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Provedor de dados:  Repositório Alice
País:  Brazil
Título:  Comparison of predicted binders in Rhipicephalus (Boophilus) microplus intestine protein variants BM86 Campo Grande Strain, BM86 and BM95.
Autores:  ANDREOTTI, R.
PEDROSO, M. S.
CAETANO, A. R.
MARTINS, N. F.
Data:  2009-01-16
Ano:  2008
Palavras-chave:  Rhipicephalus (Boophilus) microplus
Bm86
Bm95
Tick
Antigen
Antígeno
Carrapato
Imunologia
Immunology
Resumo:  This paper reports the sequence analysis of Bm86 Campo Grande strain comparing it with Bm86 and Bm95 antigens from the preparations TickGardPLUS and GavacTM, respectively. The PCR product was cloned into pMOSBlue and sequenced. The secondary structure prediction tool PSIPRED was used to calculate alpha helices and beta strand contents of the predicted polypeptide. The hydrophobicity profile was calculated using the algorithms from the Hopp and Woods method, in addition to identification of potential MHC class-I binding regions in the antigens. Pair-wise alignment revealed that the similarity between Bm86 Campo Grande strain and Bm86 is 0.2% higher than that between Bm86 Campo Grande strain and Bm95 antigens. The identities were 96.5% and 96.3% respectively. Major suggestive differences in hydrophobicity were predicted among the sequences in two specific regions. O objetivo deste estudo foi analisar a seqüência de Bm86 cepa Campo Grande comparando-a com os antígenos Bm86 e Bm95 das preparações TickGardPLUS e GavacTM, respectivamente. O produto de PCR foi clonado em PMOSBlue e seqüenciado. Para calcular os conteúdos de alfa-hélice e fita beta do polipeptídio previsto, foi utilizada a ferramenta de prognóstico de estrutura secundária PSIPRED. O perfil de hidrofobicidade foi calculado usando os algoritmos de Hopp e Woods, além da identificação das possíveis regiões de ligação com MHC classe I nos antígenos. O alinhamento "pair-wise" revelou que a similaridade entre Bm86 cepa Campo Grande e Bm86 é 0,2% maior que aquela entre Bm86 cepa Campo Grande e Bm95. As identidades foram de 96,5% e 96,3%, respectivamente. Com relação à hidrofobicidade, os resultados sugerem que a maior diferença

bitstream/item/177498/1/SP-19597-ID-30708.pdf
Tipo:  Artigo em periódico indexado (ALICE)
Idioma:  Português
Identificador:  30708

http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190432
Editor:  Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, São Paulo, v. 17, n. 1, p. 93-98, 2008.
Relação:  Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia - Artigo em periódico indexado (ALICE)
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