SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2009292cbb66&uri=/notices/prodinra1/2009/12/

Elsen, J.M.; Filangi, O.; Gilbert, H.; Le Roy, P.; Moreno-Romieux, C..

Tipo: Journal Article

Palavras-chave: QTL; FAST ALGORITHM; TRANSMISSION; DENSE MAPS; PROBABILITIES; ESTIMATION.

Ano: 2009

A first generation integrated map of the rainbow trout genome

URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD201141cecd7b&uri=/notices/prodinra1/2011/06/

Palti, Y.; Genet, C.; Luo, M.C.; Charlet, A.; Gao, G.; Hu, Y.; Castaño-Sánchez, C.; Tabet-Canale, K.; Krieg, F.; Yao, J.; Vallejo, R.L.; Rexroad III, C.E..

Background: Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) are the most-widely cultivated cold freshwater fish in the worldand an important model species for many research areas. Coupling great interest in this species as a researchmodel with the need for genetic improvement of aquaculture production efficiency traits justifies the continueddevelopment of genomics research resources. Many quantitative trait loci (QTL) have been identified forproduction and life-history traits in rainbow trout. An integrated physical and genetic map is needed to facilitatefine mapping of QTL and the selection of positional candidate genes for incorporation in marker-assisted selection(MAS) programs for improving rainbow trout aquaculture production.Results: The first generation...

Tipo: Journal Article

Palavras-chave: Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss); Genomic research; QTL; Genome; Genetic maps.

Ano: 2011

A first linkage map for the European flat oyster, Ostrea edulis towards the identification of Bonamia resistance QTLs

ArchiMer

Lallias, Delphine; Beaumont, Andy; Haley, Chris; Heurtebise, Serge; Boudry, Pierre; Lapegue, Sylvie.

The flat oyster Ostrea edulis is an endemic European oyster species, found on both Atlantic and Mediterranean coasts. Its aquacultural production has dramatically decreased due to two successive diseases caused by the intracellular parasites Marteilia refringens and Bonamia ostreae. Since 1985, Ifremer has undertaken a breeding program to produce oyster families which are tolerant to Bonamia. In this context, a genetic map was therefore established as a basis for Quantitative Trait Loci (QTLs) analysis. The reference family was an F2 family coming from a first bi-parental cross between a wild oyster and an individual from the fifth generation inbred line of the Bonamia tolerance selection program. This inbred line had shown no mortality when reared in...

Tipo: Text

Palavras-chave: Parasite; Bonamia ostreae; Bonamiosis; QTL; Genetic; Ostrea edulis; Flat oyster.

Ano: 2007

URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/acte-3459.pdf

A microsatellite-based consensus linkage map for species of Eucalyptus and a novel set of 230 microsatellite markers for the genus.

A microsatellite-based consensus linkage map for species of Eucalyptus and a novel set of 230 microsatellite markers for the genus.

BRONDANI, R. P. V.; WILLIAMS, E. R.; BRONDANI, C.; GRATTAPAGLIA, D..

Tipo: Separatas

Palavras-chave: Marcadores microssatélites; Genômica comparativa; QTL; Eucalyptus.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188047

A new view on aphid resistance in melon: the role of Aphis gossypii variability

BRONDANI, R. P. V.; WILLIAMS, E. R.; BRONDANI, C.; GRATTAPAGLIA, D..

Eucalypts are the most widely planted hardwood trees in the world occupying globally more than 18 million hectares as an important source of carbon neutral renewable energy and raw material for pulp, paper and solid wood. Quantitative Trait Loci (QTLs) in Eucalyptus have been localized on pedigree-specific RAPD or AFLP maps seriously limiting the value of such QTL mapping efforts for molecular breeding. The availability of a genus-wide genetic map with transferable microsatellite markers has become a must for the effective advancement of genomic undertakings. This report describes the development of a novel set of 230 EMBRA microsatellites, the construction of the first comprehensive microsatellite-based consensus linkage map for Eucalyptus and the...

Tipo: Artigo de periódico

Palavras-chave: Marcadores microssatélites; Genômica comparativa; QTL; Eucalyptus.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/207201

National Institute of Agronomic Research

Boissot, N.; Mistral, P.; Chareyron, V.; Dogimont, C..

Resistance to Aphis gossypii in Cucumis melo has been largely studied but A. gossypii variability has never been considered. Resistance to colonization by A. gossypii, clone NM1, and to non persistent virus transmission by this clone is conferred by a NBS-LRR gene called Vat, isolated in the PI 161375 accession. We investigated resistance to A. gossypii with four clones of A. gossypii that belong to two very distinct genotypes, NM1 and C9. The Vat gene conferred a high level of resistance to a NM1 clone and partial resistance to a C9 clone. Four additive QTL and two pairs of epistatic QTL were detected in a recombinant inbred line population derived from the cross ‘Védrantais’ x PI 161375. Half of them clearly have a specific effect on the acceptance by...

Tipo: Conference Paper

Palavras-chave: Cucumis melo; Vat; QTL; Insect resistance; Allelic variability; Disease resistance; Virus vector; Virus transmission; SSR markers; Aphis gossypii.

Ano: 2008

URL: http://hdl.handle.net/2174/207

Agronomical, genetical and developmental characterization of fs6.4: a Quantitative Trait Locus controlling melon fruit shape

National Institute of Agronomic Research

Moreno, E.; Fernández-Silva, I.; Eduardo, I.; Mascarell, A.; Alvarez, J.M.; Caño, A.; Monforte, A.J..

The genetic control of melon fruit shape is complex. Recently, several Quantitative Trait Loci (QTLs) affecting melon fruit shape have been identified using an introgression line population derived from the cross between a Cucumis melo ‘Piel de Sapo’ cultivar and the Korean accession PI 161375 ‘Songwan Charmi’ (SC). One of these QTLs, fs6.4, was selected for further genetical and developmental characterization. The SC allele of fs6.4 induces round fruit by limiting the longitudinal development of the fruit. Its mode of gene action is largely additive, showing low interactions with environment, genetic background or when combined with other fruit shape QTLs. Its chromosomal position could be narrowed to the central part of Linkage Group VI, breaking the...

Tipo: Conference Paper

Palavras-chave: Introgression line; Epistasis; Interaction; Flower development; QTL; Fruit shape; Genetic mapping; Fine mapping; Fruit morphology.

Ano: 2008

URL: http://hdl.handle.net/2174/198

Algoritmo para cálculo da proporção de genes idênticos por descendência, para mapear QTL em famílias de meio-irmãos

R. Bras. Zootec.

Martinez,Mario Luiz; Vukasinovic,Natascha.

O desenvolvimento de mapas de ligação tem estimulado a procura por métodos que permitam mapear genes responsáveis por variação em loci de características quantitativas (QTL). O método de pares-de-irmãos com base na relação entre indivíduos idênticos por descendência (IBD) tem sido utilizado para mapear QTLs. O objetivo deste trabalho foi estender o método de HASEMAN e ELSTON (1972) para se estimar a proporção (pi) de genes IBD em famílias de meio-irmãos. Os resultados obtidos sugerem que os procedimentos usados foram eficientes para se estimar p, mesmo quando os genótipos dos pais foram parcial ou totalmente desconhecidos.

Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore.

Palavras-chave: Genes idênticos por descendência; Meio-irmãos; QTL.

Ano: 2000

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982000000200018

Análise de QTL para produtividade baseada em linhas puras recombinantes de arroz.

DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..

Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.

Tipo: Separatas

Palavras-chave: ABC; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Nelore.; Bos Indicus; Bovino..

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002861

Análise de QTLs do cruzamento IRAT 122 (japonica) x Araguaia (japonica).

SILVA, D. R. A.; VIANELLO, R. P.; MENDONÇA, J. A.; CORDEIRO, A. C. C.; BRONDANI, C..

Este trabalho teve por objetivo identificar genes associados à produtividade por meio da genotipagem por sequenciamento e uma posterior análise de QTL.

Tipo: Parte de livro

Palavras-chave: QTL; Arroz; Oryza sativa; Gene.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1066155

Análise dos dados moleculares genotipados via GBS da populaçao RIL de arroz para uma posterior análise de QTL.

SILVA, D. R. A.; CASTRO, A. P. de; CORDEIRO, A. C. C.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F. P.; BRONDANI, C..

O objetivo deste trabalho consiste na identificação de genes e combinações alélicas que estejam associadas à produtividade de grãos e a massa de 100 grãos em arroz por meio de análises de QTLs, utilizando mapa genético de alta resolução baseado em marcadores SNPs.

Tipo: Parte de livro

Palavras-chave: QTL; Arroz; Oryza sativa; Cruzamento; Melhoramento genético vegetal.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084145

Análise univariada de modelos lineares mistos para população de mapeamento de QTL em arroz.

SILVA, D. R. A.; BORBA, T. C. de O.; GARCIA, A. L. B.; PANTALIÃO, G. F.; BRONDANI, C..

O objetivo desse trabalho consiste na análise e filtragem dos dados de marcadores SNPs obtidos pela genotipagem por sequenciamento (GBS) provinda da população RIL (linhas puras recombinantes) em estudo, com o intuito de obter apenas marcadores SNPs polimórficos para uma posterior análise de QTL para produtividade em arroz.

Tipo: Parte de livro

Palavras-chave: QTL; SNPs; Protutividade.; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento genético vegetal..

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1022482

Apport des informations moléculaires et cellulaires pour la caractérisation de la résistance de l'huître plate européenne vis-à-vis de la bonamiose, et pour la détection de signatures de la sélection naturelle

BENÍCIO, C. G.; BORBA, T. C. de O.; BUENO, L. G.; BRONDANI, C..

O experimento para avaliação da progênie segregante de 224 famílias (F2:4) foi conduzido no delineamento de blocos aumentados de Federer com três repetições e quatro testemunhas para dois ambientes (déficit hídrico e condições normais de irrigação). O ensaio foi analisado por meio de análise univariada de modelos lineares mistos através do software R.

Tipo: Parte de livro

Palavras-chave: QTL; Arroz; Oryza sativa; Método estatístico.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/923188

ArchiMer

Harrang, Estelle.

The European flat oyster, an endemic species from European coasts, has been classified in the category of "endangered and/or declining species" since 2003. Indeed, the natural beds of this oyster, consumed since ancient times, have gradually been decimated by over-exploitation and by successive emergence of parasitic diseases. The parasite that causes the disease called bonamiosis has contributed to drastically reduce the French and European aquacultural production of flat oyster. Marine bivalve molluscs display two specificities that restrict possibilities to fight against diseases: they are grown in an open environment, and possess an innate immune system lacking in adaptive response. In this context, the selection of animaIs naturally resistant to...

Tipo: Text

Palavras-chave: Huître plate Européenne; Ostre edulis; Bonamiose; Bonamia ostreae; Marqueurs SNP; Expression génique; Activité hémocytaire; Cartographie de liaison; QTL; EQTL; Populations naturelles; Diversité génétique; Sélection naturelle; European flat oyster; Ostrea edulis; Bonamiosis; Bonamia ostreae; SNP markers; Gene expression; Haemocytic activity; Linkage map; QTL; EQTL; Natural populations; Genetic diversity; Genetic structure; Natural selection.

Ano: 2012

URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00127/23785/21702.pdf

Apports de la génomique fonctionnelle à la cartographie fine de QTL

URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2011b4761a7f&uri=/notices/prodinra1/2011/05/

Le Mignon, G.; Blum, A.; Demeure, O.; Diot, C.; Le Bihan-Duval, E.; Le Roy, P.; Lagarrigue, S..

De nombreux progrès ont été réalisés ces dernières années en génomique. Le développement de technologies à base de supports miniaturisés,permet aujourd’hui d’explorer les génomes tant au niveau de leur structure que de leur expression. Les puces à ADN permettentainsi de génotyper plusieurs milliers de marqueurs SNP d’un génome ou encore de mesurer le niveau d’expression de plusieursmilliers de gènes d’un tissu. Combiner l’information génotypique avec des mesures phénotypiques élémentaires (ARNm, protéines ouencore métabolites) ouvre de nouvelles perspectives dans l’étude du fonctionnement du vivant et a donné naissance à un nouveauconcept, la «génétique génomique». Cet article est centré sur les apports de la «génétique génomique» dans le contexte de la...

Tipo: Journal Article

Palavras-chave: génomique; QTL; EQTL; Puces à ADN; Animaux d’élevage.

Ano: 2010

Associação de marcadores microssatélites com teores de óleo e proteína em soja

PAB

Rodrigues,Josiane Isabela da Silva; Arruda,Klever Márcio Antunes; Cruz,Cosme Damião; Piovesan,Newton Deniz; Barros,Everaldo Gonçalves de; Moreira,Maurilio Alves.

O objetivo deste trabalho foi avaliar a associação de marcadores microssatélites localizados próximos a locos de caracteres quantitativos (QTL) descritos na literatura, com os teores de óleo e proteína de genótipos de soja cultivados no Brasil. Quarenta e nove genótipos de soja foram avaliados em Viçosa, MG (12/2009); Visconde do Rio Branco, MG (2/2010); e São Gotardo, MG (2/2010 e 10/2011). Utilizou-se o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições. Os teores de óleo e proteína foram determinados por espectrometria do infravermelho. Foi observada ampla variabilidade genética para esses teores. Dos 65 marcadores microssatélites testados, 35 apresentaram associação significativa com pelo menos um dos teores, mas poucos foram consistentes com a...

Associação entre marcadores microssatélite ILSTS011 e peso ao nascimento no cromossomo 14 (BTA14) de bovinos.

Palavras-chave: Glycine max; Melhoramento; QTL; Seleção assistida.

Ano: 2013

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013000300003

Association of a locus on rat chromosome 4 with anxiety-related behaviors in two selectively bred rat lines

MIYATA, M.; GASPARINI, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ, M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V.; CAMPOS, A. L.; REGITANO, L. C. de A..

Tipo: Separatas

Palavras-chave: QTL; Bovinos; Cromossomo 14; Peso ao nascimento.

Ano: 2004

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/46849

Genet. Mol. Biol.

Hameister,Thaïs M.; Izídio,Geison S.; Valiati,Victor H.; Ramos,André.

The Floripa H and L rat lines, selected for high and low locomotion in the central aversive area of an open field, a widely used emotionality test, were proposed as a model for studying the genetic basis of anxiety. The present study aimed to verify if the QTL Ofil1, mapped to rat chromosome 4 and previously identified as being related to emotionality in another population of rats, contributes to the behavioral variability observed in the Floripa rat lines. To this purpose, rats of five generations of selective breeding were genotyped for two polymorphic markers, D4RAT59 and D4MGH27, flanking Ofil1. Changes in genotype and allele frequencies throughout generations were evaluated in both H and L lines, in order to assess if the bidirectional selection based...

Capacité adaptative des populations virales aux résistances quantitatives des plantes

Palavras-chave: QTL; Emotionality; Rat lines; Behavior genetics; Open field.

Ano: 2008

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572008000500008

URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2010ed6a0afb&uri=/notices/prodinra1/2011/01/

Cartier, E..

Le contournement de résistances qualitatives est observé dans de nombreuses interactions entre les plantes et leurs agents pathogènes ce qui démontre l'importance de créer des résistances durables. L'utilisation de résistances quantitatives, gouvernées par des QTL (loci à effet quantitatif), est une possibilité suggérée par certains travaux pour augmenter la durabilité de la résistance d'une variété. A partir de deux pathosystèmes, les interactions piment-Cucumber Mosaic Vitus (CMV) et piment-Potato Virus Y (PVY), l'étude de la capacité de ces virus à contourner les résistances quantitatives des plantes a pu être réalisée. Pour le PVY, au terme de six passages successifs sur des plantes partiellement résistantes, une érosion de la...

Tipo: Thesis

Palavras-chave: RESISTANCE QUANTITATIVE; CONTOURNEMENT; POTATO VIRUS Y (PVY); CUCUMBER MOSAIC VIRUS (CMV); QTL; AGRESSIVITE; FITNESS; MUTATION; VIRULENCE; AVIRULENCE; .

Ano: 2010

Caracterização de linhagens endogâmicas recombinantes e mapeamento de locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum

PAB

Faleiro,Fábio Gelape; Schuster,Ivan; Ragagnin,Vilmar Antônio; Cruz,Cosme Damião; Corrêa,Ronan Xavier; Moreira,Maurílio Alves; Barros,Everaldo Gonçalves de.

O objetivo deste trabalho foi caracterizar 154 linhagens endogâmicas recombinantes por meio da avaliação de características quantitativas, morfológicas, moleculares e de resistência a doenças e mapear locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum. Adotando o valor do limite de detecção (LOD) de 4,0 e uma freqüência máxima de recombinação de 0,40, foram mapeados 43 marcadores em nove grupos de ligação cobrindo uma distância de recombinação total de 247,8 cM. A distância entre marcadores adjacentes variou entre 0 e 28 cM, com média de 7,3 cM. Os grupos de ligação variaram em tamanho de 2,3 a 61,2 cM. Os genes de resistência à ferrugem e à antracnose ficaram localizados no mesmo grupo de ligação. Foram mapeados...