already available in databases, the sequences of related elements in ten additional species of Ipomoea and five commercial varieties were isolated and analyzed. Evolutionary analysis based on sequence diversity in nuclear ribosomal Internal Transcribed Spacers (ITS), was also applied to compare the evolution of these elements with that of Tip100 in the Ipomoea genus. Tip100 sequences were found in I. purpurea, I. nil, I. indica and I. alba, all of which showed high levels of similarity. The results of phylogenetic...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: HAT; Transposable elements; Ac-Ds; Ipomoea; Genome evolution; ITS.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000300013
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