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An overview of Phoneutria nigriventer spider venom using combined transcriptomic and proteomic approaches. Repositório Alice
DINIZ, M. R. V.; PAIVA, A. L. B.; GUERRA-DUARTE, C.; NISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.; MUDADU, M. de A.; OLIVEIRA, U. de; BORGES, M. H.; YATES, J. R.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. de.
Abstract. Phoneutria nigriventer is one of the largest existing true spiders and one of the few considered medically relevant. Its venom contains several neurotoxic peptides that act on different ion channels and chemical receptors of vertebrates and invertebrates. Some of these venom toxins have been shown as promising models for pharmaceutical or biotechnological use. However, the large diversity and the predominance of low molecular weight toxins in this venom have hampered the identification and deep investigation of the less abundant toxins and the proteins with high molecular weight. Here, we combined conventional and next-generation cDNA sequencing with Multidimensional Protein Identification Technology (MudPIT), to obtain an in-depth panorama of...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Proteômica; Transcriptoma; Phoneutria nigriventer; Proteomics; Transcriptomics.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102272
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Análise da expressão gênica em diferentes órgãos floríferos do algodoeiro Gossypium hirsutum var. Latifolium. Repositório Alice
LIMA, L. M. de; PINHEIRO, M. P. N.; BATISTA, G. V.; MELO FILHO, P. de A.; SANTOS, R. C..
As informações disponíveis na área genômica têm possibilitado oportunidades de contribuições para o melhoramento genético de várias culturas, especialmente as grandes commodities . O isolamento de novos genes bem como o entendimento de suas funções é primordial para trabalhos associados à expressão gênica ou transgenia com a finalidade de auxiliar as demandas primárias estabelecidas nos programas de melhoramento do algodão.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Tecido reprodutivo; Transcriptoma; RT-qPCR; Algodão.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1042574
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Análise de genes diferencialmente expressos em Herbaspirillum seropedicae, estirpe HRC54, cultivado na presença do líquido apoplástico de cana-de-açúcar Repositório Alice
Tipo: Separatas Palavras-chave: H seropedicae; Transcriptoma; RNA-Seq.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1066661
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Análise de RNASeq de genes responsivos ao déficit hídrico na fase reprodutiva da soja. Repositório Alice
MACEDO, C. R.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MARCOLINO-GOMES, J.; MOLINARI, M. D. C.; BARBOSA, D. de A.; ROSA, J. da; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; RECH FILHO, E. L.; NEPOMUCENO, A. L..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Déficit hídrico; Transcriptoma; Soja.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115804
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Análise do transcriptoma de Fusarium decemcellulare agente causal do superbrotamento em guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis). Repositório Alice
LOBO, I. K. C..
O guaraná da Amazônia é muito apreciado por suas propriedades medicinais e energéticas, sendo o Amazonas a segunda contribuição nacional na produção. Esta produção, entretanto, acaba sendo afetada por uma das principais doenças da cultura: o superbrotamento, que tem como agente causal o fungo Fusarium decemcellulare. Os sintomas da doença são: o superbrotamento de gemas, a hiperplasia e hipertrofia floral e as galhas do caule. Em diversos estudos, associa-se sintomas semelhantes aos do superbrotamento a uma produção, ou ainda modulação, do hormônio auxina por parte do patógeno. Assim, o objetivo deste trabalho foi de identificar genes de vias de síntese do hormônio auxina em Fusarium decemcellulare e analisar diferenças entre perfis transcriptômicos de...
Tipo: Teses Palavras-chave: Transcriptoma; Superbrotameno; Doença de Planta; Fungo; Guaraná.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1058969
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Análise e comparação filogenética de expansinas presentes em Urochloa decumbens cv Basilick. Repositório Alice
ONO, R. Y.; CHIARI, L.; PEREIRA, M..
O objetivo deste trabalho foi analisar 4 expansinas de Urochloa decumbens, verificando a similaridade e a homologia delas com as de outras plantas.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Transcriptoma; Bioinformática; Filogenia.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1012029
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BUSCANDO AGUJAS EN UN PAJAR: VIAJES DE RNAS PEQUEÑOS IN SILICO E IN VITRO Acta biol.Colomb.
BERMÚDEZ SANTANA,CLARA ISABEL.
Lo que se conoce tradicionalmente como análisis del transcriptoma comprende la caracterización y cuantificación del conjunto de RNAs transcritos en la célula. En los primeros años, los estudios del transcriptoma se enfocaron principalmente a RNA mensajeros o RNA codificantes. Más recientemente, debido a avances en la tecnología de secuenciammiento de última generación, los estudios del transcriptoma se han extendido a RNAs no codificantes. Estas moléculas presentan gran variedad de funciones en la regulación celular. Una caracterización completa del conjunto de ncRNAs no es alcanzable con las aproximaciones disponibles. Hoy en día la identificación de RNAs no codificantes y de sus RNA pequeños derivados, es un tema de vital importancia en el análisis...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Transcriptoma; RNA pequeños; Secuenciamiento de última generación.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2011000300007
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Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. Repositório Alice
DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G..
Trabalhos apresentados no: APS-IPPC 2011 Joint Meeting in Honolulu, Hawaii, August 6–10, 2011.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Fusarium oysporum f. sp. cubense (FOC); Doença Panama; Transcriptoma; Patógeno de planta; Genômica.; Biotecnologia; Doença de Planta..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/898042
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de novo assembly and transcriptome analysis of sugarcane leaves from contrasting varieties submited to prolonged water stress. Repositório Alice
BELESINI, A. A.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. da S.; CARVALHO, F. M. de S.; CARLIN, S. R.; CAZETTA, J. O.; FERRO, M. I. T.; PINHEIRO, D. G..
Sugarcane is an important crop, major source of sugar and alcohol, accounting for two-thirds of the world's sugar production. In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining its production. In order to identify genes and molecular process related to sugarcane drought tolerance, we performed de novo assembly and transcriptome analysis of two sugarcane genotypes, one tolerant and other sensitive to water stress, submitted to three water deficit condition (30, 60 and 90 days). The de novo assembly of leaves transcriptome was performed using short reads from Illumina RNA-Seq platform, which produced more than 1 billion reads, which were assembled into 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Cana-de-açúcar; Tolerância à seca; Transcriptoma; Bioinformatics; Sugarcane; Drought tolerance; Water stress; Transcriptomics.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1038946
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Estudio del transcriptoma en Capsicum chinense Jacq. resistente al virus huasteco vena amarilla del chile Agrociencia
Gasca-González,Ma. Rosario; Rivera-Herrera,Yadira; Torres-Pacheco,Irineo; González-Chavira,Mario M.; Guevara-Olvera,Lorenzo; Muñoz-Sánchez,Claudia I.; Guevara-González,Ramón G..
Para enriquecer el conocimiento del transcriptoma en la interacción incompatible entre el PHYVV y plantas de chile habanero (Capsicum chinense Jacq.) de la colecta de INIFAP denominada BG-3821, se estudió el perfil de expresión de genes. Estos estudios son fundamentales para el conocimiento a nivel molecular de los mecanismos de señalización para el reconocimiento mutuo y en su caso la respuesta de defensa del hospedante al patógeno, lo que puede contribuir al diseño de nuevas estrategias de protección de los cultivos. Se usó un modelo de expresión diferencial en las plantas infectadas por el PHYVV y la metodología de hibridación sustractiva por supresión (SSH), para obtener una biblioteca de 99 fragmentos de genes (EST) cuya expresión fue inducida...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Capsicum chinense; Geminivirus; Transcriptoma; PHYVV.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-31952008000100011
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Evaluación de las herramientas de secuenciación masiva (NGS) para identificar genes asociados con tolerancia al estrés hídrico en caña de azúcar Acta Agron. (Palmira)
Riascos-Arcos,John Jaime; Espitia Navarro,Héctor Fabio; López Gerena,Jershon.
En la investigación se evaluó la utilidad de las nuevas tecnologías de secuenciación masiva NGS en la identificación de genes expresados en variedades de caña, bajo condiciones de estrés por déficit hídrico o por anegamiento. No obstante que en la actualidad la secuenciación masiva NGS es la metodología preferida en estudios de transcriptómica comparativa, en el caso de la caña de azúcar (Saccharum spp.) es necesario verificar su utilidad, si se tiene en cuenta la complejidad de su genoma y que herramientas útiles, como un genoma de referencia, no se encuentran disponibles. Para el estudio se seleccionaron dos variedades de caña para cada tipo de estrés (una tolerante y una susceptible) tanto en el caso del déficit hídrico como en el caso del anegamiento....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Caña de azúcar; Déficit hídrico; Anegamiento; ADNc; Secuenciación masiva NGS; Transcriptoma.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122015000400011
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Expressão de genes envolvidos na fase de elongação das fibras do algodoeiro UPLAND. Repositório Alice
LIMA, L. M. de; PINHEIRO, M. P. N.; BATISTA, V. G.; MELO FILHO, P. de A.; SANTOS, R. C..
O algodão é a principal fonte de fibra natural e representa cerca de 50% da produção mundial. O Brasil ocupa a quinta posição entre os maiores produtores, para a safra 2014/15 a produção em pluma está estimada em 1.5 mil toneladas. Dada a sua importância para o agronegócio, à fibra é sempre alvo dos programas de melhoramento genético, com pesquisas que visam o melhoramento das propriedades físicas (comprimento e qualidade) e químicas (teor de celulose), além da produtividade da pluma.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Elongação das fibras; Transcriptoma; RT-q PCR; Algodão.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1042691
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Família defensiva de peptídeos antimicrobianos em Urochloa. Repositório Alice
SHIRAKAWA, K. T.; CHIARI, L.; PEREIRA, R. M..
O capim-braquiária é muito utilizado no Brasil, principalmente no cerrado, como forrageira devido a sua alta adaptabilidade a variados solos, como solos ácidos ou pobres em nutrientes; e apresenta alta cobertura e produção de biomassa. Os peptídeos antimicrobianos são moléculas proteicas pequenas produzidas por todos os seres vivos como parte do sistema imune inato para combater infecções e patógenos. Peptídeos antimicrobianos vegetais possuem um amplo espectro de atividades antimicrobianas contra fitopatógenos e a grande maioria deles é ativa contra fungos, enquanto alguns são inibidores de bactérias e insetos herbívoros. Deste modo, o objetivo deste trabalho foi verificar e identificar a presença de peptídeos antimicrobianos da família das defensinas em...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Transcriptoma; AMPs; Gramínea.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1012042
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Genes expressos conservados em genótipos de arroz tolerante e suscetível à seca. Repositório Alice
GOMES, M.; SILVEIRA, R.; LANNA, A. C.; VIANELLO, R. P.; MENDONÇA, J. A.; BRONDANI, C..
O objetivo desse trabalho foi identificar genes diferencialmente expressos (GDEs) envolvidos na tolerância à seca de duas cultivares de arroz de terras altas da subespécie Japônica, a Douradão, tolerante, e Primavera, suscetível.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Transcriptoma; Rotas metabólicas; RNA-seq; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento genético vegetal; Resistência a seca.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078895
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Global liver gene expression differences in Nelore steers with divergent residual feed intake phenotypes. Repositório Alice
TIZIOTO, P.; COUTINHO, L. L.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; ROSA, C. O.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOUZA, M. M.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; ZERLOTINI NETO, A.; MUDADU, M. A.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. A..
Background: Efficiency of feed utilization is important for animal production because it can reduce greenhouse gas emissions and improve industry profitability. However, the genetic basis of feed utilization in livestock remains poorly understood. Recent developments in molecular genetics, such as platforms for genome-wide genotyping and sequencing, provide an opportunity to identify genes and pathways that influence production traits. It is known that transcriptional networks influence feed efficiency-related traits such as growth and energy balance. This study sought to identify differentially expressed genes in animals genetically divergent for Residual Feed Intake (RFI), using RNA sequencing methodology (RNA-seq) to obtain information from genome-wide...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Transcriptoma; Sequenciamento genético; Bioinformática; RFI; Feed efficiency.; Bos Indicus.; Zebu; Feed conversion; Transcriptomics; Bioinformatics.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1034697
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Information system of regulatory elements. Repositório Alice
NARCISO, M. G.; BEVITORI, R..
The study of the transcriptome of a particular plant species, associated with these stresses, is a powerful tool in the new sequencing technologies that enable mass scanning of the genome at a speed, accuracy and unprecedented scale generating a huge accumulation of information. These are analyzed as a whole to assist the interpretation of biological data and identify potential candidate genes associated with stress studied.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Transcriptoma; Planta; Stress; Transcriptome.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/911212
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Large scale transcriptome analysis of wild peanut (Arachis duranensis) under gradual water stress. Repositório Alice
SILVA, A. K.; MARTINS, A. C. Q.; MORGANTE, C. V.; ARAUJO, A. C. G. de; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Estresse hídrico; Transcriptoma; Amendoim selvagem; Arachis duranensis; Amendoim.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903328
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Presença de transcritos em Campylobacter jejuni de origem avícola MV&Z
Melo, Roberta Torres; Nalevaiko, Priscila Christen; Mendonça, Eliane Pereira; Freitas, Eduardo Almeida; Borges, Leandro Willian; Rosa, Daise Aparecida.
Campylobacter jejuni é considerada causa comum de diarreia em humanos. A infecção acontece principalmente pela ingestão de carnes de frangos mal cozidas. A baixa dose infectante, equivalente a 500 UFC e o risco no desenvolvimento de doenças autoimunes, como a Síndrome de Guillan-Barré, caracterizam o agente como um grave e emergente problema em saúde pública. Objetivou-se avaliar a presença de transcritos de virulência e de resistência às variações de temperatura em 46 isolados de Campylobacter jejuni provenientes de amostras de carcaças de frangos resfriadas e congeladas oriundas de três regiões brasileiras: Minas Gerais, Goiás e Distrito Federal. A avaliação foi realizada antes e após o cultivo em células Caco-2. Para isso foi utilizada a técnica de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Campilobacteriose; Células Caco-2; Transcriptoma.
Ano: 2013 URL: http://www.revistamvez-crmvsp.com.br/index.php/recmvz/article/view/17701
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Seleção de genes candidatos a referência para estudos de expressão gênica por meio de análises de RNA-Seq e qPCR. Repositório Alice
ROSA, K. de O. da; TIZIOTO, P. C.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A..
Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Gene referência; PCR em tempo real; Transcriptoma; Seleção de genes.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002855
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Sobreexpresión de genes en la interacción de Spongospora subterranea (Wallr.) Lagerh. y dos cultivares de Solanum phureja Juz. et. Buk Rev. Protección Veg.
Rodríguez Fuerte,Verónica; Marín Montoya,Mauricio; Morales Osorio,Juan Gonzalo; Cotes Torres,José Miguel; Gutiérrez Sánchez,Pablo Andrés.
Con el fin de contribuir a un mejor conocimiento de los mecanismos que rigen la interacción entre Solanum phureja Juz. et. Buk. y Spongospora subterranea (Wallr.) Lagerh, agente causal de la sarna polvosa de la papa, se realizó en esta investigación el análisis del transcriptoma de dos cultivares: Criolla Colombia (susceptible) y Criolla Latina (tolerante), mediante pirosecuenciación 454. Los resultados indicaron diferencias entre los genes sobreexpresados en cada cultivar ante la infección con el patógeno. En el cultivar susceptible, la respuesta ocurre a partir de la activación transcripcional de genes asociados a la integridad de la pared celular, transducción de señales y genes involucrados en la respuesta a diferentes tipos de estrés. Los genes que...
Tipo: Journal article Palavras-chave: NGS; PCR en tiempo real; Sarna polvosa; Transcriptoma.
Ano: 2014 URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1010-27522014000100003
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