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An environmentally relevant mixture of polychlorinated biphenyls (PCBs) and polybrominated diphenylethers (PBDEs) disrupts mitochondrial function, lipid metabolism and neurotransmission in the brain of exposed zebrafish and their unexposed F2 offspring ArchiMer
Blanc, Mélanie; Alfonso, Sebastien; Bégout, Marie-laure; Barrachina, Célia; Hyötyläinen, Tuulia; Keiter, Steffen H.; Cousin, Xavier.
Polychlorinated biphenyls (PCBs) and polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) are persistent organic pollutants still present in aquatic environments despite their total or partial ban. Previously, we observed that an environmentally realistic mixture of these compounds affects energy balance, growth, and reproduction in exposed zebrafish (F0), and behavior in their unexposed offspring (F1-F4). In the present work, we performed lipidomic and transcriptomic analyses on brains of zebrafish (F0-F2) from exposed and control lineages to identify molecular changes that could explain the observed phenotypes. The use of both technologies highlighted that F0 zebrafish displayed impaired mitochondrial function and lipid metabolism regulation (depletion in...
Tipo: Text Palavras-chave: Danio rerio; Persistent-organic pollutant; Neurotoxicity; Brain metabolism; RNA-Seq.
Ano: 2021 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00646/75797/76720.pdf
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Análise comparativa de transcriptoma de frangos normais e afetados com necrose da cabeça do fêmur. Repositório Alice
GOLDONI, I.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; HUL, L. M.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Problemas locomotores; Expressão gênica; RNA-Seq; Frango de Corte; Fêmur; Genética Animal; Aparelho Locomotor.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1135374
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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Infoteca-e
ZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C..
Neste documento, serão apresentados métodos computacionais para facilitar o processo de análise de dados de RNA-Seq, por meio de ferramentas acessíveis via navegadores. Esta metodologia possibilita o processamento distribuído e o compartilhamento de grandes volumes de dados de RNA-Seq, com o objetivo de efetivamente identificarmos as diferenças de expressão de genes para elucidar mecanismos biológicos ligados à produtividade e a doenças.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma Galaxy; RNA-Seq; Expressão gênica; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1064217
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Análise de genes diferencialmente expressos em Herbaspirillum seropedicae, estirpe HRC54, cultivado na presença do líquido apoplástico de cana-de-açúcar Repositório Alice
Tipo: Separatas Palavras-chave: H seropedicae; Transcriptoma; RNA-Seq.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1066661
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Análise do genoma funcional de Arachis pintoi e desenvolvimento de novos marcadores moleculares. Repositório Alice
OLIVEIRA, J. C. de.
O amendoim forrageiro (Arachis pintoi Krapov. e W.C. Greg.) tem apresentado resultados importantes na pecuária por seu alto valor nutritivo, o que tem contribuído no aumento da produção de leite, ganho de peso no gado de corte e redução no tempo de abate em até nove meses. Além disso, seu uso como cobertura verde em consórcios com culturas comerciais tem contribuído na redução da erosão, manutenção da umidade do solo, ciclagem de nutrientes, fixação biológica de nitrogênio e baixas emissões de óxido nitroso. O uso de sequenciamento nova geração (NGS) pode auxiliar no conhecimento da biologia da espécie e desenvolvimento de novas cultivares. O objetivo do presente trabalho foi analisar o genoma funcional de Arachis pintoi por meio de dados de RNA-Seq e...
Tipo: Teses Palavras-chave: Amendoim forrageiro; Forage peanut; Cacahuetes forrajeros; Marcador microssatélite; Genetic analysis; RNA-Seq; Leguminosas forrajeras; Fitomejoramiento; Polimorfismo de nucleótido simple; Repeticiones de microsatélite; Análisis genético; Leguminosa Forrageira; Melhoramento Genético Vegetal; Marcador Genético; Genoma; Análise; Forage legumes; Plant breeding; Genetic markers; Single nucleotide polymorphism; Microsatellite repeats; Genome.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127550
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Análise massal do transcritoma de Arachis stenosperma para a identificação de genes de resistência a Meloidogyne arenaria raça. Repositório Alice
MORGANTE, C. V.; BRASILEIRO, A. C. M.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; GUIMARAES, P. M..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: RNA-Seq; Arachis stenosperma.; Amendoim; Nematóide; Resistência..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/927503
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ANALIZANDO DATOS DE RNA-Seq EN PROCARIOTAS: UNA REVISIÓN PARA NO EXPERTOS: A Review for Non-experts Acta biol.Colomb.
RODRÍGUEZ CUBILLOS,ANDRÉS EDUARDO; PERLAZA JIMÉNEZ,LAURA; BERNAL GIRALDO,ADRIANA JIMENA.
La secuenciación de transcritos con RNA-Seq es hoy en día una de las técnicas más populares en los estudios transcriptómicos. Relativamente reciente, esta técnica ha permitido la secuenciación de transcritos de RNA en una escala y profundidad no alcanzada por otras técnicas anteriores. Sin embargo, el alcance de las conclusiones que se pueden sacar depende estrictamente de un proceso adecuado, desde el diseño experimental hasta el análisis bioinformático de los datos. Dadas las diferencias en el proceso transcripcional de las células eucariotas y procariotas, el análisis de RNA-Seq deberá tener ciertas consideraciones dependiendo del tipo de organismo estudiado. En esta revisión se exponen los principales factores a tener en cuenta para lograr un análisis...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Análisis bioinformático; Diseño experimental; Procariotas; RNA-Seq.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2014000200001
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Biological processes related to ribosome and mitochondrial functions might be involved in the osteochondrosis latens manifestation in gilts. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; SAVOLDI, I. R.; CARMO, K. B. do; MORES, N.; MORES, M. A. Z.; CANTAO, M. E.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C..
Abstract: The articular osteochondrosis (OC) is a disturbance of endochondral ossification occurring in humans and livestock animals. In pigs, OC is one of the major causes of leg weakness, leading to economic losses and reducing the animal welfare. The aim of this study was to evaluate the differential gene expression related to OC latens in femoral articular cartilage in swine. Thus, samples of MS115 5-months-old gilts, normal (control group) and affected with OC latens (affected group), were collected and submitted to histopathological and gene expression analysis. A total of 1,734 genes was differentially expressed (DE) between the two groups. Several biological processes (BP) were enriched including those already known as involved with OC, such as...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Desenvolvimento ósseo; Características do fêmur; Osteocondrose articular; Problemas de locomoção; Locomotor problems; RNA-Seq; Melhoramento Genético Animal; Suíno; Gene; Osso; Fêmur; Animal genetic resources; Swine; Osteochondrosis; Gene expression; Lameness; Leg weakness.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093227
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Caracterização de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro para o desenvolvimento de novos microssatélites. Repositório Alice
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; FORMIGHIERI, E. F.; CAMPOS, T. de.
O uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi) em pastagens consorciadas com gramíneas tem importância econômica e ambiental. Avanços no programa de melhoramento da espécie podem ser obtidos com a ampla informação gerada pelo sequenciamento de segunda geração. A tecnologia de RNA-Seq permite obter extensa cobertura dos genes existentes no genoma com custo consideravelmente baixo. Os dados gerados possibilitam identificar novos marcadores, validar genes e rotas metabólicas. Atualmente existem poucos microssatélites disponíveis para o amendoim forrageiro. Assim, o objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites a partir de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro. O RNA de duas cultivares (Belomonte e Amarillo MG-100) foi...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Pastos forrajeros; Forage peanut; Cacahuetes forrajeros; RNA-Seq; RNA sequencing; Belomonte; Amarillo MG-100; Genoma funcional; Cultivo mixto; Leguminosas forrajeras; Repeticiones de microsatélite; Análisis de secuencia; Embrapa Acre; Rio Branco (AC); Acre; Amazônia Ocidental; Western Amazon; Amazonia Occidental.; Amendoim forrageiro; Pastagem Consorciada; Marcador Genético; Banco de Germoplasma.; Leguminosa Forrageira; Gramínea Forrageira; Sequence analysis; Germplasm conservation.; Forage legumes; Arachis pintoi; Microsatellite repeats; Mixed cropping; Forage grasses.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125415
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Combinação de abordagens de análises de novo e guiadas pelo genoma para explorar dados de RNA-Seq de sementes oleaginosas para anotação de vias de ácidos graxos. Infoteca-e
LEMOS, V. N. S.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; RECH FILHO, E. L.; GRYNBERG, P..
Elaeis guineensis (dendê), Jatropha curcas (pinhão-manso) e Ricinus communis (mamona) produzem ácidos graxos que podem ser utilizados como fonte renovável na matriz energética, apresentando um grande potencial biotecnológico para as indústrias da área. O objetivo deste trabalho foi identificar transcritos relacionados com a síntese de ácidos graxos e inferir a sua presença em vias metabólicas. Para isso, o RNA total de sementes destas três espécies foi extraído e sequenciado. Os transcritomas foram montados utilizando abordagens de novo e guiados pelo genoma e filtrados com o programa Evidential Gene para a obtenção de resultados robustos. Uma base de dados contendo 527 sequências de 170 códigos de enzimas únicos de 12 vias de metabolismo de ácidos graxos...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pinhão-manso; RNA-Seq; Vias metabólicas; Dendê; Mamona; Elaeis Guineensis; Jatropha Curcas; Ricinus Communis.
Ano: 2021 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1131672
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Comparative transcriptome profile of the leaf elongation zone of wild barley (Hordeum spontaneum) eibi1 mutant and its isogenic wild type Genet. Mol. Biol.
Zhou,Qin; Wang,Aidong; Duan,Ruijun; Yan,Jun; Zhao,Gang; Nevo,Eviatar; Chen,Guoxiong.
Abstract The naturally occurring wild barley mutant eibi1/hvabcg31 suffers from severe water loss due to the permeable leaf cuticle. Eibi1/HvABCG31 encodes a full ATP-binding cassette (ABC) transporter, HvABCG31, playing a role in cutin deposition in the elongation zone of growing barley leaves. The eibi1 allele has pleiotropic effects on the appearance of leaves, plant stature, fertility, spike and grain size, and rate of germination. Comparative transcriptome profile of the leaf elongation zone of the eibi1 mutant as well as its isogenic wild type showed that various pathogenesis-related genes were up-regulated in the eibi1 mutant. The known cuticle-related genes that we analyzed did not show significant expression difference between the mutant and wild...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: ABC transporter; Defense genes; Desiccation tolerance; Plant cuticle; RNA-Seq.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572017000500834
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De novo assembly and annotation of the European abalone Haliotis tuberculata transcriptome ArchiMer
Harney, Ewan; Dubief, Bruno; Boudry, Pierre; Basuyaux, Olivier; Schilhabel, Markus B.; Huchette, Sylvain; Paillard, Christine; Nunes, Flavia.
The European abalone Haliotis tuberculata is a delicacy and consequently a commercially valuable gastropod species. Aquaculture production and wild populations are subjected to multiple climate-associated stressors and anthropogenic pressures, including rising sea-surface temperatures, ocean acidification and an emerging pathogenic Vibrio infection. Transcript expression data provides a valuable resource for understanding abalone responses to variation in the biotic and abiotic environment. To generate an extensive transcriptome, we performed next-generation sequencing of RNA on larvae exposed to temperature and pH variation and on haemolymph of adults from two wild populations after experimental infection with Vibrio harveyi. We obtained more than 1.5...
Tipo: Text Palavras-chave: RNA-Seq; Mollusca; Gastropoda; Development; Vibrio harveyi; Climate change.
Ano: 2016 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00318/42940/45103.pdf
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Expressão gênica diferencial envolvida com Condronecrose bacteriana com osteomielite em frangos de corte com 35 dias de idade. Repositório Alice
PEIXOTO, J. de O.; IBELLI, A. M. G.; CANTAO, M. E.; ZANELLA, R.; JAENISCH, F. R. F.; GIACHETTO, P. F.; SETTLES, M. L.; PANDOLFI, J. R. C.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C..
Resumo: A incidência de problemas ósseos é considerada uma das principais preocupações para a indústria avícola devido à perdas econômicas significativas e ao impacto negativo no bem-estar. As vias metabólicas e os genes envolvidos nas patologias ósseas permanecem desconhecidos. A condronecrose bacteriana com osteomielite (BCO) é uma das principais doenças ligadas a problemas locomotores em frangos. Na tentativa de esclarecer os mecanismos genéticos envolvidos na manifestação da BCO, objetivou-se identificar os genes diferencialmente expressos no fêmur de frangos de corte normais e afetados por esta desordem, por meio da tecnologia de RNA-Seq. Neste estudo foram utilizados frangos de corte comerciais machos aos 35 dias de idade sendo 4 normais e 4 com BCO...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: BCO; Differentially expressed genes; RNA-Seq; Bacterial Chondronecrosis with Osteomyelitis; Patologia óssea; Ontologia gênica.; Genes..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1024034
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Flower and pod genes involved in soybean sensitivity to drought. Repositório Alice
MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MARCOLINO-GOMES, J.; BARBOSA, D. de A.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L.; RECH FILHO, E. L..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Water deficit; Drought escape; Drought sensitivity; RNA-Seq; Genes differentially expressed; Glycine Max; Botany.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134092
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Fruit fly management research, transcriptome analysis and first evidence of RNAi in Anastrepha fraterculus (Diptera: Tephritidae). Repositório Alice
DIAS, N. P..
Tese (Doutorado) - Programa de Pós-Graduação em Fitossanidade. Universidade Federal de Pelotas, Pelotas. Orientador: Dori Edson Nava, Co-orientador: Moisés João Zotti, Guy Smagghe.
Tipo: Teses Palavras-chave: RNA-Seq; RNAi-functional; South American fruit fly; Systematic review; RNA interference.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1120911
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Gene expression in the salivary gland of Rhipicephalus (Boophilus) microplus fed on tick-susceptible and tick-resistant hosts. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; CUNHA, R. C.; NHANI JUNIOR, A.; GARCIA, M. V.; FERRO, J. A.; ANDREOTTI, R..
The success of cattle tick fixation largely depends on the secretion of substances that alter the immune response of the host. The majority of these substances are expressed by the parasite salivary gland and secreted in tick saliva. It is known that hosts can mount immune responses against ticks and bovine European breeds, and bovine industrial crossbreeds are more susceptible to infestations than are Bos indicus cattle. To identify candidates for the development of novel control strategies for the cattle tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus, a salivary gland transcriptome analysis of engorged females fed on susceptible or resistant hosts was performed. Using RNA-Seq, transcriptomes were de novo assembled and produced a total of 235,451 contigs with...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; RNA-Seq; Cattle tick; Host-parasite interaction; Gado de Corte; Carrapato; Sialome; Transcriptome; Cattle; Bioinformatics; Rhipicephalus microplus.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124241
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Gene Expression in the Salivary Gland of Rhipicephalus (Boophilus) microplus Fed on Tick-Susceptible and Tick-Resistant Hosts. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; CUNHA, R. C.; NHANI JUNIOR, A.; GARCIA, M. V.; FERRO, J. A.; ANDREOTTI, R..
The success of cattle tick fixation largely depends on the secretion of substances that alter the immune response of the host. The majority of these substances are expressed by the parasite salivary gland and secreted in tick saliva. It is known that hosts can mount immune responses against ticks and bovine European breeds, and bovine industrial crossbreeds are more susceptible to infestations than are Bos indicus cattle. To identify candidates for the development of novel control strategies for the cattle tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus, a salivary gland transcriptome analysis of engorged females fed on susceptible or resistant hosts was performed. Using RNA-Seq, transcriptomes were de novo assembled and produced a total of 235,451 contigs with...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: RNA-Seq; Cattle tick; Host-parasite interaction; Sialome; Transcriptome; Cattle.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1119455
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Genética da resistência de planta adulta à ferrugem da folha em trigo - cultivar Toropi. Repositório Alice
CASASSOLA, A.; BRAMMER, S. P.; CHAVES, M. S.; NHANI JUNIOR, A.; MARTINELLI, J. A.; KUSER-FALCAO, P. R.; ZERLOTINI, A.; GRANDO, M. F.; STEFANATO, F.; BOYD, L..
Orientadora: Sandra Patussi Brammer.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Ferrugem da folha; RNA-Seq; Expressão diferencial.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1018075
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Genome assembly of the Pink Ipê (Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae), a highly valued, ecologically keystone Neotropical timber forest tree. Repositório Alice
SILVA-JUNIOR, O. B.; GRATTAPAGLIA, D.; NOVAES, E.; COLLEVATTI, R. G..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Heterozygous genome; RNA-Seq; Quinoids; Transposable elements; Bignoniaceae.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1085131
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Genome-wide gene expression patterns in dikaryon of the basidiomycete fungus Pleurotus ostreatus BJM
Liu,Tianxiang; Li,Huiru; Ding,Yatong; Qi,Yuancheng; Gao,Yuqian; Song,Andong; Shen,Jinwen; Qiu,Liyou.
Abstract Dikarya is a subkingdom of fungi that includes Ascomycota and Basidiomycota. The gene expression patterns of dikaryon are poorly understood. In this study, we bred a dikaryon DK13 × 3 by mating monokaryons MK13 and MK3, which were from the basidiospores of Pleurotus ostreatus TD300. Using RNA-Seq, we obtained the transcriptomes of the three strains. We found that the total transcript numbers in the transcriptomes of the three strains were all more than ten thousand, and the expression profile in DK13 × 3 was more similar to MK13 than MK3. However, the genes involved in macromolecule utilization, cellular material synthesis, stress-resistance and signal transduction were much more up-regulated in the dikaryon than its constituent monokaryons. All...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Differential gene expression; Monoallelic expression; Monokaryon; RNA editing; RNA-Seq.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822017000200380
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