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| Registros recuperados: 98 | |
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| Lee,Youngsub; Park,Sairom; Kim,Hun; Lee,Seung Kyu; Kim,Jin Woo; Lee,Hak Kyo; Jeong,Dong Kee; Lee,Sung Jin. |
| Background: The melanocortin-4 receptor gene (MC4R) plays an important role in regulating food intake and body weight in mammals. In the present study, we identified the MC4R gene in native Korean brown, brindle, and black cattle by polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP), and investigated its association with economic traits. A total of 413 cattle from the three breeds were tested for backfat thickness, carcass weight, longissimus muscle area, and marbling score, and statistical data were analyzed using the SAS program. Results: The C allele had the highest frequency in brown and brindle cattle, and the G allele frequency was highest in black cattle. The C1069G SNP was significantly (p < 0.05) associated with only... |
| Tipo: Journal article |
Palavras-chave: Economic trait; Marbling scores; MC4R gene; PCR-RFLP; SNP. |
| Ano: 2013 |
URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582013000500014 |
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| Blecha,Isabella Maiumi Zaidan; Sousa,Isadora Inácio; Ferreira,Anna Beatriz Robottom; Feijó,Gelson Luis Dias; Torres Júnior,Roberto Augusto de Almeida; Siqueira,Fabiane. |
| ABSTRACT The objectives of this study were to genotype single nucleotide polymorphisms (SNP) AF159246:g.2959A>G (CAST/DdeI) and AF248054.2:g.6545C>T (CAPN4751) in beef cattle by PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism), using the restriction enzyme DdeI for both SNP, and describe the use of these genotyping methodologies for the first time. For the SNP located in the CAST gene, new primers were designed, and for the SNP of the CAPN1 gene, the same primers previously described in the literature were used. Bonsmara, Caracu, Senepol, Nelore, and Angus bulls were chosen from among the most used bulls in breeding programs according to their genealogy and the lowest possible degree of parentage between them to ensure... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Animal breeding; Marker-assisted selection; PCR-RFLP; SNP; Tenderness. |
| Ano: 2019 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982019000100311 |
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| Mello,Fernanda de; Guimarães,Marta Fonseca Martins; Cobuci,Jaime Araújo; Silva,Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da; Braccini Neto,José; Paiva,Daisyléa de Souza. |
| Objetivou-se obter os índices de diversidade genética para o SNP (single nucleotide polymorphism) do íntron 4 do gene da osteopontina (OPN) para 434 animais (87 touros e 347 vacas) participantes do Teste de Progênie da raça girolando no Brasil. Para a amplificação, foram utilizados primers descritos para a raça holandesa, e a diferenciação dos alelos C/T desse SNP foi obtida por meio da técnica de PCR-RFLP. As frequências genotípicas TT (52,53%), CT (38,71%) e CC (8,76%) e as frequências alélicas de T (71,9%) e C (28,1%) indicam que a população encontra-se em Equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW). Apesar de o loco do gene OPN estar em EHW, a frequência superior do alelo T do SNP nesses animais pode sugerir uma tendência de fixação do alelo T na raça. Não foi... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Bovinos leiteiros; Polimorfismo; Produção de leite; SNP; SPP1. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982011001100013 |
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| VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P.. |
| Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: SNP; INDEL; Mapeamento.; Genoma.. |
| Ano: 2009 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903595 |
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| Rekaya,Romdhane; Robbins,Kelly. |
| In recent years there has been much focus on the use of single nucleotide polymorphism (SNP) fine genome mapping to identify causative mutations for traits of interest; however, many studies focus only on the marginal effects of markers, ignoring potential gene interactions. Simulation studies have show that this approach may not be powerful enough to detect important loci when gene interactions are present. While several studies have examined potential gene interaction, they tend to focus on a small number of SNP markers. Given the prohibitive computation cost of modeling interactions in studies involving a large number SNP, methods need to be develop that can account for potential gene interactions in a computationally efficient manner. This study adopts... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Genome; Simulation; SNP. |
| Ano: 2009 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982009001300011 |
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| Bailliet,Graciela; Ramallo,Virginia; Muzzio,Marina; Santos,María R; Motti,Josefina MB; Bianchi,Néstor O; Bravi,Claudio M. |
| Los avances en el conocimiento del genoma humano han llegado también a una situación comprensiva en relación a la región específica del cromosoma Y humano. En los últimos años se han reconocido al menos 600 polimorfismos bialélicos (SNP), a partir de los cuales se ha construido una sólida filogenia y se ha normalizado la nomenclatura. En el presente trabajo se han estudiado 940 muestras de varones no relacionados de 10 poblaciones aborígenes de Argentina, Chile y Paraguay; y 12 poblaciones urbanas de Argentina. Se han analizado 9 marcadores bialélicos para reconocer los clados mayores de la filogenia. Fue posible distinguir los haplogrupos Q* y Q3 autóctonos, y los haplogrupos AB, DE, F, K, P y R alóctonos. El Fst fue de 0, 17, mostrando un alto nivel de... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Linajes paternos; Haplogrupos; SNP; Ancestralidad genética; Poblaciones humanas. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332011000100003 |
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| Griot, Ronan; Allal, Francois; Brard‐fudulea, S; Morvezen, R; Haffray, P; Phocas, F; Vandeputte, Marc. |
| In the context of parentage assignment using genomic markers, key issues are genotyping errors and an absence of parent genotypes because of sampling, traceability or genotyping problems. Most likelihood‐based parentage assignment software programs require a priori estimates of genotyping errors and the proportion of missing parents to set up meaningful assignment decision rules. We present here the R package APIS, which can assign offspring to their parents without any prior information other than the offspring and parental genotypes, and a user‐defined, acceptable error rate among assigned offspring. Assignment decision rules use the distributions of average Mendelian transmission probabilities, which enable estimates of the proportion of offspring with... |
| Tipo: Text |
Palavras-chave: Microsatellites; Missing parents; Parentage assignment; Pedigree; SNP. |
| Ano: 2020 |
URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00587/69866/67767.pdf |
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