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Differentially expressed genes in the femur cartilage transcriptome clarify the understanding of femoral head separation in chickens. Repositório Alice
HUL, L. M.; IBELLI, A. M. G.; SAVOLDI, I. R.; MARCELINO, D. E. P.; FERNANDES, L. T.; PEIXOTO, J. O.; CANTAO, M. E.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C..
Locomotor problems are among one of the main concerns in the current poultry industry, causing major economic losses and affecting animal welfare. The most common bone anomalies in the femur are dyschondroplasia, femoral head separation (FHS), and bacterial chondronecrosis with osteomyelitis (BCO), also known as femoral head necrosis (FHN). The present study aimed to identify differentially expressed (DE) genes in the articular cartilage (AC) of normal and FHS-affected broilers by RNA-Seq analysis. In the transcriptome analysis, 12,169 genes were expressed in the femur AC. Of those, 107 genes were DE (FDR < 0.05) between normal and affected chickens, of which 9 were downregulated and 98 were upregulated in the affected broilers. In the gene-set...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Expressão gênica; Sequenciamento de RNA; Cartilagem da cabeça do fêmur; Separação da cabeça femoral; Análises de expressão diferencial; Reação da cadeia de polimerase; Transcriptoma da cartilagem do fêmur; Differential expression analysis; Frango; Frango de Corte; Broiler chickens; Gene expression; Quantitative polymerase chain reaction; Transcriptome.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1135377
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Duodenum transcriptome profile of laying hens submitted to different levels of calcium and phosphorus in the diet. Repositório Alice
SALMÓRIA, L. A.; IBELLI, A. M. G.; TAVERNARI, F. de C.; PEIXOTO, J. de O.; MARCELINO, D. E. P.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: RNA sequencing; Differentially expressed genes; Sequenciamento de RNA; Genes diferencialmente expressos; Frango; Chickens.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1141686
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Otimização de metodologia para isolamento de leucócitos a partir de sangue total periférico de bovinos. Repositório Alice
SOARES, I. K. de A.; CUNHA FILHO, J. A. da; SOARES, G. O.; LIMA, T. R. de; MALUF, V. H. H. K.; CAMPOS, R. A.; LOURES, C. de O.; DOMINGUES, R.; GASPAR, E. B.; REIS, D. R. de L.; CAMPOS, M. M.; PEREIRA, H. P.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, W. A..
O desenvolvimento de uma resposta imune efetiva depende da ação orquestrada de diversos subtipos celulares que atuam tanto na resposta imune inata quanto adaptativa. Desse modo, é de grande importância a realização de estudos sobre o comportamento dessas células em diferentes raças de bovinos com propósito de desenvolver soluções para animais menos resistentes a agentes infecciosos. Para o isolamento destas células, é preciso estabelecer protocolos padronizados de coleta de buffy coat e células mononucleares de sangue periférico (PBMCs), os quais possam ser utilizados para diferentes raças de bovinos buscando reduzir possíveis interferentes. Durante a condução dos experimentos, foram feitas otimizações de protocolo como a substituição de reagentes e adição...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Buffy coat; Protocolo; PBMCs; Sequenciamento de RNA; Bovino; Cattle; Ticks; Genetic techniques and protocols.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134671
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Perfil transcriptômico do músculo Longissimus dorsi de bovinos Nelore extremos para conteúdo de ferro. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; ROSA, K. de O. da; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. de; LIMA, A. O. de; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Expressão diferencial; Metabolismo de ferro; Sequenciamento de RNA.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1029054
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Proximal femoral head transcriptome reveals novel candidate genes related to epiphysiolysis in broiler chickens. Repositório Alice
PEIXOTO, J. de O.; SAVOLDI, I. R.; IBELLI, A. M. G.; CANTAO, M. E.; JAENISCH, F. R. F.; GIACHETTO, P. F.; SETTLES, M. L.; ZANELLA, R.; MARCHESI, J. A. P.; PANDOLFI, J. R. C.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C..
In order to investigate the molecular events taking place during the onset and development of the epiphysiolysis in fast-growing chickens, the present study used the RNA-Seq technology to identify differentially expressed genes in the proximal femur head of normal and FHS-affected broilers.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Frangos de corte; Epifisiólise; Placa de crescimento do fêmur; Necrose da cabeça do fêmur; Sequenciamento de RNA; Epiphysiolysis; Bacterial Chondronecrosis with Osteomyelitis; Femur growth plate; Femoral Head Necrosis; RNA-sequencing; Leg problems; Proximal femoral head separation; Broiler chickens.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1119406
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Transcriptômica e imunoinformática para identificação de estratégias de controle complementar do carrapato do boi. Repositório Alice
BLECHA, I. M. Z..
Rhipicephalus microplus é um ectoparasita hematófago responsável por grandes perdas à pecuária mundial. A principal forma de controle utilizada contra infestações por carrapatos é a utilização de acaricidas. Entretanto, o uso indiscriminado desses produtos acarreta em danos ao meio ambiente, contaminação dos trabalhadores que utilizam esses químicos, dos animais e dos produtos de origem animal. Além disso, já foram relatadas diversas populações de carrapatos resistentes às mais variadas bases químicas. Um método de controle complementar ao uso de acaricidas é a vacina comercializada contendo a proteína Bm86, entretanto essa ferramenta apresenta variações de eficácia em relação a diferentes cepas de carrapatos e às diversas localizações geográficas. Nesse...
Tipo: Teses Palavras-chave: Expressão gênica; Sequenciamento de RNA; Bovino; Vacina; Rhipicephalus microplus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101565
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Using Galaxy to facilitate RNA-Seq analysis. Repositório Alice
NAGAI, L. A. E.; SILVA, F. R.; CINTRA, L. C.; GIACHETTO, P. F.; ZERLOTINI NETO, A..
In this experiment, two RNA-Seq datasets were analyzed in order to evaluate both, the Galaxy platform and the RNA-Seq analysis suite. We were able to observe that such combination of softwares is really effective on allowing two biologists researchers to perform the whole transcriptome analysis through a intuitive web interface.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Sequenciamento de RNA; Plataforma Galaxy; Sequence analysis; Bioinformatics; Computer software.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946554
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Validação de retrotransposons ativos em café-efeitos de estresse abiótico e baixa cafeína na expressão gênica. Repositório Alice
GUIMARÃES, P. de S.; SCHENK, J. C. M.; GIACHETTO, P. F.; PADILHA, L.; SILVAROLLA, M. B.; MALUF, M. P..
RESUMO: A identificação de perfis de expressão gênica diferenciais e redes metabólicas é uma ferramenta valiosa para a caracterização genética de caracteres agronômicos. Neste estudo, utilizamos análises de expressão em larga-escala para identificar processos biológicos alterados em plantas com teores reduzidos de cafeína. A expressão diferencial de genes selecionados observada in silico foi então validada em experimentos in vivo. O primeiro passo foi o sequenciamento em larga-escala de RNA extraído de tecidos jovens e em desenvolvimento, de plantas sem cafeína e de plantas com concentrações normais do composto. As sequências obtidas foram agrupadas, a partir de análises in silico, para identificação de genes com expressão diferencial entre os tratamentos...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Seleção-assistida; Melhoramento molecular; Sequenciamento de RNA; Expressão gênica; Plantas sem cafeína; Assisted-selection; Sequenciamento de transcriptoma; RNAseq; Molecular breeding; Gene expression.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1114189
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