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A first linkage map for the European flat oyster, Ostrea edulis towards the identification of Bonamia resistance QTLs ArchiMer
Lallias, Delphine; Beaumont, Andy; Haley, Chris; Heurtebise, Serge; Boudry, Pierre; Lapegue, Sylvie.
The flat oyster Ostrea edulis is an endemic European oyster species, found on both Atlantic and Mediterranean coasts. Its aquacultural production has dramatically decreased due to two successive diseases caused by the intracellular parasites Marteilia refringens and Bonamia ostreae. Since 1985, Ifremer has undertaken a breeding program to produce oyster families which are tolerant to Bonamia. In this context, a genetic map was therefore established as a basis for Quantitative Trait Loci (QTLs) analysis. The reference family was an F2 family coming from a first bi-parental cross between a wild oyster and an individual from the fifth generation inbred line of the Bonamia tolerance selection program. This inbred line had shown no mortality when reared in...
Tipo: Text Palavras-chave: Parasite; Bonamia ostreae; Bonamiosis; QTL; Genetic; Ostrea edulis; Flat oyster.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/acte-3459.pdf
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A microsatellite-based consensus linkage map for species of Eucalyptus and a novel set of 230 microsatellite markers for the genus. Repositório Alice
BRONDANI, R. P. V.; WILLIAMS, E. R.; BRONDANI, C.; GRATTAPAGLIA, D..
Eucalypts are the most widely planted hardwood trees in the world occupying globally more than 18 million hectares as an important source of carbon neutral renewable energy and raw material for pulp, paper and solid wood. Quantitative Trait Loci (QTLs) in Eucalyptus have been localized on pedigree-specific RAPD or AFLP maps seriously limiting the value of such QTL mapping efforts for molecular breeding. The availability of a genus-wide genetic map with transferable microsatellite markers has become a must for the effective advancement of genomic undertakings. This report describes the development of a novel set of 230 EMBRA microsatellites, the construction of the first comprehensive microsatellite-based consensus linkage map for Eucalyptus and the...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Marcadores microssatélites; Genômica comparativa; QTL; Eucalyptus.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/207201
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A microsatellite-based consensus linkage map for species of Eucalyptus and a novel set of 230 microsatellite markers for the genus. Repositório Alice
BRONDANI, R. P. V.; WILLIAMS, E. R.; BRONDANI, C.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Marcadores microssatélites; Genômica comparativa; QTL; Eucalyptus.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188047
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Algoritmo para cálculo da proporção de genes idênticos por descendência, para mapear QTL em famílias de meio-irmãos R. Bras. Zootec.
Martinez,Mario Luiz; Vukasinovic,Natascha.
O desenvolvimento de mapas de ligação tem estimulado a procura por métodos que permitam mapear genes responsáveis por variação em loci de características quantitativas (QTL). O método de pares-de-irmãos com base na relação entre indivíduos idênticos por descendência (IBD) tem sido utilizado para mapear QTLs. O objetivo deste trabalho foi estender o método de HASEMAN e ELSTON (1972) para se estimar a proporção (pi) de genes IBD em famílias de meio-irmãos. Os resultados obtidos sugerem que os procedimentos usados foram eficientes para se estimar p, mesmo quando os genótipos dos pais foram parcial ou totalmente desconhecidos.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genes idênticos por descendência; Meio-irmãos; QTL.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982000000200018
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Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.
Tipo: Separatas Palavras-chave: ABC; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Nelore.; Bos Indicus; Bovino..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002861
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Análise de QTL para produtividade baseada em linhas puras recombinantes de arroz. Repositório Alice
SILVA, D. R. A.; VIANELLO, R. P.; MENDONÇA, J. A.; CORDEIRO, A. C. C.; BRONDANI, C..
Este trabalho teve por objetivo identificar genes associados à produtividade por meio da genotipagem por sequenciamento e uma posterior análise de QTL.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: QTL; Arroz; Oryza sativa; Gene.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1066155
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Análise de QTLs do cruzamento IRAT 122 (japonica) x Araguaia (japonica). Repositório Alice
SILVA, D. R. A.; CASTRO, A. P. de; CORDEIRO, A. C. C.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F. P.; BRONDANI, C..
O objetivo deste trabalho consiste na identificação de genes e combinações alélicas que estejam associadas à produtividade de grãos e a massa de 100 grãos em arroz por meio de análises de QTLs, utilizando mapa genético de alta resolução baseado em marcadores SNPs.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: QTL; Arroz; Oryza sativa; Cruzamento; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084145
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Análise dos dados moleculares genotipados via GBS da populaçao RIL de arroz para uma posterior análise de QTL. Repositório Alice
SILVA, D. R. A.; BORBA, T. C. de O.; GARCIA, A. L. B.; PANTALIÃO, G. F.; BRONDANI, C..
O objetivo desse trabalho consiste na análise e filtragem dos dados de marcadores SNPs obtidos pela genotipagem por sequenciamento (GBS) provinda da população RIL (linhas puras recombinantes) em estudo, com o intuito de obter apenas marcadores SNPs polimórficos para uma posterior análise de QTL para produtividade em arroz.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: QTL; SNPs; Protutividade.; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento genético vegetal..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1022482
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Análise univariada de modelos lineares mistos para população de mapeamento de QTL em arroz. Repositório Alice
BENÍCIO, C. G.; BORBA, T. C. de O.; BUENO, L. G.; BRONDANI, C..
O experimento para avaliação da progênie segregante de 224 famílias (F2:4) foi conduzido no delineamento de blocos aumentados de Federer com três repetições e quatro testemunhas para dois ambientes (déficit hídrico e condições normais de irrigação). O ensaio foi analisado por meio de análise univariada de modelos lineares mistos através do software R.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: QTL; Arroz; Oryza sativa; Método estatístico.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/923188
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Apport des informations moléculaires et cellulaires pour la caractérisation de la résistance de l'huître plate européenne vis-à-vis de la bonamiose, et pour la détection de signatures de la sélection naturelle ArchiMer
Harrang, Estelle.
The European flat oyster, an endemic species from European coasts, has been classified in the category of "endangered and/or declining species" since 2003. Indeed, the natural beds of this oyster, consumed since ancient times, have gradually been decimated by over-exploitation and by successive emergence of parasitic diseases. The parasite that causes the disease called bonamiosis has contributed to drastically reduce the French and European aquacultural production of flat oyster. Marine bivalve molluscs display two specificities that restrict possibilities to fight against diseases: they are grown in an open environment, and possess an innate immune system lacking in adaptive response. In this context, the selection of animaIs naturally resistant to...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître plate Européenne; Ostre edulis; Bonamiose; Bonamia ostreae; Marqueurs SNP; Expression génique; Activité hémocytaire; Cartographie de liaison; QTL; EQTL; Populations naturelles; Diversité génétique; Sélection naturelle; European flat oyster; Ostrea edulis; Bonamiosis; Bonamia ostreae; SNP markers; Gene expression; Haemocytic activity; Linkage map; QTL; EQTL; Natural populations; Genetic diversity; Genetic structure; Natural selection.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00127/23785/21702.pdf
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Associação de marcadores microssatélites com teores de óleo e proteína em soja PAB
Rodrigues,Josiane Isabela da Silva; Arruda,Klever Márcio Antunes; Cruz,Cosme Damião; Piovesan,Newton Deniz; Barros,Everaldo Gonçalves de; Moreira,Maurilio Alves.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a associação de marcadores microssatélites localizados próximos a locos de caracteres quantitativos (QTL) descritos na literatura, com os teores de óleo e proteína de genótipos de soja cultivados no Brasil. Quarenta e nove genótipos de soja foram avaliados em Viçosa, MG (12/2009); Visconde do Rio Branco, MG (2/2010); e São Gotardo, MG (2/2010 e 10/2011). Utilizou-se o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições. Os teores de óleo e proteína foram determinados por espectrometria do infravermelho. Foi observada ampla variabilidade genética para esses teores. Dos 65 marcadores microssatélites testados, 35 apresentaram associação significativa com pelo menos um dos teores, mas poucos foram consistentes com a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Glycine max; Melhoramento; QTL; Seleção assistida.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013000300003
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Associação entre marcadores microssatélite ILSTS011 e peso ao nascimento no cromossomo 14 (BTA14) de bovinos. Repositório Alice
MIYATA, M.; GASPARINI, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ, M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V.; CAMPOS, A. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: QTL; Bovinos; Cromossomo 14; Peso ao nascimento.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/46849
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Association of a locus on rat chromosome 4 with anxiety-related behaviors in two selectively bred rat lines Genet. Mol. Biol.
Hameister,Thaïs M.; Izídio,Geison S.; Valiati,Victor H.; Ramos,André.
The Floripa H and L rat lines, selected for high and low locomotion in the central aversive area of an open field, a widely used emotionality test, were proposed as a model for studying the genetic basis of anxiety. The present study aimed to verify if the QTL Ofil1, mapped to rat chromosome 4 and previously identified as being related to emotionality in another population of rats, contributes to the behavioral variability observed in the Floripa rat lines. To this purpose, rats of five generations of selective breeding were genotyped for two polymorphic markers, D4RAT59 and D4MGH27, flanking Ofil1. Changes in genotype and allele frequencies throughout generations were evaluated in both H and L lines, in order to assess if the bidirectional selection based...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Emotionality; Rat lines; Behavior genetics; Open field.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572008000500008
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Caracterização de linhagens endogâmicas recombinantes e mapeamento de locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum PAB
Faleiro,Fábio Gelape; Schuster,Ivan; Ragagnin,Vilmar Antônio; Cruz,Cosme Damião; Corrêa,Ronan Xavier; Moreira,Maurílio Alves; Barros,Everaldo Gonçalves de.
O objetivo deste trabalho foi caracterizar 154 linhagens endogâmicas recombinantes por meio da avaliação de características quantitativas, morfológicas, moleculares e de resistência a doenças e mapear locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum. Adotando o valor do limite de detecção (LOD) de 4,0 e uma freqüência máxima de recombinação de 0,40, foram mapeados 43 marcadores em nove grupos de ligação cobrindo uma distância de recombinação total de 247,8 cM. A distância entre marcadores adjacentes variou entre 0 e 28 cM, com média de 7,3 cM. Os grupos de ligação variaram em tamanho de 2,3 a 61,2 cM. Os genes de resistência à ferrugem e à antracnose ficaram localizados no mesmo grupo de ligação. Foram mapeados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; QTL; Mapa genético; Progênie; Marcador genético; Método de melhoramento.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2003001200005
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Caracterização genotípica de linhagem de corte e postura empregando chip de 60 k em região pleiotrópica do cromossomo 1. Repositório Alice
ROSÁRIO, M. F. do; ATTILIO, D. B.; BRASSALOTI, R. A.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
Tipo: Separatas Palavras-chave: QTL; SNPs; Single nucleotide.; Genética; Linhagem; Frango de corte; Galinha para postura; Polymorphism; Quantitative trait loci; Laying Hens; Chicken breeds..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/968936
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Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos PAB
Mollinari,Marcelo; Margarido,Gabriel Rodrigues Alves; Garcia,Antonio Augusto Franco.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência, na construção de mapas genéticos, dos algoritmos seriação e delineação rápida em cadeia, além dos critérios para avaliação de ordens: produto mínimo das frações de recombinação adjacentes, soma mínima das frações de recombinação adjacentes e soma máxima dos LOD Scores adjacentes, quando usados com o algoritmo de verificação de erros " ripple" . Foi simulado um mapa com 24 marcadores, posicionados aleatoriamente a distâncias variadas, com média 10 cM. Por meio do método Monte Carlo, foram obtidas 1.000 populações de retrocruzamento e 1.000 populações F2, com 200 indivíduos cada, e diferentes combinações de marcadores dominantes e co-dominantes (100% co-dominantes, 100% dominantes e mistura com 50%...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Algoritmo ripple; Dados perdidos; Marcadores dominantes e co-dominantes; Método Monte Carlo; QTL.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000400009
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Comparative mapping reveals quantitative trait loci that affect spawning time in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) Genet. Mol. Biol.
Araneda,Cristian; Díaz,Nelson F.; Gomez,Gilda; López,María Eugenia; Iturra,Patricia.
Spawning time in salmonids is a sex-limited quantitative trait that can be modified by selection. In rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), various quantitative trait loci (QTL) that affect the expression of this trait have been discovered. In this study, we describe four microsatellite loci associated with two possible spawning time QTL regions in coho salmon (Oncorhynchus kisutch). The four loci were identified in females from two populations (early and late spawners) produced by divergent selection from the same base population. Three of the loci (OmyFGT34TUF, One2ASC and One19ASC) that were strongly associated with spawning time in coho salmon (p < 0.0002) were previously associated with QTL for the same trait in rainbow trout; a fourth loci (Oki10)...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coho salmon; QTL; Spawning time.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000300019
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Detecção de QTL em dados de famílias estruturadas como as de um núcleo MOET por meio do método da regressão Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Peixoto,M.G.C.D.; Martinez,M.L.; Teodoro,R.L.; Machado,M.A.; Carvalho,M.R.S.; Gomes,F.C.; Verneque,R.S..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão em detectar QTL com base na utilização de dados da estrutura de família (irmãos completos e meios-irmãos), como aqueles gerados em um núcleo MOET. Foram simulados dados fenotípicos e genotípicos em uma estrutura de núcleo MOET fechado de seleção. Três arquivos foram analisados, contendo: a) informações conjuntas de irmãos completos e meios-irmãos; b) apenas informações de irmãos completos e c) apenas informações de meios-irmãos. Verificou-se que o método da regressão, para dados discretos ou contínuos, foi capaz de detectar associações entre marcador e QTL em níveis bastante expressivos de significância (P<0.001 e P<0,0001), quando se utilizou o arquivo que continha informações...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Poder de detecção; Marcador molecular; Estrutura de família.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352009000400024
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Detection and mapping of a lethal locus in a eucalyptus hybrid population. Repositório Alice
ROSADO, T. B.; TOMAZ, R. S.; ROCHA, R. B.; ROSADO, A. M.; ALVES, A. A.; ARAÚJO, E. F. de; ALFENAS, A. C.; CRUZ, C. D..
O objetivo deste trabalho foi verificar a existência de loco letal, em uma população hibrída de eucalipto, e quantificar a distorção de segregação no grupo de ligação 3 do genoma de Eucalyptus. Uma população híbrida de E. grandis x E. urophylla, que segrega quanto à resistência à ferrugem, foi genotipada com 19 marcadores microssatélites do grupo de ligação 3 do genoma de Eucalyptus. Para quantificar a distorção de segregação, modelos de máxima verossimilhança (ML), específicos para população exogâmica, foram utilizados. Esses modelos consideram os genótipos dos marcadores observados e o loco letal como parâmetros. As soluções ML foram obtidas por meio do algoritmo de esperança e maximização. Um loco letal, no grupo de ligação 3, foi verificado e mapeado...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Seleção gamética; Mapeamento genético; QTL; Resistência à ferrugem; Distorção de segregação.; Eucalyptus..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/908289
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Detection and mapping of a lethal locus in a eucalyptus hybrid population PAB
Rosado,Tatiana Barbosa; Tomaz,Rafael Simões; Rocha,Rodrigo Barros; Rosado,Antônio Marcos; Alves,Alexandre Alonso; Araújo,Elza Fernandes de; Alfenas,Acelino Couto; Cruz,Cosme Damião.
The objective of this work was to verify the existence of a lethal locus in a eucalyptus hybrid population, and to quantify the segregation distortion in the linkage group 3 of the Eucalyptus genome. A E. grandis x E. urophylla hybrid population, which segregates for rust resistance, was genotyped with 19 microsatellite markers belonging to linkage group 3 of the Eucalyptus genome. To quantify the segregation distortion, maximum likelihood (ML) models, specific to outbreeding populations, were used. These models consider the observed marker genotypes and the lethal locus viability as parameters. The ML solutions were obtained using the expectation‑maximization algorithm. A lethal locus in the linkage group 3 was verified and mapped, with high confidence,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Eucalyptus; Gametic selection; Genetic mapping; QTL; Rust resistance; Segregation distortion.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000900008
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