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Agronomic performance and genetic dissimilarity of second-harvest soybean cultivars using REML/BLUP and Gower’s algorithm Bragantia
Follmann,Diego Nicolau; Souza,Velci Queiróz de; Cargnelutti Filho,Alberto; Demari,Gustavo Henrique; Nardino,Maicon; Olivoto,Tiago; Carvalho,Ivan Ricardo; Silva,Antonio David Bortoluzzi; Meira,Daniela; Meier,Carine.
ABSTRACT The cultivation of second-harvest with soybean crop after first-harvest with maize crop has become an alternative to aggregate income to farmers in the South region of Brazil. However, there is little information about this cropping system in this region. The aims of this study were to: (i) evaluate the agronomic performance of soybean (Glycine max L.) cultivars growing in second-harvest during the summer; and (ii) evaluate the genetic divergence of the cultivars based on qualitative and quantitative traits. To do this, 18 soybean cultivars were evaluated in three field trials, sown during January in the northwestern region of Rio Grande do Sul state, Brazil. In each experiment, a randomized block design with four replicates was used. Five...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Glycine max L.; Mixed models; Quantitative and qualitative traits; UPGMA.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052019000200197
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Análise de agrupamento aplicado à seleção dos fundadores de populações de galinhas caipiras. Repositório Alice
SILVA, F. N. R.; OLIVEIRA SOBRINHO, S. R. de; SILVA, J. A. da; OLIVEIRA, M. B. de; CARVALHO, D. A. de; CAMPELO, J. E. G.; VIOLA, T. H.; ARAUJO, A. M. de.
A formação do núcleo institucional de Conservação in situ de Galinhas Naturalizadas do Meio-Norte visa conservar a biodiversidade de galinhas criadas em sistemas tradicionais e extensivos da região, para futuros estudos de genética e melhoramento. A etapa inicial da fundação do núcleo requer um estudo prévio das populações, visando a caracterização dos grupos através de ferramentas estatísticas.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: UPGMA; Distância Euclidiana; Recurso Genético; Biodiversidade.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105975
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Análise de divergência em genótipos de abóbora (Cucurbita moschata Duch.) para caracteres físicos associados ao fruto. Repositório Alice
SILVA, F. R. da; LIMA, M. A. C. de; BORGES, R. M. E..
Este trabalho teve por objetivo identificar os níveis de divergência genética em 24 genótipos de abóbora (Cucurbita moschata Duch.) para dez caracteres físicos associados ao fruto. O experimento foi implantado em campo em 2018 e colheita realizada em 2019, colhendo-se o melhor fruto em plantas de polinização aberta, conduzidas em delineamento experimental de blocos ao acaso com duas repetições. Na análise de divergência genética por componentes principais identificou-se a formação de cinco grupos considerando a influência das variáveis avaliadas. Ainda, nove genótipos foram considerados divergentes, estando isolados em relação aos grupos formados, indicando que os mesmos são promissores para avanços nos próximos ciclos de seleção por autofecundação e...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Divergência genética; UPGMA; Variáveis quantitativas; Abóbora; Melhoramento Genético Vegetal; Cucúrbita Moschata; Genótipo.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1114624
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Application of RAPD-PCR for Determining the Clonality of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus Isolated from Different Hospitals BABT
Idil,Neslihan; Bilkay,Isil Seyis.
Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR was applied with ten random 10-mer primers to examine the molecular diversity among methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains in the hospitals and to investigate the epidemiological spread of these strains between different hospitals. The main objective of the study was to identify appropriate primers, which successfully established the clonality of MRSA. Three of the primers yielded particularly discriminatory patterns and they were used to perform the RAPD analysis which revealed different bands ranging from 200 to 1500 bp. Dendogram was created by the un-weighted pair group method using arithmetic (UPGMA) average clustering and it was constructed based on the combination results of the new...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: MRSA; RAPD-PCR; Clonal dissemination; UPGMA.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132014000400548
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Assessing Genetic Variation and Spread of Phalaris minor Resistant to ACCase Inhibiting Herbicides in Iran Planta Daninha
GHEREKHLOO,J.; ALCÁNTARA-DE LA CRUZ,R.; OSUNA,M.D.; SOHRABI,S.; PRADO,R..
ABSTRACT: Littleseed canarygrass (Phalaris minor) is the second most serious and problematic grass weed in wheat fields in Iran, and has developed resistance to ACCase inhibiting herbicides. Inter-simple sequence repeat (ISSR) analysis was used to assess genetic variation between and within ACCase inhibitor-resistant and susceptible P. minor populations in Iran and to determine the origin of resistance and its dispersal. Sixteen P. minor populations from different regions in Iran were analysed using seven primers. Genetic relationships generated using UPGMA analysis indicated the presence of more than one genotype among the herbicide resistant populations. The results indicated that the high genetic similarity and physical proximity among the resistant P....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Dendrogram; Herbicide resistance; ISSR; Genotype; UPGMA.
Ano: 2020 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-83582020000100226
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Assessment of EST-SSR markers for genetic analisys on coffee Bragantia
Missio,Robson Fernando; Caixeta,Eveline Teixeira; Zambolim,Eunize Maciel; Pena,Guilherme Ferreira; Ribeiro,Ana Paula; Zambolim,Laércio; Pereira,Antônio Alves; Sakiyama,Ney Sussumu.
EST-SSR markers were used to investigate the genetic diversity among and within coffee populations, to explore the possibility of their use for fingerprinting of cultivars and to assist breeding programs. Seventeen markers, developed from ESTs (Expressed Sequence Tags) from the Brazilian Coffee Genome Project, were used. All markers showed polymorphism among the genotypes assessed. The average number of allele per primer was 5.1. The highest polymorphisms were found within C. canephora (88.2%) and rust-resistant varieties (35.3%). About 29.4% of the markers differentiated C. arabica from Híbrido de Timor; it was also possible to identify those closest and farthest from C. arabica . The analysis of population-grouped genotypes revealed a 64.0% genetic...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: DNA markers; Coffea sp.; UPGMA; Amova; Microsatellite markers.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052009000300003
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Characterization of free nitrogen fixing bacteria of the genus Azotobacter in organic vegetable-grown Colombian soils BJM
Jiménez,Diego Javier; Montaña,José Salvador; Martínez,María Mercedes.
With the purpose of isolating and characterizing free nitrogen fixing bacteria (FNFB) of the genus Azotobacter, soil samples were collected randomly from different vegetable organic cultures with neutral pH in different zones of Boyacá-Colombia. Isolations were done in selective free nitrogen Ashby-Sucrose agar obtaining a recovery of 40%. Twenty four isolates were evaluated for colony and cellular morphology, pigment production and metabolic activities. Molecular characterization was carried out using amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA). After digestion of 16S rDNA Y1-Y3 PCR products (1487pb) with AluI, HpaII and RsaI endonucleases, a polymorphism of 16% was obtained. Cluster analysis showed three main groups based on DNA fingerprints....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: ARDRA; Azotobacter; FNFB; UPGMA.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822011000300003
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Dissimilaridade morfológica entre progênies de açaizeiro provenientes de Anajás - PA. Repositório Alice
YOKOMIZO, G. K.-I.; FARIAS NETO, J. T. de; OLIVEIRA, M. do S. P. de.
O consumo do suco de açaí tem aumentado no país e no exterior, principalmente por ser um alimento funcional, havendo a necessidade de pesquisas de melhoramento para atender essa crescente demanda. Com o objetivo de avaliar a dissimilaridade para fins de seleção, 30 progênies de meios-irmãos de açaizeiros provenientes do município de Anajás e cultivadas em Tomé-Açu, Pará, foram avaliados para as seguintes características: peso médio do cacho (PMC), em gramas; peso total de frutos (PTF), em gramas; peso médio do cacho vazio (PMCV), em gramas; tamanho médio da ráquis/cacho (TMR), em centímetros; peso médio de 100 frutos (PCF), em gramas; número total de cachos (NTC) e; peso total do cacho (PTC), sendo obtida pela multiplicação entre PMC e NTC. Os resultados...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Divergência genética; Medidas de dissimilaridade; Análise multivariada; UPGMA; Genetic divergence; Dissimilarity measure; Multivariate analisys; Açaí; Euterpe Oleracea; Alimento; Morfologia Vegetal.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1092286
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Divergência genética em tomate estimada por marcadores RAPD em comparação com descritores multicategóricos Horticultura Brasileira
Gonçalves,Leandro SA; Rodrigues,Rosana; Sudré,Cláudia P; Bento,Cíntia dos S; Moulin,Monique M; Araújo,Maria Luiza de; Daher,Rogério F; Pereira,Telma Nair S; Pereira,Messias G.
A estimativa da variabilidade genética existente em um banco de germoplasma é importante não só para a conservação dos recursos genéticos, mas também para aplicações no melhoramento de plantas. O presente trabalho teve como objetivo estudar a divergência genética entre 78 acessos de uma coleção de germoplasma de tomateiro, com base em 74 marcadores RAPD e correlacionar esses resultados àqueles da caracterização morfoagronômica realizada para 27 descritores. Foi utilizado o agrupamento hierárquico UPGMA para analisar os dados, observando-se a formação de 13 grupos. Esses grupos foram correlacionados a cinco descritores (hábito de crescimento, tipo de folha, cor do fruto, número de lóculos e formato do fruto). Alguns grupos apresentaram peculiaridades, a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Solanum lycopersicum; Recursos genéticos; UPGMA; Marcadores moleculares; Descritores morfológicos.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362008000300014
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Diversidade genética de acessos de feijão comum por caracteres agronômicos Rev. Ciênc. Agron.
Cabral,Pablo Diego Silva; Soares,Taís Cristina Bastos; Lima,Andreia Barcelos de Passos; Alves,Diogo de Souza; Nunes,José Arcanjo.
Este experimento teve como objetivo avaliar a divergência genética entre 57 acessos de feijão comum, sendo 31 genótipos locais do sul do Espírito Santo, 20 da EMBRAPA e seis cultivares comerciais. Foram realizados três experimentos no município de Alegre, ES nos anos agrícolas de 2008/2009 e de 2009/2010. O delineamento utilizado foi o de blocos casualizados com três repetições. Os dados foram submetidos à análise de variância pelo teste F. Foi utilizada análise multivariada para avaliar a divergência genética entre os acessos utilizando o método de agrupamento UPGMA e variáveis canônicas com base na distância generalizada de Mahalanobis. As variáveis que mais contribuíram para a separação dos acessos foram: peso de cem sementes (P100) com 24,01%, período...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris L.; Caracterização de germoplasma; UPGMA; Variáveis canônicas.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1806-66902011000400011
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Diversidade genética estimada através de marcadores ISSR de Colletotrichum graminicola no Brasil. Repositório Alice
PARREIRA, D. F.; ZAMBOLIM, L.; GOMES, E. A.; COSTA, R. V. da; SILVA, D. D. da; LANA, U. G. de P.; NEVES, W. dos S.; FIGUEIREDO, J. E. F.; COTA, L. V..
A antracnose do milho causada pelo fungo Colletotrichum graminicola é uma das principais doenças da cultura no Brasil e no mundo, atacando praticamente todas as partes da planta. Neste trabalho, foi avaliada a variabilidade genética de 95 isolados monospóricos de C. graminicola provenientes dos estados de Goiás, Minas Gerais, Santa Catarina, São Paulo, Paraná e Rio Grande do Sul. Foram avaliados 15 primers ISSR, sendo selecionados nove que resultaram em um maior polimorfismo. Os fragmentos de DNA gerados pelas análises de ISSR foram avaliados mediante inspeção visual dos géis. Bandas de mesmo peso molecular, em indivíduos diferentes, foram consideradas idênticas e designadas em função da ausência (0) e presença (1) no gel. Baseado na matriz, foi gerado um...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: UPGMA; Antracnose; Doença de planta; Milho; Anthracnose; Plant diseases and disorders.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053668
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Diversidade genética estimada através de marcadores ISSR de Colletotrichum graminicola no Brasil. Infoteca-e
COSTA, R. V. da; SILVA, D. D. da; COTA, L. V.; PARREIRA, D. F.; ZAMBOLIM, L.; GOMES, E. A.; LANA, U. G. de P.; NEVES, W. dos S.; FIGUEIREDO, J. E. F..
A antracnose do milho causada pelo fungo Colletotrichum graminicola é uma das principais doenças da cultura no Brasil e no mundo, atacando praticamente todas as partes da planta. Neste trabalho foi avaliada a variabilidade genética de 95 isolados monospóricos de C. graminicola, provenientes dos estados brasileiros de Goiás, Minas Gerais, Santa Catarina, São Paulo, Paraná e Rio Grande do Sul. O DNA de cada isolado foi amplificado via PCR, utilizando-se 15 primers ISSR (do inglês, inter-simpled sequence repeat) como marcadores moleculares. Os fragmentos de DNA gerados pelo PCR-ISSR foram avaliados por eletroforese em gel de agarose com a visualização da posição das bandas formadas nos géis. Do total de 15, nove primers foram selecionados em função do maior...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Variabilidade genética; UPGMA; Marcador molecular; Antracnose; Zea mays; Doença de planta; Plant diseases and disorders; Anthracnose.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1012069
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Estimativa da diversidade genética de sorgo sacarino via descritores morfo-agronômicos. Repositório Alice
SILVA, M. J. da; FRANÇA, A. E. D.; PARRELLA, R. A. da C.; OLIVEIRA, P. C. de; SOUZA, V. F. de; MOURA, S. M..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Divergência; Variabilidade genética; UPGMA.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/992302
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Evaluation of cassava plants generated by somatic embryogenesis at different stages of development using molecular markers Electron. J. Biotechnol.
Osorio,Mayra; Gámez,Elizabeth; Molina,Sandy; Infante,Diógenes.
Background: Cassava (Manihot esculenta Crantz) is a crop that is high in carbohydrates in the roots and in protein in the leaves, important for both human consumption and animal feed, and also has a significant industrial use for its starches. In this study we evaluated the genetic variability with molecular markers in different stages in micropropagated plants from somatic embryos of Venezuelan native clone 56. Results: Three markers were used: ISTR, AFLP and SSR, finding that ISTR showed the highest polymorphism among individuals tested. With AFLP a high similarity between the evaluated individuals was observed and with SSR total monomorphism was seen. Using cluster analysis it was found that individuals from an embryo labeled as fasciated at the...
Tipo: Journal article Palavras-chave: AFLP; Genetic stability; ISTR; SSR; UPGMA.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582012000400003
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Evaluation of common bean accesses with multi-category variables - doi: 10.4025/actasciagron.v33i4.6944 Agronomy
Albuquerque, Amanda Nogueira de; Universidade do Estado do Mato Grosso; Barelli, Marco Antônio Aparecido; Universidade do Estado do Mato Grosso; Neves, Leonarda Grillo; Universidade do Estado do Mato Grosso; Arantes, Vinícius Ribeiro; Universidade do Estado do Mato Grosso; Silva, kleberson Luiz Miranda da; Universidade do Estado do Mato Grosso.
The morphologic traits of the common bean genotype (Phaseolus vulgaris L.) in Cáceres MT, Brazil, are evaluated to optimize genotypes for future improvement breeding cultures. Sixteen genotypes were evaluated through 33 morphological characters. The experiment was carried out in randomized blocks with four replicates at the Mato Grosso Company for Research and Extension (EMPAER) in Cáceres, Mato Grosso State. A dendrogram was produced by Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) and Plan projection. Results showed the occurrence of genetic variability among the genotypes and the dendrogram revealed the formation of two main groups, one comprised genotypes of the black group and the other comprised genotypes of the Cores and Carioca group,...
Palavras-chave: 5.01.03.05-9 Phaseolus vulgaris; Morphological description; UPGMA; Genetic divergence Melhoramento Vegetal Phaseolus vulgaris; Morphological description; UPGMA; Genetic divergence.
Ano: 2011 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAgron/article/view/6944
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Fitossociologia e similaridade florística entre trechos de Cerrado sentido restrito em interflúvio e em vale no Jardim Botânico de Brasília, DF Acta Botanica
Fonseca,Mônica Souza da; Silva Júnior,Manoel Cláudio da.
Este estudo teve como objetivo verificar a composição florística, densidade e área basal do componente lenhoso do cerrado sentido restrito em duas situações num gradiente topográfico, designadas interflúvio (I) e vale (V), no Jardim Botânico de Brasília, DF. Foram alocadas em cada área 10 parcelas permanentes de 20x50m para amostragem de todos os indivíduos com diâmetro basal DB(30cm)> 5cm. A classificação por UPGMA (Índices de Sørensen e Morisita) foi usada para a avaliação da similaridade entre parcelas. A análise da fitossociologia mostrou que as espécies mais importantes no interflúvio foram: Ouratea hexasperma (A. St.Hil) Baill., Miconia ferruginata DC. e Dalbergia miscolobium Benth., enquanto que no vale foram: Eriotheca pubescens (Mart. &...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Árvores; Topografia; Estrutura fitossociológica; Densidade; Área basal; UPGMA.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-33062004000100003
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Genetic dissimilarity and definition of recombination clusters among green corn half-sib progenies Bragantia
Silva,Danilo Fernando Guimarães; Coelho,Caroline de Jesus; Romanek,Cristiane; Gardingo,José Raulindo; Silva,Anderson Rodrigo da; Graczyki,Brenda Luiza; Oliveira,Eduardo Augusto Teixeira; Matiello,Rodrigo Rodrigues.
ABSTRACT The present study aimed to estimate the genetic divergence among corn half-sib progenies seeking to direct recombination between contrasting and superior progenies for green corn production. Ninety-six progenies were evaluated in a randomized block design with 3 replications, and 18 characteristics associated with agronomic adaptation and green corn yield were measured. The genetic divergence was estimated using generalized square Mahalanobis distance and the progenies grouped by UPGMA and Tocher’s methods. The joint analysis of variance showed genetic variability among the progenies for the characteristics evaluated. The UPGMA method was more sensitive than Tocher’s, since it led to the formation of 11 groups genetically dissimilar compared to...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Zea mays L.; Ears yield; Potential; UPGMA; Tocher.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052016000400401
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Genetic divergence among cupuaçu accessions by multiscale bootstrap resampling Bragantia
Santos,Vinicius Silva dos; Martins Filho,Sebastião; Alves,Rafael Moysés; Resende,Marcos Deon Vilela de; Silva,Fabyano Fonseca e.
This study aimed at investigating the genetic divergence of eighteen accessions of cupuaçu trees based on fruit morphometric traits and comparing usual methods of cluster analysis with the proposed multiscale bootstrap resampling methodology. The data were obtained from an experiment conducted in Tomé-Açu city (PA, Brazil), arranged in a completely randomized design with eighteen cupuaçu accessions and 10 repetitions, from 2004 to 2011. Genetic parameters were estimated by restricted maximum likelihood/best linear unbiased prediction (REML/BLUP) methodology. The predicted breeding values were used in the study on genetic divergence through Unweighted Pair Cluster Method with Arithmetic Mean (UPGMA) hierarchical clustering and Tocher’s optimization method...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Clustering; UPGMA; Tocher; Theobroma grandiflorum.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052015000200169
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Genetic divergence among slash pine second generation progenies at an early age. Repositório Alice
PAGLIARINI, M. K.; KIERAS, W. S.; MOREIRA, J. P.; SOUSA, V. A. de; SHIMIZU, J. Y.; MORAES, M. L. T. de; FURLANI JUNIOR, E.; AGUIAR, A. V. de.
O objetivo do estudo foi estimar a divergência genética entre progênies de polinização aberta de Pinus elliottii em idade precoce. Dois testes de progênie foram estabelecidos em delineamento de blocos casualizados, uma planta por parcela, plantados em março de 2009, em espaçamento 3 x 3 m. Um teste foi plantado em Ribeirão Branco, São Paulo, envolvendo 44 progênies em 40 blocos. O outro foi plantado em Ponta Grossa, Paraná, com 24 progênies e 32 blocos. Foram avaliados caracteres de crescimento e de forma cinco anos após o plantio. A divergência genética foi avaliada pelo método de Mahalanobis. Dois métodos de agrupamento hierárquico foram comparados: UPGMA e Otimização de Tocher. Ambos mostraram resultados similares e identificaram cinco e dez grupos,...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Distância de Mahalanobis; UPGMA; Otimização de Tocher; Mahalanobis distance; Tocher optimization; Pinus Elliottii.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125485
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Genetic divergence in Tetragonisca angustula Latreille, 1811 (Hymenoptera, Meliponinae, Trigonini) based on rapd markers Genet. Mol. Biol.
Oliveira,Rosana de Cássia; Nunes,Francis de Morais Franco; Campos,Ana Paula Soraggi; Vasconcelos,Soraya Matos de; Roubik,David; Goulart,Luiz Ricardo; Kerr,Warwick Estevam.
One of the commonest neotropical stingless bees is Tetragonisca angustula (Latreille, 1811), popularly known in Portuguese as jataí, which occurs in variable nesting sites from Mexico to Argentina. We used 18 primers to generate 218 RAPD markers which we used to determined the genetic distance between T. angustula populations from 25 localities in three different Latin America countries, using Tetragonisca weyrauchi from the Brazilian state of Acre and the common honey bee (Apis mellifera) as outgroups. Genetic distance, calculated as the Percentage of Dissimilarity (14%), based on all markers divided the T. angustula population into eastern (group 1) and western (group 2) groups. However, we were able to separate the two groups by using only two primers...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Tetragonisca angustula; Genetic divergence; Molecular markers; UPGMA.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000200009
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