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A Modified protocol for total RNA isolation from forage peanuts. Repositório Alice
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; CAMPOS, T. de.
The development of specific protocols for extraction of high-quality RNA are key advances in molecular techniques for elucidating biological processes and mechanisms. The forage peanut has significant economic value for use in mixed pastures. However, it is difficult to extract high-quality RNA from forage peanuts due to high contents of tannins, polysaccharides, and other secondary metabolites. Here, it is described an efficient method for obtaining high-quality, high-yield total RNA that is usable in downstream transcriptome analysis. This modifications helped eliminate the problems associated with the presence of high concentrations of secondary metabolites in forage peanut leaves, and lacked signs of degradation. O desenvolvimento de protocolos...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Amendoim forrageiro; Forage peanut; Cacahuetes forrajeros; Ácido ribonucleico; Metabólico secundário; Secondary metabolic; High quality; Alta calidad; RNA extraction; Extracción de ARN; Leguminosa Forrageira; Melhoramento Genético Vegetal; RNA; Extração; Rendimento; Qualidade; Forage legumes; Arachis pintoi; Plant breeding.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125058
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An improved method for RNA extraction from common bean seeds and validation of reference genes for qPCR. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; BASSINELLO, P. Z.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
An RNA extraction method with high integrity and purity as well as the selection of adequate reference genes are prerequisites for gene expression analysis. For common bean seeds, there is no well-defined protocol that can be used in a laboratory routine for gene expression analysis. In this study, an extraction protocol for RNA from common bean seeds, which produced material with good integrity for qPCR (RIN ≥ 6.5), was optimized. In addition, 10 reference genes were evaluated under qPCR standard conditions using different tissue samples of common beans. Gene stabilities were analyzed using the delta-CT method, Bestkeeper, NormFinder and geNorm approaches. The genes β-tubulin and T197 were ranked as the most stable among the sample sets...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Gene normalization; Molecular breeding; Grain RNA extraction; Feijão; Phaseolus vulgaris; Melhoramento; RNA; Beans; Gene expression..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076282
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Análise da expressão de genes induzidos por fósforo em genótipos contrastantes de milho, selecionados para eficiência do uso de fósforo. Repositório Alice
VASCONCELOS, M. J. V.; RAGHOTHAMA, K. G..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Transportadores de fosfato (pi).; Fosfato; Milho; RNA; Zea Mays..
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/490103
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Atividade transcricional de regiões de DNA ribossomal em Lolium perenne. Repositório Alice
SILVEIRA, R. A. D.; ROCHA, L. C.; SANTOS, N. de S.; BUSTAMANTE, F. O.; MITTELMANN, A.; TECHIO, V. H..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: RNA; Nucléolo Região Organizadora do Nucléolo.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/980834
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Avaliação de diferentes métodos de extração de RNA total em folhas de Vitis vinifera infectadas por Xanthomonas campestris. Repositório Alice
SILVA, J. B. da; SILVA, R. L. de O.; FERREIRA NETO, J. R. C.; ARAÚJO, F. T. de; PANDOLFI, V.; ARAÚJO, A. C. C. de; LEMOS, A. B.; RÊGO, M. de S.; OLIVEIRA, M. F. de; MELO, N. F. de; ISEPPON, A. M. B..
Este trabalho objetivou testar diferentes protocolos de extração de RNA para tecidos foliares de videira infectadas por X. campestres e identificar o mais eficiente para o tecido avaliado..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Xanthomonas campestres; Melhoramento genético.; Uva; Folha; Doença; Bactéria; RNA; Vitis Vinifera.; Genetic improvement.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1057616
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Campomanesia adamantium (Cambess.) O. Berg seed desiccation: influence on vigor and nucleic acids Anais da ABC (AABC)
DRESCH,DAIANE M.; MASETTO,TATHIANA E.; SCALON,SILVANA P.Q..
The aim of this study was to evaluate the sensitivity of Campomanesia adamantium seeds to desiccation by drying in activated silica gel (fast) and under laboratory conditions (slow). To assess the sensitivity of the seeds to desiccation, we used drying with silica gel and drying under laboratory conditions (25 °C), in order to obtain seeds with moisture content of 45, 35, 30, 25, 20, 15, 10 and 5%. The physiological potential of the seeds after desiccation was evaluated by measuring primary root protrusion, percentage of normal seedlings, germination seed index, seedling length, total seedling dry mass, electrical conductivity and DNA and RNA integrities. The C. adamantium seeds were sensitive to desiccation and to a reduction in moisture content to 21.1%...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Cerrado; DNA; Drying; RNA; Viability.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0001-37652015000502217
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Clonagem de construto de RNA interferente para produção de Maruba-Kaido resistente a vírus de macieira. Repositório Alice
JUNKES, C. F. de O.; NICKEL, O.; ECKERT, C.; FAJARDO, T. V. M.; VANNI, M. F.; ARAGAO, F. J. L.; DANTAS, A. C. de M.; PETERS, J. A..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Apple Stem Grooving Cappilovirus; Apple Mosaic Ilarvirus; Maruba-kaido; Melhoramento genético.; Fruticultura; Maca; Vírus; Clonagem; RNA; Variedade resistente; Clone; Doenca de planta.; Apple chlorotic leaf spot virus; Apple stem pitting virus..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/944334
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Comparação de métodos de homogeneização celular e congelamento para extração de RNA. Repositório Alice
PETRY, B.; ZANELLA, R.; IBELLI, A. M. G.; MARCHESI, J. A. P.; PANDOLFI, J. R. C.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genética; RNA.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/973908
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Comparison of commercially-available RNA extraction methods for effective bacterial RNA isolation from milk spiked samples Electron. J. Biotechnol.
García-Nogales,Paula; Serrano,Alicia; Secchi,Sonia; Gutiérrez,Serafín; Arís,Anna.
Nucleic-acid based methods for bacterial identification are extremely useful in diagnostic applications due to their specificity and sensitivity. However, they require an optimal purification of the target molecules. As part of the development of a new diagnostic method for the detection of bacterial RNA in cow milk, we have compared four commercially available RNA extraction kits for the isolation of bacterial RNA from spiked UHT milk samples. The kits were compared in terms of extraction efficiency and RNA purity using two bacterial species, the Gram negative Escherichia coli and the Gram positive Staphylococcus aureus. Two kits are based in silica-matrix extraction, and the other two in the guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. In our...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Bacteria; Milk; Purification; RNA.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582010000500019
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Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. Repositório Alice
VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
The cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Neotropical freshwater catfish from family Pimelodidae (Siluriformes) native to Brazil. The species is of relative economic importance for local aquaculture production and basic biological information is under development to help boost efforts to domesticate and raise the species in commercial systems. The complete cachara mitochondrial genome was obtained by assembling Illumina RNA-seq data from pooled samples. The full mitogenome was found to be 16,576 bp in length, showing the same basic structure, order, and genetic organization observed in other Pimelodidae, with 13 protein-coding genes, 2 rNA genes, 22 trNAs, and a control region. Observed base composition was 24.63% T, 28.47% C, 31.45% A, and 15.44% G....
Tipo: Separatas Palavras-chave: Cachara; Peixe-gato; Mitogenome.; Filogenia; Melhoramento genético animal; Peixe de água doce; RNA; Aquicultura.; Pseudoplatystoma reticulatum; Mitochondrial genome; Siluriformes; Phylogeny; Catfish; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074198
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Control of gene expression in Trypanosomatidae BJMBR
Teixeira,S.M.R..
The study of mechanisms which control gene expression in trypanosomatids has developed at an increasing rate since 1989 when the first successful DNA transfection experiments were reported. Using primarily Trypanosoma brucei as a model, several groups have begun to elucidate the basic control mechanisms and to define the cellular factors involved in mRNA transcription, processing and translation in these parasites. This review focuses on the most recent studies regarding a subset of genes that are expressed differentially during the life cycle of three groups of parasites. In addition to T. brucei, I will address studies on gene regulation in a few species of Leishmania and the results obtained by a much more limited group of laboratories studying gene...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Trypanosoma; Leishmania; Gene expression; RNA; Antigenic variation; VSG.
Ano: 1998 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X1998001200001
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coordinated research on groundnut of Rosette virus disease Open Agri
D. McDonald.
Palavras-chave: Groundnuts; Viruses; RNA; Grafting; ELISA; Genotypes; Backcrossing; Breeds (animals); Resistance varieties; Scions.
Ano: 1987 URL: http://agropedia.iitk.ac.in/openaccess/?q=node/3144
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Coordinated Research on Groundnut Rosette Virus Disease Open Agri
Palavras-chave: Groundnuts; Viruses; RNA; Grafting; ELISA; Genotypes; Backcrossing; Breeds (animals); Resistance varieties; Scions.
Ano: 1988 URL: http://agropedia.iitk.ac.in/openaccess/?q=node/4054
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De novo transcriptome assembly, functional annotation and differential gene expression analysis of juvenile and adult E. fetida, a model oligochaete used in ecotoxicological studies Biol. Res.
Thunders,Michelle; Cavanagh,Jo; Li,Yinsheng.
Abstract Background Earthworms are sensitive to toxic chemicals present in the soil and so are useful indicator organisms for soil health. Eisenia fetida are commonly used in ecotoxicological studies; therefore the assembly of a baseline transcriptome is important for subsequent analyses exploring the impact of toxin exposure on genome wide gene expression. Results This paper reports on the de novo transcriptome assembly of E. fetida using Trinity, a freely available software tool. Trinotate was used to carry out functional annotation of the Trinity generated transcriptome file and the transdecoder generated peptide sequence file along with BLASTX, BLASTP and HMMER searches and were loaded into a Sqlite3 database. To identify differentially expressed...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Earthworm; Trinity; Transcriptome; E. fetida; Ecotoxicology; RNA; Sequence; Gene expression.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602017000100401
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Development of genomic probes for detection of hepatitis A virus and enteroviruses in shellfish ArchiMer
Apaire, M; Leguyader, F; Besse, B; Billaudel, S.
The development of molecular biology techniques has modified research procedures for certain viruses, particularly hepatitis A virus (HAV) and enteroviruses. Accordingly, we designed cDNA and RNA genomic probes to detect viruses in shellfish in the environment. Better sensitivity was noted with RNA than cDNA probes: only 17/83 shellfish samples were positive with HAV and enterovirus DNA probes, where as 42/83 were positive with HAV and enterovirus RNA probes.
Tipo: Text Palavras-chave: Mollusca; Enterovirus; Hepatitis A virus; Picornaviridae; RNA probes; DNA probes; Seafood; Biology; Sensors; DNA; RNA; Viruses; Detection; Marine molluscs; Shellfish.
Ano: 1992 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/1992/acte-1613.pdf
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Differential gene expression profiles in peripheral blood in Northeast Chinese Han people with acute myocardial infarction Genet. Mol. Biol.
Fan,Lin; Meng,Heyu; Guo,Xudong; Li,Xiangdong; Meng,Fanbo.
Abstract This study aimed to use gene chips to investigate differential gene expression profiles in the occurrence and development of acute myocardial infarction (AMI). The study included 12 AMI patients and 12 healthy individuals. Total mRNA of peripheral bloodwas extracted and reversed-transcribed to cDNA for microarray analysis. After establishing two pools with three subjects each (3 AMI patients and 3 healthy individuals), the remaining samples were used for RT-qPCR to confirm the microarray data. From the microarray results, seven genes were randomly selected for RT-qPCR. RT-qPCR results were analyzed by the 2-ΔΔCt method. Microarray analysis showed that 228 genes were up- regulated and 271 were down-regulated (p ≤ 0.05, |logFC| > 1). Gene...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Acute myocardial infarction; RNA; Differential expression.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572018000100059
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Discovery of potnetial entomopathogenic rna viruses in the whitefly (Bemisia Tabaci) using nest generation sequencing. Repositório Alice
NAKASU, E. Y. T.; MELO, F. L.; NAGATA, T.; MICHEREFF FILHO, M.; SOUZA, J. O.; RIBEIRO, B. M.; RIBEIRO, S. G.; LACORTE, C.; PEREIRA, J. L.; INOUE-NAGATA, A. K..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Mosca branca; Controle biológico; RNA; Virus.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1031015
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Do cossupressão à tecnologia de RNAí: histórico, mecanismo e exemplos de aplicação tópica de RNA para controle de fitopatógenos. Repositório Alice
RÊGO-MACHADO, C. de M.; DINIZ, F. de A. dos S.; INOUE-NAGATA, A. K.; ANDRADE, E. C. de; SANTIAGO, T. R..
Neste capítulo, serão abordados o histórico da tecnologia de RNAi, a via de silenciamento gênico induzido com a aplicação tópica de RNA, além dos principais avanços na produção, entrega e efetividade das moléculas de RNA para o controle de fitopatógenos.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: RNAi; RNA; Doença de Planta; Patógeno; Produto Químico.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1137099
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Does the glyphosate treatment interfere negatively on RNA integrity in glyphosate - resistant and -sensitive Conyza bonariensis? Repositório Alice
PIASECKI, C.; BENEMANN, D.; CARVALHO, I. R.; AGOSTINETTO, D.; STEWART Jr. C. N.; VARGAS, L..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Buva; Erva Daninha; RNA; Conyza bonariensis; Weeds; Glyphosate.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1114759
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Edição de genoma via non-homologous end joining (NHEJ) e ribonucleoproteínas (RNP). Repositório Alice
PRADO, G. S.; PINHEIRO, T. T.; FARIA, J. C. de; VIANELLO, R. P..
Introdução. Mecanismos de reparo genético. Non-homologous end joining (NHEJ). Mecanismo bioquímico. Edição de Genomas via NHEJ - aplicações práticas. Modulação e otimização de promotores. Ribonucleoproteínas (RNPs) nuclease-sgRNA. Estratégias de delivery e internalização das RNPs. Procedimento prático - Parte 1: in silico: Identificação e seleção de alvos genômicos; Desenho de gRNA; Identificação de off-targets potenciais; Simulação de knockout e predição de homologia. Parte 2: in vitro: Eficiência de clivagem e validação do complexo nuclease-sgRNA. Parte 3: in vivo: Identificação de plantas editadas.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: CRISPR; Non-homologous; CRISPRevolution; Biotecnologia; Engenharia Genética; RNA; Genoma; DNA; Biotechnology; Genetic engineering; Plant genetics; RNA editing; Nucleases; Ribonucleoproteins.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1126460
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