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Análise de associação genômica ampla baseada em conjunto de genes: implementação em R. Repositório Alice
GUERREIRO, A. T.; HIGA, R. H..
O objetivo deste trabalho é a criação de um pacote R (R CORE TEAM, 2014) que implemente quatro diferentes métodos de GSEA no contexto de GWAS, considerando adaptações para aplicação em espécies animais de interesse para a agricultura.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Modelos mistos; Genome Wide Association Studies; Random forests; Mixed models; Single nucleotide polymorphisms.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009826
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Implementação de 4 métodos de análise de associação genômica ampla baseada em conjunto de genes. Repositório Alice
GUERREIRO, A. T.; HIGA, R. H..
No contexto de estudos de associação genômica ampla (GWAS), métodos para a análise de enriquecimento de um conjunto de genes (GSEA) analisam conjuntos de SNPs associados a genes que compartilham mesma função biológica, localização cromossômica ou via regulatória e buscam identificar SNPs que estão relacionados com variações no fenótipo em estudo. Neste trabalho foram implementados quatro diferentes métodos de GSEA no contexto de GWAS considerando adaptações para aplicação em espécies animais de interesse para a agricultura (fenótipos quantitativos)
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Polimorfismo de nucleotídeo único; Modelos lineares mistos; Random forests; Mixed models; Single nucleotide polymorphism; Models.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1031168
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Pedotransfer functions to estimate bulk density from soil properties and environmental covariates: Rio Doce basin Scientia Agricola
Souza,Eliana de; Fernandes Filho,Elpídio Inácio; Schaefer,Carlos Ernesto Gonçalves Reynaud; Batjes,Niels H.; Santos,Gerson Rodrigues dos; Pontes,Lucas Machado.
ABSTRACT Soil bulk density (ρb) data are needed for a wide range of environmental studies. However, ρb is rarely reported in soil surveys. An alternative to obtain ρb for data-scarce regions, such as the Rio Doce basin in southeastern Brazil, is indirect estimation from less costly covariates using pedotransfer functions (PTF). This study primarily aims to develop region-specific PTFs for ρb using multiple linear regressions (MLR) and random forests (RF). Secondly, it assessed the accuracy of PTFs for data grouped into soil horizons and soil classes. For that purpose, we compared the performance of PTFs compiled from the literature with those developed here. Two groups of data were evaluated as covariates: 1) readily available soil properties and 2) maps...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Multiple linear regressions; Random forests; Soil predictors; Spatial prediction.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162016000600525
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