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Alternative models for QTL detection in livestock. II. Likelihood approximations and sire marker genotype estimations Inra
Mangin, B.; Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M..
Dans ce papier, nous comparons quatre méthodes, qui permettent de résoudre le problème relatif à la phase inconnue des mâles aux marqueurs dans des familles de demi-germains, lorsque aucune information sur les grands-parents n’est disponible. Ces méthodes sont comparées, en utilisant l’approximation gaussienne de la vraisemblance à l’intérieur de chaque descendance à la place de la vraisemblance du mélange de distribution. Dans la première étude par simulation, les propriétés respectives du modèle gaussien et du modèle de mélange sont étudiées pour la méthode la plus simple de reconstruction des gamètes des mâles. Les deux modèles conduisent à des tests comparables au regard de leur puissance mais l’erreur quadratique moyenne d’estimation de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; PHASE DE LINKAGE INCONNU; TEST DU RAPPORT DE VRAISEMBLANCE HALF-SIB FAMILIES; QTL DETECTION; UNKNOWN LINKAGE PHASE; GAUSSIAN APPROXIMATION; LOG-LIKELIHOOD RATIO TEST.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200757228d08&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. III. Heteroskedastic model and models corresponding to several distributions of the QTL effect Inra
Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M.; Mangin, B..
Ce papier décrit deux types de modèles alternatifs pour la détection de QTL dans les populations animales : un modèle hétéroscédastique d’une part, et des modèles correspondants à différentes hypothèses sur la distribution de l’effet de substitution du QTL pour chaque mâle : un nombre fixe et limité d’allèles ou au contraire un nombre infini d’allèles. Les puissances des différents tests construits avec ces hypothèses sont calculées dans différentes situations. L’estimation de la variance génétique liée au QTL est donnée dans certaines situations. Les résultats montrent de faibles différences de puissance entre les différents modèles, mais des différences importantes dans la qualité des estimations. De plus, on construit un modèle dans une...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; MODELE HETEROSCEDASTIQUE; DESEQUILIBRE DE LIAISON; DETECTION DE QTL HALF-SIB FAMILIES; HETEROSKEDASTIC MODEL; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; QTL DETECTION.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20072be1f4a8&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Methods for the detection of multiple linked QTL applied to a mixture of full and half sib families Inra
Gilbert, H.; Le Roy, P..
A new multiple trait strategy based on discriminant analysis was studied for efficientdetection of linked QTL in outbred sib families, in comparison with a multivariate likelihoodtechnique. The discriminant analysis technique describes the segregation of a linear combinationof the traits in a univariate likelihood. This combination is calculated for each pair of positionsdepending on the inheritance of the pairs of QTL haplotypes in the progeny. The gainsin power and accuracy for position estimations of multiple trait methods in grid searches wereevaluated in reference to single trait detections of linked QTL. The methods were applied tosimulated designs with two correlated traits submitted to various effects from the linked QTL.Multiple trait strategies...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QTL DETECTION; LINKED QTL; MULTIPLE TRAIT; SIB FAMILIES; SIMULATIONS.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008f13e17f3&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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