| Registro completo |
| Provedor de dados: |
Thai Agricultural
|
| País: |
Thailand
|
| Título: |
การตรวจสอบยีนควบคุมความหอมของข้าว ด้วยวิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสแบบเวลาจริง
Detection of a fragrant gene in rice by real-time PCR
|
| Autores: |
Kasem Soontrajarn
Marsuton Sanyapeung
Nittaya Phromwong
Somsong Chotechuen
|
| Data: |
2014-02-28
|
| Ano: |
2013
|
| Palavras-chave: |
Fragrant gene
Real-time PCR
High Resolutions Melting analysis
ข้าว
ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสแบบเวลาจริง
การวิเคราะห์ HRM
ยีนควบคุมความหอม
|
| Resumo: |
Aromatic rice is a specific group of rice having high price in the world rice market. A fragrant trait is therefore included in the principal goal for rice production and improvement. A recessive gene on chromosome 8 has been elucidated to be homology with the gene encoded for betaine aldehyde dehydrogenase (BADH2). In fragrant rice this gene was mutated by 8 bp deletion in exon 7 resulting in accumulation of 2-acetyl-1-pyrroline (2AP). In this study, the BADEX7-5 primer which is specific for the fragrant gene (badh2) was tested by a conventional PCR and a Real-time PCR. Both methods showed the same PCR product size of 95 and 103 bp in fragrant and non-fragrant rice, respectively. DNA sequencing and nucleotide alignment of those PCR products showed that 8-bp deletions are always found in fragrant rice. SNP was found among standard fragrant varieties and this position in KDML105 was found to be another additional 1 base deletion. High Resolutions Melting analysis showed that the fragrant and non-fragrant rice were clearly separated by 1 oC difference in Tm. Further experiment could validate the Real-time PCR condition and components at 10 µl reaction mixture. The method was applied to detect rice varieties containing “Hom” in their names from the National Rice Seed Storage Laboratory for Genetic Resources. The total of 339 tested accessions was found to have two genotypes including 243 accessions carrying an 8-bp deletion allele and 96 accessions having an allele without deletion. Real-time PCR is a high-throughput method and can be used to survey fragrant genotype in rice.
ข้าวหอมเป็นกลุ่มข้าวเฉพาะที่มีราคาสูงในตลาดการค้าข้าวโลก ลักษณะความหอมจึงเป็นเป้าหมายสำคัญของการผลิต และการปรับปรุงพันธุ์ ยีนควบคุมความหอมของข้าวเป็นยีนด้อยอยู่บนโครโมโซม 8 มีลำดับเบสตรงกับยีนที่สร้างเอ็นไซม์ betaine aldehyde dehydrogenase (BADH2) โดย exon 7 เกิด 8 bp deletion จึงมีการสะสมของสาร 2-acetyl-1-pyrroline (2AP) ในการทดลองนี้ได้ทำการทดสอบ BADEX7-5 primer ซึ่งเฉพาะเจาะจงต่อยีนควบคุมความหอมของข้าว (badh2) ด้วยวิธี PCR แบบดั้งเดิม และวิธี Real-time PCR พบว่า ได้ PCR products ของข้าวหอมและไม่หอมขนาด 95 และ 103 bp ตามลำดับ ซึ่งเมื่อนำไปวิเคราะห์ลำดับเบส พบว่าในกลุ่มข้าวหอมทุกพันธุ์มี 8 bp deletion และพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 แตกต่างจากข้าวเจ้าหอมปทุมธานี 1 ข้าวเจ้าหอมสุพรรณบุรี 1 ข้าวเจ้าหอมพิษณุโลก 1 และข้าวเจ้าหอมคลองหลวง 1 เนื่องจากพบ base deletion ในตำแหน่งที่ 9 ในขณะที่ตำแหน่งนี้พบ SNP ในข้าวหอมที่เหลืออีก 4 พันธุ์ เมื่อวิเคราะห์ High Resolutions Melting พบว่า ข้าวหอม และไม่หอมให้ค่า Tm ต่างกันประมาณ 1 องศาเซลเซียส อย่างชัดเจน การทดลองสามารถปรับสภาพการทำปฏิกิริยา Real-time PCR ที่เหมาะสมจนถึงปริมาตร 10 ไมโครลิตร เมื่อนำวิธีการนี้มาใช้ตรวจสอบข้าวจากศูนย์ปฏิบัติการและเก็บเมล็ดเชื้อพันธุ์ข้าวแห่งชาติที่มีคำว่า “หอม” อยู่ในชื่อพันธุ์ จำนวน 339 พันธุ์ พบว่า สามารถแบ่งออกได้เป็น 2 กลุ่ม ตามขนาดของชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ถูกเพิ่มปริมาณตรงตำแหน่งของยีน badh2 โดยกลุ่มข้าวที่มีขนาดชิ้นส่วนดีเอ็นเอ 95 bp มีจำนวน 243 พันธุ์ และกลุ่มข้าวที่มีขนาดชิ้นส่วนดีเอ็นเอ 103 bp มีจำนวน 96 พันธุ์ วิธี Real-time PCR สามารถทำได้รวดเร็ว แม่นยำ และทำได้จำนวนมาก (high-throughput) ดังนั้น จึงอาจประยุกต์ใช้วิธีนี้มาค้นหายีนควบคุมความหอมของเชื้อพันธุกรรมข้าว ในศูนย์ปฏิบัติการและเก็บเมล็ดเชื้อพันธุ์ข้าวแห่งชาติ
|
| Tipo: |
PhysicalObject
|
| Idioma: |
Thailandês
|
| Identificador: |
Proceedings of the 30th Rice and Temperate Cereal Crops Annual Conference 2013, Bangkok (Thailand), p. 160-170
ISBN 978-974-403-928-6
http://anchan.lib.ku.ac.th/agnet/handle/001/5529
เอกสารการประชุมวิชาการข้าวและธัญพืชเมืองหนาว ครั้งที่ 30 พ.ศ. 2556, กรุงเทพฯ, หน้า 160-170
|
| Formato: |
326 p.
|
| Direitos: |
ลิขสิทธิ์เป็นของเจ้าของบทความแต่เพียงผู้เดียว
สงวนลิขสิทธิ์ตามพระราชบัญญัติลิขสิทธิ์ พ.ศ. 2537
เอกสารนี้สงวนไว้สำหรับการใช้งานเพื่อการศึกษาเท่านั้น ไม่อนุญาตให้นำไปใช้ประโยชน์ด้านการค้า ไม่ว่ากรณีใดๆ ทั้งสิ้น อีกทั้งห้ามมิให้ดัดแปลงเนื้อหา และต้องอ้างอิงถึงเจ้าของเอกสารทุกครั้งที่มีการนำไปใช้
|
