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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/908712
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/909360
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A host specialized form of Ceratocystis fimbriata causes seed and seedling blight on native Carapa guianensis (andiroba) in Amazonian rainforests. Repositório Alice
VALDETARO, D. C. O. F.; HARRINGTON, T. C.; OLIVEIRA, L. S. S.; GUIMARÃES, L. M. S.; MCNEW, D. L.; PIMENTA, L. V. A.; GONCALVES, R. C.; SCHURT, D. A.; ALFENAS, A. C..
Ceratocystis fimbriata Ellis & Halsted recently was recorded causing seed and seedling blight on Carapa guianensis Aubl. (andiroba), a tree species native to the Amazon Rainforest and prized for its valuable timber and medicinal seed oil. C. fimbriata more commonly causes wilt type diseases in woody hosts, especially on non-native host trees. However, on andiroba the disease occurs on seedlings and seeds, affecting the species regeneration. We studied 73 isolates of C. fimbriata on andiroba from three regions of the Amazon Basin to see if they represented natural or introduced populations. Analysis of ITS rDNA sequences and phylogenetic analysis of mating type genes revealed new haplotypes of C. fimbriata from the Latin American Clade that were closely...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Produto florestal não madeireiro (PFNM); Enfermedades fungales de las plantas; Plantas de semilleros; Semillas; Variación genética; Repeticiones de microsatélite; Marcador microssatélite; Stem blight; Tizón del tallo; Andiroba; Carapa Guianensis; Doença Fúngica; Fungo; Ceratocystis Fimbriata; Plântula; Semente; Variação Genética; Marcador Genético; Nontimber forest products; Fungal diseases of plants; Seedlings; Seeds; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107239
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Análise do genoma funcional de Arachis pintoi e desenvolvimento de novos marcadores moleculares. Repositório Alice
OLIVEIRA, J. C. de.
O amendoim forrageiro (Arachis pintoi Krapov. e W.C. Greg.) tem apresentado resultados importantes na pecuária por seu alto valor nutritivo, o que tem contribuído no aumento da produção de leite, ganho de peso no gado de corte e redução no tempo de abate em até nove meses. Além disso, seu uso como cobertura verde em consórcios com culturas comerciais tem contribuído na redução da erosão, manutenção da umidade do solo, ciclagem de nutrientes, fixação biológica de nitrogênio e baixas emissões de óxido nitroso. O uso de sequenciamento nova geração (NGS) pode auxiliar no conhecimento da biologia da espécie e desenvolvimento de novas cultivares. O objetivo do presente trabalho foi analisar o genoma funcional de Arachis pintoi por meio de dados de RNA-Seq e...
Tipo: Teses Palavras-chave: Amendoim forrageiro; Forage peanut; Cacahuetes forrajeros; Marcador microssatélite; Genetic analysis; RNA-Seq; Leguminosas forrajeras; Fitomejoramiento; Polimorfismo de nucleótido simple; Repeticiones de microsatélite; Análisis genético; Leguminosa Forrageira; Melhoramento Genético Vegetal; Marcador Genético; Genoma; Análise; Forage legumes; Plant breeding; Genetic markers; Single nucleotide polymorphism; Microsatellite repeats; Genome.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127550
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Analysis of the leaf transcriptome of Musa acuminata during interaction with Mycosphaerella musicola: gene assembly, annotation and marker development. Repositório Alice
PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. O. de; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. C. de; AZEVEDO, V. C. R.; BRASILEIRO, A. C. M.; AMORIM, E. P.; FERREIRA, C. F.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; SILVA JUNIOR, O. B. da; MILLER, R. T N. G..
Background: Although banana (Musa sp.) is an important edible crop, contributing towards poverty alleviation and food security, limited transcriptome datasets are available for use in accelerated molecular-based breeding in this genus. 454 GS-FLX Titanium technology was employed to determine the sequence of gene transcripts in genotypes of Musa acuminata ssp. burmannicoides Calcutta 4 and M. acuminata subgroup Cavendish cv. Grande Naine, contrasting in resistance to the fungal pathogen Mycosphaerella musicola, causal organism of Sigatoka leaf spot disease. To enrich for transcripts under biotic stress responses, full length-enriched cDNA libraries were prepared from whole plant leaf materials, both uninfected and artificially challenged with pathogen...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Banana; Fungo; Musa Acuminata; Mycosphaerella Musicola; Transcriptome; Microsatellite repeats.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/964212
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Analysis of transferability of microsatellite primers (SSR) in wild Passiflora species and intraspecific genetic diversity in Passiflora alata. Repositório Alice
SILVA, M. A. A.; SOUZA, M. M.; SILVA, G. S.; MELO, C. A. F.; CORRÊA, R. X.; ARAÚJO, I. S.; CONCEIÇÃO, L. D. H. C. S. da.
ABSTRACT. The genus Passiflora L. is the most representative of Passifloraceae, with over 500 known species, among which 150-200 originated from Brazil. In addition to the great commercial importance of this genus for the fruit market, many of the species have exotic flowers with a huge diversity of colors and can thereby be exploited as ornamental plants. This study was aimed at investigating the transferability of microsatellite primers in wild Passiflora species (P. cacao, P. cincinnata, P. glandulosa, P. gibertii, and P. mucronata) and characterizing 29 P. alata accessions using microsatellite primers that were previously developed in a library enriched with microsatellites from P. edulis f. flavicarpa for P. alata. The interspecies cross-amplification...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Diversidade genética; Marcador microsatelite; Transferabilidade de primers; Marcador genético; Maracujá; Flor; Melhoramento genético vegetal; Passiflora alata; Genetic variation; Microsatellite repeats; DNA primers.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1008509
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Avaliação da transferibilidade para Euterpe precatoria de marcadores microssatélites desenvolvidos para Euterpe edulis. Repositório Alice
AZEVEDO, H. S. F. da S.; RUFINO, P. B.; CAVALCANTE, L. do N.; AZEVEDO, J. M. A. de; WADT, L. H. de O.; CAMPOS, T. de.
Euterpe precatoria, conhecido popularmente como açaí-solteiro apresenta potencial agronômico, tecnológico e econômico e vem ganhando destaque pela comercialização de seus frutos. A produção desse açaizeiro está baseada no extrativismo e por isso práticas de manejo têm sido recomendadas para uma coleta sustentável. Para se recomendar taxas sustentáveis de coleta dos frutos, é fundamental se ter informações sobre a variabilidade genética das populações naturais O açaizeiro apresenta grande importância, devido à crescente demanda por seus frutos nos mercados consumidores: local, regional e nacional. Esta crescente procura, faz com que seja incentivado estudos de diversidade e estrutura genética de populações de açaizeiros nativos, visando a conservação, uma...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Manejo sustentável; Agricultura sustentable; Variación genética; Repeticiones de microsatélite; Novo Segredo; Formoso; Terra Indígena Kaxinawá de Nova Olinda (TIKNO); Feijó (AC); Acre; Amazônia Ocidental; Western Amazon; Amazonia Occidental; Melhoramento Genético Vegetal; Açaí; Euterpe Edulis; Variação Genética; Fruto; Marcador Genético; Sustainable agriculture; Plant breeding; Euterpe precatoria; Arecaceae; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107227
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Caracterização da diversidade genética de acessos do banco de germoplasma de seringueira. Repositório Alice
SOUZA, C. S. de.
A seringueira (Hevea brasiliensis) é uma planta popularmente conhecida por ser a principal fonte de borracha natural. Assim, é fundamental que este recurso genético esteja devidamente avaliado e caracterizado. O objetivo desse trabalho foi caracterizar por meio de marcadores microssatélites a diversidade genética de acessos do banco de germoplasma de seringueira da Embrapa Amazônia Ocidental, Embrapa Amazônia Oriental e Embrapa Cerrados. Foram amostrados 318 acessos, pertencentes às espécies Hevea brasiliensis, Hevea pauciflora, Hevea rigidifolia e híbridos interespecíficos. Foram testados 10 marcadores microssatélites. Os produtos amplificados foram genotipados em sequenciador automático. As estimativas genéticas estimadas foram: heterozigosidade esperada...
Tipo: Teses Palavras-chave: Marcador microssatélite; Ruber tree; Árbol de goma; Hevea pauciflora; Hevea rigidifolia; Fitomejoramiento; Variación genética; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite; Seringueira; Hevea Brasiliensis; Melhoramento Genético Vegetal; Variação Genética; Marcador Genético; Genótipo; Polimorfismo Genético; Plant breeding; Genetic variation; Genetic markers; Genotype; Genetic polymorphism; Microsatellite repeats.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1091127
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Caracterização da diversidade genética de genitores de amendoim forrageiro por meio de marcadores microssatélites. Repositório Alice
FERREIRA, J. A.; SILVA, H. F.; ASSIS, G. M. L. de; CAMPOS, T. de.
O amendoim forrageiro é uma leguminosa herbácea tropical com destaque em sua utilização na agropecuária. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar molecularmente nove acessos do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Acre utilizados como genitores em cruzamentos de Arachis spp. por meio de marcadores microssatélites. Foram utilizados seis locos microssatélites para a caracterização dos acessos de A. pintoi e A. repens. Através da genotipagem molecular dos locos foi possível caracterizar os nove genitores, estimar a distância genética entre eles e agrupá-los em um dendrograma. Os acessos mais similares foram Ap53 e Ap75, e o que mais apresentou isolamento no agrupamento foi Ar67 único representante da espécie A. repens. A utilização de marcadores...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Amendoim forrageiro; Forage peanut; Cacahuetes forrajeros; Arachis repens; Marcador microssatélite; Embrapa Acre; Acre; Genotipagem; Desenvolvimento de cultivares; Fitomejoramiento; Leguminosas forrajeras; Hibridación; Repeticiones de microsatélite; Variación genética; Conservación del germoplasma; Rio Branco (AC); Amazônia Ocidental; Western Amazon; Amazonia Occidental.; Hibridação; Marcador Molecular; Seleção Genótipa; Melhoramento Genético Vegetal; Leguminosa Forrageira; Banco de Germoplasma.; Variação Genética; Plant breeding; Germplasm conservation.; Forage legumes; Arachis pintoi; Hybridization; Microsatellite repeats; Genetic variation; Genotyping.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/941804
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Caracterização de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro para o desenvolvimento de novos microssatélites. Repositório Alice
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; FORMIGHIERI, E. F.; CAMPOS, T. de.
O uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi) em pastagens consorciadas com gramíneas tem importância econômica e ambiental. Avanços no programa de melhoramento da espécie podem ser obtidos com a ampla informação gerada pelo sequenciamento de segunda geração. A tecnologia de RNA-Seq permite obter extensa cobertura dos genes existentes no genoma com custo consideravelmente baixo. Os dados gerados possibilitam identificar novos marcadores, validar genes e rotas metabólicas. Atualmente existem poucos microssatélites disponíveis para o amendoim forrageiro. Assim, o objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites a partir de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro. O RNA de duas cultivares (Belomonte e Amarillo MG-100) foi...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Pastos forrajeros; Forage peanut; Cacahuetes forrajeros; RNA-Seq; RNA sequencing; Belomonte; Amarillo MG-100; Genoma funcional; Cultivo mixto; Leguminosas forrajeras; Repeticiones de microsatélite; Análisis de secuencia; Embrapa Acre; Rio Branco (AC); Acre; Amazônia Ocidental; Western Amazon; Amazonia Occidental.; Amendoim forrageiro; Pastagem Consorciada; Marcador Genético; Banco de Germoplasma.; Leguminosa Forrageira; Gramínea Forrageira; Sequence analysis; Germplasm conservation.; Forage legumes; Arachis pintoi; Microsatellite repeats; Mixed cropping; Forage grasses.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125415
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Caracterização de etnovariedades de mandioca utilizadas na produção da farinha de Cruzeiro do Sul. Repositório Alice
SIVIERO, A.; BERGO, C. L.; SILVA, L. M. da; KLEIN, M. A.; CAMPOS, T. de.
No Território da Cidadania do Vale do Juruá os genótipos de mandioca mais utilizados são provenientes do processo de seleção feito informalmente pelos agricultores, com nomenclaturas de variedades que podem variar entre os agricultores. Desta forma, busca-se definir discriminantes de uma cultivar e também o número exato de genótipos utilizados num mesmo local. Assim, destaca-se a importância da caracterização botânica, agronômica e molecular dessas cultivares, buscando determinar a sua identidade genética, ou seja, a variabilidade genética e as diferenças existentes entre elas, permitindo identificar materiais repetidos que pode ter denominações distintas. Além disso, a definição de descritores é necessária para a obtenção de passaportes das variedades com...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Yuca; Marcador microssatélite; Território da Cidadania; Vale do Juruá (AC); Cruzeiro do Sul (AC); Acre; Western Amazon; Amazônia Ocidental; Análisis estadístico; Ensayos de variedades; Harina de yuca; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite; Mandioca; Manihot esculenta; Farinha; Produção; Variedade; Marcador molecular; Análise estatística; Características Agronômicas.; Cassava; Variety trials; Agronomic traits; Genetic markers; Microsatellite repeats; Statistical analysis; Cassava flour.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1090513
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Certificação molecular de hibridação intraespecífica em amendoim forrageiro por meio de marcadores SSRS. Repositório Alice
FERREIRA, J. A.; CUNHA, M. O. da; ASSIS, G. M. L. de; CAMPOS, T. de.
Arachi pintoi é uma leguminosa de grande interesse agropecuário devido à alta produção de forragem, capacidade de fixar nitrogênio e boa tolerância ao sombreamento. Através da técnica de hibridação, a variabilidade genética da espécie pode ser utilizada em programas de melhoramento para geração de novos cultivares. A natureza codominante e multialélica dos marcadores microssatélites faz com que estes sejam ideais para o estudo de identificação molecular de cruzamentos. O objetivo desse trabalho foi selecionar um conjunto polimórfico de locos microssatélites para certificar hibridação em cruzamentos de A. pintoi. A partir de um conjunto de vinte e um marcadores foi possível selecionar seis locos com adequado padrão de leitura. Estes marcadores foram...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Amendoim forrageiro; Forage peanut; Rio Branco (AC); Cacahuetes forrajeros; Marcador microssatélite; Genotipagem; Desenvolvimento de cultivares; Fitomejoramiento; Leguminosas forrajeras; Hibridación; Repeticiones de microsatélite; Variación genética; Conservación del germoplasma; Embrapa Acre; Acre; Amazônia Ocidental; Western Amazon; Amazonia Occidental.; Melhoramento Genético Vegetal; Leguminosa Forrageira; Seleção Genótipa; Hibridação; Marcador Molecular; Variação Genética; Banco de Germoplasma.; Plant breeding; Forage legumes; Arachis pintoi; Hybridization; Microsatellite repeats; Genetic variation; Germplasm conservation.; Genotyping.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/941803
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Characterization of resistance to rice tungro spherical virus in rice (Oryza sativa L.) and gene mapping using microsatellite markers International Rice Research Institute
Muhsin, Muhammad.
xi, 72 l. : ill. Thesis (Ph.D.) -- University of the Philippines at Los Baños
Tipo: Thesis Palavras-chave: Rice; Plant viruses; Rice tungro spherical virus; Chromosome mapping; Microsatellite repeats; Disease resistance; Genetic engineering; Tungro disease.
Ano: 2004 URL: http://hdl.handle.net/123456789/387
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Desenvolvimento, validação, transferibilidade e aplicação de marcadores microssatélites em estudos genéticos das passifloras. Repositório Alice
ARAYA, S..
O gênero Passiflora compreende centenas de espécies silvestres e cultivadas de maracujá que possuem diversos usos na alimentação, na indústria, na medicina e também no paisagismo. Esforços para desenvolver ferramentas de análises genéticas em Passiflora edulis Sims, a espécie mais importante do gênero Passiflora, ainda são incipientes. Nessa pesquisa, é descrito o uso do Sequenciamento de Nova Geração para a montagem parcial do genoma de P. edulis com o intuito de desenvolver centenas de novos marcadores microssatélites. Um total de 14,11 Gpb de reads de sequências paired-end de Illumina foram analisadas para detectar sequências simples repetidas no genoma de maracujá. Uma amostra de 1.300 contigs que continham sequencias de microssatélites foram...
Tipo: Teses Palavras-chave: Microssatélites.; Maracujá; Marcador genético; Cruzamento vegetal; Intercruzamento; Passiflora Edulis.; Passion fruits; Genetic markers; Microsatellite repeats; Mating systems; Interspecific hybridization..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1069454
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Detection and application of novel SSR markers from transcriptome data for Astronium fraxinifolium Schott, a threatened Brazilian tree species. Repositório Alice
CORNACINI, M. R.; MANOEL, R. O.; ALCANTARA, M. A. M.; MORAES, M. L. T.; SILVA, E. A. A.; PEREIRA NETO, L. G.; SEBBENN, A. M.; ROSSINI, B. C.; MARINO, C. L..
Astronium fraxinifolium is an endangered tree species from Brazil. Due to its significance in environmental reforestation, as well as the continued exploitation of its wood, it is necessary to develop management programs that support the conservation of the species. Simple sequence repeats (SSR) or microsatellite markers are widely used in population genetic studies across a range of diverse organisms. In this study, we present the first SSR markers developed for A. fraxinifolium as well as their frequency and distribution based on transcriptome data. From transcriptome data, we identified more than 100 thousand sequences presenting microsatellites, with a predominant distribution of trinucleotide repeats. From the initial screening, we selected 20...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Conservation genetics; Microsatellite markers; Anacardiaceae; Astronium Fraxinifolium; Population genetics; Microsatellite repeats; Genetic markers; Conservation plants.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1131540
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Development and characterization of new microsatellites for Eugenia dysenterica DC (Myrtaceae). Repositório Alice
TELLES, M. P. C.; SILVA, J. B.; RESENDE, L. V.; VIANELLO, R. P.; CHAVES, L. J.; SOARES, T. N.; COLLEVATTI, R. G..
Microsatellite markers were developed for population genetic analyses of the Neotropical tree Eugenia dysenterica DC (Myrtaceae), after construction of a shotgun genomic library for microsatellite discovery. Nine primers were designed, of which 5 yielded amplified product. These primers were polymorphic for 97 individuals collected in 3 distinct localities. The number of alleles per locus (primer) ranged from 3 to 11 and expected heterozygosities varied from 0.309 to 0.884. The probability of locus identity was ~1.88 x 10-4 and the probability of paternity exclusion was ~0.9367. The 5 microsatellite primer pairs may be suitable for population genetic studies such as parentage and fine-scale genetic analyses of this species.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Fruta tropical; Cerrado; Cagaita; Marcador molecular; Variação genética; Genetic variation; Microsatellite repeats.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/978390
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Development of expressed sequence tag and expressed sequence tag-simple sequence repeat marker resources for Musa acuminata. Repositório Alice
PASSOS, M. A. N.; CRUZ, V. de O.; EMEDIATO, F. L.; TEIXEIRA, C. de C.; SOUZA JUNIOR, M. T.; MATSUMOTO, T.; AZEVEDO, V. C. R.; FERREIRA, C. F.; AMORIM, E. P.; FIGUEIREDO, L. F. de A.; MARTINS, N. F.; CAVALCANTE, M. de J. B.; BAURENS, F. C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PIGNOLET, L.; ABADIE, C.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..
Banana (Musa acuminata) is a crop contributing to global food security. Many varieties lack resistance to biotic stresses, due to sterility and narrow genetic background. The objective of this study was to develop an expressed sequence tag (EST) database of transcripts expressed during compatible and incompatible banana-Mycosphaerella fijiensis (Mf) interactions. Black leaf streak disease (BLSD), caused by Mf, is a destructive disease of banana. Microsatellite markers were developed as a resource for crop improvement.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Marcador microssatélite; Bananos; Plant breedind; Marcadores genéticos; Firomejoramiento; Repeticiones de microsatélite.; Enfermedades y desórdenes de las plantas; Melhoramento genético vegetal; Banana; Musa acuminata; Marcador genético; Variedade resistente; Doença de planta; Melhoramento vegetal; Fungo; Sigatoka negra; Mycosphaerella fijiensis; Plátano.; Bananas; Genetic markers; Microsatellite repeats; Plant diseases and disorders; Fungi; Black sigatoka..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/953929
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Development of herbicide-tolerant irrigated rice cultivars. Repositório Alice
RANGEL, P. H. N.; MOURA NETO, F. P.; FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JÚNIOR, A. M. de; MORAIS, O. P. de; SCHMIDT, A. B.; MENDONÇA, J. A.; SANTIAGO, C. M.; RANGEL, P. N.; CUTRIM, V. dos A.; FERREIRA, M. E..
The objective of this work was to develop new irrigated rice lines tolerant to imidazolinone herbicides. The backcross breeding procedure was used to transfer the imidazolinone tolerance allele from mutant 93AS3510 to the recurrent parents 'BRS 7 Taim' and 'BRS Pelota'. Individual herbicide-tolerant plants were selected in each generation, for three backcrossings (RC1 to RC3), followed by three selfing generations (RC3F1 to RC3F3). The best four RC3F3 lines for agronomic traits were genotyped with 44 microsatellite markers. The observed conversion index of the new imidazolinone-tolerant lines varied from 91.86 to 97.67%. Pairwise genetic distance analysis between these lines and 22 accessions from the Embrapa’s Rice Germplasm Bank clustered the new lines...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Arroz Clearfield; Microssatélite; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento genético vegetal; Retrocruzamento; Arroz vermelho; Rice; Red rice; Microsatellite repeats.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/861297
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Development of microsatellite markers in Guineagrass (Panicum maximum Jacq.) and their transferability to other tropical forage grass species. Repositório Alice
SOUSA, A. C. B.; JUNGMANN, L.; CAMPOS, T. de; SFORÇA, D. A.; BOAVENTURA, L. R.; SILVA, G. M. B.; ZUCCHI, M. I.; JANK, L.; SOUZA, A. P..
The Guineagrass (Panicum maximum Jacq.) is one of the most important tropical forage grasses, but genetic knowledge and tools regarding this species are still limited. Therefore, 20 novel polymorphic microsatellite markers were developed, validated, and employed in estimating genetic relationships among 25 P. maximum genotypes selected from a Brazilian germplasm collection. In addition, they were tested for cross-species amplification in four other forage grass species. The number of alleles observed for each locus ranged from 4 to 12 (average 6.7). The values of polymorphism information content (PIC) varied from 0.41 to 0.83 (average 0.61) and the discriminating power (D) ranged from 0.53 to 0.98 (average 0.72). Cross-amplification demonstrated the...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Capim Tanzânia; Guineagrass; Marcador microssatélite; Amplificação cruzada; Fitomejoramiento; Repeticiones de microsatélite; Pastos forrajeros; Marcadores genéticos; Variación genética.; Melhoramento genético vegetal; Gramínea forrageira; Capim Colonião; Panicum maximum; Seleção genótipa; Variação genética; Marcador genético; Polimorfismo genético; Genótipo.; Plant breeding; Forage grasses; Megathyrsus maximus; Genotype; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats; Genetic polymorphism..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/901385
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Diversidade e estrutura genética de Swietenia macrophylla King em floresta manejada na Amazônia sul-ocidental. Repositório Alice
OLIVEIRA, S. S. de.
Swietenia macrophylla King é uma espécie monoica, alógama, e ameaçada de extinção com alto valor econômico para a indústria madeireira. O objetivo desse estudo foi conhecer a diversidade e estrutura genética de Swietenia macrophylla King em floresta manejada na Amazônia Sul-Ocidental. Foram coletados material vegetal de 83 indivíduos adultos e 187 juvenis. Foram testatos 12 marcadores microssatélites para a caracterização da diversidade e estruturação genética espacial. Foi realizada a análise de parentesco pela determinação dos padrões de fluxo de pólen e distância de dispersão. Foi estimada a taxa efetiva de autofecundação, a taxa de cruzamento de indivíduos aparentados e não aparentados. Foi avaliado o sistema reprodutivo da espécie com base no método...
Tipo: Teses Palavras-chave: Fitomejoramiento; Variación genética; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite; Amazônia Sul-Ocidental; Melhoramento Genético Vegetal; Variação Genética; Endogamia; Mogno; Swietenia Macrophylla; Marcador Molecular; Plant breeding; Genetic variation; Inbreeding; Genetic markers; Microsatellite repeats.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110195
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