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| Provedor de dados: |
OceanDocs
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| País: |
Belgium
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| Título: |
Código de barras de ADN de las especies cubanas de peces dulceacuícolas.
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| Autores: |
Lara Lorenzo, A.
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| Data: |
2014-06-19
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| Ano: |
2008
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| Palavras-chave: |
CDNA
Genes
Fishes
Fish wastes
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| Resumo: |
En el presente trabajo se realizó el análisis del código de barras ADN de 24 especies de la ictiofauna dulceacuícola cubana. Para ello, se secuenciaron 652pb del gen mitocondrial citocromo oxidasa I (COI) de 96 individuos provenientes de diferentes áreas geográficas y representativos, en la mayoría de los casos, de la distribución espacial de cada especie. En el análisis se utilizó la distancia genética Kimura 2 parámetros (K2P), considerando como cota superior el valor de 3%, para identificar los límites de divergencia entre especies. Complementariamente se llevó a cabo un análisis de agregación poblacional para identificar grupos poblacionales indicativos de linajes evolutivos independientes. El estimado promedio de divergencia genética entre individuos coespecíficos fue de 0.96%, mientras que el valor encontrado entre especies congenéricas alcanzó el 10.2%. La identificación de las especies a través de este marcador molecular coincidió en un 96% con la clasificación taxonómica establecida. Solo se observaron incongruencias en el caso del género Rivulus, donde no se pudo identificar molecularmente a la especie R. insulaepinorum. Por otra parte, el género Gambusia presentó una mayor diversidad de especies, al identificarse varios linajes evolutivos significativos. De manera general, el código de barras del ADN constituye una herramienta eficaz para la identificación de los peces de agua dulce de Cuba y una vía rápida para identificar posibles linajes independientes que puedan ser motivo de estudios posteriores más profundos.
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| Tipo: |
Theses and Dissertations
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| Idioma: |
Espanhol
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| Identificador: |
http://hdl.handle.net/1834/5514
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| Relação: |
1. Alayo, P., 1973. Lista de peces fluviatiles de Cuba. Torreia. Nueva serie (29): 53pp. 2. Alayo, P., 1974. Guía elemental de las aguas dulces de Cuba. Torreia. Nueva serie (37): 66-68. 3. Anónimo, 2007. How DNA Barcoding Can Help Science. http://www.sciencedaily.com/ 4. Avise, J.C., 1994. Molecular markers, natural history and evolution. Chapman and Hall, edits. N. Y. London. 5. Avise, J.C.; J. Arnold; M. R. Ball; E. Berminghan; T. Lamb; J.E. Neigel; C.A Reeb and N.C. Saunders, 1987. Intraspecific Phylogeography: the mitochondrial DNA Bridge between population genetics and systematics. Annual Review of Ecology and Systematics 18: 489-522. 6. Ayala, F.J., 1997. Vagaries of the molecular clock. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94: 7776–7783. 7. Ballard, J.W.O. and M.C. Whitlock, 2004. The incomplete natural history of mitochondria. Mol Ecol 13: 729-744. 8. Barber P. and S.L. Boyce, 2006. Estimating diversity of Indo-Pacific coral reef stomatopod larvae. Proc. R. Soc. B. doi: 10.1098/rspb.2006.3540. 9. Barus, V.; J. Liborsvársky and F. G. Padron, 1981. Notes on Toxus creolus (Poeciliidae) from Cuba. Folia Zoologica. 30 (4): 363-370. 10. Barus, V. and J. Liborsvársky, 1987. Observations on Glaridichthys uninotatus and G. falcatus (Poeciliidae) from Cuba. Folia Zoologica 37(2): 167-182. 11. Bellwood, D. R.; T.P. Hughes; C. Folke and M. Nystron, 2004. Confronting the coral reef crisis. Nature 429: 827-833. . Bensasson D, D-X Zhang; D.L. Hartl and G.M. Hewitt, 2001. Mitochondrial pseudogenes: Evolution's misplaced witnesses. Trends Ecol Evol 16: 314-321. 13. Bhadury, P.; M.C. Austen; D.T. Bilton; P.J.D. Lambshead; A.D. Rogers and G.R. Smerdon, 2006. Development and evaluation of a DNA-barcoding approach for the rapid identification of nematodes. Marine Ecology Progress Series 320: 1-9. 14. Blaxter, M.; J. Mann; T. Chapman; F. Thomas; C. Whitton; R. Floyd and Eyualem- Abebe, 2005. Defining operational taxonomic units using DNA barcode data. Phil. Trans. R. Soc. B. 360 (1462): 1935-1943. 15. Boore, J. L., 1999. Animal mitochondrial genomes. Nucleic Acids Res 27(8): 1767- 1780. 16. Bourlat, S.J.; H. Nakano; M. Akerman; M.J. Telford; M.C. Thorndyke and M. Obst, 2008. Feeding ecology of Xenoturbella bocki (phylum Xenoturbellida) revealed by genetic barcoding. Molecular Ecology Resources 8(1): 18-22. . Brower, A. V. Z., 2006. Problems with DNA barcodes for species delimitation: ¨ten species¨of Astraptes fugerator reassessed (Lepidoptera: Hesperiidae). Systematics and Biodiversity 4: 127-132. 18. Bucklin, A.; P.H. Wiebe; S.B. Smolenack; N.J.Copley; J.G. Beaudet; K.G. Bonner; J. Färber-Lorda and J.J. Pierson, 2007. DNA barcodes for species identification of euphausiids (Euphausiacea, Crustacea). Journal of Plankton Research 29(6): 483-493. 19. Burgess, G. H. y R. Franz 1989. Zoogeography of the Antillean freshwater fish fauna. En Biogeography of the West Indies: past, present and future, Charles A. Woods (ed.), Sand hill Crane Press, Gainesville, Florida, pp: 263-304. 20. Bussing, W. A., 2002. Peces de las aguas continentales de Costa Rica. Segunda edición. Editorial de la Universidad de Costa Rica, Costa Rica. 504 pp. 21. Chang,Y.S.; F.L. Huang and T.B. Lo, 1994. The complete nucleotide sequence and gene organization of carp (Cyprinus carpio) mitochondrial genome. J. Mol. Evol. 38 (2): 138-155. 22. Damas, T., 1999. Biología de los peces vivíparos. Mar y Pesca 321: 57-58. 23. Davis, J. I. y K. C. Nixon, 1992. Populations, genetic variation, and the delimitation of phylogenetic species. Syst. Bio. 41 (4): 421-435. 24. de la Cruz, J. y A. M Dubitsky, 1976. Dos nuevas especies de peces dulceacuícolas del género Rivulus, Poey (Cyprinodontidae) de Cuba e Isla de Pinos. Poeyana (Ser. A) 1- 6. 25. DeSalle, R., M. G Egan and M. Siddall, 2005. The unholy trinity: taxonomy, species delimitation, and DNA barcoding. Phil. Trans. R. Soc. B. 360 (1462): 1905 -1916. 26. DeSalle, R., 2006. Species discovery versus species identification in DNA barcoding efforts: response to Rubinoff. Conservation Biology 20 (5): 1545-1547. 27. Ebach, M. C. and C. Holdrege, 2005. DNA barcoding is no substitute for taxonomy. Nature 434 697 doi: 10.1038/434697b. 28. Echelle, A. A.; L. Fuselier; R. A. Van Den Bussche; C. M. L. Rodríguez and M. L. Smith, 2005. Molecular systematics of Hispaniolan pupWshes (Cyprinodontidae: Cyprinodon): Implications for the biogeography of insular Caribbean Wshes. Molecular Phylogenetics and Evolution 39 (2006): 855–864. 29. Eigenmann, C. H., 1903. The fresh-water fishes of western Cuba. Bulletin of the U. S. Fish Commission 22: 211-236. 30. Elvira, B. and A. Almodóvar, 2001. Freshwater fish introductions in Spain: facts and figures at the beginning of the 21st century. Journal of Fish Biology, 59: 323-331. 31. Felsenstein, J., 1981. Evolutionary trees from DNA sequences: A maximun likelihood approach. J. Mol. Evol. 17: 368-376. 32. Franz, R. and G. H. Burgess, 1983. A new Poeciliid killifish, Limia rivasi, from Haiti. Northeast Gulf Science 6 (1): 51-54. 3. Funk, D. J and K. E Omland, 2003. Species-level paraphyly and polyphyly: frequency, causes and consequences, with insights from animal mitonchondria DNA. Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics 34: 397-423. 34. García, I. y L. Koldenkova, 1990. Clave pictórica para las principales especies de peces larvívoros de Cuba. Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí, Cuba 1-55. 35. García-Debrás, A.; A. Pérez y J. Yanger, 1999. Distribución geográfica de los peces ciegos (Ophidiiformes, Bythitidae). Troglobio, 4: 2-3. 36. Graur, D. and W. H. Li, 2000. In Fundamentals of Molecular Evolution, pp. 1-481. USA: Sinaurer Asociates. 37. Hajibabaei, M.; G. A. C. Singer and D. A Hickey, 2006. Benchmarking DNA barcodes: an assessment using available primate sequences. Genome 49(7): 851-854. 38. Hajibabaei, M.; D. H. Janzen; J.M. Burns; W. Hallwachs and P. D. N. Hebert, 2006b. DNA barcodes distinguish species of tropical Lepidoptera. PNAS 103(4): 968–971. 39. Hall, T. A., 1999. BioEdit: A user- friendly biological sequences alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl. Acids. Symp. Ser. 41:95-98. 40. Hebert, P.D.N; A. Cywinska; S.L. Ball and J.R. deWaard, 2003a. Biological identifications through DNA barcodes. Proc. R. Soc. Lond. B. 270: 313-322. 41. Hebert, P. D. N.; S. Ratnasingham, and J. R. deWaard, 2003b. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc. R. Soc. B. 270: S96–S99. 42. Hebert, P. D. N.; E. H Penton; J. M Burns; D. H. Janzen and W Hallwachs, 2004a. Ten Species in One: DNA Barcoding Reveals Cryptic Species in the Neotropical Skipper Butterfly Astraptes fulgerator. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(41): 14812-14817. 43. Hebert, P. D. N.; Stoeckle M. Y.; Zemlak T. S.and Francis C. M., 2004b. Identification of Birds through DNA Barcodes. PLoS Biology 2(10): 1657- 1663. 44. Hill, J. E., 2002. Exotic fishes in Florida. Florida fishes. Lakeline. 39-41. 45. Hubert. N, R. Hanner, E. Holm, N. Mandrak, E. Taylor, M. Burridge, D. Watkinson, A. Curry, P. Bentzen P, Zhang, J. April and L. Bernatchez, 2008. Identifying Canadian freshwater fishes through DNA barcodes. PloS ONE (en prensa). 46. John, G. C. and J. C. Avise, 1998. A comparative summary of genetic distances in the vertebrates from the mitochondrial cytochromo b gene. Mol. Biol. Evol. 15(11): 1481- 1490. 47. Kimura, M., 1980. A simole method for stimateg evolutionary rate of base susbstitutions trough comparative statisc of nucleotides sequences. J. Mol. Evol. 16: 111-120. 48. Kingman, J.F.C., 1982. The coalescent. Stochastic Process and their Applications 13: 245-248. 49. Koldenkova, L. y I. García, 1987. Nota sobre la resistencia a la desecación de los huevos de Rivulus cylindraceus (Teleostei, Cyprinodontidae). Miscelánea Zoológica 29: 4-5. Bibliografía 50. Kressk, W. J. and D. L. Erickson, 2008. DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics. PNAS 105 (8): 2761–2762. 51. Kumar, S.; K. Tamura and M. Nei, 2004. MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment. Briefings in Bioinformatics 5:150-163. 52. Kumar Pradeep, N.; A.R. Rajavel; R. Natarajan and P. Jambulingam, 2007. DNA Barcodes Can Distinguish Species of Indian Mosquitoes (Diptera: Culicidae). Journal of Medical Entomology 44(1): 1-7. 53. Lambert, D. M.; A. Baker; L Huynen; O. Haddrath; P. D. N. Hebert and C. D. Millar, 2005. Is a Large-Scale DNA-Based Inventory of Ancient Life Possible? Journal of Heredity 96(3): 279-284. 54. Landry, J.F., 2007. Taxonomic review of the leek moth genus Acrolepiopsis (Lepidoptera: Acrolepiidae) in North America. The Canadian Entomologist 139(3): 319-353. 55. La Roche, J.; M. Snyder; D. I. Cook; K. Fuller and E. Zouros, 1990. Molecular caracterization of a repeat element causing large-scale size variation in the mitochondrial DNAof the sea Scallop Placopecten magellanicus. Mol. Biol Evol. 7(1): 45-64. 56. Lee, D.S.; S.P. Platania and G.H. Burgess, 1983. Atlas of North American freshwater fishes, supplement. Occasional Papers of the North Carolina Biological Survey no. 1983-6. North Carolina State Museum of Natural History, Raleigh, N.C. 67 pp. 57. Lemera S.; D. Aurelle; L. Vigliola; J.D. Durand and P. Borsa, 2007. Cytochrome b barcoding, molecular systematics and geographic differentiation in rabbitfishes (Siganidae). Comptes Rendus Biologies 330(1): 86-94. 58. Lucinda, P.H.F., 2003. Checklist of the Freshwater Fishes of South and Central America. Porto Alegre: EDIPUCRS, Brazil. p. 555-581. 59. Menéndez, Z.; E. Manso; M. Castex; O. Fuentes; N. Hernández; I. García, 2007. Algunos aspectos ecológicos de la ictiofauna larvífaga presente en Cayo Santa María, Cuba. Rev. Cubana Med. Trop., 59(3): 73-76. 60. Meyer,C. P. and G. Paulay, 2005. DNA Barcoding: Error Rates Based on Comprehensive Sampling. PLoS Biol 3(12): e422. 61. Moritz, C. and C. Cicero, 2004. DNA Barcoding: Promise and Pitfalls. PLoS Biol 2(10): e354. 62. Moura, C. J.; D. J. Harris; M. R Cunha; and A. D. Rogers, 2008. DNA barcoding reveals cryptic diversity in marine hydroids (Cnidaria, Hydrozoa) from coastal and deep-sea environments. Zoologica Scripta 37(1): 93-108. 63. Mullis, K. and F. Faloona, 1987. Specific synthesis of DNA invitro via a polymerase- catalyzed chain reaction. Methods in Enzymology 155: 335–350. 64. Myers, S., 1938: Fresh-water fishes and West Indian Zoogeography. En: Annual Report of the Board of Regents of the Smithsonian Institution, 92 (1938 for the year 1937): 339-364. Bibliografía 65. Nelson, L.A.; J.F. Wallman and M. Dowton, 2007. Using COI barcodes to identify forensically and medically important blowflies. Medical and Veterinary Entomology 21(1): 44-52. 66. Newmaster, S.G.; A.J. Fazekas; R.A.D. Steeves and J. Janovec, 2007. Testing candidate plant barcode regions in the Myristicaceae. Molecular Ecology Notes. OnlineEarly. 67. Nielsen, J.G.; D.M. Cohen; D.F. Markle and C.R. Robins, 1999. FAO Species Catalogue. Ophidiiform Fishes of the World (Order Ophidiiformes). Vol 18, 178pp. 68. Okimoto, R.; J. L. MacFarlane; D. O. Clary and D. R. Wolstenholme, 1992. The mitochondrial genomes of two nematodes, Caenorhabditis elegans and Ascaris suum. Genetcs 130: 471-498. 69. Page, L.M. and B.M. Burr. 1991. A field guide to freshwater fishes of North America north of Mexico. Houghton Mifflin Company, Boston. 432 pp. 70. Poey, F., 1854. Los guajacones, pececillos de agua dulce. Memorias de la Historia Natural de la Isla de Cuba 1 (32): 374-390. 71. Rauchenberger, M., 1989. Systematics and Biogeography of the genus Gambusia (Cyprinodontiformes: Poecilidae). Novitataes. 74pp. 72. Rivas, L. R., 1944. Contributions to the study of the Poecilid fishes of Cuba. I. Descriptions of six new species of the subfamily Gambusiinae. Proceedings of the New England Zoölogical 23: 41-53. 73. Rivas, L. R., 1958. The origin, evolution, dispersal and geographical distribution of the Cuban poeciliid fishes of the tribe Girardinini. The American Philisophical Society 102 (3): 281-320. 74. Rivas, L. R. and G. S. Myers, 1950. A new genus of Poeciliid Fishes from Hispaniola, with Notes on genera allied to Poecilia and Mollienesia. Copeia 4: 288-294. 75. Rivero, L. H., 1951. Peces larvívoros. Boletín de historia natural de la Sociedad Zoológica Felipe Poey 2 (6): 90-97. 76. Rivero, L. H. and L. R. Rivas, 1944. Studies of Cyprinodont fishes. Two new genera of the tribe Girardinini, from Cuba. Torreia 12: 3-19. 77. Robins, C.R. and G.C. Ray, 1986. A field guide to Atlantic coast fishes of North America. Houghton Mifflin Company, Boston, U.S.A. 354 pp. 78. Rodríguez, C. M., 1997. Phylogenetic analysis of the Tribe Poeciliini (Cyprinodontiformes: Poeciliidae). Copeia 4:663-679. 79. Rodríguez, J.; E. González; N. Hernández; V. Capó y I. García, 2004. Comparación morfológica e histológica del tubo digestivo de Gambusia puncticulata y Girardinus metallicus, peces utilizados en el control biológico de mosquitos. Rev. Cubana Med. Trop. 56(1): 73-76. 80. Rodríguez, R., 2007. Ecología de los peces del arroyo Govea, Bejucal Provincia Habana. Tesis de diploma. 54 pp.
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| Formato: |
66
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| Direitos: |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/
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