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	Provedor de dados Repositório Alice (77) Genet. Mol. Biol. (10) BJMBR (8) Infoteca-e (2) JBAG (2) ArchiMer (2) BJID (2) BABT (1) BJM (1) PAB (1) R. Bras. Zootec. (1) Mais... Autor HIGA, R. H. (22) REGITANO, L. C. de A. (18) GIACHETTO, P. F. (13) CAETANO, A. R. (11) MOKRY, F. B. (11) PAIVA, S. R. (11) YAMAGISHI, M. E. B. (11) COUTINHO, L. L. (10) MUDADU, M. de A. (8) NICIURA, S. C. M. (8) ZERLOTINI NETO, A. (8) MEIRELLES, S. L. C. (7) CESAR, A. S. M. (6) MACHADO, M. A. (6) VIANELLO, R. P. (6) ALENCAR, M. M. de (5) LIMA, A. O. de (5) MUNARI, D. P. (5) REGITANO, L. C. A. (5) SILVA, M. V. G. B. (5) Mais... Palavra-chave Single nucleotide polymorphism (107) Polimorfismo de nucleotídeo único (35) Cattle (14) Beef cattle (13) Gado de corte (12) Bioinformatics (10) Genome (10) Bioinformática (7) Genomics (7) Genotyping (7) Polimorfismo de nucleotídeo único. (7) Linkage disequilibrium (6) Bos Indicus (5) Feijão (5) Genoma (5) Genotipagem (5) Arroz (4) Expressão gênica (4) Gado (4) Gado. (4) Mais... Tipo do documento Anais e Proceedings de eventos (42) Info:eu-repo/semantics/article (25) Artigo de periódico (22) Parte de livro (7) Separatas (5) Documentos (INFOTECA-E) (2) Text (2) Info:eu-repo/semantics/other (1) Teses (1) Mais... Ano 2022 (2) 2021 (4) 2020 (2) 2019 (10) 2018 (9) 2017 (12) 2016 (7) 2015 (10) 2014 (14) 2013 (12) 2012 (11) 2011 (5) 2010 (2) 2009 (1) 2008 (2) 2007 (1) 2005 (1) 2004 (1) 2002 (1) Mais... País Brazil (103) Argentina (2) France (2) Idioma Inglês (77) Português (30)		Ordenar por:  Relevância Autor Título Ano Registros recuperados: 107 Primeira ... 1 2 3 4 5 6 ... Última A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice NARCISO, M.; YAMAGISHI, M.. Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster... Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/909360 A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice NARCISO, M.; YAMAGISHI, M.. Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/908712 Ajuste de ondas genômicas no sinal de intensidade de dados de genotipagem para a identificação de CNVs. Repositório Alice PEREIRA, F. C. P.; GONÇALVES, A. R.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F.. O presente trabalho teve como objetivo avaliar uma metodologia de ajuste da intensidade do sinal para ondas genômicas, na identificação de CNVs em bovinos da raça Canchim, genotipados com um chip de SNPs de alta densidade. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Variações no número de cópias; Copy number variation; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/975703 An efficient implementation of Relief-F algorithm for Genome-Wide Association Studies. Repositório Alice SHIBATA, R.; HIGA, R.. Although Relief can be adapted for regression context, in this work we approach only for classification context. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único.; Genoma.; Single nucleotide polymorphism; Genome. Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946448 An R script for quality control in genome-wide association studies. Repositório Alice HIGA, R.; BARRICHELLO, F.; NICIURA, S.; MEIRELLES, S.; REGITANO, L.. Recent advances in massive genotyping technology based on SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) markers are pushing animal breeding research into a new era where the entire genome is screened in the search for genes which affect traits of economic interest, called genome wide association studies (GWAS). The first step in setting up a GWAS is to perform a quality control analysis (QC) on the genotyped data in order to filter out samples and SNPs not satisfying a previously defined set of criteria [1]. The most common criteria include sample and SNP call rate, minor allele frequency (MAF) and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE). It is also recommended to analyze the heterozygosity and the presence of population structure and outlier samples. However, a... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Marcadores SNP; Polimorfismo de nucleotídeo único.; Gado de Corte; Genoma.; Genome; Single nucleotide polymorphism; Cattle. Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/908682 Análise do genoma funcional de Arachis pintoi e desenvolvimento de novos marcadores moleculares. Repositório Alice OLIVEIRA, J. C. de. O amendoim forrageiro (Arachis pintoi Krapov. e W.C. Greg.) tem apresentado resultados importantes na pecuária por seu alto valor nutritivo, o que tem contribuído no aumento da produção de leite, ganho de peso no gado de corte e redução no tempo de abate em até nove meses. Além disso, seu uso como cobertura verde em consórcios com culturas comerciais tem contribuído na redução da erosão, manutenção da umidade do solo, ciclagem de nutrientes, fixação biológica de nitrogênio e baixas emissões de óxido nitroso. O uso de sequenciamento nova geração (NGS) pode auxiliar no conhecimento da biologia da espécie e desenvolvimento de novas cultivares. O objetivo do presente trabalho foi analisar o genoma funcional de Arachis pintoi por meio de dados de RNA-Seq e... Tipo: Teses Palavras-chave: Amendoim forrageiro; Forage peanut; Cacahuetes forrajeros; Marcador microssatélite; Genetic analysis; RNA-Seq; Leguminosas forrajeras; Fitomejoramiento; Polimorfismo de nucleótido simple; Repeticiones de microsatélite; Análisis genético; Leguminosa Forrageira; Melhoramento Genético Vegetal; Marcador Genético; Genoma; Análise; Forage legumes; Plant breeding; Genetic markers; Single nucleotide polymorphism; Microsatellite repeats; Genome. Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127550 Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice URBINATI, I.; MOKRY, F. B.; MUNARI, D. P.; HIGA, R. H.. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Banco de dados; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genotipagem.; Gado de Corte.; Databases; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/981977 AnotaSNP: software para organização de informações de anotação de genes em estudos de associação genômica ampla. Infoteca-e HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de. Este documento apresenta o manual do software anotaSNP, que tem por objetivo apoiar pesquisadores na análise de experimentos envolvendo estudos de associação genótipo-fenótipo. Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Anotação de SNP; Computer software; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1009333 Armazenamento de dados de genotipagem e fenotipagem para estudos de genética animal. Repositório Alice OLIVEIRA, G. B. de; HIGA, R. H.. O que propomos é um banco de metadados que possa conter as informações de marcadores, fenótipos e genótipos de diferentes especies e armazenados em diferentes repositórios, garantido assim o acesso e centralização das informações e sua utilização pelos pesquisadores de melhoramento genético animal. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Banco de dados genérico; Armazenamento de dados genéticos; Generic database; Generic data storage.; Melhoramento Genético Animal.; Single nucleotide polymorphism; Animal breeding. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1031147 Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. Repositório Alice MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.. Resumo: Foram genotipados 400 animais Canchim que apresentavam fenótipos para área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Após o controle de qualidade, foi realizado análise de associação dos SNPs com AOL e EGS por meio da metodologia de RandomForest. Os 400 indivíduos foram também reamostrados 10 vezes formando grupos de 200 indivíduos mais representativos e menos aparentados. Foi criado um grupo de SNPs contendo apenas os SNPs que foram selecionados em todas as análises, considerados os SNPs mais robustos totalizando 197 SNPs para AOL e 162 SNPs para EGS. Após o ajuste de uma regressão selecionou-se um conjunto de 20 SNPs para AOL com R2=0,59 e um conjunto de 17 SNPs para EGS com R2=0,49. Esses SNPs ainda precisam ser validados... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Área de olho de lombo; Bovino de corte; Espessura de gordura subcutânea; Random forest; Ribeye area; Backfat; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle. Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946729 Association between polymorphisms in the APOB gene and hyperlipidemia in the Chinese Yugur population BJMBR Gu,Q-L.; Han,Y.; Lan,Y-M.; Li,Y.; Kou,W.; Zhou,Y-S.; Hai,X-J.; Yan,B.; Ci,C-H.. We investigated the influence of apolipoprotein B gene (APOB) variants on the risk of hyperlipidemia (HL) in 631 middle-aged and elderly members of the Chinese Yugur population (HL, n=336; normolipidemia, n=295). APOB polymorphisms were identified using mass spectrometry, and five single nucleotide polymorphisms (rs1042034, rs2163204, rs512535, rs676210, and rs679899) and serum lipids were further analyzed. rs1042034 and rs676210 were significantly associated with HL (P<0.05). Compared with the GG or AA genotype, individuals with AG and AG+AA in rs1042034 and with AG and AG+GG in rs676210 had a 1.67-fold (95%CI=1.20–2.33),1.63-fold (95%CI=1.19–2.24), 1.72-fold (95%CI=1.24–2.40), and 1.67-fold (95%CI=1.21–2.291) increased risk of high HL, respectively.... Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Yugur minority; Apolipoprotein B gene; Single nucleotide polymorphism; Hyperlipidemia; Serum lipids. Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2017001100601 Association between toll-like receptor2 Arg677Trp and 597T/C gene polymorphisms and pulmonary tuberculosis in Zahedan, Southeast Iran BJID Naderi,Mohammad; Hashemi,Mohammad; Hazire-Yazdi,Leylisadat; Taheri,Mohsen; Moazeni-Roodi,Abdolkarim; Eskandari-Nasab,Ebrahim; Bahari,Gholamreza. BACKGROUND: It is well known that toll-like receptor 2 (TLR2) mediates responses of both innate and adaptive immunity to microbial pathogen, including mycobacteria. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the TLR2 gene that impair its function may be associated with the development of pulmonary tuberculosis (PTB). The aim of this study was to evaluate the possible association between TLR2 Arg677Trp and 597T/C polymorphisms and PTB in a sample of Iranian population. MATERIALS AND METHODS: This case-;control study was performed on 174 PTB and 177 healthy subjects. Tetra amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction (TARMS-PCR) was used to detect the SNPs. RESULTS: There was no significant difference in the polymorphism of Arg677Trp of... Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Tuberculosis; TLR2; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-86702013000500002 Association of TLR4 polymorphisms with subclinical mastitis in Brazilian holsteins BJM Mesquita,Adriano Queiroz de; Rezende,Cintia Silva Minafra e; Mesquita,Albenones José de; Jardim,Eurione Antonio Garcia da Veiga; Kipnis,Ana Paula Junqueira. The identification of dairy cows with greater or lower potential to develop mastits has been pursued for many years among different segments of the milk industry, including governmental organizations. Genomic studies have suggested that Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) within the pattern recognition receptors (PRR) could lead to different responses to pathogens, and consequently result in mastitis resistance or susceptibility. To investigate whether toll like receptor 4 (TLR4) gene is associated with subclinical mastitis in Holstein cows from a property in the state of Goiás, Brazil, TaqMan allelic discrimination and somatic cell count were performed. One hundred and fifty milk samples were analyzed for SCC and centesimal composition. Twenty percent... Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: TLR-4; Single nucleotide polymorphism; Mastitis; Milk quality. Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822012000200034 Associations between CD36 gene polymorphisms and susceptibility to coronary artery heart disease BJMBR Zhang,Y.; Ling,Z.Y.; Deng,S.B.; Du,H.A.; Yin,Y.H.; Yuan,J.; She,Q.; Chen,Y.Q.. Associations between polymorphisms of the CD36 gene and susceptibility to coronary artery heart disease (CHD) are not clear. We assessed allele frequencies and genotype distributions of CD36 gene polymorphisms in 112 CHD patients and 129 control patients using semi-quantitative polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. Additionally, we detected CD36 mRNA expression by real-time quantitative PCR, and we quantified plasma levels of oxidized low-density lipoprotein (ox-LDL) using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). There were no significant differences between the two groups (P>0.05) in allele frequencies of rs1761667 or in genotype distribution and allele frequencies of rs3173798. The genotype... Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coronary artery disease; CD36; Rs1761667; Rs3173798; Single nucleotide polymorphism; Ox-LDL. Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2014001000895 Avaliação de SNPs associados à descoloração de feijões especiais destinados à exportação e ao consumo interno. Repositório Alice SOUSA, A. R. de; BASSINELLO, P. Z.; SOARES JÚNIOR, M. S.; COELHO, G. R. C.; CARVALHO, R. N.; VIANELLO, R. P.. O objetivo da pesquisa foi caracterizar e validar marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) para a característica de descoloração em variedades de feijões especiais. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Feijões especiais; Feijão; Phaseolus Vulgaris; Descoloração; Consumo Interno; Exportação; Single nucleotide polymorphism; Beans. Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1132698 BDGF: a database and webbased information retrieval system for genotype and phenotype. Repositório Alice VIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F. da; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A.. In order to get efficient storage and fast queries in this high volume of data, in this work we present the BDGF system (Genotypes and Phenotypes Database). It is based on a data model first proposed by (HIGA, 2015). Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único; Recuperação da informação; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism; Genotyping; Phenotype; Information retrieval. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1067543 BDGF: um sistema web para recuperação de informação de genótipos e fenótipos. Repositório Alice VIEIRA, F. D.; MOURA, D. G. de; SILVA, D. F.; HIGA, R. H.; ZERLOTINI NETO, A.. Nos últimos anos, o uso de genotipagem em grande escala de dezenas ou centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) para estimar o perfil genômico de animais permitiu o desenvolvimento de estudos de associação genótipo-fenótipo em escala genômica (GWAS) e a introdução da tecnologia de seleção genômica em programas de melhoramento genético. No entanto, esta situação implica na necessidade de armazenamento de grande volume de dados de genotipagem, fenotipagem e pedigree de um elevado número de animais. Para integrar esse volume de dados distintos, é primordial utilizar uma estrutura de armazenamento robusta, como um SGBD. Assim, uma questão importante a considerar é o equilíbrio entre normalização e desempenho durante o estágio de... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Tecnologias Java EE; Sistema Gerenciador de Banco de Dados; PostgreSQL; JavaScript Object Notation; JSON; Polimorfismo de nucleotídeo único; Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos; Databases; Single nucleotide polymorphism; Genotype; Phenotype. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083373 Bioinformática aplicada à agricultura. Repositório Alice GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.. Este capítulo tem por objetivo colocar o leitor a par do estado da arte das principais aplicações da bioinformática na agricultura, particularmente àquelas relacionadas ao melhoramento genético animal e vegetal, executadas no âmbito da Embrapa. Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bioinformática; Sequenciamento; Melhoramento genético; Estudos de associação genômica ampla; Genome-Wide Association Studies; Polimorfismos de base única; Agricultura; Agriculture; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1010705 Bovine &#956;-calpain (CAPN1) gene polymorphisms in Brangus and Brahman bulls JBAG Soria,LA; Corva,PM; Huguet,MJ; Miño,S; Miquel,MC. The bovine CAPN1 gene encodes the large subunit of &#956;-calpain, which is thought to be one of the most important enzymes involved in postmortem beef tenderization. Three SNPs in CAPN1 (SNP 316, SNP 530 and SNP 4751) have been associated with beef tenderness in different beef cattle breeds. The objective of this work was to implement genotyping strategies for CAPN1 markers as part of a project pursuing the identifi cation and validation of molecular markers associated with bovine meat quality and composition. Three PCR-RFLP methods were designed to determine genotypes of 64 bulls (11 Angus, 43 Brangus and 10 Brahman). Unexpected patterns resulting from the PCR-RFLP analysis at SNP 316 and SNP 530 were resolved by cloning and sequencing and lead to... Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Beef cattle; Meat tenderness; U-calpain; Molecular markers; Single nucleotide polymorphism. Ano: 2010 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332010000100007 Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P.. Background: Beef cattle breeding programs in Brazil have placed greater emphasis on the genomic study of reproductive traits of males and females due to their economic importance. In this study, genome-wide associations were assessed for scrotal circumference at 210 d of age, scrotal circumference at 420 d of age, age at first calving, and age at second calving, in Canchim beef cattle. Data quality control was conducted resulting in 672,778 SNPs and 392 animals. Results: Associated SNPs were observed for scrotal circumference at 420 d of age (435 SNPs), followed by scrotal circumference at 210 d of age (12 SNPs), age at first calving (six SNPs), and age at second calving (four SNPs). We investigated whether significant SNPs were within genic or surrounding... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Gado Canchim; Beef cattle; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Quantitative trait loci. Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074373 Registros recuperados: 107 Primeira ... 1 2 3 4 5 6 ... Última

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