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A new, harmless, high-throughput endosperm-based DNA extraction method for wheat Ciência Rural
Ma,Zhihui; Wang,Yuquan; Wei,Wenhui; Ru,Zhengang.
ABSTRACT: In this study, a non-destructive, high-throughput, endosperm-based DNA extraction method was developed. To verify the non-destructive nature of this method, a germination test was performed on 288 seeds after sampling their endosperm, which gave a seedling emergence rate that was higher (97.6%) than that of the control group (92%). To confirm the feasibility of the new method, DNA was extracted from plants of a BC1F2 population by two different methods, namely, from endosperm using our rapid, high-throughput method (ER-DNA) and from young leaves emerging from the same sampled seed using the CTAB method (LC-DNA). The ER-DNA was undetectable by agarose gel electrophoresis, but was found to be an adequate replacement for LC-DNA for the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Wheat; Triticum aestivum; SSR; Segregation population.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782019000900200
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A novel statistical method for assessing SSR variation in autotetraploid alfalfa (Medicago sativa L.) Genet. Mol. Biol.
Liu,Zhi-Peng; Liu,Gong-She; Yang,Qing-Chuan.
The level of variation of simple sequence repeat (SSR) markers in cultivated alfalfa from American, Australian and Chinese sources was evaluated using a novel autotetraploid statistical method to calculate the effective number of alleles, the allele frequencies and heterozygosity. We used 19 SSR primers to screen seven polymorphic SSR loci in 320 plants from eight populations. The genetic distance and phylogenetic analysis (DISPAN) program was used to calculate the inter- and intra-population genetic relationships using the conventional binary absence/presence (0/1) method and our novel autotetraploid method. The autotetraploid method resulted in significantly higher heterozygosity (p < 0.01), average effective number (p < 0.01) and lower standard...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Autotetraploid; Genetic variation; Medicago sativa L.; SSR; Statistical genetics.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000300015
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Agronomic and molecular analyses for the characterisation of accessions in Tunisian olive germplasm collections Electron. J. Biotechnol.
Taamalli,Wael; Geuna,Filippo; Banfi,Riccardo; Bassi,Daniele; Daoud,Douja; Zarrouk,Mokhtar.
In this study, a total of 14 agronomic traits, five AFLP primer combinations and ten SSR loci were used to describe and to classify a group of Tunisian olive genotypes into groups based on molecular profiles and agronomic traits. The analysis of variance of the agronomical data revealed significant differences among accessions for all measured traits. The mean phenotypic dissimilarity (0.34 with a range of 0.08-0.6) was low in comparison to dissimilarity calculated using AFLP (0.50 with a range of 0.16-0.70) and SSR markers (0.76 with a range 0.35-0.94). The correlation between the agronomical dissimilarity matrix and the matrices of genetic dissimilarity based on SSR and AFLP markers was very weak: 0.156 (p = 0.05) and 0.185 (p = 0.05), respectively. The...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Agronomic traits; AFLP; Olea europaea; SSR.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582006000500002
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Análise genética do banco ativo de germoplasma de pêra. Repositório Alice
RECH, F. R.; RITSCHEL, P. S.; REVERS, L. F.; OLIVEIRA, P. R. D. de; BERENHAUSER, G..
A pêra é a terceira fruta mais produzida no mundo depois da uva e da maçã.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Banco ativo; Melhoramento genético; SSR; Diversidade; Fruticultura; Genética; Germoplasma; Pêra.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/543290
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Análises de microssatélites em bulk e perfis genéticos para híbridos de milho. Repositório Alice
PADILHA, L.; LOPES, M. M.; VIEIRA, M. G. G. C.; GUIMARAES, C. T..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: SSR; Bulk de DNA.; Milho; Zea Mays..
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/488070
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Análisis de la diversidad genética de variedades nativas de chile "Poblano" por medio de microsatélites. Colegio de Postgraduados
Contreras Toledo, Aremi Rebeca.
A partir de la domesticación de chile (Capsicum annuum L.) en México, se ha generado una gran diversidad dentro de esta especie en nuestro país, derivada de la selección de los agricultores para diferentes usos, siendo el chile Poblano uno de los más importantes y el más representativo del Estado de Puebla; sin embargo, el rendimiento de chile poblano en esta región ha presentado una reducción en los últimos años, debido, en parte, a la falta de semilla mejorada que debe ser seleccionada con base en las necesidades de los propios productores, existiendo la potencial pérdida de este germoplasma. Los objetivos de este estudio fueron estimar la diversidad genética y determinar sus posibles patrones de distribución, diferenciar grupos genéticos de variedades y...
Palavras-chave: Capsicum annuum; SSR; Polimorfismo; Diferenciación genética; Polymorphism; Genetic differentiation; Maestría; Genética.
Ano: 2011 URL: http://hdl.handle.net/10521/400
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Análisis de la diversidad genética de variedades nativas de chile "Poblano" por medio de microsatélites. Colegio de Postgraduados
Contreras Toledo, Aremi Rebeca.
A partir de la domesticación de chile (Capsicum annuum L.) en México, se ha generado una gran diversidad dentro de esta especie en nuestro país, derivada de la selección de los agricultores para diferentes usos, siendo el chile Poblano uno de los más importantes y el más representativo del Estado de Puebla; sin embargo, el rendimiento de chile poblano en esta región ha presentado una reducción en los últimos años, debido, en parte, a la falta de semilla mejorada que debe ser seleccionada con base en las necesidades de los propios productores, existiendo la potencial pérdida de este germoplasma. Los objetivos de este estudio fueron estimar la diversidad genética y determinar sus posibles patrones de distribución, diferenciar grupos genéticos de variedades y...
Palavras-chave: Capsicum annuum; SSR; Polimorfismo; Diferenciación genética; Polymorphism; Genetic differentiation; Maestría; Genética.
Ano: 2011 URL: http://hdl.handle.net/10521/400
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Analysis of genetic variability of commercial melon cultivars using SSR molecular markers. Repositório Alice
CARVALHO, N.; CANELA, F. M.; LEITE, P. H. S.; FERREIRA, M. A.; OLIVEIRA, V. R.; SANTOS, M. F.; SOUZA, N. O. S.; BUSO, G. S. C..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Commercial cultivars; SSR; Molecular markers.; Genetic variability; Melão; Marcador molecular; Cucumis melo.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1079736
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Assessment of genetic diversity in Venezuelan rice cultivars using simple sequence repeats markers Electron. J. Biotechnol.
Ghneim Herrera,Thaura; Posso Duque,Duina; Pérez Almeida,Iris; Torrealba Núñez,Gelis; Pieters,Alejandro J; Martinez,César P; Tohme,Joe M.
In Venezuela, pedigree analyses indicate that the rice varieties currently under cultivation are closely related. Effective breeding programs, based on knowledge of the genetic diversity of cultivars, are needed to broaden the genetic bases of rice germplasm in the country. In this study, we used a set of 48 simple-sequence-repeat (SSR) markers to assess the genetic diversity of 11 Venezuelan rice cultivars, released by the National Rice Breeding Program between 1978 and 2007. A total of 203 alleles were detected, the number of alleles (NA) per marker ranged from 2 to 9, with an average of 4.23. The average genic diversity (H) over all SSR loci for the 18 genotypes was 0.524, ranging from 0.105 to 0.815. Positive correlations were found between H at each...
Tipo: Journal article Palavras-chave: DNA fingerprinting; Genetic diversity; Rice; SSR.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582008000500003
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Associação genômica ampla na seleção para resistência a Notozulia entreriana em híbridos de brachiaria. Repositório Alice
RAGALZI, C. de M.; JUNGMANN, L.; RESENDE, R. M. S.; TORRES, F. Z. V.; VILELA, M. de M..
A pecuária brasileira é baseada na produção de bovinos em pastos, sendo a cigarrinha-das-pastagens(Notozulia entreriana) uma das pragas de maior impacto econômico, por reduzir a produtividade forrageira. A seleção de gramíneas do gênero Brachiaria resistentes é a forma mais adequada de equacionar esse problema, entretanto, a avaliação fenotípica de inúmeros genótipos, durante a seleção genética em Brachiaria, é laboriosa em um caráter de expressão tardia. Baseados nesses antecedentes, esse estudo teve como objetivos identificar e validar marcadores moleculares do tipo microssatélite (SSR) associados à resistência a N. entreriana em B. brizantha e em híbridos interespecíficos.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: SSR; Efeitos de marcadores; Transferibilidade.; Poliploidia..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1029877
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Avaliação genotípica de linhagens e cultivares brasileiras e introduzidas da coleção nuclear de arroz da Embrapa por meio da caracterização agronômica e molecular. Repositório Alice
BUENO, L. G.; BRONDANI, C.; COELHO, A. S. G.; BORBA, T. C. O.; OLIVEIRA, J. P..
Avaliar a diversidade genética de linhagens e cultivares brasileira e do exterior da CNAE, por meio de caracteres agronômicos e marcadores moleculares SSR.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Diversidade genética; Caracterização agronômica; Caracterização molecular; SSR; Arroz; Oryza sativa; Germoplasma.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/866754
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Capacidade combinatória, divergência genética entre linhagens de milho e correlação com heterose Bragantia
Paterniani,Maria Elisa Ayres Guidetti Zagatto; Guimarães,Paula de Souza; Lüders,Reginaldo Roberto; Gallo,Paulo Boller; Souza,Anete Pereira de; Laborda,Prianda Rios; Oliveira,Karine Miranda.
Objetivou-se avaliar o desempenho de híbridos simples de milho (Zea mays L.), obtidos de cruzamentos dialélicos entre linhagens divergentes, estimar a capacidade de combinação das linhagens e verificar se a divergência genética entre as linhagens, obtida por marcadores moleculares, é correlacionada com a heterose dos híbridos simples no campo. Trinta e seis híbridos resultantes de um dialelo parcial foram avaliados em Campinas e em Mococa e as 12 linhagens parentais somente em Campinas, a fim de se calcular a heterose dos híbridos. O delineamento experimental empregado foi o de blocos ao acaso, com três repetições e 2 testemunhas comerciais. Avaliaram-se os caracteres: altura da planta (AP), altura da espiga (AE) e massa de grãos (MG). Análises de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Zea mays; Dialelo parcial; Produtividade; AFLP; SSR.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052008000300012
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Características morfológicas e variabilidade genética de araticum utilizando marcadores RAPD e microssatélites. Repositório Alice
PIRES, M. V. V.; FALEIRO, F. G.; SILVA, J. C. S.; MELO, J. T. de; PEIXOTO, J. R..
Neste trabalho, objetivou-se avaliar a variabilidade genética da coleção de trabalho de acessos de araticum da Embrapa Cerrados e outros materiais próximos ao Distrito Federal, utilizando marcadores moleculares RAPD, microssatélites e análise de características morfológicas. Folhas de 18 acessos de araticum foram coletadas e utilizadas para a extração das amostras de DNA genômico, as quais foram amplificadas para obtenção de marcadores moleculares RAPD e microssatélites. Na análise morfológica, foram avaliadas 23 características dos acessos de araticum. As dissimilaridades genéticas entre os 18 genótipos de araticum evidenciaram a variabilidade genética dos acessos e as análises de agrupamento levaram à formação de três grupos de similaridade....
Tipo: Separatas Palavras-chave: SSR; Caracterização; Distrito Federal; RAPD.; Recurso genético; Araticum; Marcador Molecular..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1016554
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CARACTERÍSTICAS MORFOLÓGICAS E VARIABILIDADE GENÉTICA DE ARATICUM UTILIZANDO MARCADORES RAPD E MICROSSATÉLITES Rev. Bras. Frutic.
PIRES,MARCELA VERSIANI VENÂNCIO; FALEIRO,FÁBIO GELAPE; SILVA,JOSÉ CARLOS SOUSA; MELO,JOSÉ TEODORO DE; PEIXOTO,JOSÉ RICARDO.
RESUMONeste trabalho, objetivou-se avaliar a variabilidade genética da coleção de trabalho de acessos de araticum da Embrapa Cerrados e outros materiais próximos ao Distrito Federal, utilizando marcadores moleculares RAPD, microssatélites e análise de características morfológicas. Folhas de 18 acessos de araticum foram coletadas e utilizadas para a extração das amostras de DNA genômico, as quais foram amplificadas para obtenção de marcadores moleculares RAPD e microssatélites. Na análise morfológica, foram avaliadas 23 características dos acessos de araticum. As dissimilaridades genéticas entre os 18 genótipos de araticum evidenciaram a variabilidade genética dos acessos e as análises de agrupamento levaram à formação de três grupos de similaridade....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Marcadores moleculares; SSR; Caracterização; Recursos genéticos.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452015000100149
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Caracterização de genótipos de mirtilo utilizando marcadores moleculares Rev. Bras. Frutic.
Silva,Sergio Delmar dos Anjos e; Antunes,Luis Eduardo Correa; Anthonisen,Denilson Gouvea; Lemões,Juliana Silva; Gonçalves,Emerson Dias.
O cultivo do mirtilo está em expansão no Brasil, em especial em regiões de clima temperado, onde há grande demanda em relação a cultivares adaptadas às condições edafoclimáticas regionais. O objetivo deste trabalho foi caracterizar genótipos de mirtilo do programa de melhoramento da Embrapa Clima Temperado, utilizando marcadores moleculares do tipo RAPD e SSR. Foram caracterizados 40 genótipos de mirtilo por RAPD e oito cultivares por microssatélites. Os nove primers utilizados na técnica de RAPD geraram 89 marcadores. A similaridade genética entre os genótipos variou de 64 a 89%. Utilizando a similaridade média (66%), foram obtidos quatro grupos. Foram gerados 11 marcadores a partir de três pares de primers de microssatélites. A similaridade genética...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RAPD; SSR; Vaccinium.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452008000100033
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Caracterização do Banco de Germoplasma de Videira da Embrapa Semiárido por meio de marcadores moleculares microssatélites. Repositório Alice
LEAO, P. C. de S.; RIAZ, S.; GRAZIANI, R.; DANGL, G. S.; MOTOIKE, S. Y.; WALKER, M. A..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Banco de Germoplasma da Embrapa Semiárido; Marcadores moleculares microsatélites; Perfis genético-moleculares; SSR; Uva.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903855
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Caracterização molecular de cultivares de cebola com marcadores microssatélites PAB
Santos,Carlos Antonio Fernandes; Oliveira,Valter Rodrigues; Rodrigues,Marciene Amorim; Ribeiro,Hugo Leonardo Coelho.
O objetivo deste trabalho foi estabelecer padrões alélicos e estimar as distâncias genéticas baseadas em marcador SSR de 44 cultivares de cebola adaptadas às condições de cultivo tropicais e subtropicais do Brasil. Para visualização da similaridade genética, utilizou-se o dendrograma UPGMA gerado da matriz de distâncias do coeficiente de Jaccard, com base em 40 alelos de 13 locos SSR. O DNA total foi extraído pelo método CTAB 2x, e os produtos de PCR foram analisados em géis de poliacrilamida desnaturante 6% e corados com nitrato de prata. O número de pares de bases foi estimado pelo método da mobilidade inversa, com base em regressão de produtos de tamanho conhecido. A média da heterozigosidade dos locos SSR foi 0,58. Os 40 alelos dos 13 locos SSR foram...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Allium cepa; Dendrograma; Similaridade; SSR.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2010000100007
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Caracterização molecular e determinação da diversidade genética entre linhagens de milho tropical. Repositório Alice
IANI, F. C. M.; PADILHA, L.; SOUZA, I. R. P. de; PARENTONI, S. N.; GAMA, E. E. G.; GUIMARAES, P. E. de O.; PACHECO, C. A. P.; MEIRELLES, W. F.; PAIVA, E.; GUIMARAES, C. T..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Fingerprinting; SSR; Marcadores microssatélites.; Zea Mays..
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/490085
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Caracterização molecular e diversidade genética de diferentes variedades de abacate por marcadores microssatélites Rev. Bras. Frutic.
Martins,Antonio Baldo Geraldo; Rodrigues,Maria Gabriela Fontanetti; Paula,Deise Reis de; Mendes,Hélio Sandoval Junqueira; Arantes,Flávio Cese; Silva,Cristina Lacerda Soares Petrarolha.
Pertencente à família Lauraceae, o abacateiro compreende três raças hortícolas: antilhana, guatemalense e mexicana. Os marcadores moleculares são uma ferramenta rápida e eficaz para estudos genômicos, uma vez que detectam o polimorfismo diretamente ao nível do DNA e não sofrem qualquer tipo de influência ambiental. Com base nesse polimorfismo, é possível fazer inferências sobre as relações entre o genótipo e o fenótipo dos indivíduos, o que, em última análise, permite aumentar a eficiência dos programas de melhoramento. Diante o exposto, o objetivo foi investigar a diversidade genética entre sete variedades de abacate a partir de 5 lócus de marcadores moleculares microssatélites (SSR). Nas amostras de abacateiros avaliadas, encontrou-se um total de 18...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Persea americana; SSR; Fingerprinting; Banco de germoplasma.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452011000400016
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Caracterização morfológica e molecular de 20 acessos de Paspalum notatum com potencial de uso como gramados. Repositório Alice
VIGNA, B. B. Z.; MATTA, F. de P.; OLIVEIRA, F. A. de; SOUZA, A. P. de; FAVERO, A. P.; GUSMAO, M. R.; SOUZA, F. H. D. de.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Diversidade genética; SSR; Descritores morfológicos.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1065029
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